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Research Article
Xiaoyan Chang*1, Keru Zhou*1, Yanguang Liu1,2, Lian Duan3, Lichun Zhang2, Guoliang Zhang3, Haikun Wang4, Guiqin Wang1
1Nanjing Advanced Academy of Life and Health, 2Institute of Animal Bio-technology,Jilin Academy of Agricultural Sciences, 3National Clinical Research Center for Infectious Diseases, Shenzhen Third People’s Hospital,Southern University of Science and Technology, 4CAS Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences,University of Chinese Academy of Sciences
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
ここでは、偽ウイルスパッケージングのプロトコルと抗体中和活性の測定について述べる。
1996年以来、A/ガチョウ/広東/1/96系統の高病原性鳥インフルエンザ(HPAI)H5ウイルスは、家禽や野鳥でインフルエンザの発生を引き起こしています。時折、人間もその犠牲になり、その結果、死亡率が高くなります。それにもかかわらず、HPAIウイルスの研究は、バイオセーフティレベル3の研究所内で処理する必要があるため、しばしば妨げられます。この問題に対処するために、H5 HPAI研究のいくつかの実験において、野生型ウイルスの代替として偽ウイルスが採用されています。偽ウイルスは、H5 HPAIウイルスに対する中和抗体を研究するための理想的なツールであることが証明されています。このプロトコルは、H5 HPAI偽ウイルス調製物および疑似ウイルス中和アッセイの手順および重要なステップを記載する。また、これらのアッセイのトラブルシューティング、制限、および変更についても説明します。
1996年以来、A/ガチョウ/広東/1/96系統の高病原性鳥インフルエンザ(HPAI)H5ウイルスは、家禽や野鳥で継続的なインフルエンザの発生を引き起こしており、世界の家禽産業における莫大な社会経済的損失を説明しています。時々、人間もそれに感染し、高い致死率に直面します1,2。しかし、HPAIウイルスの研究は、バイオセーフティレベル3の研究所以外では取り扱うことができないため、しばしば妨げられています。この問題に対処するために、H5 HPAI研究のいくつかの実験において、野生型ウイルスの代替として偽ウイルスが採用されています。疑似ウイルスは、バイオセーフティレベル2の実験室で実践するのに十分安全です。
H5 HPAI偽ウイルスは、代理ウイルスコア、インフルエンザウイルスの表面糖タンパク質を含む脂質エンベロープ、およびレポーター遺伝子からなるキメラウイルスに属します。偽ウイルスコアは通常、レンチウイルスヒト免疫不全ウイルス(HIV)、マウス白血病ウイルス(MLV)などのレトロウイルス、水疱性口内炎ウイルス(VSV)に由来します3。具体的には、HIV-1パッケージングシステムは、提供される一次遺伝子がギャグとポールであるインフルエンザ偽ウイルスを産生するために広く使用されています。HIVギャグ遺伝子はコアタンパク質を発現します。pol遺伝子はインテグラーゼおよび逆転写酵素を発現し、これらは両方とも形質導入細胞におけるレポーター遺伝子の発現に必要である。代理ウイルスのゲノムを模倣して、レポーター遺伝子はRNAの形で偽ウイルスコアに包含されます。レポーター遺伝子は宿主細胞でタンパク質を発現します。レポーター遺伝子の遺伝子発現レベルは、偽ウイルス感染効率の測定に用いることができる3,4。主要なレポーターはホタルルシフェラーゼであり、形質導入細胞における相対発光単位(RLU)または相対ルシフェラーゼ活性(RLA)を測定する。lacZ、Gaussia、Renilla luciferaseなどの他のレポーターも使用されていますが、程度は低いです5。
偽ウイルスは、H5 HAPIウイルスに対する中和抗体を研究するための理想的なツールです。中和抗体効力を測定するために、疑似ウイルス中和(PN)アッセイ6が使用される。ヘマグルチニン(HA)とノイラミニダーゼ(NA)は、A型インフルエンザウイルスの表面にある糖タンパク質です7,8。HAは、受容体結合のための球状頭部ドメインと膜融合のためのステムドメインで構成されています。NAタンパク質は、ウイルス放出を促進するシアリダーゼ活性を有する7,8。PNアッセイは、HAタンパク質に対する中和抗体を測定することができます。HAの頭部および幹領域を標的とした中和抗体は、ウイルス付着および侵入アッセイによっても検出することができる。野生型ウイルスと比較して、疑似ウイルス中和実験はより感度の高い検出値を持ち、レベル2のバイオセーフティ研究所で安全に取り扱うことができ、一般的に実際に操作するのが簡単です。
このプロトコルは、H5 HPAI偽ウイルス調製およびPNアッセイの手順および重要なステップを詳細に提示する。また、これらのアッセイのトラブルシューティング、制限、および変更についても説明します。本研究では、H5N1 HPAIウイルス由来のA/Thailand/1(KAN)-1/2004(TH)株を例に挙げた。アッセイに用いた免疫血清を得るために、このプロトコールは、TH株由来のHAタンパク質をマウスを免疫するための免疫原として選択した。
すべての疑似ウイルス関連の実験操作は、上海中国科学院パスツール研究所(IPS、CAS)でABSL2条件下で実行されました。動物実験は、施設動物管理使用委員会が承認したIPS、CASの動物プロトコルに基づいて実施されました。
1. リン酸カルシウムトランスフェクションによる偽ウイルスパッケージング
2. インフルエンザ偽ウイルスのHA、NA、HIV-1 p24タンパク質発現の検出
3. 偽ウイルス滴定
4.免疫血清の調製
注:免疫血清は細胞関連の実験に使用され、実験操作は無菌条件下で実行する必要があります。
5.疑似ウイルス中和(PN)アッセイ
6. 偽ウイルス付着アッセイ
7.ウイルス侵入の評価
インフルエンザ偽ウイルスのHA、NAおよびHIV-1 p24タンパク質発現
ウイルスパッケージング効率を同定するために、インフルエンザ偽ウイルスストックをHAアッセイによって最初に検出した(図2A)。インフルエンザ偽ウイルスのミリリットル当たりのHA単位は643である(表3)。ウェスタンブロットアッセイおよびサンドイッチELISAアッセイを使用して、HA、NA、およびHIV-1 p24タンパク質発現を試験しました。次に、HAユニットの比率と偽ウイルスのギャグp24の量を計算しました。ウェスタンブロットアッセイの結果は、HA0、HA1、HA2、およびNAタンパク質の4つのタンパク質タイプがあることを示しました(補足図2)。これは、インフルエンザ偽ウイルスのエンベロープタンパク質が野生型ウイルスのエンベロープタンパク質と類似していることを示しています。HAとGag p24の比率は、報告されているように正常範囲内でした(表3)9。
| 偽ウイルス株 | ハウ/ミリリットル | 1.00E + 05 pg/mL | HAU/1.00E+05 pg* の比率 |
| P A/タイ/(KAN-1)/2004 | 642.52 ± 30.26 | 4.20 ± 0.17 | 152.98 |
| *偽ウイルスにおけるHAユニットとHIV-1 Gag p24の量の比は、HAユニット/Gag p24の量として計算されました。 |
表3:H5偽ウイルスの定量。
偽ウイルス滴定
機能性ウイルス粒子の濃度を測定するために、偽ウイルスの相対ルシフェラーゼ活性(RLA)が検出された。RLAの読み取り値は、多くの変数に依存しています。RLA測定値に対する形質導入細胞量の影響を特定するために、96ウェルプレートのウェルあたり1250、2500、5000、10000、20000、および40000の細胞を播種しました(図2)。結果は、偽ウイルスのRLA測定値が最も高く、平均の標準誤差は、5000個の細胞を96ウェルプレートのウェルに播種したときに最も低いことを示しました(図4A)。インキュベーション時間の影響を特定するために、ウイルス感染後48時間、60時間、および72時間にRLA測定値が検出されます。結果は、60時間インキュベートした場合、疑似ウイルスのRLA測定値は値が高く、再現性が高く、平均の標準誤差が低いことを示しました(図4B)。結果は、96ウェルプレートのウェルに5000個の細胞を播種し、ウイルス感染の60時間後にRLA測定値を検出するのに適していることを示しています。
PNアッセイ
対照群およびDDV群からの免疫血清の中和力価をPNアッセイにより測定した(図5)。 図5Aに示すように、DDV群の免疫血清は、偽ウイルスA/Thailand/1(KAN)-1/04株に対して高い中和力価を示した。対照的に、対照群由来の血清は、いかなる中和活性も示さなかった(図5B)。従来の血清学的アッセイ(HIおよびMNアッセイ)と比較して、PNアッセイはより感度が高い(データは示されていない)。
付着中和アッセイ
一部の中和抗体は、シアル酸受容体へのウイルスの付着を妨げる可能性があります。これらの抗体はHAヘッドに向けられ、市販ワクチンによる免疫またはインフルエンザウイルスの感染後に優勢です。これらの抗体の中和活性を同定するために、付着中和アッセイが実施される(図3)。対照血清と比較して、免疫血清の中和活性は強力であり、免疫血清中のHAヘッドに向けられた抗体が多いことを示しています(図6A)。
ウイルス侵入の評価
このアッセイは、インフルエンザウイルス感染時にウイルスエンベロープとエンドソーム膜の融合を妨げる抗体を同定するために使用されます。これらの抗体はHAストークドメインに向けられており、一般的に効力は低くなります。これらの抗体の中和力価を測定するために、接着後アッセイが実施されます(図3)。免疫血清と対照血清の間には有意差があり、これは免疫血清中のHAステム領域を指向する抗体が存在することを示している(図6B)。

図1:カルシウム媒介トランスフェクションのフローチャート。 このフローチャートは、カルシウム媒介トランスフェクションの主な手順を説明するために使用されます。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:偽ウイルスの定量と滴定 。 (a)偽ウイルスHAアッセイの主要なステップを説明する偽ウイルスHAアッセイのフローチャート。(b)偽ウイルスP24アッセイの主要なステップを説明する偽ウイルスP24アッセイのフローチャート。(c)擬似ウイルス滴定アッセイの主要なステップを説明する擬似ウイルス滴定アッセイのフローチャート。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:疑似ウイルスベースの中和アッセイ。 (a)PNアッセイの主要なステップを説明するPNアッセイのフローチャート。(b)付着アッセイの主要なステップを説明する偽ウイルス付着アッセイのフローチャート。(C)ウイルス侵入アッセイの主要なステップを記載したウイルス侵入アッセイの評価のフローチャート。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図4:偽ウイルス滴定。 (A)96ウェルプレートのウェルあたりの細胞量の違いは、RLAの読み取り値に影響します。1250、2500、5000、10000、20000、および40000細胞を96ウェルプレートに播種した。(B)収穫時期が異なると、RLAの読み取り値に影響します。RLA測定値は、ウイルス感染後48時間、60時間、および72時間で検出されます。3つの独立した実験から収集されたデータは、SEM±平均として提示されます。エラーバーは平均の標準誤差(SEM)を表します。テューキー検定による一元配置分散分析が実施されました。P < 0.0001;ns、重要ではありません。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図5:偽ウイルスで検出されたH5中和抗体応答。 (a)DDV群由来の免疫血清の中和抗体応答の滴定。(b)対照群由来の免疫血清の中和抗体応答の滴定。IC50は、偽ウイルスの50 %を阻害することができる中和抗体の相互希釈として定義される。3つの独立した実験から収集されたデータは、SEM±平均として提示されます。エラーバーは平均の標準誤差(SEM)を表します。VSVG偽ウイルスを陰性対照として用いた。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図6:結合およびウイルス侵入アッセイによる中和抗体効力の検出 。 (a)DDV群由来の免疫血清は、対照群由来のものではなく、細胞へのウイルス付着を阻害する。(B)DDV群由来の免疫血清は、対照群由来のものではなく、ウイルス付着後感染を部分的に阻害する。3つの独立した実験から収集されたデータは、SEM±平均として提示されます。エラーバーは平均の標準誤差(SEM)を表します。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
| 完全なDMEM培地組成 | 濃度 |
| ダルベッコのモディファイドイーグルミディアム(DMEM) | 1x |
| ウシ胎児血清 | 10% |
| ペニシリン(1 U / mL)/ストレプトマイシン | 1 μg/ mL |
表1:完全なDMEM培地組成。
| 料 | 濃度 | 容積 |
| 2x HEPES (pH 7.1) | -- | 675.0 μL |
| CaCl 2 (2.5 M) | -- | 67.5 μL |
| ddH2O | -- | 529.2 μL |
| pCMV Δ 8.9 | 1000 ng/μL | 18.9 μL |
| pCMV/R-HA | 100 ng/μL | 27.0 μL |
| pCMV/R-NA | 50 ng/μL | 13.5 μL |
| pHR-リュック | 1000 ng/μL | 18.9 μL |
表2:疑似ウイルスパッケージングシステム。
補足図1:マウス免疫のフローチャート。 このフローチャートは、マウス免疫の主な手順を説明する。免疫血清を試料とした。 このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足図2:インフルエンザ偽ウイルスのHA、NAおよびHIV-1 p24タンパク質発現。 偽ウイルスタンパク質のウェスタンブロット。 このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
著者は開示するものは何もありません。
ここでは、偽ウイルスパッケージングのプロトコルと抗体中和活性の測定について述べる。
この研究は、江蘇省イノベーション能力開発プロジェクト(BM2020019)、深セン科学技術プロジェクト(No.JSGG20200225150702770)、中国科学院戦略的優先研究プログラム(XDB29030103)、広東科学技術プロジェクト(No.2020B1111340076)、深セン湾研究所公開研究プログラム(No.SZBL202002271003)。
| 1% Chiken 赤血 | 球バイオチャネル | BC-RBC-C001 | 試薬 |
| 96 ウェル細胞培養プレート (平底) | サーモフィッシャー科学 | 167008 | 消耗品 |
| 96 ウェル細胞培養プレート (丸底) | サーモフィッシャー科学 | 163320 | 消耗品 |
| アレグラ X-15R | ベックマンコールター | -- | 機器/遠心分離機 |
| BDインスリン注射器BD | 324910 | の消耗品 | |
| 塩化カルシウム無水 | AMRESCO | 1B1110-500G | 試薬 |
| クロロキン二リン酸 | Selleck | S4157 | 試薬 |
| Dulbecco 'Modified Eagle Medium (DMEM) | Gibco | 12100-046 | 試薬 |
| ウシ胎児血清 | Gibco | 16000-044 | 試薬 |
| HEK293FT Gibco | R700-07 | 細胞株 | |
| HEPES FREE ACID | AMRESCO | 0511-250G | 試薬 |
| HIV-1 p24 抗原 ELISA | ZeptoMetrix | 801111 | 試薬キット |
| ルシフェラーゼアッセイシステム フリーザーパック | Promega | E4530 | 試薬キット |
| MDCK.1 | ATCC | CRL-2935 | 細胞株 |
| 微量遠心チューブ 1.5 mL | サーモフィッシャー科学 | 509-GRD-Q | 消耗品 |
| Nunc コニカル遠心分離チューブ 15 mL | サーモフィッシャー科学 | 339650 | 消耗品 |
| Nunc コニカル遠心分離チューブ 50 mL | サーモフィッシャー科学 | 339652 | 消耗品 |
| Nunc EasYFlask 75 cm2 | Thermo fisher scientific | 156499 | 消耗品 |
| ペニシリン-ストレプトマイシン | Gibco | 15140-122 | 試薬 |
| ピペットチップ (10 μL) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | TF102-10-Q | 消耗品 |
| ピペットチップ(100 μL) | サーモフィッシャーサイエンティフィック | TF113-100-Q | 消耗材料 |
| ピペットチップ(1000 μL) | サーモフィッシャーサイエンティフィ | ックTF112-1000-Q | 消耗品 |
| セロロジカルピペット (5 mL) | サーモフィッシャーサイエンティフィ | ック170355N | 消耗品 |
| セロロジカルピペット (10 mL) | サーモフィッシャーサイエンティフィ | ック170356N | 消耗品 |
| トリプシン/EDTA | Gibco | 25200-072 | 試薬 |
| Varioskan Flash | サーモフィッシャー科学 | - | 機器/マイクロプレートリーダー |
| ウォータージャケット インキュベーター | サーモフィッシャー 科学 | 3111 | 機器/細胞インキュベーター |
| ペントバルビタール ナトリウム塩 | シグマ | 57-33-0 | 試薬 |