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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
本プロトコルは、青色LED照明技術を用いてTLCプレート上の化合物の収率を推定する方法を開発した。このアプローチの利点は、安全で効果的で安価であり、研究者が複数のサンプルを同時に測定できることです。
薄層クロマトグラフィー(TLC)は、未知のサンプルの収量を定量化するために有機化学研究で広く使用されているアクセス可能な分析技術です。本研究では、青色LEDイルミネーターを使用してTLCプレート上のサンプルの収量を推定するための効果的で安価で安全な方法を開発しました。 アスペルギルス・テレウス から抽出したロバスタチンは、本試験で用いた例化合物であった。ロバスタチン標準に基づく回帰モデルを用いて、ロバスタチンの収率を評価した。バイオアッセイ、UV検出、青色LED照明の3つの方法を比較しました。結果は、青色LED照明法がUV検出およびバイオアッセイ法よりも有意に時間効率が高いことを示しました。さらに、青色LED照明は、バイオアッセイ法における生物学的危険性(例えば、微生物感染)およびUV検出法における紫外線曝露の懸念のために、比較的安全な選択肢であった。GC、HPLC、HPTLCなど、独立して作業する前に特殊な機器と長期トレーニングを必要とする高価な方法と比較して、青色LEDイルミネーターを使用することは、TLCプレートからサンプルの収量を推定するための経済的なオプションでした。
薄層クロマトグラフィー(TLC)は、有機化学の分野で定性的および定量的手法として広く使用されています1,2,3。TLCの主な利点は、高速検出、柔軟なサンプル要件を提供し、特殊な機器を必要としないことです4。今日まで、多くの高度なアプローチが確立されているにもかかわらず、TLCは依然として混合物中の未知のサンプルを識別するための主要な方法です。ただし、このアプローチの課題は、特に予算が限られているラボを開発する場合、サンプル収量を定量化するための安全で安価な機器がないことです。そこで本研究では、TLCと組み合わせてサンプルの収量を推定するための効率的で安全かつ安価な方法を開発することを目的とした。
高性能TLC(HPTLC)、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、およびガスクロマトグラフィー(GC)とは異なり、厳しいサンプル要件、時間がかかり、サンプル調製のための多段階の関与1,5、TLCはいくつかの利点を示しました。まず、サンプル調製の場合、粗抽出物がHPLCおよびGCのカラムを詰まらせる可能性があるため、HPLCおよびGCは粗抽出物を検出できません。第二に、サンプルがUVに適さない(HPLC分析にとって重要)または低揮発性(GC分析にとって重要)である場合、TLCをこれらのサンプルに適用することができ、可視化試薬を使用すると、単離されたサンプルが薄層に見えるようになります6,7,8。第三に、一般ユーザーの場合、HPLCとGCは、TLCと比較して、独立して作業する前に比較的長い時間の事前トレーニングを必要とします。さらに、高性能TLC(HPTLC)として知られる定量的TLC分析は、高感度スキャナーでTLCプレート上の情報をデジタル化できます。しかしながら、HPTLCシステムのコストは比較的高価である。そのため、TLCプレート上のサンプルを定量するための費用効果が高く迅速なアプローチを開発することは重要なトピックです。
TLC収量の定量化についても同様の方法が開発されています。たとえば、ジョンソン9 は、コンピューターに接続されたフラットベッドスキャナーを使用してTLCプレート上のサンプルを定量できる技術を報告しました。2001年、El-Gindyら10 は、光学密度で化合物を検出するために使用されるTLC-デンシトメトリー法を開発し、この技術はElkadyらによっても適用されました11。2007年、Hess2 は、UV光と組み合わせたデジタルカメラを使用してTLCプレート上の化合物の収率を検出するために適用されたデジタル強化TLC(DE-TLC)法を発表しました。ヘスはまた、HPTLC法とDE-TLC法のコスト差を比較し、DE-TLC法は手頃な価格であるため、高校や大学の研究室で使用できると結論付けました2。ただし、TLC濃度測定法のコストは依然として高価であり、紫外線の操作には、ユーザーが紫外線にさらされる可能性がある場合に備えて、適切な事前トレーニングが必要です。したがって、TLCと互換性があり、効率的、安全、かつ安価なサンプル収率を定量する方法の開発が望まれている。
本研究では、青色LEDイルミネーターを用いてTLCプレート上のサンプルを検出するためのプロトコルを記述し、バンドの寸法を測定し、化合物収率を決定するための信頼性の高い(高いR2乗値)回帰モデルを開発しました。最後に、青色LED照明法は比較的安全であることがわかりました(対。紫外線検出法)、安価(対。GC、HPLC、およびHPTLC)、および収量定量のための効果的な(対バイオアッセイ法)アプローチ。
本プロトコルは、例としてロバスタチンを用いて記載される。ロバスタチンは、1週間齢の アスペルギルス・テレウスから抽出した。
1.化合物抽出
注:化合物抽出の詳細については、 図1を参照してください。
2. 順相(NP)吸着カラムによる粗抽出物の分離
3. 薄層クロマトグラム(TLC)プレートの調製とローディング
4. 青色LEDイルミネーターによる分析
5. 回帰モデルによる歩留まり推定
この研究では、化合物の収率を推定するための青色LED照明法を提示し、この方法を検証し、バイオアッセイおよびUV検出法と比較しました(表1)。回帰モデルは、サンプルの収量を予測するために、それぞれ3つの方法のバンドの次元と標準の濃度に基づいて開発されました。まず、バイオアッセイ法の結果において、阻害ゾーンの寸法とロバスタチン標準物質のR2乗は0.99であり、回帰モデルによって予測されたサンプル収量は0.56mgであった(図2)。第二に、UV検出法では、ロバスタチン標準とTLCプレート上のバンドの寸法との間のR二乗は0.97であり、回帰モデルによって予測されたサンプルの収量は0.53mgであった(図3)。特に、バンドのエッジがぼやけており、比較的低い信号強度のバンドが観察されました(図3A)。第三に、青色LED照明法では、ロバスタチン標準とTLCプレート上のバンド寸法との間のR二乗は0.98であり、回帰モデルによって予測されたサンプル収量は0.54mgであった(図4)。青色LED照明器を用いた予測収量は、バイオアッセイ法(対照として設定)に近かった。バンドの寸法はロバスタチンの量に比例し、明瞭なバンドは青色LED照明法によって得られた。さらに、バイオアッセイ、UV検出、および青色LED照明方法の作業時間は、それぞれ約24時間、2時間、および1時間でした。(注:労働時間とは、ロバスタチンの収量検査に費やされた合計時間を意味します)。

図1:プロトコルのワークフロー。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図2:バイオアッセイ法。 (A) ニューロスポラクラッサ に対するロバスタチンのバイオアッセイ(30°Cで24時間インキュベート)。試験の終わりに、90mm寒天プレートを可視光下で撮影した。(B)6つのロバスタチン標準の濃度は、No.1(1 mg / mL)、No.2(0.75 mg / mL)、No.3(0.5 mg / mL)、およびNo.4(0.25 mg / mL)でした。.試料番号5を0.25×(1:4)に希釈した。サンプル番号6を0.5×(1:2)に希釈した。阻害ゾーン寸法(mm2)は、イメージングソフトウェアにより測定した。(C)標準の阻害ゾーン次元に基づくデータ分析およびグラフ作成ソフトウェアを使用して回帰モデルを開発した。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図3:UV光にさらされた薄層クロマトグラム(TLC)プレート。 (A)TLC分析の移動相としてn-ヘキサン:酢酸エチル(2:3 v / v)を使用し、TLCプレートを現像液(10%H2SO4)に浸した後、UV光(365 nm)にさらしました。(B)6つのロバスタチン標準の濃度は、No.1(1 mg / mL)、No.2(0.75 mg / mL)、No.3(0.5 mg / mL)、およびNo.4(0.25 mg / mL)でした。.試料番号5を0.25×(1:4)に希釈した。サンプル番号6を0.5×(1:2)に希釈した。阻害ゾーン寸法(mm2)は、イメージングソフトウェアにより測定した。(C)TLCプレート上のロバスタチン標準バンドの寸法に基づくデータ分析およびグラフ作成ソフトウェアを使用して回帰モデルを開発した。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。

図4:青色LEDイルミネーターでスキャンした薄層クロマトグラム(TLC)プレート 。 (A)TLC分析の移動相としてn-ヘキサン:酢酸エチル(2:3 v / v)を使用し、 TLCプレートを青色LEDイルミネーターでスキャンしました。(B)6つのロバスタチン標準の濃度は、No.1(1 mg / mL)、No.2(0.75 mg / mL)、No.3(0.5 mg / mL)、およびNo.4(0.25 mg / mL)でした。.試料番号5を0.25×(1:4)に希釈した。サンプル番号6を0.5×(1:2)に希釈した。阻害ゾーン寸法(mm2)は、イメージングソフトウェアにより測定した。(C)TLCプレート上のロバスタチン標準バンドの寸法に基づくデータ分析およびグラフ作成ソフトウェアを使用して回帰モデルを開発した。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
| バイオアッセイ | 青色LEDイルミネーター | 紫外線検出 | |
| 結果観察 | 目 | 青色LEDイルミネーターと目 | 紫外線と目 |
| 画像解像度 | 中程度 | 高い | 低い (ぼやけてかすかな画像) |
| 概算の時間コスト | 24時間 | 1時間 | 2時間 |
| 必要な分析スキル | 中程度 | 低い | 中程度 |
| 安全 | 微生物感染 | 非常に安全 | 紫外線への露出 |
| 回帰式 | y = 0.0019x + 0.0304 | y = 0.0399x - 0.1271 | y = 0.0657x - 0.6405 |
| R二乗 | 0.99 | 0.98 | 0.97 |
| 坂 | 0.0019 | 0.0399 | 0.0657 |
| 遮る | 0.0304 | -0.1271 | -0.6405 |
| 勾配の標準誤差 | 8.94E-05 | 3.54E-03 | 6.28E-03 |
| 切片の標準誤差 | 0.03032 | 0.07115 | 0.12375 |
表1:この研究で使用された3つの検出方法の比較。
| TLC濃度測定法 | TLC画像解析 | |||||||
| エルギンディ ら10 |
エルカディ ら11 |
ムシャラフ ら12 |
ジョンソン9 | ヘス2 | 青色LEDイルミネーター方式 (本研究) |
|||
| 見本 | アセブトロール塩酸塩 | シプロフロキサシンHCL | メトロニダゾール | ダナゾール | コレステロール | バニリン | ニコチンアミド | ロバスタチン |
| 業績 | 紫外線 ディテクター |
ティッカー スキャナー |
ティッカー スキャナー |
フラットベッドスキャナー | デジカメ UVランプ付き |
青色LEDイルミネーター | ||
| 波長 | 230 nm | 280 nm | 280 nm | 291 nm | 該当なし | 254 ナノメートル | 該当なし | |
| 相関係数 | 0.996あ | 0.9991あ | 0.9994あ | 0.996あ | 0.998あ | 0.971b | 0.987b | 0.99あ 0.98b |
| 回帰式 | 該当なし | y = 5.7853x +19.9383 |
y = 1.1104x + 6.9755 |
y = 7.949x + 2460 | y = 0.96x | 該当なし | 該当なし | y = 0.0399x -0.1271 |
| a: ピアソン相関係数 | ||||||||
| b: R二乗 |
表2:以前の方法と現在の研究の比較。
補足図1:アンピシリンを含む薄層クロマトグラム(TLC)プレートを青色LED照明法でスキャンしました。 (A)TLC分析の移動相として酢酸エチル:メタノール(9:13 v / v)を使用し、TLCプレートを青色LEDイルミネーターでスキャンしました。(B)アンピシリンの4つの標準物質の濃度は、1番(100 mg / mL)、2番(75 mg / mL)、3番(50 mg / mL)、および4番(25 mg / mL)でした。バンドの寸法は、イメージングソフトウェアによって測定されました。(C)TLCプレート上のアンピシリン標準バンドの寸法に基づくデータ分析およびグラフ作成ソフトウェアを使用して回帰モデルを開発しました。 このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
補足図2:青色LED照明法でスキャンしたアプラマイシンを含む薄層クロマトグラム(TLC)プレート。 (A)メタノール:水(6:5 v / v)をTLC分析の移動相として使用し、TLCプレートを青色LEDイルミネーターでスキャンしました。(B)4つのアプラマイシン標準の濃度は、No.1(50 mg / mL)、No.2(40 mg / mL)、No.3(30 mg / mL)、およびNo.4(20 mg / mL)でした。バンドの寸法は、イメージングソフトウェアによって測定されました。(C)TLCプレート上のアプラマイシン標準バンドの寸法に基づくデータ分析およびグラフ作成ソフトウェアを使用して回帰モデルを開発しました。 このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。
すべての著者は、利益相反がないことを宣言します。
本プロトコルは、青色LED照明技術を用いてTLCプレート上の化合物の収率を推定する方法を開発した。このアプローチの利点は、安全で効果的で安価であり、研究者が複数のサンプルを同時に測定できることです。
この研究は、台湾科学技術部(MOST 108-2320-B-110-007-MY3)の支援を受けました。
| アメリカの細菌学寒天 | Condalab | 1802.00 | |
| Aspergillus terreus | ATCC 20542 | ||
| 青色LEDイルミネーター | MICROTEK | Bio-1000F | |
| 遠心分離機 | Thermo Scientific | HERAEUS Megafuge 8 | |
| コンパクト UV ランプ | UVP | UVGL-25 | |
| 酢酸エチル | MACRON | MA-H078-10 | |
| 濾紙 125mm | ADVANTEC | 60311102 | |
| ImageJ | NIH | フリーウェア | https://imagej.nih.gov/ij/download.html |
| ロバスタチン標準 | ACROS | A0404262 | |
| MiBioフルオ | MICROTEK | V1.04 | |
| n-ヘキサン | C-エコー | HH3102-000000-72EC | |
| OriginPro | OriginLab | 9.1 | https://www.originlab.com/origin |
| ジャガイモ デキストロース ブロス H | STBIO MEDIA | ||
| ロータリー エバポレーター | EYELA | SB-1000 | |
| 硫酸 | フルーカ | 30743-2.5L-GL | |
| TLCの無水ケイ酸ゲル60 F254 | MERCK | 1.05554.0001 | |
| のTrifluoroacetic酸 | Alfa Aesar | 10229873 | |
| 超音波振動機械 | DELTA | DC600 |