Name: 血漿タンパク保存用採血キットからゲノムDNAを抽出するために実用的で新手法 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-05-18T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 43 s
Description: 学ぶ P100採血管からゲノムDNAを抽出する新手法。血漿保存とDNA抽出を同時に行い、従来法より簡便で高品質なDNAを得られる。臨床検査の効率化に貢献する革新的な方法である。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

1。試料捕集<ol><li>適切なインフォームドコンセントを持つ個人からの血液サンプルを収集します。個々については、P100チューブ（BD診断、フランクリン湖、NY、USA）への血液4〜を5ml描く。比較のために、同時にEDTAチューブに血液を採取。 </li><li> BD P100管は15.8ミリリットル、噴霧乾燥K2EDTAおよび凝固を防止し、血漿タンパク質を安定化するプロテアーゼ阻害剤の凍結乾燥された独自の広域スペクトルカクテルを含有する。彼らはまた、機械的な区切り文字を含んでいます。処理が発生するまで、全血を採取した後、一晩、60分間室温で両方のチューブを保持する。 </li><li>室温で15分間、2500グラムでBD P100チューブを遠心する。マイクロ遠心チューブにメカニカルセパレーターの上に採取した血漿を転送します。 </li><li> -80℃で、セパレーターの下に圧縮血を含む、P100チューブを保管°Cあなたは、DNA内線を開始する準備が整うまでraction。 </li></ol> P100管の血（P100_DNA）から2.1 <ol><li> P100チューブを-80℃で保存するプラズマ抽出後のC。 3から4ヶ月以内に、5分（ 図1A）のための水浴中で37℃でフリーザーや解凍から圧縮された血液を含むP100チューブを取り出す。セパレーターの上に座って任意の残留プラズマを削除します。セパレーター上記P100チューブ（ 図1B）で- 17％ショ糖溶液（未発表データ社内でテスト勾配溶液）2 mlを加え。 2500グラムで20分間室温で遠心する、このプロセスは、チューブの頂部に機械的なセパレータをプッシュし、軟膜（ 図1C）を含む溶液の三層が得られる。手動steriledフック金属クリップ（ 図1D）を使用して区切り文字を抽出します。 </li><li>各チューブ（ 図1D）から機械的な区切り文字を取得した後、削除してdiscarDトップ蔗糖層。無菌の15ミリリットルコニカルチューブに、バフィーコート（BC）層を表す中間層を、転送します。 3ミリリットルの軟膜の量を増加させるためにリン酸緩衝生理食塩水（PBS）を追加します。メーカーの推奨に従ってキアゲンプロトコールとトラブル血キットの試薬を用いてバフィーコートからDNAを抽出し、2500グラムの遠心速度（代わりに2000グラムの）を除いて。 </li><li>赤血球（RBC）を溶解して除去するために、バフィーコートの3 mlにRBC溶解9mlのを追加します。インキュベーション中時折反転と10分間、各チューブを室温で数回とインキュベートを反転。 5分間2500グラムで、それぞれの混合をスピンダウンし、上清を捨てる。 15秒のために細胞溶解液と渦の3mlで各チューブの残りのペレットを扱う。 15秒のためのタンパク質の沈殿溶液と渦の1mlで溶解液を扱う。 </li><li> 5分間2500グラムで遠心し、含有する新鮮な15ミリリットルコニカルチューブに上清を移す100％イソプロパノールを3ml。 3分間2500グラムで新しいチューブを10回と遠心分離機を反転。上清を捨て、70％エタノール1 mlを加える。 DNAペレットを取り除くと洗浄するコニカルチューブを数回反転させる。 1分間2500グラムで遠心。ペレットを室温で3分間（逆さまにチューブを配置）するために乾燥させた後、37℃で補水液250mlでDNAを中断℃で10分間、プレラベル1.7ミリリットルマイクロチューブへの転送のためのC。 -80℃でチューブを保管°Cを使用するまで。 </li></ol> EDTA Ttubeの血（EDTA_DNA）から2.2 <ol><li>ルーチン免疫血液学試験のための全血をK 2 EDTAの10.8ミリグラムでスプレーコーティングし、-80℃で保存プラスチックvaccutainerチューブに集められ管は機械的な区切りが含まれていないため、DNA抽出は、機械的なセパレーター（2.1.1および2.1.2）を含む手順は含まれていません。 </li><li>血液貯蔵、DNの3から4ヶ月以内カワセミフレックス（サーモフィッシャーサイエンティフィック、ウォルサム、MA、USA）を使用して抽出される。これは、磁性粒子技術に基づく自動化DNA抽出システムであり、細胞溶解/ DNA結合、数回の洗浄工程およびDNAの溶出で構成されている。 </li><li> DNA抽出に使用されるキットはカワセミフレックス24 DNA血液キット（Qiagen、ドイツ）である。 </li></ol> 3。 DNA量と品質評価ゲノムDNAの量、品質および完全性をピコグリーン、分光法及び電気泳動を含む方法の組み合わせにより評価した。 <ol><li>ゲノムDNAの濃度は、ナノドロップし、ピコグリーン定量化によって決定される。 </li><li>純度は、光度計、分光光度計での吸光度比260/280の測定値から決定される。 </li><li>試料（500ngの）も、DNAの完全性（分解）を評価するために、1％アガロースゲル上にロードされている。 </li></ol> 4。 Genotypinグラムアッセイおよび品質管理<ol><li>五P100_DNAとそれに対応するEDTA_DNAサンプルをランダムにカスタムImmunochip（DNA免疫分析ビーズチップ）を使用して、さらなる分析のために選択される。 Immunochipは196524多型を含むのInfiniumジェノタイピングチップで、免疫遺伝学的研究の5のために設計されています。 </li><li>各サンプルについて、200ngのDNAが増幅され、断片化され、沈殿させ、適切なハイブリダイゼーション緩衝液に再懸濁した。 </li><li>変性した試料は、16時間の最低48℃でImmunochipsにハイブリダイズさせる。 </li><li>ハイブリダイゼーション後、Immunochipsは、一塩基伸長反応で染色のために処理される。 </li><li> immunochipsその後イルミナHiscanビーズアレイリーダーと正規ビーズ強度データはイルミナGenomeStudioソフトウェアにロードされ、遺伝子型に変換され、使用して結像される。遺伝子型はGenomeStudioのautocallingアルゴリズムを使用して呼び出されます。における品質管理コー​​ルレート&lt;95％と一塩基多型の除外（のSNP）をvolves。 </li><li> SNPコールレートはimmunochipアッセイ効率の尺度として使用される。これは、自動化された遺伝子型の割り当てを受信するのに十分な信号強度及び品質を実現チップ（各チップにエンコードされた196524個のSNP）に関するアッセイの総数の百分率として算出される。高品質のDNAは、（260/280の比が1.8以上、劣化の有無）immunochipアッセイに含まれるハップマップコントロールDNAと少なくとも同じコール·レートを達成するために期待されている。品質管理コールレート&lt;95％の各データセット内でのSNPの排除を伴う。 </li></ol>

<ol><li>Yi, J., Kim, C., Gelfand, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+intrinsic+proteolytic+activities+moderates+preanalytical+variability+and+instability+of+human+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteome+Research%22%5BJournal%5D)">Inhibition of intrinsic proteolytic activities moderates preanalytical variability and instability of human plasma.</a> Journal of Proteome Research. 6, 1768-1781 (2007).</li>
<li>Garg, U. C., Hanson, N. Q., Tsai, M. Y., Eckfeldt, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+and+rapid+method+for+extraction+of+DNA+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Simple and rapid method for extraction of DNA from fresh and cryopreserved clotted human blood.</a> Clinical Chemistry. 42, 647-648 (1996).</li>
<li>Salazar, L. A., Hirata, M. H., Cavalli, S. A., Machado, M. O., Hirata, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+procedure+for+DNA+isolation+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood+useful+in+clinical+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Optimized procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing.</a> Clinical Chemistry. 44, 1748-1750 (1998).</li>
<li>Xu, R., Ye, P., Luo, L., Wu, H., Dong, J., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+efficient+method+for+DNA+purification+from+samples+of+highly+clotted+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">A simple and efficient method for DNA purification from samples of highly clotted blood.</a> Molecular Biotechnology. 46, 258-264 (2010).</li>
<li>Cortes, A., Brown, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Promise+and+pitfalls+of+the+Immunochip%5BTitle%5D)+AND+%22Arthritis+Research+%26+Therapy%22%5BJournal%5D)">Promise and pitfalls of the Immunochip.</a> Arthritis Research & Therapy. 13, 101(2011).</li>
<li>Basuni, A. A., Butterworth, L. A., Cooksley, G., Locarnini, S., Carman, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+extraction+method+from+blood+clots+for+studies+requiring+both+host+and+viral+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Viral+Hepatitis%22%5BJournal%5D)">An efficient extraction method from blood clots for studies requiring both host and viral DNA.</a> Journal of Viral Hepatitis. 7, 241-243 (2000).</li>
<li>Kanai, N., Fujii, T., Saito, K., Tokoyama, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+simple+method+for+preparation+of+genomic+DNA+from+easily+obtainable+clotted+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Pathology%22%5BJournal%5D)">Rapid and simple method for preparation of genomic DNA from easily obtainable clotted blood.</a> Journal of Clinical Pathology. 47, 1043-1044 (1994).</li>
<li>Adkins, K. K., Strom, D. A., Jacobson, T. E., Seemann, C. R., O'Brien, D. P., Heath, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utilizing+genomic+DNA+purified+from+clotted+blood+samples+for+single+nucleotide+polymorphism+genotyping%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Pathology+%26+Laboratory+Medicine%22%5BJournal%5D)">Utilizing genomic DNA purified from clotted blood samples for single nucleotide polymorphism genotyping.</a> Archives of Pathology & Laboratory Medicine. 126, 266-270 (2002).</li>
<li>Siafakas, N., Burnett, L., Bennetts, B., Proos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonenzymatic+extraction+of+DNA+from+blood+collected+into+serum+separator+tubes%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Nonenzymatic extraction of DNA from blood collected into serum separator tubes.</a> Clinical Chemistry. 41, 1045-1046 (1995).</li>
<li>Everson, R. B., Mass, M. J., Gallagher, J. E., Musser, C., Dalzell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+DNA+from+cryopreserved+clotted+human+blood%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Extraction of DNA from cryopreserved clotted human blood.</a> BioTechniques. 15, 18-20 (1993).</li>
<li>Se Fum Wong, S., Kuei, J. J., Prasad, N., Agonafer, E., Mendoza, G. A., Pemberton, T. J., Patel, P. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+DNA+isolation+from+clotted+blood+extricated+rapidly+from+serum+separator+tubes%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">A simple method for DNA isolation from clotted blood extricated rapidly from serum separator tubes.</a> Clin. Chem. 53, 522-524 (2007).</li>
<li>Garg, U. C., Hanson, N. Q., Tsai, M. Y., Eckfeldt, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+and+rapid+method+for+extraction+of+DNA+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Simple and rapid method for extraction of DNA from fresh and cryopreserved clotted human blood.</a> Clin. Chem. 42, 647-648 (1996).</li>
<li>Salazar, L. A., Hirata, M. H., Cavalli, S. A., Machado, M. O., Hirata, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+procedure+for+DNA+isolation+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood+useful+in+clinical+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Optimized procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing.</a> Clin. Chem. 44, 1748-1750 (1998).</li>
<li>Matheson, L. A., Duong, T. T., Rosenberg, A. M., Yeung, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+sample+collection+and+storage+methods+for+multicenter+immunologic+research+in+children%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Immunological+Methods%22%5BJournal%5D)">Assessment of sample collection and storage methods for multicenter immunologic research in children.</a> Journal of Immunological Methods. 339, 82-89 (2008).</li>
<li>Xu, R., Ye, P., Luo, L., Wu, H., Dong, J., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+efficient+method+for+DNA+purification+from+samples+of+highly+clotted+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">A simple and efficient method for DNA purification from samples of highly clotted blood.</a> Mol. Biotechnol. 46, 258-264 (2010).</li>
<li>Polychronakos, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fine+points+in+mapping+autoimmunity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Fine points in mapping autoimmunity.</a> Nature. 43, 1173-1174 (2011).</li>
<li>Cooper, J. D., Simmonds, M. J., Walker, N. M., Burren, O., Brand, O. J., Guo, H., Wallace, C., Stevens, H., Coleman, G., Franklyn, J. A., Todd, J. A., Gough, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seven+newly+identified+loci+for+autoimmune+thyroid+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Molecular+Genetics%22%5BJournal%5D)">Seven newly identified loci for autoimmune thyroid disease.</a> Human Molecular Genetics. , (2012).</li>
</ol>

利害の衝突は宣言されていない。

多くの人間の病気は、遺伝的な原因があり、人間の病気の遺伝的基礎を探求することは増加高品質のDNAが求められます。遺伝学的研究に使用されるDNAの最も一般的な原因は、全血を抗凝固される。ほとんどの臨床検査室では、生化学的な血清学、および表現型アウトカム調査の最初のステップのようなウイルスのテストを実行するので、血液がしばしばプラズマチューブに集められる。血漿の採取後、圧縮された血液は、多くの場合、破棄されます。したがって、DNA、遺伝子研究やテストを行うために必要とされる場合、追加の採血は、同じ患者から必要とされる。それは白血球が含まれているとして廃棄圧縮された血液はDNAの潜在的なソースを表す。したがって、プラズマチューブから圧縮された血液を使用すると、余剰の血を引くか、追加の血液のために患者をリコールする必要なく、より効率的に採取した血液サンプルを使用する機会を提供しています。 元に様々な方法圧縮された又は凝固した血液の白血球からのDNA管は6-10報告されている。これらの方法の課題のほとんどは、プラズマ収集管の設計と関連していた。前の血漿採集管が遠心分離、...

<table><tbody><tr><td>BD P100チューブ</td><td>BD Diagnostics</td><td>366448</td><td></td></tr><tr><td>EDTAチューブ</td><td>BD Diagnostics</td><td>367863</td><td></td></tr><tr><td>スクロース</td><td>Sigma</td><td>S9378</td><td></td></tr><tr><td>ゼムクリップ</td><td>事務用品</td><td></td><td></td></tr><tr><td>15 mlチューブ</td><td>Corning</td><td>430052</td><td></td></tr><tr><td>赤血球 (RBC)</td><td>Qiagen</td><td>158389 (キット)</td><td></td></tr><tr><td>リン酸緩衝生理食塩水 (PBS)</td><td>Thermo Scientific</td><td>SH30256.01</td><td></td></tr><tr><td>BioSprint 96 DNA Blood Kit (48)</td><td>Qiagen</td><td>940054</td><td></td></tr><tr><td>1.7 ml マイクロチューブ</td><td>Axygen</td><td>MCT-175-C</td><td></td></tr><tr><td>Human Immuno DNA Analysis BeadChip Kit</td><td>Illumina</td><td>WG-352-1001</td><td></td></tr><tr><td>ビーズアレイリーダー</td><td>Illumina</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>GenomeStudio ソフトウェア</td><td>Illumina</td><td>N/A</td><td></td></tr></tbody></table>

血漿タンパク保存用採血キットからゲノムdnaを抽出するために実用的で新手法

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

臨床検査は、血液の細胞または流体部分に行うことができる。別の採血管を使用することにより分析することができる血液（全血、血漿または血清）の一部を決定する。人間の疾患の遺伝的基礎を研究に携わる研究所は、ゲノム/遺伝子解析のためのDNAの供給源としてEDTA含有バキュテナーに収集凝固処理全血に依存しています。ほとんどの臨床検査室は、表現型のアウトカム調査の最初のステップとして、生化学的、血清学的およびウイルスのテストを実行するため、抗凝固処理血液もヘパリン含有チューブ（プラズマチューブ）に集められる。したがってDNAプラズマがゲノムおよびプロテオミクスデータの両方の同時並列分析のために必要とされる場合には、EDTAおよびヘパリンチューブの両方に血液を採取するのが通例である。血液は単一の管に収集し、血漿とDNAの両方の原因となることができれば、その方法は、既存のメタへ前進であると考えられるODS。プラズマ抽出後の圧縮された血液の使用は、このように処理された血液試料の量を最小化し、各患者から必要なサンプル数を減らすこと、ゲノムDNAの代替供給源を表す。これは、最終的に時間とリソースを節約できるでしょう。 血漿タンパク質保存用BD P100血液採取システムは、ヒト血液から良好なタンパク質バイオマーカーの発見およびプロテオミクス実験を可能にし、血液のタンパク質含有量を安定させるために、前の血漿または血清採血管1よりも改善された方法として作成された。 BD P100管は、15.8、噴霧乾燥K2EDTA mlの凝固を防止し、血漿タンパク質を安定化するプロテアーゼ阻害剤の凍結乾燥された独自の広域スペクトルカクテルを含有する。また、遠心分離後、血漿および細胞ペレット間の物理的障壁を提供する機械的なセパレータを含む。いくつかの方法は、凝固した血液のsaからDNAを抽出するために考案されているmples古いプラズマチューブ2-4に収集。これらのメソッドからの課題は、主にチューブ（ゲル·セパレータ）の内部セパレータの種類に関連付けられており、凝固した血液の回収が困難である、断片化や血栓を分散させるの不便さ、および分離ゲルによって血栓抽出の閉塞を含まれていた。 私たちは、新しいBD P100チューブに採取した血液からゲノムDNAを抽出し、浄化する最初の方法を提示する。私たちは、P100のチューブからEDTA管からそれにDNAサンプルの品質を比較。我々のアプローチは、シンプルかつ効率的である。 2）機械的なセパレータの除去は、スクロースとの組み合わせを使用して、採血のための機械的なセパレータをプラズマBD P100（BD診断、スパークス、MD、USA）管の1）を使用する：これは、次の4つの主な手順が含まれ無菌クリップ金属フック、3）及び4白血球を含むバフィーコート層の剥離）からのゲノムDNAの単離軟膜は、通常の商業的なDNA抽出キット又は類似の標準プロトコルを使用する。

DNAの品質評価と濃度測定 P100_DNAsの収率はEDTA_DNAsのもの（ 表1、表2）よりも有意に低かった。その吸光度比260/280の値で表されるDNAの純度はP100_DNAとEDTA_DNAサンプルセット（ 表1および2）の両方に類似している。光スミア（ 図2）によって示されるように、いくつかの劣化が、EDTA_DNA試料中に見られるが、DNAの品質は、サンプルの各セット内でかなり均一である。劣化のより多くの兆しを見せEDTA_DNAsも減少DNA濃度を示した。 遺伝子型決定 EDTA_DNAsとP100_DNAsの両方の遺伝子型コールレートを比較した。彼らは同じような通話料金をもたらし、両内部ハップマップコントロールDNA（ 表3）に匹敵した。 <p class="jove_content"...

私たちは、血漿/血清学的検査のために採取した全血からゲノムDNAを単離する新たな方法を説明しています。血漿採取した後、圧縮された血液は、通常廃棄されます。当社の新規の方法は、既存の方法に比べて大幅な改善を表し、追加の血液を要求せず、単一のコレクションからのDNAやプラズマを利用できるようになります。

血漿タンパク保存用採血キットからゲノムDNAを抽出するために実用的で新手法

血液検査は、血液の細胞成分または液性成分に対して行うことができます。使用する採血管の種類によって、どの成分を……

このビデオでは、P 100チューブと呼ばれる新しいBDP 100血漿タンパク質保存システムからゲノムDNAを抽出するための、実用的かつ斬新な方法について説明します。血清や血漿保存チューブからの抽出は、これまでも一般的に行われてきた手順ですが、この新しいP 100チューブとここで紹介する抽出方法を組み合わせることで、より少ない労力で、より高品質なDNAを回収できる斬新で簡便なアプローチが可能になります。P 100チューブの内面には、カリウムEDTAおよびプロテアーゼ阻害剤がコーティングされています。これにより凝固が防止され、血漿タンパク質が安定します。遠心分離後に血漿を回収して検査することを目的として、これらのチューブに血液を採取します。P 100に含まれる血液は密度に基づいて層に分離し、上層に血漿、下層に赤血球、そしてその間に白血球が配置されます。これら2つの層の間にあるのがバフィーコートです。一般的に、これらのチューブは血漿を回収するために主に使用されます。抗体価やタンパク質レベルなど、いくつかの測定にこの血漿が用いられます。バフィーコートは通常廃棄されますが、このビデオで示すように、シーケンシング、ジェノタイピング、バイオマーカーの同定など、複数の解析に十分な量のDNAが含まれています。P one hundredsは、主にキャップ、チューブ、セパレーターの3つの構成要素で構成されています。機械的セパレーターは、バフィーコート層の直上まで移動します。バフィーコートにアクセスするためには、セパレーターからバフィーコートまでの距離を広げる必要があります。これは17% sucroseを添加することで達成されます。通常、バフィーコートはP 102と共に廃棄されますが、このビデオで示すように、-80°CフリーザーからP 100チューブを取り出す前に、この層からいくつかの分析テストを行うのに十分な量のDNAを容易に回収することが可能です。ウォーターバスを37°Cに予熱し、各P 100チューブをウォーターバスに入れ、約5分間インキュベートしてすべてのサンプルを融解させます。すべてのサンプルが完全に融解したら、セパレーターの上に残っている血清を除去します。次に、セパレーターの上に17% sucroseを5 mL加えます。sucroseを添加後、すべてのチューブを2,500 Gで20分間遠心分離します。これでセパレーターがチューブの上部に移動し、バフィーコートから分離したため、容易に除去することができます。70%エタノールをケミワイプにスプレーし、ペーパークリップのフックの表面全体を十分に拭いて滅菌させます。滅菌したペーパークリップを用いて、P 100チューブを45度の角度に保持します。セパレーターの縁をそっと上に引き上げ、バイオハザード袋へと誘導しながら、チューブからセパ

a-practical-novel-method-to-extract-genomic-dna-from-blood-collection

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

マイクロRNA(miRNA)は、遺伝子発現を調節する組織特異的な小さなノンコーディングRNAであり、肺がんの早期発見に理想的な候補となる可能性があります。注目のプロトコルでは、早期の肺がんスクリーニングのために、患者の血液サンプルからマイクロRNAを分離します。...

miRNA Extraction:血漿サンプルから miRNA を抽出する方法

このビデオでは、有機抽出とガラス繊維カラム濃縮を使用して、結腸直腸癌患者の血漿サンプルから循環マイクロRNAを抽出する方法を説明しています。miRNAは血清や血漿などの生体液中で安定しているため、がんの診断、予後、治療の意思決定とモニタリングに理想的な循環バイオマーカーとなっています。この方法は、患者の臨床転帰を予測できる新しい循環バイオマーカーを特定するのに役立ちます。...

循環miRNA抽出:有機抽出と低分子RNA濃縮により血漿サンプルからmiRNAを単離する方法

このビデオでは、ヒト血漿サンプルから循環する無細胞DNAまたはcfDNAを分離するシリカベースの膜手順について説明しています。cfDNAは、がんの診断と評価のための有望なバイオマーカーです。...

循環無細胞DNA(cfDNA)の単離:癌患者の血漿からcfDNAを抽出するためのシリカベースの膜手順

このビデオは、磁性ガラス粒子(MGP)を使用して全ヒトの血液から核酸を抽出する技術を示しています。これは、シリカでコーティングされた小さな磁気ビーズです。溶解バッファーを使用して血液細胞を溶解すると、放出された核酸がシリカ被覆MGPの表面に結合し、サンプルから分子が抽出されます。...

磁性ガラス粒子による血液からの核酸抽出法

TruTipは、多孔質モノリシック結合マトリックスがピペットチップ内に挿入される単純な核酸抽出技術である。これにより、試料調製フォーマットは、ほとんどの液体ハンドリング機器と互換性があり、高スループットの臨床応用およびサンプルタイプに多くの媒体を用いることができる。...

共通液ハンドリングロボットでTruTipテクノロジーを使用して臨床検体からのDNAやRNAのハイスループット、自動抽出

ここでは、定量的PCRにより検出された全血からのHIVプロウイルスDNAの簡単かつ迅速な紙ベースのDNA抽出方法を説明します。このプロトコルは、他の遺伝子マーカーを検出するか、代替的増幅方法を使用して使用するために拡張することができます。...

核酸の濾過単離：簡易迅速DNA抽出方法

本稿では、血清または血漿 dna のリアルタイム PCR...

血清およびリアルタイム PCR を用いたプラズマ コピー数検出

このプロトコルは、翻訳バイオマーカー分析に使用できる臨床試験サイトでの高品質PBMCおよび血漿バイオサンプルの臨床実施可能な調製を詳述する。...

バイオマーカー分析のための臨床試験サイトにおける単一の血液引き出しからの末梢血単核細胞ペレットと血漿の調製

本論文では、非侵襲的な液体生検法の詳細なプロトコルを紹介し、血液採取、血漿およびバフィーコート分離、cfDNAおよび生殖系列DNA抽出、cfDNAまたは生殖系列DNAの定量、cfDNA断片濃縮分析を含む。...

がん患者の血漿サンプルにおける無細胞DNAの検出

リキッドバイオプシーは、腫瘍学のトランスレーショナル研究へのアプローチに革命をもたらし、サンプルの収集、品質、および保管は、臨床応用を成功させるための重要なステップです。ここでは、ほとんどのトランスレーショナルリサーチラボで適用できる、下流の循環のないDNAアプリケーションのための標準化され検証されたプロトコルについて説明します。...

下流循環フリーDNAアプリケーションのための標準化されたリキッドバイオプシー前分析プロトコル

このプロトコールは、末梢血単核細胞の収集、保存、融解のためのアクセス可能なガイドを提供し、フローサイトメトリーやRNAシーケンシングなどのダウンストリーム分析やワークフローに適しています。プラズマとバフィーコートのコレクションも実演されます。...

全血からの生存率の高いヒト末梢血単核細胞の単離と凍結保存:初心者向けガイド

学ぶ P100採血管からゲノムDNAを抽出する新手法。血漿保存とDNA抽出を同時に行い、従来法より簡便で高品質なDNAを得られる。臨床検査の効率化に貢献する革新的な方法である。

血漿タンパク保存用採血キットからゲノムDNAを抽出するために実用的で新手法

さらに動画を探す