방법 논문
2025년 7월 8일
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| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| C. elegans 성장, 재배 및 장착 | |||
| 대장균 세균 균주, OP50 | Caenorhabditis 유전자 센터 | 오피50 | 예쁜꼬마선충을 위한 음식. 우라실 auxotroph. 대장균 B. 생물 안전성 레벨 1 |
| HSN GCaMP5+m체리 웜 균주 | Caenorhabditis 유전자 센터 | LX2004 | HSN에서 GCaMP5 및 mCherry 발현을 유도하기 위해 nlp-3 promoter를 사용하는 통합 transgene. 전체 유전자형 : vsIs183 [nlp-3p::GCaMP5::nlp-3 3'UTR + nlp-3p::mCherry::nlp-3 3'UTR + lin-15(+)], lite-1(ce314), lin-15(n765ts) X |
| LITE-1(CE314), LIN-15(N765TS) 전이유전자 준비를 위한 돌연변이 균주 | 저자 | LX1832 | pL15EK lin-15(n765ts) 구조 플라스미드를 사용한 미세주입 후 high-copy 전이유전자 회수를 위한 균주. 또한 청색광 민감도를 감소시키는 연결된 lite-1(ce314) 돌연변이를 가지고 있습니다. 요청에 따라 작성자가 사용할 수 있습니다. |
| pL15EK lin-15a/b 게놈 구조 플라스미드 | 저자 | pL15EK | LX1832 에 주입 후 형질전환 동물 회수를 위한 구조 플라스미드 LITE-1(CE314), LIN-15(N765TS) X 변형률 요청에 따라 작성자가 사용할 수 있습니다. |
| pKMC299 플라스미드 | 저자 | pKMC299 | nlp-3 promoter의 HSN에서 mCherry의 발현을 위한 플라스미드. nlp-3 3' 번역되지 않은 영역이 있습니다. |
| pKMC300 플라스미드 | 저자 | 피엠씨300 | nlp-3 promoter의 HSN에서 GCaMP5 발현을 위한 플라스미드. nlp-3 3' 번역되지 않은 영역이 있습니다. |
| 인산칼륨 일염기성 | 시그마 | P8281 | NGM 플레이트 준비용 |
| 인산칼륨 이염기성 | 시그마 | P5655 | NGM 플레이트 준비용 |
| 마그네슘 황산염 헵타하이드레이트 | 암레스코 | 662 | NGM 플레이트 준비용 |
| Calcium Chloride Dihydrate (염화칼슘 이수화물) | 알파 에자르 | 12312 | NGM 플레이트 준비용 |
| 펩톤 | 벡턴 디킨슨(Becton Dickinson) | 211820 | NGM 플레이트 준비용 |
| 소금 | 암레스코 | 241 | NGM 플레이트 준비용 |
| 콜레스테롤 | 알파 에자르 | A11470 | NGM 플레이트 준비용 |
| 한천, 세균 유형 A, 초순수 | 어피메트릭스 | 10906 | NGM 플레이트 준비용 |
| 60mm 페트리 접시 | 폭스바겐 | 25384-164 | NGM 플레이트 준비용 |
| 24 x 60mm 마이크로 커버 안경, #1.5 | 폭스바겐 | 제48393-251 | 벌레를 이미지화하는 커버 유리 |
| 22 x 22mm 마이크로 커버 안경, #1 | 폭스바겐 | 제48366-067 | 한천 덩어리의 상단을 덮는 커버 유리 |
| 투과광 베이스가 있는 실체현미경 | 라이카 | M50 | 벌레 변형 유지 관리, 스테이징 및 장착을 위한 해부 현미경 |
| 백금 이리듐 와이어, (80:20), 0.2mm | 알파 에자르 | AA39526-BW | 웜 전송용 |
| 칼슘 이미징 현미경 | |||
| 방진 에어 테이블 | 티엠씨 | 63-544 | Micro-g '랩 테이블 30 "x 48"진동 방지 테이블 (25mm 상단에 4 인치 CleanTop M6 |
| 도립 복합 현미경 | 자이스 | 431007-9902-000 | Axio Observer.Z1 도립 현미경 |
| 사이드포트 L80/R100(3위치) | 자이스 | 425165-0000-000 | 출력의 20%를 명시야(CMOS) 카메라로, 80%를 형광(sCMOS) 카메라로 전환 |
| 틸트 백 일루미네이션 캐리어 | 자이스 | 423920-0000-000 | 적외선/행동 이미징용 |
| 램프 하우징 12V / 100W (콜렉터 포함 | 자이스 | 423000-9901-000 | 적외선/행동 이미징용 |
| 할로겐 램프 12V/100W | 자이스 | 전화: 380059-1660-000 | 적외선/행동 이미징용. 백색광 LED는 상당한 적외선을 방출하지 않으므로 적외선 대역 통과 필터 후 명시야 이미징을 허용하지 않습니다 |
| 할로겐 램프용 32mm 적외선 대역 통과 필터(750-790nm) | 자이스 | 447958-9000-000 | BP 750-790; DMR 32mm, 명시야 및 거동을 위한 적외선 조명용 |
| 6-필터 콘덴서 터렛(LD 0.55 H/DIC/Ph), 전동 | 자이스 | 424244-0000-000 | 적외선/행동 이미징용 |
| 콘덴서 & 셔터 | 자이스 | 423921-0000-000 | 적외선/행동 이미징용 |
| 적외선 CMOS 카메라용 광관이 있는 양안 접안렌즈 | 자이스 | 425536-0000-000 | 적외선/행동 이미징용 |
| 접안렌즈 10x, 23mm | 자이스 | 444036-9000-000 | 한천 청크의 웜 현지화 |
| C-마운트 어댑터 2/3" 0.63x 확대경 | 자이스 | 426113-0000-000 | 적외선 CMOS 카메라용 마운트 |
| 적외선 명시야 및 동작을 위한 CMOS 카메라(1" 센서) | FLIR(구 Point Grey Research) | GS3-U3-41C6NIR-C | 명시야 이미징을 위한 카메라 |
| USB 3.0 호스트 컨트롤러 카드 | FLIR(구 Point Grey Research) | ACC-01-1202 | Fresco FL1100, 4포트 |
| 8핀, 1m GPIO 케이블, Hirose HR25 원형 커넥터 | FLIR(구 Point Grey Research) | ACC-01-3000 | TTL 트리거링용 케이블. 녹색 선은 GPIO3 / 핀 4에 연결되고 갈색 선은 접지 / 핀 5에 연결됩니다 |
| 플랜-아포크로맷 20x/0.8 WD=0.55 m27 | 자이스 | 420650-9901-000 | 배율, 개구수 및 작동 거리의 최적 조합 |
| 6-큐브 리플렉터 터렛, 전동 | 자이스 | 424947-0000-000 | 형광 이미징용 |
| 형광 라이트 트레인, 전동 | 자이스 | 423607-0000-000 | 형광 이미징용 |
| 형광 셔터 | 자이스 | 423625-0000-000 | 형광 이미징용 |
| GFP 및 mCherry 이중 여기 및 방출 필터 큐브(현미경용) | 자이스 | 제489062-9901-000 | FL 필터 세트 62 HE BFP+GFP+HcRed 형광 이미징용 |
| LED 조명 시스템 | 자이스 | 423052-9501-000 | 형광등 조명용 트리거 가능한 Colibri.2 LED 시스템 |
| GFP LED 모듈(470nm) | 자이스 | 423052-9052-000 | GFP 형광 여기를 위한 Colibri.2 LED |
| mCherry LED 모듈(590nm) | 자이스 | 423052-9082-000 | mCherry 형광 여기를 위한 Colibri.2 LED |
| 입사광 장비용 아이리스 스톱 슬라이더 | 자이스 | 000000-1062-360 | LED 조명을 카메라 시야로 제한하는 필드 조리개 조리개 |
| C-마운트 어댑터 1" 1.0x | 자이스 | 426114-0000-000 | 이미지 스플리터 및 sCMOS 형광 카메라용 어댑터 |
| 이미지 분할 | 하마마쓰 | A12801-01 | Gemini W-View, 다른 이미지 스플리터를 사용할 수 있지만 sCMOS 카메라의 큰 센서 크기에 최적화되지 않을 수 있습니다. |
| GFP / mCherry 이색성 거울 (이미지 스플리터) | 셈록 | 디02-R594-25X36 | mCherry 및 적외선 신호에서 GCaMP5 분할 |
| GFP 방출 필터(이미지 스플리터) | 셈록 | FF01-525/30-25 | GCaMP5 형광 캡처 |
| mCherry/ 발광 필터(이미지 분할기) | 셈록 | FF01-647/57-25 | 이 필터는 명시야 이미징에 사용되는 적외선을 제외하는 데 필요합니다 |
| 형광용 sCMOS 카메라(1" 센서) | 하마마쓰 | A12802-01 / C11440-22CU | 오르카 플래시 4.0 V2. 최신 모델은 센서의 개별 절반에서 별도의 이미지 획득 설정을 허용하여 이미지 스플리터와 함께 2채널 이미지를 획득할 수 있습니다 |
| 전동 XY 스테이지 | 메르자흐호이저 | IM 130 x 100 스캔 | 스테이지 이동; 이 스테이지의 XY 해상도는 스텝당 0.2μm입니다 |
| XY 스테이지 컨트롤러(조이스틱 포함) | 러들 | MAC6000, XY 조이스틱 | 웜의 수동 추적. MAC6000 컨트롤러는 232 보드로 구성된 직렬(RS-115200) 포트를 통해 PC에 연결해야 합니다 |
| 디지털 수집 보드(DAQ) | 아두이노 | 우노 | sCMOS 카메라에서 TTL 트리거를 수신합니다. Uno는 표준 Firmata 패키지와 함께 로드되어야 하며 컴퓨터 USB 포트는 57600 보드로 구성되어야 합니다. |
| BNC 수-BNC 수 케이블 - 6피트 | 호사 테크놀로지 | 호브6 | TTL 트리거링용 BNC 커넥터 |
| 금도금 BNC Male - SMA 수 동축 케이블(8.8") | UXCELL | 6.08642E+11 | 형광 카메라 트리거 출력을 연결하려면 |
| BNC 턴 헤드 어댑터 | 한텍 | RRBNCTH21 | BNC-바나나 플러그 어댑터(4mm) |
| BNC 암-암 커넥터 | 디아엡 | 20130530009 | 카메라의 BNC 출력을 바나나 플러그에 연결하기 위한 암-암 BNC 어댑터 |
| 무납땜 유연한 브레드 보드 점퍼 와이어 | 지&티 | GK1212827 | BNC 트리거 출력을 Arduiono DAQ에 연결합니다. 수에서 수로. |
| 고성능 워크스테이션 | 마방 | Z820 | Windows 7, 64GB RAM, 듀얼 제온 프로세서, 솔리드 스테이트 C: 드라이브, 직렬(RS-232) 포트, 이더넷 연결을 위한 여러 PCIe3 슬롯, USB 3.0 카드 및 추가 솔리드 스테이트 드라이브 |
| M.2 솔리드 스테이트 드라이브 | 삼성 | MZ-V5P512BW | 이미지 데이터의 고속 스트리밍 및 분석 |
| 워크스테이션용 M.2 솔리드 스테이트 드라이브 어댑터 | 라이콤 | DT-120 | M.2 - PCIe 3.0 4레인 어댑터 |
| 네트워크 연결 스토리지 | 시놀로지 | DS-2415+ | 이미징 데이터 저장 및 분석 |
| 하드 디스크 드라이브 | 웨스턴 디지털 | WD80EFZX | RED 8TB, 5400RPM급 SATA 6Gb/s 128MB 캐시 3.5인치. 이미징 데이터 저장(10개 드라이브 + 2개 드라이브 이중화) |
| 소프트웨어 | |||
| 형광 획득 | 하마마쓰 | HC이미지 DIA | 20fps에서 2채널(GCaMP5 및 mCherry) 형광 이미지 시퀀스 기록 |
| 명시야 획득 | FLIR(구 Point Grey Research) | 플라이캡처 | 명시야 JPEG 이미지 시퀀스 기록 |
| 스테이지 직렬 포트 리더 | 분재 | https://bitbucket.org/horizongir/bonsai | 동작 중 웜 추적을 용이하게 합니다. |
| LED 컨트롤러 소프트웨어 | 자이스 | 마이크로 툴박스 테스트 2011 | Colibri.2 장치의 다양한 LED에 대한 강도 및 트리거 입력을 설정하려면 |
| 이미지J | 국립보건원(NIH) | https://imagej.net/Fiji/Downloads | Ratiometric Quantitation 소프트웨어로 가져오기 위해 이미지 염기서열 및 형식 변경 사항을 간단하게 검토 |
| 뛰어나다 | 마이크로소프트 | 제2002984-001-000001 | MATLAB 분석을 위해 Volocity에서 쉼표로 구분된 값 데이터의 부분 집합을 생성하는 데 사용됩니다. |
| Peak 결과 | MATLAB을 | R2017a | Ratio peak feature 계산에 사용되는 스크립트 |
| 비율계량(Ratiometric) 정량 분석 | 퍼킨 엘머 | 볼로시티 6.3 | 비율계량 이미지 채널 계산, 객체 찾기를 위한 이미지 세분화 및 발견된 오브젝트의 비율 측정을 용이하게 합니다. |
| 스크립트 | |||
| AnalyzeGCaMP_2017.m | MATLAB을 | 평균 비율 및 XY 중심 스크립트 | 비율계량 출력을 .csv 형식으로 분석하고, 객체와 중심 위치를 통합하고, 비율 변화(ΔR/R)를 계산하고, 피크 및 피크 특징을 식별하고, 포스트스크립트 형식으로 플롯(주석이 달린 피크 포함 및 제외)을 작성합니다. 매트릭스 파일 가져오기의 경우 스크립트는 데이터를 analyzed, peaks 및 traces의 세 가지 폴더로 출력합니다. '분석된' 출력은 시간(s), 면적(제곱 미크론), 비율, X 중심(미크론), Y 중심(미크론) 및 ΔR/R의 6개 열(단위)로 구성된 통합 개체의 매트릭스 파일입니다.'Peaks' 출력은 발견된 피크의 시점, 진폭(ΔR/R 단위), 피크 너비(s), 그리고 봉우리의 탁월함. 'Traces' 출력은 칼슘 미량의 포스트스크립트 파일입니다. |
| XY-stage-final.분재 | 분재 | TTL 트리거 DAQ 및 스테이지 위치 시리얼 포트 리더 | X 및 Y s를 기록합니다.tag연결된 Arduino가 프레임 노출 중에 sCMOS 카메라로부터 포지티브 TTL 신호를 수신할 때 e 위치(미크론 단위). 스크립트는 프레임 번호, X 위치(미크론), Y 위치(미크론) 및 프레임 간 경과 시간(일반적으로 20fps로 녹화할 때 ~50msec)의 4개 열이 있는 .csv 파일을 작성합니다.이 출력의 X 및 Y 스테이지 위치(각각 열 2 및 3)는 AnalyzeGCaM의 X 및 Y 중심 위치에 추가됩니다 |
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