여기에서 우리는 커플이 프로테오믹스 기술, 즉 전기 영동 (2DE)와 질량 분석기 (MS) 2 차원, 차동 차 샘플 두 개 이상의 그룹 중 / 번역 후 변형 된 단백질을 발현 식별 할 수있는 프로토콜을 설명합니다. 이 방법은, 실험과 함께 기능성, 예후 마커 / 치료 대상의 식별 및 특성을 허용한다.
방법 논문
여기에서 우리는 커플이 프로테오믹스 기술, 즉 전기 영동 (2DE)와 질량 분석기 (MS) 2 차원, 차동 차 샘플 두 개 이상의 그룹 중 / 번역 후 변형 된 단백질을 발현 식별 할 수있는 프로토콜을 설명합니다. 이 방법은, 실험과 함께 기능성, 예후 마커 / 치료 대상의 식별 및 특성을 허용한다.
종양의 개시 및 진행에 관여하는 분자의 확인은 환자의 임상 적 관리를 위해, 그 결과로서, 질병의 이해를위한 기초 생물학이고. 본 연구에서 우리는 만성 림프 구성 백혈병 (CLL)의 진행에 관여하는 분자의 식별을위한 최적화 프로테오믹스 방법을 설명한다. 구체적으로, 백혈병 세포 용 해물은 2 차원 전기 영동 (2DE)에 의해 해결되고 2DE 젤의 "명소"로 시각화. 단백질체지도의 비교 분석은 질량 분석 (MS)에 의해 격리 포착하고 식별 (풍부하고 번역 후 변형의 관점에서) 서로 다르게 발현 된 단백질의 식별을 할 수 있습니다. 확인 된 후보의 생물학적 기능은 우리가 주 백혈병 세포에 최적화 된 것으로, 다른 분석 (즉, 마이그레이션, 접착력과 F-액틴의 중합)에 의해 테스트 할 수 있습니다.
만성 림프 구성 백혈병 (CLL), 서양 국가에서 가장 일반적인 성인 백혈병, 단일 클론 양성 CD5 + B 림프구의 축적에서 파생 임상 적으로 매우 이질적이다. 그것은 단일 클론 B 세포 림프구 (MBL) 1,2,3 정의 사전 백혈병 형태로서 존재할 수있다. 질병 중 하나 나태한 임상 경과와 함께 나타날 수있는 다른 경우에, 그 치료를 필요로하기 전에 년 동안 안정적으로 유지하거나 실력을 예후 진보적 chemorefractory 질환 등의 치료에도 불구하고. 마지막으로, 자주 치명적인 고 등급 림프종 (리히터 증후군-RS) 2,3,4로 진행 할 수 있습니다. 좋고 나쁜 예후, 질병의 결과 및 생존 예측 인자에 대한 보완적인 정보를 제공 예후 인자의 집합을 기반으로 : 환자는 일반적으로 두 가지 주요 부분 집합으로 분류된다. 임상 적 이질성 가능성이 생물학적 이질성을 반영한다. 유전, 미세 환경 및 CE의 수llular 요인은 더 통합 메커니즘 5 발견되고 있지만 질병의 발병 기전에 동의하는 것으로 나타났다. 상세하게는, 몇몇 연구는 질병의 임상 경과의 차이가 부분적으로 예후 값 6,7,8있는 일부 생물학적 마커의 존재 (또는 부재)에 의해 설명 될 수 있음을 증명하고있다. 이러한 데이터는 질병의 생물학을 더 잘 이해가 예후 표지자 및 치료 대상 모두의 식별 정보를 이용하여, 임상 병리학의 관리를 위해 추가적인 힌트를 제공 할 수 있다는 것을 보여 주었다.
본 연구의 목표는 다른 단백체 기법의 조합은 CLL의 발병과 진행에 관여하는 단백질의 동정에 사용할 수있는 방법을 보여주기위한 것이다. 우리의 접근은 함께 기본적인 단백질체 및 임상 데이터 (5)에 가입 할 수 있음을 보여준다.
선택된 환자에서 본 워크 플로우에서, 주 백혈병 세포(나쁜 예후가 좋은 VS) 격리하고 세포 용 해물이어서 단백체 맵을 얻기 위해 사용된다. 2DE 따라서 각 단백질의 생물학적 활성에 대한 간접적 인 정보를주는 번역 후 변형을 포함하는 세포 집단의 프로테옴 프로파일의 특성화를 허용한다. 전체 세포 용 해물은 그들의 분자량에 기초하여 단백질을 해결 폴리 아크릴 아미드 겔상에서 실행 번째 차원이어서, 등전점에 기초하여 제 적합 실행에 의해 해결된다. 프로테오믹스 맵의 비교 분석은 차등 발현 된 단백질의 동정을 허용 (모두 풍부하고 번역 후 변형의 관점에서) 절단 및 질량 분광법에 의해 분석 될 수 겔 반점. 각 후보의 역할은 다음 서로 다른 분석에 의해 악용 될 수 있습니다.
현재 원고 CLL에 제한이 방식은, 쉽게 따라서 proteomi에 대한 정보를 제공하는 다른 질병 / 샘플로 확장 될 수있다(최저 대 비자극, 야생형 대 자극 정상 대 병리 즉,) 두 군 사이에 C / 생물학적 차이.
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참고 : 모든 조직 샘플이 산 라파엘 병원 (밀라노, 이탈리아)의 기관 심사위원회의 승인을 얻을 수 있었다.
1 인간의 조직 샘플 및 세포 정제 (그림 1)
참고 : 백혈병 림프구 멀리건 등에 따라, CLL 환자의 말초 혈액 (PB)에서 얻은 진단을받은 9.
PB 1.1) 백혈병 세포 분리
1.2) 순도 평가
참고 : 모든 준비의 순도는 99 % 이상으로 항상 있어야합니다.
1.3) 샘플 저장
2 이차원 전기 영동 (2-DE) (그림 2)
2.1) Isoelectrofocusing (IEF)
2.2) SDS-PAGE
제조 젤 2.3) 실버 스테인
| 해결사 | 50 % 메탄올 12 % 아세트산 0.05 % 포르말린 | 2 시간 (또는 야간) * |
| WASH BUFFER | 35 % Ehanol | 20 분 (단계를 세 번 반복) |
| 과민성 | 0.02 % 티오 황산나트륨 | 2 분 |
| WASH | H 2 O | 5 분 (단계를 세 번 반복) |
| 질산은 | 0.2 % 질산은 0,076퍼센트 포르말린 | 20 분 |
| WASH | H 2 O | 1 분 (두 번 단계를 반복) |
| 개발자 | 6 % 탄산나트륨 0,0004 % 티오 황산나트륨 0.05 % 포르말린 | 염색은 충분까지 |
| STOP | 50 % 메탄올 | 30 분 |
| * 둘의 시간은 최소 시간은 단백질 고정이 필요합니다 |
표 1.
참고 : 단백질 반점은 MS 호환 실버 스테인 (11)와 젤을 염색하여 시각화 할 수 있습니다. 모든 솔루션은 필요실버 염색은 표 1에 나열되어 있습니다.
2.4) 젤 수집 및 분석
MALDI-TOF MS 분석에 의해 3 단백질 식별 (그림 3)
3.1) 단백질 소화
3.2) 질량 분광법 분석 (말린 방울 기법)
(4) 세포 골격 활동 분석 실험 (그림 4)
참고 : 재현 탁 세포는 완전한 RPMI (10 6 세포 / 200 μL)에서 1 단계에서 정제.
4.1) 마이그레이션 분석. 이 테스트는 분석 세포 (림프구)의 철새 용량의 정량화 할 수 있습니다. 6.5 mm 직경과 5.0 μm의 세공 크기의 트랜스 웰 챔버를 사용 중으로 분석을 수행한다. 상이한 세포 유형의 경우 기공의 크기와 이동 시간 (단계 4.1.3)를 최적화한다.

4.2) 접착 분석. 이 분석은 세포의 부착 능력을 측정한다. 회 반복 분석을 수행합니다.

4.3) 중합 분석. 이 F-액틴의 중합을 정량화 비색 분석이다. 회 반복 분석을 수행합니다.

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우리는 차 백혈병 B 세포 만성 림프 구성 백혈병 환자의 PB를 형성 고립 된 우리는 프로테옴지도를 분석 하였다. 샘플 (N = 104)는 각 환자 (좋은 예후 대 나쁜 예후)과 2DE 젤의 비교 분석이 수행 된 임상 기능에 따라 두 가지 주요 부분 집합으로 그룹화 하였다.
분석을 허용 차등이 부분 집합 사이에 표현 명소의 식별 (번역 후 변형의 변화를 암시하는 존재 / 부재 또는 겔에 변화의 관점에서, n은 ≈ 16). 우리는 MALDI 판에 발견 된 2DE 젤에서 감소 및 알킬화되고, 단백질은 트립신 상층 액에서 펩타이드로 분해 된 후 선택한 지점을 절제. 스펙트럼은 MALDI-TOF 보이저 DE에서 획득 하였다. 그 결과 피크 목록은 마스코트와 심오한에 제출했다. 특정 질량 공차 내의 대중 간주 단백질로 데이터베이스의 펩티드 서열을 할당하고 조립이 특정 확률 점수 (그림 3)을 통과하면 확인했다. 이 분석함으로써 우리는 주로...
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이 원고의 목적은이 방법은 다른 질병 및 / 또는 다른 종류의 시료 16 ~ 18로 확장 될 수있다하더라도, CLL의 병인에 관여하는 분자의 식별을 위해 최적화 된 프로토콜을 설명하는 것이다. 나쁜 예후 19 대 좋은 CLL 환자의 두 부분 집합의 프로테옴 프로파일을 비교함으로써, 우리는 그들이 HS1의 인산화 상태에 차이가 있고 정품 인증은 백혈병 세포의 부착 및 이동 용량 영향을 미친다는 것을 보여 주었다.
다른 방법에 대해서는, 원고, 2DE 젤, MS에서 제시 단백체 기술의 주요 장점은, 그들이 셀 프로테옴의 전체 지문을 제공하며, 가장 중요한 그들이 단백질의 번역 후 변형에 대한 정보를 제공한다는 것이다. 차등 적 인산화 또는 당화 아르 단백질은 젤에서 자신의 위치를 변경하고, 가능성이 세포에 자신의 활동을 변경합니다.
"ove_content는> 또한, 우리는 세포 골격 기능을...액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
저자는 공개할 것이 없습니다.
우리는 림프 악성 종양 단위, 엘리사 열 하켄, 리디아 Scarfò, 마시모 알레, 안토니오 콘티, 안젤라 BACHI, 안젤라 카타 네오 감사합니다.
이 프로젝트에 의해 지원되었다 : Associazione Italiana의 당 라 Ricerca 술 Cancro AIRC (탐정 그랜트와 특별 프로그램 분자 임상 종양 - 5 밀레 번호 당 9,965)
CS 및 BA는 연구 설계 실험을 수행, 데이터를 분석하고 원고를 썼다. MTSB는 UR, FBPR 원고를 작성하는데 도움을. PG와 FCC는 연구 제공 환자의 샘플과 임상 데이터를 디자인했다.
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| α- 시아노-4-하이드록시신남산 | SIGMA | C2020-10G | |
| 트리플루오로아세트산 | SIGMA | T6580 | |
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| RosetteSep 인간 B 세포 농축 칵테일 | STEMCELL | 15064 | |
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| CD14 | BD | 345785 | PE |
| CD16 | BECKMAN COULTER | 082A07767 | PC5 |
| CD56 | BECKMAN COULTER | 082A07789 | PC5 |
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| DTT | SIGMA | D9163-5G | |
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