0 조회수 • 3:47 분 • April 28th, 2025
사후 인간 뇌 조직에서 분리된 뉴로멜라닌 과립(NMG)에서 추출한 펩타이드로 시작합니다.
도파민 생성 뉴런에서 발견되는 NMG에는 뉴로멜라닌 색소, 단백질 및 지질이 포함되어 있습니다.
소수성 리간드로 기능화된 실리카 기반 고정상을 포함하는 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC) 컬럼을 사용합니다.
펩타이드를 컬럼에 로드합니다.
소수성 펩타이드는 친수성 펩타이드보다 컬럼에 더 강하게 결합합니다.
열을 통해 용출 버퍼를 전달합니다.
소수성이 적은 펩타이드가 먼저 용리되고 소수성이 높은 펩타이드는 나중에 용리됩니다.
용출된 펩타이드는 질량 분석기의 전기 분무 이온화 소스로 들어가 하전 펩타이드 이온으로 이온화됩니다.
그런 다음 이온화된 펩타이드는 질량 분석기로 들어가 질량 대 전하비에 따라 분리됩니다.
선택된 펩타이드 이온은 충돌 셀로 향하고 더 작은 이온으로 단편화되어 질량 대 전하 비율이 다시 측정됩니다.
마지막으로 데이터를 참조 데이터베이스와 비교하여 NMG 샘플에 존재하는 단백질을 식별합니다.
문장에 설명된 대로 트립산 분해를 수행한 후, 불활성 질량 분석법 유리 바이알 입구에서 정의된 부피의 0.1% TFA에 200 내지 400나노그램의 시료 펩타이드를 용해시켜 HPLC-MS 분석을 위한 시료를 준비합니다. 시료 양이 적어 농도 측정이 적용되지 않는 경우 총 이온 전류를 비교하여 동일한 시료 로딩을 확인하십시오.
단백질체 원시 데이터 분석을 시작하려면 로드를 클릭하여 원시 파일을 소프트웨어에 로드합니다. 실험 설정을 클릭하여 샘플 이름을 할당합니다. 그룹별 파라미터를 정의하려면 탈아미드화 NQ, 산화 M 및 카르바미노메틸화 N-항을 변수 변형으로 선택하여 변형을 추가합니다. 그런 다음 카바미노메틸화 C를 고정 변형으로 첨가합니다. 소화 탭에서 트립신을 소화 효소로 선택합니다.
레이블이 없는 정량화 탭에서. LFQ 옵션을 추가합니다. 그리고 10개 이상의 파일을 처리해야 하는 경우 빠른 LFQ 옵션을 선택하여 처리 시간을 단축하십시오. 다른 모든 그룹별 매개변수가 공장 설정으로 유지되는지 확인하고 전역 매개변수 탭으로 이동하여 시퀀스 탭의 uniprot.org 에서 파생된 FASTA 파일을 추가합니다. 그에 따라 식별자 규칙을 수정하고 호모 사피엔스에 대한 분류 ID 9606을 추가합니다.
단백질 정량화를 위해 고유한 면도기 펩타이드를 선택하십시오. 그런 다음 라벨이 없는 정량화 탭에서 단백질 정량화를 위한 측정으로 iBAQ 옵션을 추가합니다. 다른 모든 전역 매개변수가 공장 설정으로 유지되는지 확인하고 시작을 클릭합니다. 분석이 성공적으로 수행된 후 단백질 그룹의 .txt 출력을 검색합니다.