Name: 플라즈마 단백질 보존을위한 혈액 수집 장비로부터 게놈 DNA를 추출하는 실제적이고 새로운 방법 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-05-18T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 43 s
Description: 배우세요 P 100 튜브를 활용한 게놈 DNA 추출 방법으로 혈액 한 번 채취로 플라즈마와 DNA를 동시에 확보할 수 있습니다. 이 기술은 기존 방법보다 간편하고 고품질의 DNA를 제공하여 유전체 연구와 진단에 활용됩니다.

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1. 시료 채취 <ol><li> 적절한 동의와 개인의 혈액 샘플을 수집합니다. 각 개인에 대한, P100 튜브 (BD 진단, 프랭클린 호수, NY, USA)에 혈액의 4 ~ 5 ML을 그립니다. 비교를 위해 동시에 EDTA 튜브에 혈액을 수집합니다. </li><li> BD P100 관은 15.8 ML 스프레이 건조 K2EDTA 응고를 방지하고 혈장 단백질을 안정화하는 단백질 분해 효소 억제제의 동결 건조 독점 넓은 스펙트럼 칵테일이 포함되어 있습니다. 또한 기계적 분리기가 포함되어 있습니다. 처리가 발생할 때까지 전체 혈액을 수집 한 후, 하룻밤에 60 분 동안 실온에서 모두 튜브를 유지합니다. </li><li> 실온에서 15 분 동안 2천5백g에서 BD P100 튜브를 원심 분리기. 마이크로 원심 분리기 튜브에 기계적 분리 위에서 수집 된 플라즈마를 전송합니다. </li><li> -80에서 분리 아래 압축 혈액을 포함, P100 튜브를 저장 ° C가 DNA 내선을 시작할 준비가 될 때까지raction. </li></ol> P100 튜브의 혈액 (P100_DNA)에서 2.1 <ol><li> P100 튜브 -80에 저장됩니다 ° C 혈장 추출 후. 3~4개월에서 5 분 (그림 1A)를위한 물을 욕조에 37 °에서 냉동 및 해동에서 압축 된 혈액을 포함하는 P100 튜브를 검색 할 수 있습니다. 분리 위에 앉아 남아있는 혈장을 제거합니다. 구분 위의 P100 튜브 (그림 1B)의 - 17 % 자당 용액 (게시되지 않은 데이터 집에서 테스트 그라데이션 용액) 2 ㎖를 추가합니다. 2천5백그램에서 20 분 동안 실온에서 튜브를 원심 분리기,이 프로세스는 튜브의 상단에 기계적 분리기를 밀어 버피 코트 (그림 1C) 등 솔루션의 세 가지 레이어를 생성합니다. 수동 steriled 갈고리 금속 클립 (그림 1D)를 사용하여 구분을 추출합니다. </li><li> 각 튜브 (그림 1D)에서 기계적 분리기를 검색 한 후, 제거하고 discarD 최고 자당 층. 멸균 15 ML 원뿔 튜브에 버피 코트 (BC) 계층을 나타내는 중간 계층, 전송합니다. 3 ML에 버피 코트 볼륨을 높이려면 인산 버퍼 식염수 (PBS)를 추가합니다. 제조업체의 권장 사항에 따라 Qiagen의 Puregene 혈액 키트의 시약을 사용하여 버피 코트에서 DNA를 추출, 2,500그램의 원심 분리 속도 (대신 2천g의)를 제외하고. </li><li> 적혈구 (RBC)를 용해하고 제거하는, 버피 코트 3 ㎖에 RBC 용해의 10 ML을 추가합니다. 각 튜브를 여러 번 반전하고 배양하는 동안 가끔 반전 10 분 실온에서 알을 품다. 5 분 2,500 g에서 각 혼합물을 스핀 다운 및 뜨는 폐기하십시오. 15 초 동안 세포 용해 용액과 소용돌이 3 ㎖ 각 튜브에 남아있는 펠렛을 처리합니다. 1 단백질 침전 용액의 mL를 15 초 동안 소용돌이와 해물을 취급합니다. </li><li> 5 분 2,500 g로 원심 분리 포함 신선한 15 ML 원뿔 튜브에 뜨는을 전송100 % 이소프로판올 3 ㎖. 3 분 2,500 g에서 새로운 튜브 10 배와 원심 분리기를 반전. 뜨는을 취소하고 70 % 에탄올 1 ML을 추가합니다. 원뿔 관에게 DNA 펠렛을 이동시키다 씻어 몇 번 반전. 1 분 2,500 g에서 원심 분리기. 펠렛은 상온에서 3 분 (거꾸로 튜브를 배치)에 대한 건조 후 10 분, 미리 표시 1.7 ML의 모세관로 전송하여 37 ° C에서 수분 보충 용액 250 ml의 DNA를 일시 중단 할 수 있습니다. -80에서 튜브를 저장 ° C를 사용하기 전까지. </li></ol> EDTA Ttube의 피 (EDTA_DNA)에서 2.2 <ol><li> 일상 immunohematology 테스트를위한 전체 혈액 K 2 EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산)의 10.8 밀리그램 스프레이 코팅 및 -80 ° C.에 저장 플라스틱 vaccutainer 튜브에 수집 튜브는 기계적 분리기를 포함하지 않기 때문에, DNA 추출은 기계적 분리기 (2.1.1 및 2.1.2)를 포함하는 단계를 포함하지 않습니다. </li><li> 혈액 저장, DN의 3~4개월 이내이 물총새 플렉스 (써모 피셔 과학, 보스턴, MA, USA)를 사용하여 추출됩니다. 그것은 자기 입자 기술을 기반으로하고 세포 용해 / DNA 바인딩, 여러 가지 세척 단계와 DNA의 용출로 구성 자동화 DNA 추출 시스템입니다. </li><li> DNA 추출에 사용되는 장비는 물총새 플렉스 24 DNA 혈액 키트 (Qiagen의, 독일)입니다. </li></ol> 3. DNA 수량 및 품질 평가 게놈 DNA의 양, 품질, 무결성 picogreen, 분광학 및 전기를 포함 방법의 조합에 의해 평가되었다. <ol><li> 게놈 DNA의 농도는 Nanodrop 분광 및 picogreen 정량에 의해 결정됩니다. </li><li> 순도 Nanodrop 분광 광도계에 280분의 260 비율 측정에서 결정됩니다. </li><li> 샘플 (500 NG)도 DNA의 무결성 (저하)를 평가하기 위해 1 % 아가로 오스 겔에로드됩니다. </li></ol> 4. GenotypinG 분석 실험 및 품질 관리 <ol><li> 다섯 P100_DNA와 해당 EDTA_DNA 샘플은 무작위로 지정 Immunochip (면역 DNA 분석 BeadChip)를 사용하여 추가 분석을 위해 선택됩니다. Immunochip는 196,524 다형성을 포함하는 Infinium 유전형 칩과 immunogenetic 연구 5를 위해 디자인된다. </li><li> 각 샘플은 DNA 200 NG는, 조각난 증폭 시켰던하고 적절한 하이브리드 버퍼에 재현 탁하고 있습니다. </li><li> 변성 샘플은 16 시간의 최소 48 ° C에서 Immunochips에 교배되어 있습니다. </li><li> 하이브리드 후에 Immunochips는 단일 염기 확장 반응과 스테인드에 대해 처리됩니다. </li><li> immunochips은 다음 Illumina의 Hiscan 비드 어레이 리더 정규화 된 비드 강도 데이터는 Illumina의 GenomeStudio 소프트웨어에로드 유전자형으로 변환을 사용하여 몇 군데 있습니다. 유전자형은 GenomeStudio의 autocalling 알고리즘을 사용하여 호출합니다. 의 품질 관리콜금리 &lt;95 %의 단일 염기 다형성의 배제 (SNPs를)를 volves. </li><li> SNP 통화의 환율을 immunochip 분석 효율의 척도로 사용됩니다. 그것은 자동 유전자형 할당을 받기에 충분한 신호 강도 및 품질을 달성 칩 (196524 SNP를 각각의 칩에 인코딩)에 대한 분석의 총 수의 백분율로 계산됩니다. 고품질 DNA는 (260 / 1.8 280 비율 이상 및 열화의 유무) immunochip 분석에 포함 된 HapMap 제어 DNA로 적어도 동일한 통화 비율을 달성 할 것으로 예상된다. 품질 관리는 콜금리 &lt;95 % 각 데이터 세트와 SNP는 제외를 포함한다. </li></ol>

<ol><li>Yi, J., Kim, C., Gelfand, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+intrinsic+proteolytic+activities+moderates+preanalytical+variability+and+instability+of+human+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteome+Research%22%5BJournal%5D)">Inhibition of intrinsic proteolytic activities moderates preanalytical variability and instability of human plasma.</a> Journal of Proteome Research. 6, 1768-1781 (2007).</li>
<li>Garg, U. C., Hanson, N. Q., Tsai, M. Y., Eckfeldt, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+and+rapid+method+for+extraction+of+DNA+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Simple and rapid method for extraction of DNA from fresh and cryopreserved clotted human blood.</a> Clinical Chemistry. 42, 647-648 (1996).</li>
<li>Salazar, L. A., Hirata, M. H., Cavalli, S. A., Machado, M. O., Hirata, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+procedure+for+DNA+isolation+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood+useful+in+clinical+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Optimized procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing.</a> Clinical Chemistry. 44, 1748-1750 (1998).</li>
<li>Xu, R., Ye, P., Luo, L., Wu, H., Dong, J., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+efficient+method+for+DNA+purification+from+samples+of+highly+clotted+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">A simple and efficient method for DNA purification from samples of highly clotted blood.</a> Molecular Biotechnology. 46, 258-264 (2010).</li>
<li>Cortes, A., Brown, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Promise+and+pitfalls+of+the+Immunochip%5BTitle%5D)+AND+%22Arthritis+Research+%26+Therapy%22%5BJournal%5D)">Promise and pitfalls of the Immunochip.</a> Arthritis Research & Therapy. 13, 101(2011).</li>
<li>Basuni, A. A., Butterworth, L. A., Cooksley, G., Locarnini, S., Carman, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+extraction+method+from+blood+clots+for+studies+requiring+both+host+and+viral+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Viral+Hepatitis%22%5BJournal%5D)">An efficient extraction method from blood clots for studies requiring both host and viral DNA.</a> Journal of Viral Hepatitis. 7, 241-243 (2000).</li>
<li>Kanai, N., Fujii, T., Saito, K., Tokoyama, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+simple+method+for+preparation+of+genomic+DNA+from+easily+obtainable+clotted+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Pathology%22%5BJournal%5D)">Rapid and simple method for preparation of genomic DNA from easily obtainable clotted blood.</a> Journal of Clinical Pathology. 47, 1043-1044 (1994).</li>
<li>Adkins, K. K., Strom, D. A., Jacobson, T. E., Seemann, C. R., O'Brien, D. P., Heath, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utilizing+genomic+DNA+purified+from+clotted+blood+samples+for+single+nucleotide+polymorphism+genotyping%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Pathology+%26+Laboratory+Medicine%22%5BJournal%5D)">Utilizing genomic DNA purified from clotted blood samples for single nucleotide polymorphism genotyping.</a> Archives of Pathology & Laboratory Medicine. 126, 266-270 (2002).</li>
<li>Siafakas, N., Burnett, L., Bennetts, B., Proos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonenzymatic+extraction+of+DNA+from+blood+collected+into+serum+separator+tubes%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Nonenzymatic extraction of DNA from blood collected into serum separator tubes.</a> Clinical Chemistry. 41, 1045-1046 (1995).</li>
<li>Everson, R. B., Mass, M. J., Gallagher, J. E., Musser, C., Dalzell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+DNA+from+cryopreserved+clotted+human+blood%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Extraction of DNA from cryopreserved clotted human blood.</a> BioTechniques. 15, 18-20 (1993).</li>
<li>Se Fum Wong, S., Kuei, J. J., Prasad, N., Agonafer, E., Mendoza, G. A., Pemberton, T. J., Patel, P. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+DNA+isolation+from+clotted+blood+extricated+rapidly+from+serum+separator+tubes%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">A simple method for DNA isolation from clotted blood extricated rapidly from serum separator tubes.</a> Clin. Chem. 53, 522-524 (2007).</li>
<li>Garg, U. C., Hanson, N. Q., Tsai, M. Y., Eckfeldt, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+and+rapid+method+for+extraction+of+DNA+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Simple and rapid method for extraction of DNA from fresh and cryopreserved clotted human blood.</a> Clin. Chem. 42, 647-648 (1996).</li>
<li>Salazar, L. A., Hirata, M. H., Cavalli, S. A., Machado, M. O., Hirata, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+procedure+for+DNA+isolation+from+fresh+and+cryopreserved+clotted+human+blood+useful+in+clinical+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Optimized procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing.</a> Clin. Chem. 44, 1748-1750 (1998).</li>
<li>Matheson, L. A., Duong, T. T., Rosenberg, A. M., Yeung, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+sample+collection+and+storage+methods+for+multicenter+immunologic+research+in+children%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Immunological+Methods%22%5BJournal%5D)">Assessment of sample collection and storage methods for multicenter immunologic research in children.</a> Journal of Immunological Methods. 339, 82-89 (2008).</li>
<li>Xu, R., Ye, P., Luo, L., Wu, H., Dong, J., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+efficient+method+for+DNA+purification+from+samples+of+highly+clotted+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">A simple and efficient method for DNA purification from samples of highly clotted blood.</a> Mol. Biotechnol. 46, 258-264 (2010).</li>
<li>Polychronakos, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fine+points+in+mapping+autoimmunity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Fine points in mapping autoimmunity.</a> Nature. 43, 1173-1174 (2011).</li>
<li>Cooper, J. D., Simmonds, M. J., Walker, N. M., Burren, O., Brand, O. J., Guo, H., Wallace, C., Stevens, H., Coleman, G., Franklyn, J. A., Todd, J. A., Gough, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seven+newly+identified+loci+for+autoimmune+thyroid+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Human+Molecular+Genetics%22%5BJournal%5D)">Seven newly identified loci for autoimmune thyroid disease.</a> Human Molecular Genetics. , (2012).</li>
</ol>

관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

많은 인간의 질병은 유전 적 원인을 가지고 인간의 질병의 유전 기초를 탐구하는 것은 증가하고 고품질의 DNA를 요구한다. 유전자 연구에 사용 된 DNA의 가장 일반적인 소스는 전체 혈액 항응고제 있습니다. 대부분의 임상 실험실 표현형 결과 조사의 첫 단계로, 생화학 적 혈청 및 바이러스 검사를 실시하고 있기 때문에, 혈액은 종종 플라즈마 튜브에 수집됩니다. 플라즈마를 수집 한 후, 압축 된 혈액은 종종 무시됩니다. 따라서, DNA가 유전 연구 또는 테스트를 수행하기 위해 필요한 경우, 추가 채혈은 동일한 환자에서 필요합니다. 그것은 백혈구가 들어 있으므로 폐기 압축 혈액 DNA의 잠재적 인 소스를 나타냅니다. 따라서, 플라즈마 튜브의 압축 된 혈액을 사용하면 과잉 혈액을 그리거나 추가 혈액 환자를 호출 할 필요없이보다 효율적으로 수집 된 혈액 샘플을 사용하는 기회를 제공합니다. 예를 다양한 방법압축 또는 응고 된 혈액의 백혈구에서 요로 DNA는 6-10보고되었습니다....

<table><tbody><tr><td>BD P100 튜브</td><td>BD Diagnostics</td><td>366448</td><td></td></tr><tr><td>EDTA 튜브</td><td>BD Diagnostics</td><td>367863</td><td></td></tr><tr><td>Sucrose</td><td>Sigma</td><td>S9378</td><td></td></tr><tr><td>종이 클립</td><td>사무용품</td><td></td><td></td></tr><tr><td>15 ml 튜브</td><td>Corning</td><td>430052</td><td></td></tr><tr><td>적혈구 (RBC)</td><td>Qiagen</td><td>158389 (kit)</td><td></td></tr><tr><td>인산완충생리식염수 (PBS)</td><td>Thermo Scientific</td><td>SH30256.01</td><td></td></tr><tr><td>BioSprint 96 DNA Blood Kit (48)</td><td>Qiagen</td><td>940054</td><td></td></tr><tr><td>1.7 ml 마이크로튜브</td><td>Axygen</td><td>MCT-175-C</td><td></td></tr><tr><td>Human Immuno DNA Analysis BeadChip Kit</td><td>Illumina</td><td>WG-352-1001</td><td></td></tr><tr><td>비드 어레이 리더 (Bead array reader)</td><td>Illumina</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>GenomeStudio 소프트웨어</td><td>Illumina</td><td>N/A</td><td></td></tr></tbody></table>

플라즈마 단백질 보존을위한 혈액 수집 장비로부터 게놈 dna를 추출하는 실제적이고 새로운 방법

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

실험실 테스트는 혈액의 세포 또는 액체 부분에서 수행 할 수 있습니다. 다른 혈액 수집 관의 사용은 분석 할 수있는 혈액 (전혈, 혈장 또는 혈청)의 부분을 결정합니다. 인간 질환의 유전 적 기초를 공부에 관련된 연구소 게놈 / 유전자 분석을위한 DNA의 소스로 EDTA를 함유 vacutainer에서 수집 된 항 응고 전체 혈액에 의존하고 있습니다. 대부분의 임상 실험실 표현형 결과 조사의 첫 단계로 생화학 적, 혈청 학적 및 바이러스 검사를 실시하고 있기 때문에, 항 응고 혈액은 헤파린 함유 튜브 (플라즈마 튜브)에 수집됩니다. DNA와 플라즈마 게놈과 프로테옴 데이터 모두를 동시에 병렬 분석에 필요한 그러므로 때, EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산)과 헤파린 튜브 모두에​​서 혈액을 수집하는 것이 관례이다. 혈액은 하나의 튜브에 수집 혈장과 DNA 모두에 대한 소스 역할을 할 수 있다면, 그 방법은 기존의 마약을 발전 간주됩니다ODS. 혈장 추출 후 압축 혈액의 사용은 이렇게 처리 된 혈액 샘플의 양을 최소화하고 각 환자에서 필요한 샘플 수를 줄여, 게놈 DNA의 대체 소스를 나타냅니다. 이것은 궁극적 시간과 자원을 절약합니다. 혈장 단백질 보존 BD P100 혈액 수집 시스템은 인간의 혈액에서 더 나은 단백질 바이오 마커 발견 및 프로테오믹스 실험을 가능하게 혈액의 단백질 함량을 안정화하기 위해, 이전의 혈장 또는 혈청 수집 관 1 이상 개선 된 방법으로 만들어졌습니다. BD P100 관은 15.8 분무 건조 K2EDTA ㎖의 응고를 방지하고 혈장 단백질을 안정화하는 단백질 분해 효소 억제제의 동결 건조 독점 넓은 스펙트럼 칵테일이 포함되어 있습니다. 또한 원심 분리 후 혈장과 세포 펠렛 사이에 물리적 인 장벽을 제공하는 기계적 분리기를 포함한다. 몇 가지 방법이 응고 혈액 SA에서 DNA를 추출하기 위해 고안되었습니다mples 오래된 플라즈마 튜브에 2-4 모았습니다. 이 방법의 문제는 주로 튜브 (겔 구분) 내부 분리기의 종류와 관련된 응고 혈액을 복구하는 어려움, 단편화 또는 응고 분산의 불편과 분리 겔 응고 추출 방해 하였다. 우리는 새로운 BD P100 튜브에 그려진 혈액에서 게놈 DNA를 추출하고 정화 첫 번째 방법을 제시한다. 우리는 P100 튜브에서 EDTA 튜브에서 그에게 DNA 샘플의 품질을 비교합니다. 우리의 접근 방식은 간단하고 효율적입니다. ) 혈액 수집, 2 기계적 분리기와 자당의 조합을 사용하여 기계적 분리기의 제거 및을 1) 플라즈마 BD P100 (BD 진단, 스파크, MD, USA)의 사용이 관 : 그것은 다음과 같이 네 가지 주요 단계를 포함 멸균 클립 금속 걸이, 3) 백혈구, 4를 포함 버피 코트 층의 분리)에서 게놈 DNA의 분리일반 상업 DNA 추출 키트 또는 유사한 표준 프로토콜을 사용하는 버피 코트.

DNA의 품질 평가 및 농도 측정 P100_DNAs의 수율 EDTA_DNAs (표 1과 2)에 비해 유의하게 낮았다. 그 280분의 260 비율 값으로 표시 DNA 순도 P100_DNA 및 EDTA_DNA 샘플 세트 (테이블 1과 2) 모두 비슷합니다. DNA의 품질은 샘플의 각 집합 일부 저하가 EDTA_DNA 샘플에서 볼 수 있지만, 같은 (그림 2) 빛 번짐으로 표시 내에서 비교적 균일 한 것입니다. 분해의 더 많은 징후를 보여 주었다 EDTA_DNAs도 감소 DNA 농도를 보였다. 유전자형 EDTA_DNAs 및 P100_DNAs 모두 유전자형 통화의 환율을 비교 하​​였다. 그들은 유사한 통화 요금이 나왔고 두 내부 HapMap 제어 DNA (표 3)을 비교...

우리는 플라즈마 / 혈청 수집 전혈로부터 게놈 DNA를 분리하는 새로운 방법을 설명합니다. 혈장 수집 후, 압축 된 혈액은 일반적으로 삭제됩니다. 우리의 새로운 방법은 기존의 방법에 비해 상당한 개선을 대표하고 추가 혈액을 요청하지 않고, DNA와 단일 컬렉션에서 사용할 수있는 플라즈마를 만든다.

플라즈마 단백질 보존을위한 혈액 수집 장비로부터 게놈 DNA를 추출하는 실제적이고 새로운 방법

실험실 검사는 혈액의 세포 성분 또는 액체 성분을 대상으로 수행할 수 있습니다. 서로 다른 혈액 채취 튜브의 사용 여부에 따라 ...의 어느 부분이 결정됩니다.

본 영상에서는 P 100 튜브라고 불리는 새로운 BDP 100 혈장 단백질 보존 시스템에서 게놈 DNA를 추출하는 실용적이고 새로운 방법을 설명합니다. 혈청이나 혈장 튜브에서 DNA를 추출하는 것은 과거에 꽤 일반적인 절차였으나, 이 새로운 P 100 튜브와 본 영상에서 제시하는 추출법의 조합은 훨씬 적은 노력으로 더 우수한 품질의 DNA를 회수할 수 있는 새롭고 더 간편한 접근 방식을 제공합니다. P 100 튜브의 내부는 potassium EDTA 및 프로테아제 억제제로 코팅되어 있습니다.이는 응고를 방지하고 혈장 단백질을 안정화합니다. 원심분리 후 테스트를 위해 혈장을 회수할 목적으로 이러한 튜브에 혈액을 수집합니다. P 100에 담긴 혈액은 밀도에 따라 층으로 분리되며, 상단에는 혈장, 하단에는 적혈구, 그리고 백혈구가 위치하게 됩니다.이 두 층 사이에 Buffy coat가 위치합니다. 이러한 튜브는 일반적으로 혈장을 회수하기 위한 목적으로 주로 사용됩니다. 항체 및 단백질 수치와 같이 이 혈장을 이용해 여러 가지 측정을 수행합니다.버피코트는 일반적으로 폐기되지만, 본 영상에서 보여주듯이 시퀀싱, 유전자형 분석, 바이오마커 식별 등을 포함한 여러 분석에 충분한 DNA를 함유하고 있습니다. P one hundreds는 캡, 튜브, 세퍼레이터의 세 가지 주요 구성 요소로 이루어져 있습니다. 기계적 세퍼레이터는 버피코트 층의 바로 위까지 이동합니다.버피코트(buffy coat)에 접근하려면 세퍼레이터(separator)와 버피코트 사이의 거리를 넓혀야 합니다. 이는 17% sucrose를 첨가함으로써 수행됩니다. 버피코트는 보통 P 102와 함께 폐기되지만, 본 영상에서 보여주듯이, -80°C 냉동고에서 P 100 튜브를 꺼내기 전에 여러 분석 테스트를 수행하기에 충분한 양의 DNA를 이 층에서 쉽게 회수할 수 있습니다.항온수조를 37°C로 예열한 다음, 각 P 100 튜브를 항온수조에 넣고 약 5분간 배양하여 모든 샘플을 해동합니다. 모든 샘플이 완전히 해동되면, 세퍼레이터 위에 남아 있는 혈청을 제거해야 합니다. 그 다음, 세퍼레이터 위에 17% sucrose 5 mL를 첨가합니다. sucrose를 첨가한 후, 모든 튜브를 2,500 ×g에서 20분 동안 원심분리합니다. 이제 세퍼레이터가 튜브 상단으로 이동하여 버피 코트(buffy coat)로부터 분리되었으므로, 쉽게 제거할 수 있습니다.화학용 와이프에 7

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

MicroRNA(miRNA)는 유전자 발현을 조절하는 조직 특이적이고 작은 비암호화 RNA이며 폐암의 조기 발견에 이상적인 후보가 될 수 있습니다. 주요 프로토콜에서는 조기 폐암 검진을 위해 환자의 혈액 샘플에서 microRNA를 분리할 것입니다.

miRNA 추출: 혈장 샘플에서 miRNA를 추출하는 방법

이 비디오는 유기 추출과 유리 섬유 컬럼 농축을 사용하여 대장암 환자의 혈장 샘플에서 순환 microRNA를 추출하는 방법을 설명합니다. miRNA는 혈청 및 혈장과 같은 생물학적 유체에서 안정적이므로 암 진단, 예후, 치료 의사 결정 및 모니터링을 위한 이상적인 순환 바이오마커입니다. 이 방법은 환자의 임상 결과를 예측할 수 있는 새로운 순환 바이오마커를 식별하는 데 도움이 될 것입니다.

순환 miRNA 추출: 유기 추출 및 Small RNA 농축을 통해 혈장 샘플에서 miRNA를 분리하는 방법

이 비디오는 인간 혈장 샘플에서 순환 무세포 DNA 또는 cfDNA를 분리하기 위한 실리카 기반 멤브레인 절차를 설명합니다. cfDNA는 암 진단 및 평가를 위한 유망한 바이오마커입니다.

순환 무세포 DNA(cfDNA)의 분리: 암 환자의 혈장에서 cfDNA를 추출하는 실리카 기반 멤브레인 절차

이 동영상은 실리카로 코팅된 작은 자성 구슬인 자성 유리 입자(MGP)를 사용하여 전혈에서 핵산을 추출하는 기술을 보여줍니다. 용해 완충액을 사용하여 혈액 세포를 용해시키면 방출된 핵산이 실리카로 코팅된 MGP의 표면에 결합하여 샘플에서 분자를 추출합니다.

혈액에서 자성 유리 입자 매개 핵산 추출 기법

TruTip은 다공성, 모 놀리 식 바인딩 행렬 피펫 팁에 삽입 그것에 간단한 핵산 추출 기술입니다. 따라서, 샘플 준비 형식은 대부분의 액체 취급 장비와 호환되며, 높은 처리량 임상 응용 및 샘플 유형에 여러 매체에 사용할 수 있습니다.

일반적인 액체 취급 로봇에 TruTip 기술을 사용하여 임상 샘플에서 DNA와 RNA의 높은 처리량, 자동 추출

우리는 여기에서 정량적 PCR에 의해 검출 된 전혈로부터 HIV 프로 바이러스 DNA의 단순하고 신속한 종이 기반의 DNA 추출 방법을 설명한다. 이 프로토콜의 다른 유전자 마커의 검출 또는 다른 증폭 방법을 이용하여 사용하기 위해 확장 될 수있다.

핵산의 여과 분리 : 간단하고 신속한 DNA 추출 방법

이 원고는 실시간 PCR 방법을 사용 하 여 혈 청 또는 플라스마 DNA에서 복사 번호 유사 분석을 설명 합니다. 이 방법은 거세 저항 전립선 암 환자에서 약물 저항의 예측에 적합 하지만 그것은 또한 다른 질병에 대 한 정보 수 있습니다.

혈 청 및 혈장 복사 번호 검출 실시간 PCR를 사용 하 여

이 프로토콜은 번역 바이오마커 분석에 사용될 수 있는 임상 시험 현장에서 고품질 PBMC 및 플라즈마 바이오샘플의 임상 구현 가능한 제제를 상세히 설명합니다.

바이오마커 분석을 위한 임상 시험 현장에서 단하나 혈액 무승부에서 말초 혈액 단핵 세포 펠릿 및 플라즈마의 준비

이 논문에서 우리는 혈액 수집, 혈장 및 버피 코트 분리, cfDNA 및 생식선 DNA 추출, cfDNA 또는 생식선 DNA의 정량화 및 cfDNA 단편 농축 분석을 포함한 비 침습적 액체 생검 기술에 대한 상세한 프로토콜을 제시합니다.

암 환자의 혈장 샘플에서 세포없는 DNA 의 검출

액체 생검은 종양학 번역 연구에 대한 우리의 접근 방식에 혁명을 일으켰으며, 샘플 수집, 품질 및 보관은 성공적인 임상 적용을위한 중요한 단계입니다. 여기에서는 대부분의 번역 연구 실험실에 적용 할 수있는 다운스트림 순환 프리 DNA 응용 프로그램에 대한 표준화되고 검증 된 프로토콜을 설명합니다.

다운스트림 순환 프리 DNA 응용을 위한 표준화된 액체 생검 사전 분석 프로토콜

이 프로토콜은 유세포 분석 및 RNA 염기서열분석과 같은 다운스트림 분석 및 워크플로우에 적합한 말초 혈액 단핵 세포를 수집, 보관 및 해동하기 위한 접근 가능한 가이드를 제공합니다. 플라즈마와 버피 코트 컬렉션도 시연됩니다.

전혈에서 매우 생존 가능한 인간 말초 혈액 단핵 세포의 분리 및 냉동 보존: 초보자를 위한 가이드

배우세요 P 100 튜브를 활용한 게놈 DNA 추출 방법으로 혈액 한 번 채취로 플라즈마와 DNA를 동시에 확보할 수 있습니다. 이 기술은 기존 방법보다 간편하고 고품질의 DNA를 제공하여 유전체 연구와 진단에 활용됩니다.

플라즈마 단백질 보존을위한 혈액 수집 장비로부터 게놈 DNA를 추출하는 실제적이고 새로운 방법

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