Name: 박테리아, 효모 및 인간 세포에서 일시적으로 형성된 분자 샤페론 어셈블리의 시투 모니터링 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-09-02T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 s
Description: 배우세요 근접 연결 분석법을 이용하여 박테리아, 효모 및 인간 세포에서 일시적으로 형성된 분자 샤페론 어셈블리를 시투 모니터링하는 방법을. 이 기술은 단백질 상호작용과 세포 단백질 항상성 연구에 활용됩니다.

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NBN은 빅토리아 주 정부와 호주 정부의 자금으로 모나시 대학 의학 간호 및 건강 과학 학부의 특별 모집 보조금에 의해 지원됩니다. 우리는 베른트 부카우 (ZMBH, 하이델베르크 대학, 독일) 및 Harm H. Kampinga (세포 및 시스템 학과, 그로닝겐 대학, 네덜란드) 시약의 귀중한 지원과 공유에 감사드립니다, 홀거 로렌츠 (ZMBH) 이미징 시설, 하이델베르크 대학, 독일) 공초점 현미경 및 이미지 처리와 그의 지원에 대한, 클레어 허스트 (ARMI, 모나시 대학, 호주) 원고의 비판적 독서.

1. 헬라 세포 준비
<ol><li>다음 자료를 준비: PBS (137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4,1.8 mM KH2PO4),pH 7.4; DMEM, 10% FCS와 1% 펜-스트렙으로 보충; PBS에서 4% 파라포름알데히드; PBS에서 0.5 % 트리톤 - X100; TBS-T (150 mM NaCl, 20 mM 트리스, 0.05% 트웬), pH 7.4; 0.0001 % 멸균 폴리 - L-리신 용액; 10 웰 진단 슬라이드; 습한 챔버; 티슈 페이퍼; 그리고 코플린 슬라이드 염색 항아리. 참고: 최적의 고정 효율을 보장하기 위해 파라포름알데히드 용액은 모든 실험 전에 신선하게 준비되어야 합니다.</li>
	<li>젖은 조직으로 닫힌 상자의 바닥을 덮어 습한 챔버를 준비하십시오. 실험을 시작하기 전에 습한 챔버를 37°C에 놓고, 효소 반응을 배양하면서 챔버 온도가 37°C에 있는지 확인합니다.</li>
	<li>T25 플라스크에서의 배양 헬라 세포는 5% CO2를 함유하는 37°C CO2 인큐베이터에서 10% FCS 및 1% 펜-스트렙으로 보충된 DMEM의5 mL(고당포도, 글루타메이트 및 나트륨 피루베이트 보충제)에서. 0.05% 트립신-EDTA를 사용하여 부착 세포를 해리. 해리 된 세포에 신선한 DMEM을 첨가 한 후 세포 계수 챔버를 사용하여 세포를 계산하고 습한 챔버 내부의 진단 슬라이드에서 성장하십시오.</li>
	<li>멸균 세포 배양 후드에서 UV-조사에 의한 진단 슬라이드를 30분 동안 살균합니다.</li>
	<li>실험에 필요한 각각의 웰에 0.0001% 폴리-L-리신을 여과된 멸균 100 μL을 첨가한다. 30 분 동안 배양. 50 μL 초순수로 각 우물을 3 x 세척하여 여분의 폴리 - L-리신을 씻어.</li>
	<li>HeLa 세포를 트립시니화하고 각 우물에 대략 15,000개의 세포를 추가합니다. 필요한 경우, 세포를 웰당 적어도 30-50 μL의 DMEM으로 희석한다.</li>
	<li>약 24 시간 동안 37°C 5% CO2 인큐베이터 내에서 습한 챔버에서 세포를 성장시려면 PLA를 시작하기 전에 세포가 60%-80% 동률이어야 한다. 참고: 컨플루도가 너무 높면 시약의 흡수가 감소하여 프로토콜이 끝날 때 얻은 신호가 감소합니다.</li>
	<li>우물 가장자리에 티슈 페이퍼를 놓아 매체를 제거합니다. PBS 50 μL로 우물을 3배 씻으소서. 참고: 세포는 액체가 가혹하게 첨가될 때 분리될 수 있습니다. 이것은 새로운 액체를 추가하기 전에 우물을 완전히 건조시키지 않고 새로운 액체를 우물 가장자리에 부드럽게 첨가하여 방지 할 수 있습니다.</li>
	<li>각 우물에 PBS에 갓 제조된 4% 파라포름알데히드 50 μL을 첨가하여 세포를 고정시. 실온에서 10 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>PBS에서 슬라이드를 3x 세척합니다. PBS 100 mL를 포함하는 코플린 슬라이드 염색 용기에서 세서를 수행합니다. 각 세척시, 흔들림없이 실온에서 5 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>코플린 슬라이드 염색 항아리에 PBS에서 0.5% 트리톤-X100의 100 mL로 슬라이드를 침수시킴으로써 세포막을 퍼메빌화한다. 흔들리지 않고 실온에서 10 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>TBS-T에서 슬라이드를 3배 씻으십시오. 100 mL의 TBS-T가 들어있는 코플린 슬라이드 염색 용기에서 세서를 수행합니다. 각 세척시, 흔들림없이 실온에서 5 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>마지막 세척 후, 티슈 페이퍼로 여분의 완충제를 제거하십시오. 이 시점에서 세포는 섹션 4에서 논의될 근접 결찰 분석 프로토콜에 대해 준비됩니다.</li>
</ol>2. S. 세레비시아 세포 준비
<ol><li>다음 물질을 준비한다: 100mM KPO 4, pH 6.5, 세척 완충제라고 한다; 37% 포름알데히드; 100 mM KPO4,pH 6.5에서 4 % 파라 포름 알데히드; 1.2 M 소르비톨 100mM KPO 4, pH 6.5; 리티케이스 용액(500 μg/mL 리티케이스, 20 mM β-메르카포에탄올,100 mM KPO 4, pH 6.5); 0.0001 % 폴리 - L-리신 용액; 1% 트리톤-X100 에서 100mM KPO 4, pH 6.5; 10 웰 진단 슬라이드; 습한 챔버 (단계 1.2에서와 같이 제조); 티슈 페이퍼; 그리고 코플린 슬라이드 염색 항아리. 참고: 최적의 고정 효율을 보장하기 위해 파라포름알데히드 용액은 모든 실험 전에 신선하게 준비되어야 합니다.</li>
	<li>비선택적 효모 추출물, 펩톤 및 덱스트로스(YPD) 배지에서 30°C에서 하룻밤 배양한 후 흔들어. 참고: 실험 요건에 따라 S. 세레비시아세포는 합성 완전(SC) 배지 또는 선택적 합성 최소체(SM) 배지에서 대신 재배될 수 있다.</li>
	<li>고정 배양을 20 mL 배지에서 0.1의 OD600으로 희석한다. OD 600이 0.5에 도달할 때까지 흔들면서 30°C에서 세포를 성장시다.</li>
	<li>20 mL 배양을 50 mL 원심 분리튜브로 옮김을 옮김. 665 x g에서 원심분리하여 세포를 3 분 동안 펠렛. 신선한 배지의 5 mL에서 세포를 다시 일시 중단하십시오.</li>
	<li>배양에 37% 포름알데히드의 550 μL을 첨가하여 세포를 고정시다. 실온에서 15분 동안 배양합니다.</li>
	<li>665 x g에서 원심분리하여 세포를 3 분 동안 펠렛. 세척 버퍼에서 갓 제조 된 4 % 파라 포름 알데히드의 1 mL에 펠릿을 다시 일시 중단하십시오. 실온에서 45 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>인큐베이션 동안, 각각의 웰에 0.01% 폴리-L-리신 용액의 100 μL을 첨가하여 진단 슬라이드를 준비한다. 실온에서 30 분 동안 슬라이드를 인큐베이션합니다.</li>
	<li>30분 후, 여분의 폴리-L-리신을 초순수로 씻어내고 슬라이드를 공기 건조시키세요. 드라이 슬라이드를 사용할 준비가 되었습니다.</li>
	<li>세척 버퍼 1 mL로 세포를 두 번 씻으하십시오. 665 x g에서 3 분 동안 세포의 원심 분리에 의해 세척을 수행합니다.</li>
	<li>665 x g에서 원심분리하여 세포를 3 분 동안 펠렛. 세척 버퍼에서 1.2 M 소르비톨의 1 mL에서 세포를 다시 중단하십시오.</li>
	<li>665 x g에서 원심분리하여 세포를 3 분 동안 펠렛. 세포벽을 소화하기 위해 갓 제조된 Lyticase 용액의 250 μL에서 펠릿을 다시 일시 중단합니다. 세포를 30°C에서 15분 동안 리티케이스 용액으로 배양하면서 흔들어.</li>
	<li>소화 후, 세포를 665 x g에서 원심분리하여 3분 동안 3회 세척하고 상류제를 제거합니다. 세척 버퍼에서 1.2 M 소르비톨의 250 μL에서 세포를 다시 중단시다. 참고: 세포는 세포 벽 소화 후에 깨지기 쉽기 때문에 세포를 손상시키지 않도록 매우 신중하게 다시 일시 중단하십시오.</li>
	<li>폴리-L-리신 코팅 슬라이드에 20 μL의 재부유 세포를 추가합니다. 30 분 동안 슬라이드에 부착 할 수 있습니다. 세척 버퍼의 50 μL로 우물을 3 x 세척하여 비 부착 세포를 씻어 내십시오.</li>
	<li>세척 버퍼에서 1% 트리톤-X의 50 μL로 3x세척하여 세포막을 투과시켜 세포막을 퍼메라빌화합니다. 참고: 이 시점에서 세포는 섹션 4에서 논의될 근접 결찰 분석 프로토콜에 대해 준비된다.</li>
</ol>3. 대장균 세포 준비
<ol><li>다음 자료를 준비: PBS-T (140 mM NaCl, 2 mM KCl, 8 mM K2HPO4,1.5 mM KH2PO4,0.05% 트웬-20), pH 7.4; 리소자임 용액(2 mg/mL 리소자임, 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM 포도당, 10 mM EDTA); 0.0001 % 폴리 - L-리신 용액; 99% 얼음-차가운 메탄올; 99% 실온 메탄올; 99% 아세톤; 10 웰 진단 슬라이드; 습한 챔버 (단계 1.1.1에서와 같이 제조); 티슈 페이퍼; 그리고 코플린 슬라이드 염색 항아리.</li>
	<li>루리아-베르타니(LB) 배지에서 30°C에서 하룻밤 배양한 후 흔들어 서 재배한다.</li>
	<li>고정 배양을 신선한 LB 배지에서 0.02의 OD600으로 희석한다. OD 600이 로그 상 세포에 대해 0.4에 도달할 때까지 흔들면서 30°C에서 세포를 성장시다.</li>
	<li>세포가 0.4의 OD600에 도달하기 약 15 분 전에, 각각의 우물에 0.0001 % 폴리 L-리신의 100 μL을 추가하여 폴리 L-리신 코팅 슬라이드를 준비합니다. 실온에서 30 분 동안 슬라이드를 인큐베이션합니다.</li>
	<li>30 분 후 여분의 폴리 -L-리신을 초순수로 씻어 내고 슬라이드를 공기 건조시키십시오. 드라이 슬라이드를 사용할 준비가 되었습니다.</li>
	<li>세포가 0.4의 OD600에 도달하면, 배양된 1 mL을 멸균 미세원원지 튜브 및 펠릿 세포로 2,650 x g에서 2분 동안 전달한다.</li>
	<li>LB 배지의 50 μL에서 세포를 다시 중단시다.</li>
	<li>얼음 차가운 99 % 메탄올 1 mL을 추가하여 세포를 수정하십시오. 손으로 매우 부드럽게 섞으세요. -20°C에서 30분 동안 세포를 배양한다.</li>
	<li>고정 후 폴리-L-리신 코팅 슬라이드에 세포의 20 μL을 추가한다. 슬라이드를 30분 동안 공기 건조시키십시오.</li>
	<li>세포벽을 소화하기 위해 각 우물에 갓 준비된 리소자임 용액 50 μL을 추가합니다. 25 °C에서 30 분 동안 습한 챔버에서 배양하십시오.</li>
	<li>우물 가장자리에 티슈 페이퍼를 추가하여 웰에서 리소자임 용액을 제거합니다. PBS-T의 100 mL에서 3 배 슬라이드를 세척하십시오. 코플린 슬라이드 염색 용기에 각 세척을 수행 30 s, 흔들리지 않고.</li>
	<li>티슈 페이퍼의 슬라이드를 눌러 슬라이드에서 세척 버퍼를 제거합니다.</li>
	<li>각 우물에 99% 메탄올의 50 μL을 첨가하여 세포막을 투과화한다. 실온에서 1 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>웰의 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 메탄올을 제거합니다.</li>
	<li>각 우물에 99% 아세톤의 50 μL을 추가합니다. 1 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>우물 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 여분의 아세톤을 제거합니다. 슬라이드를 공기 건조시키십시오. 이 시점에서 세포는 섹션 4에서 논의될 근접 결찰 분석 프로토콜에 대해 준비된다.</li>
</ol>4. 근접 결찰 분석
<ol><li>다음 자료 준비: 버퍼 차단; 항체 희석 버퍼; 워시 버퍼 'A'– (10 mM 트리스, 150 mM NaCl, 0.05% 트웬-20) pH 7.4; 워시 버퍼 'B'– (200 mM 트리스, 100 mM NaCl) pH 7.4; 항-토끼 이차 항체 PLUS; 항 마우스 이차 항체 MINUS; 5x 결찰 버퍼; 리가제; 5x 증폭 버퍼 (주황색: λex 554 nm; λem 576 nm); 중합효소; 초순수; 및 DAPI를 포함하는 마운팅 매체. 참고: PLA 검출 시약은 또한 변형 녹색 (λex 495 nm; λem 527 nm), 적색 (λex 594 nm; λem 624 nm), FarRed (λex 644 nm; λem 669 nm) 또는 브라이트필드 (고추냉이 퍼옥시다제 (HRP) 컨쥬게이스)를 참조하십시오.</li>
	<li>각 웰에 차단 버퍼 를 추가하여 셀을 차단합니다. 습한 챔버에서 37 °C에서 30 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>항체 희석 버퍼에서 재고 항체를 희석하여 항체 용액을 준비합니다. 각각의 웰에 대해 40 μL의 항체 용액이 요구된다.</li>
	<li>웰 의 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 차단 버퍼를 제거합니다. 각 우물에 항체 희석 버퍼에 희석된 항체 40 μL을 첨가합니다. 37°C에서 습한 챔버에서 60분 동안 배양하거나 4°C에서 하룻밤 동안 배양한다.</li>
	<li>우물 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 우물에서 항체 용액을 제거하십시오. 코플린 슬라이드 염색 용기에 100 mL의 워시 버퍼 'A'로 2x를 흔들어 주지 않고 5분 동안 세척합니다.</li>
	<li>세척 단계 동안, 5x 이차 항체 프로브, 항 토끼 PLUS 및 항 마우스 MINUS (프로브의 종 특이성은 사용되는 1 차 항체에 따라 다름), 항체 희석 버퍼를 희석한다. 잘 당 항체 용액 40 μL을 준비합니다.</li>
	<li>각 우물에 40 μL의 이차 항체 용액을 추가하십시오. 습한 챔버에서 37 °C에서 60 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>우물 의 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 우물에서 이차 항체 용액을 제거하십시오. 코플린 슬라이드 염색 용기에 100 mL의 워시 버퍼 'A'로 2x를 흔들어 주지 않고 5분 동안 세척합니다.</li>
	<li>세차하는 동안 잘 당 40 μL의 결찰 혼합물을 준비, 혼합하여 8 μL의 5x 결찰 버퍼, 31 초순수 및 1 μL의 리가아.</li>
	<li>각 우물에 결찰 혼합물 40 μL을 추가합니다. 습한 챔버에서 37 °C에서 30 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>우물 의 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 우물에서 결찰 혼합물을 제거합니다. 코플린 슬라이드 염색 용기에 100 mL의 워시 버퍼 'A'로 2x 를 흔들어 주지 않고 2분 동안 세척합니다.</li>
	<li>세차하는 동안 5x 증폭 용액 8 μL, 31.5 μL의 초순수 및 0.5 μL의 폴리머라아아제를 혼합하여 웰당 40 μL의 증폭 혼합물을 준비한다. 참고: 5x 증폭에는 형광 프로브가 포함되어 있습니다. 빛으로부터 이 혼합물을 보호하십시오. 또한 다음 각 단계에서 는 미끄럼을 빛으로부터 보호합니다. 반투명 코플린 슬라이드 염색 항아리와 습한 챔버를 사용하는 경우, 알루미늄 호일에 싸서.</li>
	<li>잘 당 40 μL의 증폭 혼합물을 추가합니다. 습한 챔버에서 37 °C에서 100 분 동안 배양하십시오.</li>
	<li>웰에서 증폭 혼합물을 제거합니다. 코플린 슬라이드 염색 용기에 100 mL의 워시 버퍼 'B'로 2x를 흔들지 않고 10분 동안 세척합니다.</li>
	<li>100 mL의 워시 버퍼 'B'로 슬라이드를 30 초고음의 코플린 슬라이드 염색 용기에 초순수로 1:100 희석시.</li>
	<li>슬라이드에 웰당 마운팅 매체가 포함된 DAPI 20 μL을 추가합니다. 커버 슬립으로 슬라이드를 닫고 매니큐어로 슬라이드를 밀봉하십시오.</li>
	<li>이미징의 경우, 즉시 10-15분 동안 마운팅 매체를 함유하는 DAPI를 배양하고 빛으로부터 보호합니다. 그렇지 않은 경우, 빛으로부터 보호된 최대 1주일 동안 슬라이드를 -20°C에 보관하십시오.</li>
</ol>5. 감지
<ol><li>공초점 현미경을 사용하여 20x/0.8 NA, 63x/1.4 NA 및 100x/1.4 NA Plan Apochromat 목표를 가진 HeLa, S. cerevisiae 및 대장균 세포의 이미지를 각각 획득합니다. 405 nm 펄스 다이오드 레이저로 DNA 염색 DAPI를 자극합니다. PLA 신호(본 연구의 경우)는 561 nm 솔리드 스테이트 레이저로 흥분한다.</li>
</ol>

<ol><li>Soderberg, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+observation+of+individual+endogenous+protein+complexes+in+situ+by+proximity+ligation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Direct observation of individual endogenous protein complexes in situ by proximity ligation.</a> Nature Methods. 3 (12), 995-1000 (2006).</li>
<li>Weibrecht, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proximity+ligation+assays%3A+a+recent+addition+to+the+proteomics+toolbox%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Review+of+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proximity ligation assays: a recent addition to the proteomics toolbox.</a> Expert Review of Proteomics. 7 (3), 401-409 (2010).</li>
<li>Mayer, M. P., Gierasch, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+the+structural+and+mechanistic+aspects+of+Hsp70+molecular+chaperones%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Recent advances in the structural and mechanistic aspects of Hsp70 molecular chaperones.</a> Journal of Biological Chemistry. 294 (6), 2085-2097 (2019).</li>
<li>Kampinga, H. H., Craig, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+HSP70+chaperone+machinery%3A+J+proteins+as+drivers+of+functional+specificity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional specificity.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 11 (8), 579-592 (2010).</li>
<li>Nillegoda, N. B., Bukau, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metazoan+Hsp70-based+protein+disaggregases%3A+emergence+and+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Metazoan Hsp70-based protein disaggregases: emergence and mechanisms.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 2, (2015).</li>
<li>Bracher, A., Verghese, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+nucleotide+exchange+factors+of+Hsp70+molecular+chaperones%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">The nucleotide exchange factors of Hsp70 molecular chaperones.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 2, (2015).</li>
<li>Nillegoda, N. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crucial+HSP70+co-chaperone+complex+unlocks+metazoan+protein+disaggregation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Crucial HSP70 co-chaperone complex unlocks metazoan protein disaggregation.</a> Nature. 524 (7564), 247-251 (2015).</li>
<li>Nillegoda, N. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+an+intricate+J-protein+network+driving+protein+disaggregation+in+eukaryotes%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Evolution of an intricate J-protein network driving protein disaggregation in eukaryotes.</a> Elife. 6, (2017).</li>
<li>Kirstein, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+properties+of+the+disaggregase+function+of+J-proteins+and+Hsc70+in+Caenorhabditis+elegans+stress+and+aging%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">In vivo properties of the disaggregase function of J-proteins and Hsc70 in Caenorhabditis elegans stress and aging.</a> Aging Cell. 16 (6), 1414-1424 (2017).</li>
<li>Nillegoda, N. B., Wentink, A. S., Bukau, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+Disaggregation+in+multicellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Biochemical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Protein Disaggregation in multicellular organisms.</a> Trends in Biochemical Sciences. 43 (4), 285-300 (2018).</li>
<li>Chae, C., Sharma, S., Hoskins, J. R., Wickner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CbpA%2C+a+DnaJ+homolog%2C+is+a+DnaK+co-chaperone%2C+and+its+activity+is+modulated+by+CbpM%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">CbpA, a DnaJ homolog, is a DnaK co-chaperone, and its activity is modulated by CbpM.</a> Journal of Biological Chemistry. 279 (32), 33147-33153 (2004).</li>
<li>Kityk, R., Kopp, J., Mayer, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Mechanism+of+J-domain-Triggered+ATP+Hydrolysis+by+Hsp70+Chaperones%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Molecular Mechanism of J-domain-Triggered ATP Hydrolysis by Hsp70 Chaperones.</a> Molecular Cell. 69 (2), 227-237 (2018).</li>
<li>Söderberg, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterizing+proteins+and+their+interactions+in+cells+and+tissues+using+the+in+situ+proximity+ligation+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Characterizing proteins and their interactions in cells and tissues using the in situ proximity ligation assay.</a> Methods. 45 (3), 227-232 (2008).</li>
<li>Benschop, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+consensus+of+core+protein+complex+compositions+for+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">A consensus of core protein complex compositions for Saccharomyces cerevisiae.</a> Molecular Cell. 38 (6), 916-928 (2010).</li>
<li>Jung, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+RNA-protein+interactions+in+situ+using+modified-MTRIPs+and+proximity+ligation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Quantifying RNA-protein interactions in situ using modified-MTRIPs and proximity ligation.</a> Nucleic Acids Research. 41 (1), (2013).</li>
<li>Mocanu, M. M., Váradi, T., Szöllosi, J., Nagy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fluorescence+resonance+energy+transfer+%28FRET%29+and+proximity+ligation+assay+%28PLA%29%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fluorescence resonance energy transfer (FRET) and proximity ligation assay (PLA).</a> Proteomics. 11 (10), 2063-2070 (2011).</li>
<li>Sekar, R. B., Periasamy, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+resonance+energy+transfer+%28FRET%29+microscopy+imaging+of+live+cell+protein+localizations%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Fluorescence resonance energy transfer (FRET) microscopy imaging of live cell protein localizations.</a> Journal of Cell Biology. 160 (5), 629-633 (2003).</li>
<li>Deriziotis, P., Graham, S. A., Estruch, S. B., Fisher, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigating+protein-protein+interactions+in+live+cells+using+bioluminescence+resonance+energy+transfer%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Investigating protein-protein interactions in live cells using bioluminescence resonance energy transfer.</a> Journal of Visualized Experiments. 87, (2014).</li>
<li>Nagy, P., Szöllosi, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proximity+or+no+proximity%3A+that+is+the+question+%E2%80%93+but+the+answer+is+more+complex%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry%22%5BJournal%5D)">Proximity or no proximity: that is the question – but the answer is more complex.</a> Cytometry. 75 (10), 813-815 (2009).</li>
<li>Hoetelmans, R. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+acetone%2C+methanol%2C+or+paraformaldehyde+on+cellular+structure%2C+visualized+by+reflection+contrast+microscopy+and+transmission+and+scanning+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Immunohistochemistry+%26+Molecular+Morphology%22%5BJournal%5D)">Effects of acetone, methanol, or paraformaldehyde on cellular structure, visualized by reflection contrast microscopy and transmission and scanning electron microscopy.</a> Applied Immunohistochemistry & Molecular Morphology. 9 (4), 346-351 (2001).</li>
<li>Schnell, U., Dijk, F., Sjollema, K. A., Giepmans, B. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immunolabeling+artifacts+and+the+need+for+live-cell+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Immunolabeling artifacts and the need for live-cell imaging.</a> Nature Methods. 9 (2), 152-158 (2012).</li>
<li>Stadler, C., Skogs, M., Brismar, H., Uhlen, M., Lundberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single+fixation+protocol+for+proteome-wide+immunofluorescence+localization+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteomics%22%5BJournal%5D)">A single fixation protocol for proteome-wide immunofluorescence localization studies.</a> Journal of Proteomics. 73 (6), 1067-1078 (2010).</li>
<li>Goldenthal, K. L., Hedman, K., Chen, J. W., August, J. T., Willingham, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postfixation+detergent+treatment+for+immunofluorescence+suppresses+localization+of+some+integral+membrane+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Histochemistry+%26+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Postfixation detergent treatment for immunofluorescence suppresses localization of some integral membrane proteins.</a> Journal of Histochemistry & Cytochemistry. 33 (8), 813-820 (1985).</li>
<li>Schrader, M., Almeida, M., Grille, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postfixation+detergent+treatment+liberates+the+membrane+modelling+protein+Pex11beta+from+peroxisomal+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22Histochemistry+%26+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Postfixation detergent treatment liberates the membrane modelling protein Pex11beta from peroxisomal membranes.</a> Histochemistry & Cell Biology. 138 (3), 541-547 (2012).</li>
<li>Willingham, M. C., Yamada, S. S., Pastan, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructural+antibody+localization+of+alpha2-macroglobulin+in+membrane-limited+vesicles+in+cultured+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Ultrastructural antibody localization of alpha2-macroglobulin in membrane-limited vesicles in cultured cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 75 (9), 4359-4363 (1978).</li>
<li>Aguilar-Uscanga, B., Francois, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+study+of+the+yeast+cell+wall+composition+and+structure+in+response+to+growth+conditions+and+mode+of+cultivation%5BTitle%5D)+AND+%22Letters+in+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A study of the yeast cell wall composition and structure in response to growth conditions and mode of cultivation.</a> Letters in Applied Microbiology. 37 (3), 268-274 (2003).</li>
<li>Romaniuk, J. A., Cegelski, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+cell+wall+composition+and+the+influence+of+antibiotics+by+cell-wall+and+whole-cell+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Philosophical+Transactions+of+the+Royal+Society+of+London.+Series+B%2C+Biological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Bacterial cell wall composition and the influence of antibiotics by cell-wall and whole-cell NMR.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 370, 1679(2015).</li>
<li>Salazar, O., Asenjo, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+lysis+of+microbial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+Letters%22%5BJournal%5D)">Enzymatic lysis of microbial cells.</a> Biotechnology Letters. 29 (7), 985-994 (2007).</li>
<li>Cunningham, A. F., Spreadbury, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterial+stationary+phase+induced+by+low+oxygen+tension%3A+cell+wall+thickening+and+localization+of+the+16-kilodalton+alpha-crystallin+homolog%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Mycobacterial stationary phase induced by low oxygen tension: cell wall thickening and localization of the 16-kilodalton alpha-crystallin homolog.</a> Journal of Bacteriology. 180 (4), 801-808 (1998).</li>
<li>Werner-Washburne, M., Braun, E., Johnston, G. C., Singer, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stationary+phase+in+the+yeast+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiological+Reviews%22%5BJournal%5D)">Stationary phase in the yeast Saccharomyces cerevisiae.</a> Microbiological Reviews. 57 (2), 383-401 (1993).</li>
</ol>

저자는 공개 할 것이 없다.

공동 면역 침전 및 공동 국소화 기반 접근법은 단백질 조립을 특성화하는 오랜 방법으로 사용되어 왔다. 과도하게 형성된 특정 샤페론 복합체의 검출은 이러한 전통적인 방법의 주요 과제이며, 그 결과, 이전의 발견은 주로 질적 해석으로 제한된다. 세포 용해 기지를 둔 공동 면역 침전 기술은 수시로 단백질 단백질 상호 작용을 안정시키기 위하여 가교를 요구합니다. 세포 용해는 일시적으로 형성된 샤페론 복합체를 방해할 위험을 증가시키는 반면, 가교는 비네이티브 상호작용을 유발할 수 있으며, 특히 대부분의 샤페론의 고유 "끈적거림"에 의해 유발됩니다. 공동 면역 침전을 사용하여 Hsp70 샤페론 시스템을 분석할 때, 잠재적인 아티팩트는 (a) 샤페론의 높은 발현 수준 및 (b) 멤브레인 또는 단백질 골재 결합 샤페론 기계와 관련된 용해도 문제에서 발생할 수 있습니다. 게다가, 공동 면역 침전 기지를 둔 기술은 관련되는 기능을 delineating를 위해 중요할 수 있던 붙잡힌 단백질 어셈블리의 세포 국소화에 아무 정보도 제공하지 않습니다. ...

세포 상호 작용에 대한 우리의 불완전한 이해로 인해 광대한 양의 유전체 정보는 해석할 수 없습니다. 화학적 가교 및 단백질 공동 국소화가 없는 단백질 공동 면역 침전과 같은 기존의 단백질-단백질 상호 작용 검출 방법론은 널리 사용되지만 다양한 단점을 제기합니다. 주요 단점 중 일부는 상호 작용의 가난한 정량화 및 비 네이티브 바인딩 이벤트의 잠재적인 도입을 포함 합니다. 비교에서, 새로운 근접 기반 기술은 세포에서 단백질 상호 작용을 포착하기위한 대안과 강력한 접근 방식을 제공합니다. 근접 결찰 분석(PLA)1은 현재 독점 키트로 사용할 수 있으며, 상호 작용하는 하위 단위의 근접에 기초하여 단백질 복합체를 구체적으로 표적화하는 항체를 사용합니다.
PLA는 표적 단백질 복합체의 표면에 작은 DNA 태그(PLA 프로브)를 가진 1차 및 이차 항체로 구성된스캐폴드의 형성에 의해 개시된다(도 1, 단계 1-3). 다음으로, DNA 태그의 근접에 의해 결정되며, 원형 DNA 분자는 커넥터 올리고뉴클레오티드를 가진 혼성화를 통해 생성된다(도1,단계 4). 원형 DNA의 형성은 DNA 결찰 단계에 의해 완료된다. DNA의 새로 형성된 원형 조각은 공액된 올리고뉴클레오티드 태그 중 하나에 의해 프라이밍된 후속 압연 원형 증폭(RCA) 기반 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 위한 템플릿역할을 한다. 이는 항체 스캐폴드를 통해 단백질 복합체에 부착된 단일 가선 형DNA 분자를 생성한다(도 1, 단계 6). 결합성 DNA 분자는 증폭된 DNA에 걸쳐 흩어져 있는 다중 고유 서열로 혼성화하는 형광표지된올리고뉴클레오티드를 사용하여 가시화된다(도 1, 단계 7)2. 생성된 PLA 신호는 형광점(도 1,단계 7)으로 나타나며, 세포 내의 표적 단백질 복합체의 위치에 대응한다. 그 결과, 분석은 높은 공간 정확도로 단백질 복합체를 검출할 수 있었습니다. 이 기술은 단순히 단백질 상호 작용을 포착하는 것뿐만 아니라 고감도1,2를가진 단백질에 대한 단일 분자 또는 단백질 변형을 검출하는 데에도 사용될 수 있다.
Hsp70은 다양한 하우스키핑 및 스트레스 관련 기능에 참여하여 세포 단백질 항상성을 유지하는 데 근본적으로 중요한 매우 다재다능한 샤페론 시스템을 형성합니다. Hsp70 샤페론 시스템의 하우스키핑 활동은 드 노보 단백질 폴딩, 세포막에 걸친 단백질 전좌, 단백질 복합체의 조립 및 분해, 단백질 활성 조절 및 다양한 단백질 폴딩 연결/ 품질 관리 기계3. 동일한 샤페론 시스템은 또한 잘못 접히고/ 전개된 단백질을 다시 접고, 단백질 응집을 방지하고, 단백질 분해를 촉진하고, 세포 단백질을 분해하여 말기 잘못 접히지/손상된 단백질을 분해하여 세포 복구를 용이하게 합니다. proteotoxic 스트레스4,5. 이러한 기능적 다양성을 달성하기 위해 Hsp70 샤페론은 JDP 제품군과 뉴클레오티드 교환 인자(NEF)의 공동 샤페론과 협력하여 Hsp70의 ATP 의존적 알로스테릭 제어를 미세 조정하여 기질 결합 및 방출3, 6. 또한 JDP 코샤페론은 이 다재다능한 샤페론 시스템을 위한 기판을 선택하는 데 중요한 역할을 합니다. 이 가족의 구성원은 프로토 타입 JDP, 대장균 DnaJ에 자신의 구조적 상동성에 따라 세 가지 클래스 (A, B 및 C)로 세분화된다. 클래스 A JDPs는 Hsp70, 글리신 페닐알라닌 리치 영역, 아연 핑거상 영역(ZFLR) 및 2개의 β 배럴 도메인으로 구성된 기질 결합 영역및 C-말단 이화 도메인과 상호 작용하는 N-말단 J 도메인을 포함합니다. N 말단 J 도메인과 글리신 페닐알라닌 부유 한 영역을 가진 JDP, 하지만 ZFLR 부족, 클래스 B에 빠진다. 일반적으로 이 두 클래스의 구성원은 보호 기능에 관여합니다. J-도메인 4만 공유하는 JDP가 포함된 캐치올 클래스C에 속하는 회원은 Hsp70s를 모집하여 다양한 비보호자 기능을 수행합니다. Hsp70 시스템의 교환 가능한 기판 인식 "어댑터"로서 JDP의 중요한 역할은 진화 하는 동안 가족 구성원의 확장에 의해 반영 됩니다. 예를 들어, 인간은 42 개이상의 별개의 JDP 회원 4. 이러한 JDP는 단량체, 호모 및 / 또는 호모/ 헤테로 올리고머로 기능 4,5. 최근, 클래스 A 사이의 일시적인 복합형성을 통한 기능적 협력(예를 들어, H. Sapiens DNAJA2; S. 세레비시아Ydj1) 및 B급(예를 들어, 에이치사피엔스 DNAJB1; S. 세레비시아Sis1) 진핵 JDPs는 시험관 내 무정형 단백질 응집체의 효율적인인식을 촉진시키는 것으로 보고되었다 7,8. 이러한 혼합 클래스 JDP 복합체는 아마도 Hsp70- 및 Hsp70+Hsp100 기반 단백질 분해제 7,8,9의 형성을 용이하게 하기 위해 응집된 단백질의 표면에 조립됩니다. 10.진핵 세포에서 이러한 과도적으로 형성된 혼합형 JDP 복합체의 존재를 뒷받침하는중요한 증거는 PLA 8을 구비하였다.
PLA는 주로 포유류 세포에서 메타조아에서 단백질 상호 작용을 평가하기 위해 점점 더 많이 사용됩니다. 여기에서, 우리는 신진 효모 S. cerevisiae 및 박테리아 대장균과 같은 진핵과 원핵 세포 단세포 유기체에 있는 일시적으로 형성된 chaperone 복합체를 감시하기 위하여 이 기술의 성공적인 확장을 보고합니다. 중요한 것은, 이 확장은 인간과 동물 세포를 감염시키는 미생물을 검출하고 분석하기 위한 PLA의 잠재적인 사용을 강조합니다.

<table><tbody><tr><td>37% 포름알데히드</td><td>Merck</td><td>103999</td><td></td></tr><tr><td></td><td>Acetone Sigma-Aldrich</td><td>32201</td><td></td></tr><tr><td>anti-DNAJA2 항체</td><td>Abcam</td><td>ab157216</td><td></td></tr><tr><td>anti-DNAJB1 항체</td><td>Enzo Life Sciences</td><td>ADI-SPA-450</td><td></td></tr><tr><td>anti-DnaK 항체</td><td>In house</td><td></td><td></td></tr><tr><td>anti-mCherry 항체</td><td>Abcam</td><td>ab125096</td><td></td></tr><tr><td>anti-Sis1 항체</td><td>Cosmo Bio Corp</td><td>COP-080051</td><td></td></tr><tr><td>anti-Ydj1 항체</td><td>StressMarq Biosciences</td><td>&nbsp; SMC-150,</td><td></td></tr> <tr><td>anti-YFP 항체</td><td>사내</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Coplin 슬라이드 염색 용기</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S5516</td><td></td></tr><tr><td>진단 슬라이드</td><td>Marienfeld</td><td>1216530</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Thermo-Fischer</td><td>31966021</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink 현장 검출 시약 주황색</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92007</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink In Situ Mounting Medium + DAPI</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82040</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink In Situ PLA 프로브 안티 마우스 MINUS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92004</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink In Situ PLA 프로브 안티 래빗 PLUS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92002</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink In Situ Wash Buffers, 형광</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82049</td><td></td></tr><tr><td>태아 송아지 혈청</td><td>Thermo-Fischer</td><td>10082147</td><td></td></tr><tr><td>라이소자임</td><td>시그마-알드리치</td><td>62971</td><td></td></tr><tr><td>메탄올</td><td>시그마-알드리치</td><td>32213</td><td></td></tr><tr><td>파라포름알데히드</td><td>시그마-알드리치</td><td>P6148</td><td></td></tr><tr><td>페니실린/스트렙토마이신</td><td>테르모피셔</td><td>15070063</td><td></td></tr><tr><td>폴리-L-라이신</td><td>시그마-알드리치</td><td>P47-07</td><td></td></tr><tr><td>소르비톨</td><td>시그마-알드리치</td><td>S7547</td><td></td></tr><tr><td>Triton-X100</td><td>Merck</td><td>108643</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin</td><td>Thermo-Fischer</td><td>25300096</td><td></td></tr><tr><td>Tween-20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P1379</td><td></td></tr><tr><td>Zymolase 100T / / Lyticase</td><td>미국 Biological</td><td>Z1004</td><td></td></tr></tbody></table>

박테리아, 효모 및 인간 세포에서 일시적으로 형성된 분자 샤페론 어셈블리의 시투 모니터링

In Situ Monitoring of Transiently Formed Molecular Chaperone Assemblies in Bacteria, Yeast, and Human Cells

J 도메인 단백질 (JDPs)은 진핵 세포에서 가장 크고 가장 다양한 코 샤페론 패밀리를 형성합니다. 최근 연구 결과에 따르면 JDP 패밀리의 특정 구성원은 진핵생물에서 일시적인 이종 복합체를 형성하여 70kDa 열 충격 단백질(Hsp70) 샤페론 계 단백질 다이그레그가스에 대한 기질 선택을 미세 조정할 수 있음을 보여줍니다. JDP 복합체는 급성/만성 스트레스 유발 응집 단백질을 표적으로 하고 아마도 단백질 응집체의 표면에 다중 Hsp70s를 모집하여 분리증을 조립하는 것을 돕습니다. 이러한 물리적으로 상호 작용하는 JDP에 의해 형성된 단백질 품질 관리(PQC) 네트워크의 범위는 생체 내에서 크게 특성화되지 않은 채로 남아 있다. 여기서, 우리는 진핵 세포의 뚜렷한 세포 구획에서 이러한 과도하게 형성된 샤페론 복합체를 강력하게 포획할 수 있는 근접 결찰 분석법(PLA)이라는 이름의 현장 단백질 상호작용 분석법에 근거한 현미경 검사법을 기술한다. 우리의 일은 인간 세포에서 효모(Saccharomyces cerevisiae)와박테리아(대장균)로PLA의 고용을 확장하여 일시적으로 형성 된 단백질 어셈블리의 역학을 모니터링하는 중요한 도구가되었습니다. 시핵 세포와 진핵 세포.

정제된 단백질을 이용한 당사의 이전 시험관 내 연구는 인간 클래스 A 및 클래스 B JDP의 하위 집합이 광범위한 응집된 단백질을 효율적으로 표적으로 하고 Hsp70 기반의 조립을 용이하게 하기 위해 일시적인 혼합 클래스 JDP 복합체를 형성한다는 것을 밝혀냈습니다. 단백질분리7. 우리는 혼성 클래스 (A +B) JDP 복합체가 인간 자궁 경부암 세포 (HeLa)에서 발생하는지 여부를 결정하기 위해 PLA를 사용했습니다. 인간 JDPs DNAJA2(클래스 A) 및 DNAJB1(클래스 B)은 고도로 특이적인1차 항체 및 이차 PLA 프로브(도 2A-C)로 표적화되었다. 적색 형광 천공의 출현은 헬라 세포에서 혼합 클래스 DNAJA2 및 DNAJB1 복합체의 존재를 나타내었으며(도2C)이전의 생화학적 발견을 확인하였습니다7...

Cognate J-도메인 단백질은 Hsp70 샤페론과 협력하여 단백질 폴딩에서 분해에 이르는 수많은 생물학적 과정을 지원합니다. 여기서, 우리는 세균, 효모 및 인간 세포에서 이러한 과도하게 형성된 샤페론 기계의 모니터링을 허용하는 내부 근접 결찰 분석에 대해 설명합니다.

J-domain proteins (JDPs) form the largest and the most diverse co-chaperone family in eukaryotic cells. Recent findings show that specific members of the ...

이 방법은 박테리아와 효모 와 같은 유기체및 다른 세포 모형에서 일시적인 단백질 상호 작용을 포착합니다. 여기서 우리는 세포 프로테오스타시스에 관여하는 과도하게 형성된 특정 샤페론 복합체를 모니터링합니다. 이 기술의 주요 장점은 대핵 세포및 진핵 세포에서 단백질 어셈블리의 역학 및 세포 소세포 지역화에 대한 정보를 생성하는 능력입니다.박테리아와 효모 같이 단세포 유기체에 있는 이 기술의 적응은, 연구원이 미생물 감염과 관련있는 질병을 조사하기 위하여 강력한 공구로 그것을 이용하는 것을 허용합니다. 이 기술은 프로토콜의 샘플 준비 단계에서 조건을 단순히 변경하여 거의 모든 유기체에서 단백질 상호 작용을 분석하기 위하여 잠재적으로 이용될 수 있었습니다. 면역히스토화학, 면역형광, ELISA 또는 면역성수량중 하나에서 특이적이고 시험된 양질의 항체를 선택하는 것이 중요합니다.폴리 L-Lysine와 함께 10웰 진단 슬라이드를 사전 치료하는 것으로 시작합니다. 멸균 및 필터링 된 0.0001 % 폴리 L-Lysine의 100 마이크로 리터를 각 우물에 추가하고 멸균 라미나르 플로우 후드에서 30 분 동안 슬라이드를 배양합니다. 그런 다음, 여분의 폴리 L-리신을 제거하기 위해 멸균 물 50 마이크로 리터로 각각 잘 씻으시다.세포 유형에 따라 약 15, 000 세포를 잘 추가하고, 멸균 습한 인큐베이터에서 세포를 섭씨 37도에서 5%의 이산화탄소로 60~80%의 수렴성으로 성장시다. 24시간 후, 각 웰의 가장자리에 티슈 페이퍼를 배치하여 성장 배지를 제거하고, PBS의 50 마이크로리터로 세포를 세 번 세척한다. 그런 다음 PBS에 새로 준비된 4%파라포름알데히드50마이크로리터를 각 우물에 추가하고 실온에서 10분 동안 슬라이드를 배양하여 세포를 수정합니다.고정 후 PBS로 슬라이드 염색 항아리에 슬라이드를 잠급하여 슬라이드를 세 번 씻으십시오. 부착된 세포의 막을 투과화하기 위해 PBS에서 0.5%트리톤-X100의 100밀리리터에 슬라이드를 잠수하고 실온에서 10분 동안 세포를 배양합니다. 그런 다음 TBS-T에서 슬라이드를 세 번 씻습니다.마지막 세척 후 티슈 페이퍼로 과도한 버퍼를 제거합니다. S.cerevisiae 세포를 원고 의 방향에 따라 재배하고 희석한 다음 50 밀리리터 원심분리기 튜브와 펠릿을 3분 동안 665배 g에서 원심분리로 옮긴다. 상체를 제거하고 신선한 배지의 다섯 밀리리터에서 세포를 다시 중

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Research

연구

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생물학

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유기 체는 그들의 일생 동안 발생 하는 가장 어려운 스트레스 조건 중 하나에 oxidants의 축적을 포함 한다. 산화 스트레스, 동안 셀 무 겁 게 의존 분자 보호자. 여기, 우리는 HDX MS를 사용 하 여 보호자 기능을 경 세 하는 구조적인 변화를 모니터링으로 redox 규제 안티 집단 활동, 또한 조사 하는 데 사용 하는 방법 제시.

Hsp33의 Redox 규제 보호자 활동을 정의 하 고 수소 중수소 교환 질량 분석을 사용 하 여 Hsp33에 구조적 변화를 매핑

cDNA의 키네틱 가교 및 분석은 높은 시간 분해능에서 살아있는 세포에서 단백질-RNA 상호작용의 역학을 조사할 수 있는 방법입니다. 여기에서 프로토콜은 효모 세포의 성장, UV 가교, 수확, 단백질 정제 및 차세대 시퀀싱 라이브러리 준비 단계를 포함하여 자세히 설명됩니다.

χCRAC를 사용하여 높은 시간 분해능에서 생체 내 단백질-RNA 상호 작용 역학 모니터링

샤페론-샤페론과 샤페론 기판 상호 작용을 연구하기 위해, 우리는 온화한 돌연변이와 결합된 RNA 간섭을 사용하여 Caenorhabditis elegans에 있는 합성 상호 작용 스크린을 능력을 발휘하고 chaperones의 과잉 발현및 유기체 수준에서 조직 특정 단백질 기능 장애를 감시합니다.

조직별 샤페론 상호 작용을 위해 검사하기 위해 Caenorhabditis elegans를 사용

이 프로토콜은 GST 융합 TPR 모티프 공동 샤페론과 Hsp90 유래 펩타이드와 결합 된 수용자 구슬과 글루타티온 연결된 기증자 구슬을 사용하여 단백질 단백질 상호 작용을 조사하는 기술을 제시합니다. 우리는 Hsp90-FKBP51 또는 Hsp90-FKBP52 상호 작용을 중단하기 위하여 작은 분자를 스크린하기 위하여 이 기술을 사용하고 강력하고 선택적인 Hsp90-FKBP51 상호 작용 억제제를 확인했습니다.

동질적인 구드 기반 분석체를 사용하여 샤페론 - 코카페론 상호 작용의 연구

배우세요 근접 연결 분석법을 이용하여 박테리아, 효모 및 인간 세포에서 일시적으로 형성된 분자 샤페론 어셈블리를 시투 모니터링하는 방법을. 이 기술은 단백질 상호작용과 세포 단백질 항상성 연구에 활용됩니다.

박테리아, 효모 및 인간 세포에서 일시적으로 형성된 분자 샤페론 어셈블리의 시투 모니터링

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