2023년 8월 18일
여기에서는 나노포어 기술을 사용하여 광견병 바이러스(RABV) 게놈을 특성화하기 위한 빠르고 비용 효율적인 워크플로우를 제시합니다. 이 워크플로우는 지역 수준에서 유전체학 정보 감시를 지원하기 위한 것으로, 광견병 통제 조치를 안내하기 위해 순환하는 RABV 계통 및 지역 계통 발생 내 배치에 대한 정보를 제공합니다.
우리의 연구는 저소득 및 중간 소득 국가의 병원체 감시를 강화하기 위해 고급 유전체학을 사용합니다. 이를 통해 현지 연구자들은 누가, 무엇을, 어디서, 왜, 언제라는 다섯 가지 큰 질문에 답할 수 있습니다. 그리고 이것은 현장의 실용적인 솔루션을 알려줄 수 있습니다.
우리는 나노 기공 기술을 사용하여 시퀀싱을 분산시킵니다. 사용 용이성, 휴대성 및 다른 플랫폼에 비해 저렴한 비용으로 인해 리소스가 적은 설정에 이상적입니다. 또한 시료 공급원에서 신속하게 염기서열을 분석할 수 있다는 것은 동물-인간 환경 인터페이스에서 감시를 수행할 수 있다는 것을 의미합니다.
우리는 다양한 품질의 샘플에서 전체 게놈을 얻는 데 어려움을 겪고 있습니다. 외딴 지역에서 제출된 자료는 보관 상태가 좋지 않은 상태로 운송되는 경우가 많았습니다. 또한 데이터를 해석하는 데 유용한 생물정보학 도구에 대한 전문 지식도 제한적입니다.
따라서 이러한 도구는 MADDOG 및 drug-V GLUE와 같습니다. 이것은 제어를 시작하는 데 도움이 되는 보편적인 방식으로 데이터를 해석하는 데 사용할 수 있습니다. 우리는 광견병의 빠른 염기서열 또는 전체 게놈 염기서열에 대해 프로토콜을 최적화하는 방법을 보여주고, 광견병이 실제로 어떻게 순환하는지, 무엇이 순환하는지, 언제 순환하는지에 대한 다양한 질문에 답하기 위해 저소득 국가에서 광견병 염기서열 분석을 위해 어떻게 적응하고 사용할 수 있는지 확인하려고 합니다.
그리고 이 정보는 광견병 퇴치 전략에 필요합니다. 이제 바이러스 게놈 감시에 더 쉽게 접근할 수 있습니다. 그러나 지역 통제 노력을 위한 데이터 분석 및 해석에 대한 지침은 더 제한적입니다.
당사의 프로토콜은 엔드 투 엔드 파이프라인을 제공하여 현지 과학자들에게 최전선 감시 기능을 제공합니다. 바이러스 게놈의 가용성과 이러한 데이터를 해석하는 방법을 통해 연구자들은 역학적 통찰력을 정부 부처 또는 질병 통제 프로그램을 위한 실행 가능한 정보로 변환하고 의사 결정 프로세스를 안내할 수 있습니다.
본 연구는 지역 수준의 바이러스 감시 체계를 강화하기 위해 나노포어 기술을 이용하여 광견병 바이러스(RABV) 게놈을 분석하는 비용 효율적인 워크플로우를 제시합니다. 이 접근 방식은 유행하는 RABV 계통의 식별을 가능하게 하며, 게놈 데이터를 지역 계통수(phylogeny)에 통합하여 효과적인 광견병 제어 조치를 지원합니다.
나노포어 기술을 이용한 광견병 바이러스의 신속하고 분산된 전장 유전체 분석은 저소득 및 중소득 국가의 병원체 감시 체계 내 심각한 공백을 해결합니다. 이 워크플로우를 통해 현지 팀은 실행 가능한 유전체 데이터를 생성할 수 있으며, 이는 실시간 역학적 통찰력을 제공하고 공중 보건 개입의 방향을 제시합니다. 이러한 접근 방식은 동물-사람-환경 접점에서 예측 신뢰도를 높이며, 감염병 통제 및 대비를 위한 포트폴리오 결정에 직접적인 영향을 미칩니다.
이 워크플로우는 시료 수집, 시퀀싱 및 해석 과정을 연결하며, 감염성 질환 파이프라인의 초기 발견 단계부터 중개 연구 단계까지 적용 가능하도록 설계되었습니다.