Name: 나노포어 기술을 사용한 광견병 바이러스의 신속한 특성 분석을 위한 전체 게놈 염기서열 분석 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-08-18T12:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 26 s
Description: 배우세요 광견병 바이러스 전체 게놈 염기서열 분석 방법을 나노포어 기술을 활용하여 신속하게 특성을 파악하는 것입니다. 이 기술은 현지 과학자들이 바이러스 계통을 식별하고 유전체 감시 능력을 강화하여 효과적인 광견병 통제 전략을 수립하는 데 도움을 줍니다.

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이 연구는 Wellcome [207569/Z/17/Z, 224670/Z/21/Z], 의학 연구 위원회[MR/R025649/1] 및 필리핀 과학기술부(DOST)의 Newton 자금 지원, COVID-19에 대한 UK Research and Innovation Global 노력 [MR/V035444/1], University of Glasgow Institutional Strategic Support Fund [204820], Medical Research Council New Investigator Award (KB) [MR/X002047/1], 및 국제 파트너십 개발 기금, DOST British Council-Philippines 학생(CB), National Institute for Health Research[17/63/82] GemVi 장학금(GJ) 및 MVLS DTP(KC) [125638-06], EPSRC DTP(RD) [EP/T517896/1] 및 Wellcome IIB DTP(HF) [218518/Z/19/Z). Daniel Streicker, Alice Broos, Elizabeth Miranda, DVM, Daria Manalo, DVM, Thumbi Mwangi, Kennedy Lushasi, Charles Kayuki, Jude Karlo Bolivar, Jeromir Bondoc, Esteven Balbin, Ronnel Tongohan, Agatha Ukande, Davis Kuchaka, Mumbua Mutunga, Lwitiko Sikana, Anna Czupryna 등 이 작업을 지원해 주신 동료 및 협력자에게 감사드립니다.

저소득 국가에서 광견병을 통제하기 위한 나노포어 기반 게놈 접근법

저자는 공개할 것이 없습니다.

접근 가능한 RABV, 나노포어 기반, 전체 게놈 시퀀싱 워크플로우는 Brunker et al.61에 의해 ARTIC 네트워크(46)의 자원을 사용하여 개발되었습니다. 여기에서는 샘플에서 시퀀스에서 해석까지의 전체 단계와 함께 업데이트된 워크플로우를 제시합니다. 워크플로우는 전체 게놈 염기서열 분석을 위한 뇌 조직 샘플 준비에 대해 자세히 설명하고, 판독을 처리하고 합의 염기서열을 생성하는 생물정보학 파이프라인을 제시하며, 계통 할당을 자동화하고 계통발생학적 맥락을 결정하기 위한 두 가지 광견병 관련 도구를 강조합니다. 업데이트된 워크플로우는 또한 적절한 계산 및 실험실 작업 공간 설정에 대한 포괄적인 지침을 제공하며, 다양한 상황(리소스 부족 설정 포함)에서의 구현에 대한 고려 사항을 제공합니다. 우리는 게놈 감시 능력이 없거나 제한된 4개의 RABV 풍토병 LMIC에서 학술 및 연구 기관 환경 모두에서 워크플로우를 성공적으로 구현했음을 입증했습니다. 워크플로는 다양한 설정에서 애플리케이션에 대한 복원력이 입증되었으며 다양한 전문 지식을 가진 사용자가 이해할 수 있습니다.
RABV 염기서열분석을 위한 이 워크플로우는 공개적으로 사용 가능한 가장 포괄적인 프로토콜(샘플-시퀀스-해석 단계 포함)이며 시작 및 운영 비용을 모두 절감하기 위해 특별히 조정되었습니다. 나노포어 기술을 사용한 라이브러리 준비 및 염기서열분석에 필요한 시간과 비용은 Illumina61과 같은 다른 플랫폼에 비해 크게 감소하며, 지속적인 기술 개발로 염기서열 품질과 정확도가 Illumina62와 비교할 수 있도록 개선되고 있습니다.
이 프로토콜은 다양한 저리소스 컨텍스트에서 복원력을 갖도록 설계되었습니다. 핵심 프로토콜과 함께 제공되는 문제 해결 및 수정 지침을 참조하여 사용자가 필요에 맞게 워크플로를 조정할 수 있습니다. 워크플로우에 사용자 친화적인 생물정보학 도구를 추가하는 것은 기존 프로토콜에 대한 주요 개발을 구성하며, 최소한의 사전 생물정보학 경험을 가진 사용자가 로컬 컨텍스트에서 염기서열 데이터를 해석하기 위해 적용할 수 있는 빠르고 표준화된 방법을 제공합니다. 현장에서 이를 수행할 수 있는 능력은 집중적이고 장기적인 기술 교육 투자가 필요한 특정 프로그래밍 및 계통발생 기술의 필요성에 의해 제한되는 경우가 많습니다. 이 기술은 염기서열 데이터를 철저하게 해석하는 데 중요하지만, 핵심 전문 지식이 습식 실험실 기반일 수 있는 현지 "염기서열 분석 챔피언"을 수용하여 데이터를 해석하고 소유권을 가질 수 있도록 하기 위해서는 기본적이고 접근 가능한 해석 도구도 똑같이 바람직합니다.
이 프로토콜은 여러 국가에서 수년 동안 수행되어 왔기 때문에 이제 커버리지를 개선하고 누적된 다양성을 처리하기 위해 멀티플렉스 프라이머 체계를 최적화하는 방법에 대한 지침을 제공할 수 있습니다. 또한 사용자가 비용 효율성을 개선하거나 특정 지역에서 조달을 용이하게 할 수 있도록 하기 위한 노력이 이루어졌는데, 이는 일반적으로 분자 접근법(63)의 지속 가능성에 대한 도전이다. 예를 들어, 아프리카(탄자니아, 케냐 및 나이지리아)에서는 어댑터 연결 단계에서 현지 공급업체에서 더 쉽게 구할 수 있고 다른 연결 시약에 비해 저렴한 대안인 blunt/TA ligase master mix를 선택했습니다.
경험에 비추어 볼 때, 샘플당 및 실행당 비용을 줄이는 방법에는 여러 가지가 있습니다. 실행당 샘플 수를 줄이면(예: 24개 샘플에서 12개 샘플로) 여러 번 실행에 걸쳐 플로우 셀의 수명을 연장할 수 있는 반면, 실행당 샘플 수를 늘리면 시간과 시약이 극대화됩니다. 우리는 염기서열분석 실행 3회 중 1회에 대해 플로우 셀을 세척하고 재사용할 수 있었으며, 이를 통해 추가로 55개의 시료를 염기서열분석할 수 있었습니다. 사용 직후 플로우 셀을 세척하거나, 가능하지 않은 경우 매 실행 후 폐기물 채널에서 폐액을 제거하면 두 번째 실행에 사용할 수 있는 기공 수를 보존하는 것 같았습니다. 플로우 셀에서 사용할 수 있는 초기 공극 수를 고려하여, 한 번의 실행을 최적화하여 특정 플로우 셀에서 실행할 샘플 수를 계획할 수도 있습니다.
워크플로는 가능한 한 포괄적이도록 하는 것을 목표로 하지만 자세한 지침과 표지판이 있는 리소스가 추가되어 절차가 여전히 복잡하고 신규 사용자에게 어려울 수 있습니다. 사용자는 대면 교육 및 지원을 받는 것이 좋으며, 이상적으로는 로컬에서 또는 외부 공동 작업자를 통해 찾을 수 있습니다. 예를 들어, 필리핀에서는 ONT를 사용한 SARS-CoV-2 게놈 감시를 위한 지역 실험실 내 역량 구축 프로젝트를 통해 RABV 염기서열 분석으로 쉽게 이전할 수 있는 의료 진단 전문가들의 핵심 역량을 개발했습니다. SPRI 비드 클린업과 같은 중요한 단계는 실습 교육 없이는 마스터하기 어려울 수 있으며, 비효율적인 클린업은 플로우 셀을 손상시키고 실행을 손상시킬 수 있습니다. 샘플 오염은 실험실에서 앰플리콘을 처리할 때 항상 주요 관심사이며 제거하기 어려울 수 있습니다. 특히, 시료 간의 교차 오염은 실행 후 생물정보학 중에 검출하기가 매우 어렵습니다. 깨끗한 작업 표면 유지, PCR 전후 영역 분리, 음성 대조군 통합과 같은 우수한 실험실 기술 및 관행은 품질 관리를 보장하는 데 필수적입니다. 나노포어 시퀀싱 개발의 빠른 속도는 일상적인 RABV 게놈 감시의 장점과 단점 모두입니다. nanopore의 정확도, 접근성 및 의정서 레퍼토리에 계속되는 개선은 그것의 신청을 위한 범위를 넓히고 개량합니다. 그러나 동일한 개발로 인해 표준 운영 절차와 생물정보학 파이프라인을 유지하는 것이 어려워집니다. 이 프로토콜에서는 더 오래된에서 현재 나노포어 라이브러리 준비 키트(재료 테이블)로의 전환을 지원하는 문서를 제공합니다.
LMIC에서 염기서열분석의 일반적인 장애물은 비용뿐만 아니라 적시에 소모품을 조달할 수 있는 능력(특히 조달 팀과 공급업체에 비교적 새로운 염기서열분석 시약) 및 계산 리소스, 안정적인 전력과 인터넷에 대한 액세스를 포함한 접근성입니다. 이 워크플로우의 기초로 휴대용 나노포어 시퀀싱 기술을 사용하면 이러한 접근성 문제의 많은 부분을 해결할 수 있으며, 당사는 다양한 설정에서 프로토콜의 사용을 시연하여 국내에서 전체 프로토콜 및 분석을 수행했습니다. 물론 적시에 장비를 조달하고 소모품을 시퀀싱하는 것은 여전히 어려운 과제이며, 많은 경우 영국에서 시약을 운반하거나 배송해야 했습니다. 그러나 일부 지역에서는 조달 프로세스를 간소화하고 병원체 유전체학의 적용을 정상화하기 시작한 SARS-CoV-2 염기서열 분석(예: 필리핀)에 대한 투자의 혜택을 받아 시약을 현지 공급 경로에 전적으로 의존할 수 있었습니다.
안정적인 인터넷 연결의 필요성은 일회성 설치로 최소화됩니다. 예를 들어, GitHub 리포지토리, 소프트웨어 다운로드 및 나노포어 시퀀싱 자체는 실행을 시작하기 위해 인터넷 액세스만 필요하거나(전체 액세스가 아님) 회사의 동의하에 완전히 오프라인으로 수행할 수 있습니다. 모바일 데이터를 사용할 수 있는 경우 휴대폰을 랩톱의 핫스팟으로 사용하여 실행 기간 동안 연결을 끊기 전에 시퀀싱 실행을 시작할 수 있습니다. 샘플을 일상적으로 처리할 때 데이터 스토리지 요구 사항이 빠르게 증가할 수 있으며 이상적으로는 데이터가 서버에 저장됩니다. 그렇지 않으면 솔리드 스테이트 드라이브(SSD) 하드 드라이브를 소싱하는 데 상대적으로 저렴합니다.
LMIC에서 유전체 감시에 여전히 장벽이 있다는 것을 알고 있지만, 유전체학 접근성 및 전문성 구축에 대한 투자가 증가함에 따라(예: Africa Pathogen Genomics Initiative [Africa PGI])64 이러한 상황이 개선될 것으로 예상됩니다. 게놈 감시는 팬데믹 대비에 매우 중요하며6 RABV와 같은 풍토성 병원체의 게놈 감시를 루틴화함으로써 역량을 구축할 수 있다. SARS-CoV-2 팬데믹 기간 동안 강조된 염기서열 분석 능력의 글로벌 격차는 이러한 구조적 불평등을 해결하기 위한 촉매 변화의 동인이 되어야 합니다.
접근 가능한 생물정보학 도구를 포함하여 RABV에 대한 이 샘플-서열-해석 워크플로우는 2030년까지 개 매개 광견병으로 인한 인간 사망 제로를 목표로 하는 통제 조치를 안내하고 궁극적으로 RABV 변종을 제거하는 데 사용할 수 있는 잠재력을 가지고 있습니다. 관련 메타데이터와 결합하여, 이 프로토콜로부터 생성된 게놈 데이터는 발병 조사 중 그리고 국가 또는 지역에서 순환하는 계통의 식별에 있어서 신속한 RABV 특성화를 용이하게 한다60,61,65. 우리는 주로 개 매개 광견병의 예를 사용하여 파이프라인을 설명합니다. 그러나 이 워크플로는 야생 동물 광견병에 직접 적용할 수 있습니다. 이러한 전이성과 저렴한 비용은 질병 관리 및 통제를 개선하기 위해 광견병뿐만 아니라 다른 병원체에 대해서도 일상적인 염기서열 분석을 쉽게 사용할 수 있도록 하는 문제를 최소화합니다46,66,67.

광견병 바이러스(RABV)는 포유류에 치명적인 신경 질환을 일으키는 Rhabdoviridae 과에 속하는 리사바이러스입니다1. 광견병은 백신 접종으로 100% 예방할 수 있지만, 풍토병 국가에서는 여전히 주요 공중 보건 및 경제적 문제입니다. 매년 발생하는 것으로 추정되는 60,000명의 인간 광견병 사망자 중 95% 이상이 개가 주요 저장소인 아프리카와 아시아에서 발생합니다2. 이와는 대조적으로, 개 예방 접종은 서유럽, 북미 및 라틴 아메리카 대부분의 지역에서 개 매개 광견병을 퇴치하는 데 기여했습니다. 이 지역에서 광견병 저수지는 현재 박쥐, 너구리, 스컹크, 야생 갯과 동물과 같은 야생동물로 제한되어 있다3. 라틴 아메리카 전역에서 흔히 볼 수 있는 흡혈박쥐는 밤마다 피를 먹는 동안 박쥐로부터 인간과 가축에게 정기적으로 전염되기 때문에 광견병의 문제가 되는 원인이 된다4. 광견병이 연간 세계 경제에 미치는 영향은 86억 달러로 추산되며, 가축 손실은 6%를 차지합니다5.
바이러스 병원체의 염기서열 데이터와 감염 시기 및 출처에 대한 메타데이터를 결합하면 강력한 역학적 통찰력을 제공할 수 있다6. RABV의 경우, 염기서열 분석은 발병의 기원을 조사하고7,8 야생동물또는 개와의 숙주 연관성을 식별하고8,9,10,11,12 인간 사례의 원인을 추적하기 위해 사용 되었다 13,14. 계통발생학적 분석을 이용한 발병 조사에 따르면 광견병은 이전에 광견병이 없던 인도네시아 발리 지방에서 칼리만탄이나 술라웨시의 인근 풍토병 지역에서 한 번의 유입을 통해 출현한 것으로 나타났다15. 한편 필리핀에서는 롬블론주 타블라스섬에서 발생한 발병이루손섬 본섬에서 유입된 것으로 확인됐다. 바이러스 게놈 데이터는 지리적으로 표적 제어 조치에 필요한 병원체 전파 역학을 더 잘 이해하는 데에도 사용되었습니다. 예를 들어, RABV의 게놈 특성분석은 군집(clade)17,18,19, 계통(20,21,22)의 공동 순환, 인간 매개 바이러스 이동(human-mediated viral movement)17,23,24 및 메타개체군 동태(metapopulation dynamics)25,26)의 지리적 군집을 보여준다.
질병 모니터링은 SARS-CoV-2 팬데믹에 대응하여 전 세계적으로 염기서열 분석 능력이 증가함에 따라 강화된 게놈 감시의 중요한 기능 중 하나입니다. 게놈 감시는 우려되는 SARS-COV-2 변종의 실시간 추적을 지원했다27,28 및 관련 대책6. 나노포어 기술과 같은 접근 가능한 시퀀싱 기술의 발전은 인간 29,30,31,32와 동물 33,34,35 병원체의 신속한 시퀀싱을 위한 개선되고 더 저렴한 프로토콜로 이어졌습니다. 그러나 많은 광견병 풍토병 국가에서는 SARS-CoV-2 염기서열 분석 능력의 글로벌 격차에서 알 수 있듯이 병원체 게놈 감시를 운영하는 데 여전히 장벽이 있습니다36. 실험실 인프라, 공급망 및 기술 지식의 한계로 인해 게놈 감시의 구축 및 루틴화가 어려워지고 있습니다. 이 백서에서는 리소스가 제한된 환경에서 RABV 감시를 위해 최적화되고 신속하며 저렴한 전체 게놈 염기서열 분석 워크플로우를 배포할 수 있는 방법을 보여줍니다.

<table><tbody><tr><td>브랜드 이름</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sequencing software (MinKnow)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>https://community.nanoporetech.com/downloads</td><td></td></tr><tr><td>Bioinformatics tool kit (Guppy)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>https://community.nanoporetech.com/docs/prepare/library_prep_protocols/Guppy-protocol/v/gpb_2003_v1_revao_14dec2018</td><td></td></tr><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>thermal cycler (miniPCR&trade; mini16 thermal cycler)</td><td>Cambio</td><td>MP-QP-1016-01</td><td></td></tr><tr><td>Homogenizer (Precellys Evolution Touch Homogenizer)</td><td>Bertin Instruments</td><td>EQ02520-300</td><td></td></tr><tr><td>Cold Racks (0.2-0.5mL) (PCR Mini-cooler with transparent lid)</td><td>BRAND&nbsp;</td><td>781260</td><td></td></tr><tr><td>Pipettor</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>(Pipetman L 고정 F1000L, 1000 uL)</td><td>Gilson&nbsp;</td><td>SKU: FA10030</td><td></td></tr><tr><td>(Pipetman L Fixed F100L, 100 uL)</td><td>Gilson&nbsp;</td><td>SKU: FA10024</td><td></td></tr><tr><td>(Pipetman L Fixed F10L, 10 uL)</td><td>Gilson&nbsp;</td><td>SKU: FA10020</td><td></td></tr><tr><td>(Pipetman L Fixed F1L, 1 uL)</td><td>Gilson&nbsp;</td><td>SKU: FA10025</td><td></td></tr><tr><td>(Pipetman L Fixed F20L, 20 uL)</td><td>Gilson&nbsp;</td><td>SKU: FA10021</td><td></td></tr><tr><td>(Pipetman L Fixed F250L, 250 uL)</td><td>Gilson&nbsp;</td><td>SKU: FA10026</td><td></td></tr><tr><td>Fluorometer (Qubit&nbsp; 4 Fluorometer)&nbsp;</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>Q33238</td><td></td></tr><tr><td>노트북&nbsp; (~2GB의 드라이브 공간, 최소 512GB의 저장 공간, msi 설치 프로그램 [GPU])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>마이크로 원심분리기 (냉장 원심분리기)</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>75004081</td><td></td></tr><tr><td>Vortex mixer (Basic vortex mixer)&nbsp;</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>88882011</td><td></td></tr><tr><td>Magnetic rack (DynaMag -2 Magnet)</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>시퀀싱 장치 (MinION)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MinION Mk1B</td><td></td></tr><tr><td>RNA Extraction&nbsp; </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RNA 추출 키트 (Qiagen RNEasy Mini Kit 250)</td><td>Qiagen</td><td>74106</td><td></td></tr><tr><td>RNA 안정화 시약&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>(나중에)&nbsp; </td><td>Invitrogen</td><td>AM7020</td><td></td></tr><tr><td>(DNA/RNA Shield)</td><td>Zymo Research</td><td>R1100-50</td><td></td></tr><tr><td>PCR</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nuclease-free Water (Nuclease-free Water [not&nbsp; DEPC 처리])</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>첫 번째 가닥 cDNA 합성을 위한 마스터 믹스 (LunaScript RT SuperMix Kit)</td><td>New England Biolabs</td><td>E3010S</td><td></td></tr><tr><td>DNA 증폭 마스터 믹스 (Q5&reg; Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix [NEB])</td><td>New England Biolabs</td><td>M0494L</td><td></td></tr><tr><td>Primer (Scheme) (Custom DNA oligos)</td><td>Invitrogen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SPRI Bead Clean-up</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SPRI beads (Aline Biosciences PCR Clean DX )</td><td>Cambio</td><td>AL-AC1003-50</td><td></td></tr><tr><td>에탄올, 순수 앱솔루트, >99.8% (GC) [Riedel-De Haen]</td><td>Merck</td><td>818760</td><td></td></tr><tr><td>Short Fragment buffer (SFB 확장 팩)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-SFB001</td><td></td></tr><tr><td>DNA Quantification</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DNA Quantification Kit (Qubit&reg; dsDNA HS Assay Kit)</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>Q32854</td><td></td></tr><tr><td>DNA 정량 분석 튜브 (Qubit&trade; Assay Tubes)</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>End Prep and barcoding (Qubit&trade; Assay Tubes)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>End Prep master mix (NEBNext Ultra End Repair/dA-Tailing Module)</td><td>New England Biolabs</td><td>E7546L</td><td></td></tr><tr><td>바코드 키트</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*Chemistry 9&nbsp; </td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 9&nbsp; </td><td></td></tr><tr><td>(네이티브 바코드 확장 1-12)</td><td></td><td>EXP-NBD104&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>(네이티브 바코드 확장 13-24)&nbsp; </td><td></td><td>EXP-NBD114&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>(Native Barcoding Expansion 96)</td><td></td><td>EXP-NBD196</td><td></td></tr><tr><td>*화학 14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 14</td><td></td></tr><tr><td>(호환되지 않음)&nbsp; </td><td></td><td>(호환되지 않음)&nbsp; </td><td></td></tr><tr><td>(네이티브 바코드 키트 24 V14)</td><td></td><td>SQK-NBD114.24</td><td></td></tr><tr><td>(네이티브 바코드 키트 96 V14)</td><td></td><td>SQK-NBD114.96</td><td></td></tr><tr><td>라이게이션 마스터믹스 (Blunt/TA Ligase 마스터 믹스)</td><td>New England Biolabs</td><td>M0367S</td><td></td></tr><tr><td>어댑터 라이게이션</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>어댑터 결찰 마스터 믹스</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>(NEBNext; 빠른 결찰 모듈)</td><td>New England Biolabs</td><td>E6056S&nbsp; &nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>(NEBNext Ultra II 결찰 모듈)&nbsp; </td><td>New England Biolabs</td><td>E7595S</td><td></td></tr><tr><td>(Blunt/TA Ligase Master Mix)</td><td>New England Biolabs</td><td>M0367S</td><td></td></tr><tr><td>어댑터 mix</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*Chemistry 9&nbsp; </td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 9 EXP-AMII001</td><td></td></tr><tr><td>(어댑터 믹스 II [AMII])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*화학 14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*Chemistry 14 EXP-NBA114</td><td></td></tr><tr><td>(기본 어댑터[NA])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td><강력한>시퀀싱&nbsp; </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>플로우 셀 프라이밍 키트</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*화학 9&nbsp; </td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 9 EXP-FLP002</td><td></td></tr><tr><td>(플러시 버퍼 [FB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>(플러시 테더[FT])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*화학 14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 14 EXP-FLP004</td><td></td></tr><tr><td>(플로우 셀 플러시 [FCF])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>(플로우 셀 테더 [FCT])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ligation Sequencing Kit&nbsp; </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*화학 9&nbsp; </td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*Chemistry 9 SQK-LSK109</td><td></td></tr><tr><td>어댑터 믹스 (어댑터 믹스[AMX])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ligation Buffer (Ligation buffer [LNB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Short Fragment Buffer (Short Fragment buffer [SFB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>염기서열분석 Buffer (염기서열분석 버퍼[SQB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>용리 버퍼 (용리 버퍼[EB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>로딩 비드 (로딩 비드[LB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>염기서열분석 테더 (염기서열분석 테더[SQT])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*화학 14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 14 SQK-LSK114</td><td></td></tr><tr><td>어댑터 혼합 (결찰 어댑터[LA])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>결찰 완충액 (결찰 완충액[LNB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>짧은 단편 버퍼 (짧은 단편 버퍼 [SFB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>염기서열분석 버퍼 (염기서열분석 버퍼 [SB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>용리 버퍼 (용리 버퍼 [EB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>로딩 비드 (비드 로딩[LIB])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>염기서열분석 테더 (플로우 셀 테더[FCT])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>라이브러리 솔루션 (라이브러리 솔루션[LIS])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Flush buffer (플로우 셀 플러시[FCF])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Flow Cell&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*화학 9&nbsp; </td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*화학 9 FLO-MIN106D</td><td></td></tr><tr><td>(플로우 셀&nbsp; [R9.4.1])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>*Chemistry 14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>*Chemistry 14 FLO-MIN114</td><td></td></tr><tr><td>(플로우 셀&nbsp; [R10.4.1])</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Flow Cell 세척&nbsp; </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Flowcell 세척 키트 (플로우 셀 세척 키트)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td></td></tr><tr><td>Consummables; </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>표면 오염 제거제&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>(DNA Away Surface Decontaminant, Squeeze Bottle [Molecular Bio])</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>7010PK</td><td></td></tr><<tr><td>em>(RNase Away Surface Decontaminant, Bottle[Molecular Bio])</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>7002PK</td><td></td></tr><tr><td>PCR 8-튜브 스트립 0.2ml, 개별 캡 (PCR 8-튜브 스트립 0.2ml, 개별 부착 플랫 캡 포함, sterile, DNAse/RNAse, Pyrogen Free,Natural [Greiner])</td><td>Greiner</td><td>608281</td><td></td></tr><tr><td>PCR 튜브 0.2ml (PCR 튜브 0.2ml, 천연 [돔형 캡] 500s, 비멸균 [Greiner])</td><td>Greiner</td><td>671201</td><td></td></tr><tr><td>1000&마이크로; L 필터 팁 (500) (스택 1000&마이크로; L 필터 팁 [500])</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>11977724</td><td></td></tr><tr><td>100&micro; L 필터 팁 (1000)</td> <td>Thermofisher 과학 / 피셔 과학</td><td>11947724</td><td></td></tr><tr><td>10 &micro; L 필터 팁 (1000) (스택 100&마이크로; L 필터 팁 [1000])</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>11907724</td><td></td></tr><tr><td>강화 튜브&nbsp; 튜브 (2ml)&nbsp; 나사 캡과 O-링이 있는 튜브 (Fisherbrand&trade; &nbsp; 대량 튜브)</td><td>Thermofisher scientific/Fisher scientific</td><td>15545809</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuge tube (1.5ml) (1.5 ml Eppendorf Tubes [500])</td><td>Eppendorf</td><td>1229888</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind Tubes&nbsp; (1.5ml) (DNA LoBind 튜브) </td> <td>Thermofisher scientific / Fisher scientific</td><td>10051232</td><td></td></tr><tr><td>Cryobabies 라벨</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>장갑 (S / M / L)</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>종이 타월</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

나노포어 기술을 사용한 광견병 바이러스의 신속한 특성 분석을 위한 전체 게놈 염기서열 분석

Whole Genome Sequencing for Rapid Characterization of Rabies Virus Using Nanopore Technology

게놈 데이터는 전염병의 전염 및 지리적 확산을 추적하는 데 사용할 수 있습니다. 그러나 개 매개 광견병 및/또는 흡혈박쥐와 같은 야생 동물에 의해 전염되는 광견병이 주요 공중 보건 및 경제적 문제를 제기하는 많은 저소득 및 중간 소득 국가(LMIC)에서는 게놈 감시에 필요한 염기서열 분석 능력이 여전히 제한적입니다. 여기서는 나노기공 기술을 사용하여 빠르고 저렴한 샘플-시퀀스-해석 워크플로우를 제시합니다. 시료 채취 및 광견병 진단을 위한 프로토콜에 대해 간략하게 설명한 후 다중 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 위한 프라이머 설계 및 최적화, 수정된 저비용 염기서열 분석 라이브러리 준비, 실시간 및 오프라인 염기 서열 분석을 통한 염기서열 분석, 유전자 계통 지정 및 계통 발생 분석을 포함한 최적화된 전체 게놈 염기서열 분석 워크플로우에 대한 세부 정보가 뒤따릅니다. 워크플로우의 구현이 시연되며, 파이프라인 검증, 프라이머 최적화, 음성 대조군 포함, 지역 및 글로벌 계통 발생 내 분류 및 배치를 위한 공개적으로 사용 가능한 데이터 및 게놈 도구(GLUE, MADDOG) 사용과 같은 로컬 배포를 위한 중요한 단계가 강조됩니다. 워크플로우의 소요 시간은 2-3일이며 비용은 96개 샘플 실행의 경우 샘플당 $25에서 12개 샘플 실행의 경우 샘플당 $80입니다. 우리는 중저소득국에서 광견병 바이러스 게놈 감시를 설정하는 것이 실현 가능하며, 2030년까지 개 매개 인간 광견병 사망자 제로라는 글로벌 목표를 향한 진전을 지원할 수 있을 뿐만 아니라 야생 광견병 확산에 대한 모니터링을 강화할 수 있다고 결론지었습니다. 또한 이 플랫폼은 다른 병원체에 적용할 수 있어 전염병 및 팬데믹 대비에 기여하는 다재다능한 게놈 역량을 구축하는 데 도움이 됩니다.

이 프로토콜에 설명된 RABV의 샘플-서열-해석 워크플로우는 탄자니아, 케냐, 나이지리아 및 필리핀과 같은 풍토병 국가의 다양한 실험실 조건에서 성공적으로 사용되었습니다(그림 4). 이 프로토콜은 신선 및 냉동 뇌 조직, 장기간 콜드 체인으로 운송된 뇌 조직의 cDNA 및 RNA 추출물, 뇌 조직 도말이 있는 FTA 카드 등 다양한 샘플 유형 및 조건에 사용되었습니다(표 6).
RAMPART를 사용한 실시간 베이스콜링(그림 5)은 거의 실시간으로 판독 생성과 샘플당 커버리지 비율을 보여줍니다. 이는 실행을 중지하고 재사용을 위해 플로우 셀을 저장할 시기를 결정할 때 특히 유용합니다. 실행 시간의 변화가 관찰되었으며, 일부는 2시간 내에 완료되는 반면 다른 일부는 적절한 적용 범위(x100)에 도달하는 데 12시간 이상 걸릴 수 있습니다. 증폭이 불량한 영역도 볼 수 있습니다. 예를 들어, 그림 6 은 커버리지 프로파일이 증폭이 매우 낮은 일부 앰플리콘을 보여주는 한 염기서열분석 실행의 스냅샷을 보여주며, 이는 잠재적으로 문제가 있는 프라이머를 나타냅니다. 이러한 증폭 불량 영역을 보다 철저하게 조사함으로써 프라이머 불일치를 식별할 수 있었으며, 이를 통해 개별 프라이머를 재설계하고 개선할 수 있었습니다. 일부 프라이머 체계는 다른 체계보다 더 많은 불일치를 보였습니다. 이는 필리핀과 비교하여 동아프리카 프라이머 계획에서 관찰되며, 동아프리카 계획은 훨씬 더 광범위한 다양성을 포착하는 것을 목표로 하기 때문에 목표 다양성에 부합합니다.
RABV 게놈 데이터 관리를 위한 범용 리소스인 RABV-GLUE42와 계통 분류 및 명명법 시스템인 MADDOG60을 사용하여 결과 RABV 염기서열을 컴파일하고 해석했습니다. 표 7 은 RABV-GLUE를 사용하여 할당된 각 국가에서 유통되는 주요 및 보조 분류를 보여줍니다. 또한 MADDOG 할당에 따른 로컬 계보의 고해상도 분류도 표시됩니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65414/65414fig01.jpg"> 그림 1: RABV의 샘플-시퀀싱-해석 워크플로우. (A) 시료 전처리, (B) PCR 및 라이브러리 전처리, (C) 염기서열분석 및 생물정보학에서 분석 및 해석에 이르는 단계를 요약하여 보여줍니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/65414fig01large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65414/65414fig02.jpg"> 그림 2: 프라이머 체계 개략도. A (빨간색 )와 B (녹색)의 두 개의 개별 풀에 할당되는 정방향 및 역방향 프라이머(반쪽 화살표) 쌍에 대한 '인덱스 참조 게놈'(짙은 보라색)을 따라 어닐링 위치. 프라이머 쌍은 인덱스 참조 게놈을 따라 scheme_name_X_DIRECTION순차적으로 번호가 매겨진 400bp 중첩 앰플리콘(파란색)을 생성하며, 여기서 'X'는 프라이머에 의해 생성된 앰플리콘을 나타내는 숫자이고 'DIRECTION'은 각각 정방향 또는 역방향을 설명하는 'LEFT' 또는 'RIGHT'입니다. 'X'의 홀수 또는 짝수 값은 풀(각각 A 또는 B)을 결정합니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/65414fig02large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65414/65414fig04.jpg"> 그림 3: 나노포어 플로우 셀48. 파란색 라벨은 프라이밍 용액이 추가되는 프라이밍 포트를 덮는 프라이밍 포트 커버, 샘플이 적하 방식으로 추가되는 샘플 포트를 덮는 SpotON 샘플 포트 커버, 폐기물 포트 1 및 2, 플로우 셀 ID를 포함하여 플로우 셀의 다양한 부분을 나타냅니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/65414fig04large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65414/65414fig03.jpg"> 그림 4: 2021년과 2022년에 최적화된 워크플로우를 사용하여 RABV 염기서열분석이 수행된 위치를 보여주는 지도. 거품 크기와 색상은 위치당 시퀀스 수에 해당하며, 작고 어두울수록 적고 크고 밝을수록 많습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/65414fig03large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65414/65414fig05v2.jpg"> 그림 5: 웹 브라우저의 RAMPART 시각화 스크린샷. 바코드 이름은 생물정보학 설정에 따라 샘플 이름으로 대체됩니다. 상단 3개의 패널은 인덱스 참조 게놈의 뉴클레오티드 위치당 각 바코드에 대한 매핑된 판독의 적용 범위(왼쪽 상단, 바코드로 색상), 시간 경과에 따른 모든 바코드의 매핑된 판독값 합계(상단 중앙) 및 바코드당 매핑된 판독(오른쪽 상단, 바코드로 색상)과 같은 전체 실행에 대한 요약 플롯을 보여줍니다. 아래쪽 패널에는 바코드당 플롯 행이 표시됩니다. 왼쪽에서 오른쪽으로: 인덱스 참조 게놈의 뉴클레오티드 위치당 매핑된 판독의 커버리지 깊이(왼쪽), 매핑된 판독의 길이 분포(가운데), 시간 경과에 따라 매핑된 판독의 10배, 100배 및 1,000배 커버리지를 얻은 인덱스 참조 게놈의 뉴클레오티드 위치 비율(오른쪽). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/65414fig05largev2.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65414/65414fig06v2.jpg"> 그림 6: 프로토콜을 사용하여 염기서열을 분석한 필리핀의 광견병 바이러스 샘플에 대한 게놈 전반의 판독 범위. 게놈의 각 뉴클레오티드 위치에서의 판독 범위는 라이브러리를 생성하는 데 사용된 중첩 앰플리콘(1-41)의 위치와 함께 표시됩니다. 커버리지 깊이의 스파이크는 앰플리콘 중첩 영역에 해당합니다. 커버리지 깊이가 낮은 앰플리콘은 앰플리콘 중첩 영역에 해당합니다. 커버리지 깊이가 낮은 앰플리콘은 빨간색으로 강조 표시되어 최적화가 필요할 수 있는 문제가 있는 영역을 나타냅니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/65414fig06largev2.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 1: cDNA 준비를 위한 마스터 믹스 및 열 순환기 조건. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table%201.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 2: 멀티플렉스 PCR을 위한 마스터 믹스 및 열 순환기 조건. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table%202.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 3: 최종 분취 반응을 위한 마스터 믹스 및 열 순환기 조건. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table%203.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 4: 바코드를 위한 마스터 믹스 및 열 순환기 조건. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table%204.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 5: 염기서열분석을 위한 어댑터 결찰 마스터 믹스 및 최종 라이브러리 희석. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table-5_revised.zip" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 6: 생성된 광견병 바이러스 전체 게놈 염기서열의 수와 샘플-염기서열-해석 워크플로우를 사용하는 여러 국가에서 사용된 샘플 유형. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table%206.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
표 7: 워크플로우를 사용하여 생성된 염기서열에 대한 RABV-GLUE의 주요 및 보조 클래드 할당과 MADDOG의 계보 할당. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Table%207.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
보충 파일 1: Primer scheme design and optimization, and amplicon read depth analysis. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Supplementary%20File%201.docx" target="_blank">이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
보충 파일 2: 계산 설정 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Supplementary%20File%202.docx" target="_blank">이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
보충 파일 3: RABV WGS 프로토콜 워크시트 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65414/Supplementary%20File%203-%20Worksheet.xlsx" target="_blank">이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>

여기에서는 나노포어 기술을 사용하여 광견병 바이러스(RABV) 게놈을 특성화하기 위한 빠르고 비용 효율적인 워크플로우를 제시합니다. 이 워크플로우는 지역 수준에서 유전체학 정보 감시를 지원하기 위한 것으로, 광견병 통제 조치를 안내하기 위해 순환하는 RABV 계통 및 지역 계통 발생 내 배치에 대한 정보를 제공합니다.

Genomic data can be used to track the transmission and geographic spread of infectious diseases. However, the sequencing capacity required for genomic ...

우리의 연구는 저소득 및 중간 소득 국가의 병원체 감시를 강화하기 위해 고급 유전체학을 사용합니다. 이를 통해 현지 연구자들은 누가, 무엇을, 어디서, 왜, 언제라는 다섯 가지 큰 질문에 답할 수 있습니다. 그리고 이것은 현장의 실용적인 솔루션을 알려줄 수 있습니다.우리는 나노 기공 기술을 사용하여 시퀀싱을 분산시킵니다. 사용 용이성, 휴대성 및 다른 플랫폼에 비해 저렴한 비용으로 인해 리소스가 적은 설정에 이상적입니다. 또한 시료 공급원에서 신속하게 염기서열을 분석할 수 있다는 것은 동물-인간 환경 인터페이스에서 감시를 수행할 수 있다는 것을 의미합니다.우리는 다양한 품질의 샘플에서 전체 게놈을 얻는 데 어려움을 겪고 있습니다. 외딴 지역에서 제출된 자료는 보관 상태가 좋지 않은 상태로 운송되는 경우가 많았습니다. 또한 데이터를 해석하는 데 유용한 생물정보학 도구에 대한 전문 지식도 제한적입니다.따라서 이러한 도구는 MADDOG 및 drug-V GLUE와 같습니다. 이것은 제어를 시작하는 데 도움이 되는 보편적인 방식으로 데이터를 해석하는 데 사용할 수 있습니다. 우리는 광견병의 빠른 염기서열 또는 전체 게놈 염기서열에 대해 프로토콜을 최적화하는 방법을 보여주고, 광견병이 실제로 어떻게 순환하는지, 무엇이 순환하는지, 언제 순환하는지에 대한 다양한 질문에 답하기 위해 저소득 국가에서 광견병 염기서열 분석을 위해 어떻게 적응하고 사용할 수 있는지 확인하려고 합니다.그리고 이 정보는 광견병 퇴치 전략에 필요합니다. 이제 바이러스 게놈 감시에 더 쉽게 접근할 수 있습니다. 그러나 지역 통제 노력을 위한 데이터 분석 및 해석에 대한 지침은 더 제한적입니다.당사의 프로토콜은 엔드 투 엔드 파이프라인을 제공하여 현지 과학자들에게 최전선 감시 기능을 제공합니다. 바이러스 게놈의 가용성과 이러한 데이터를 해석하는 방법을 통해 연구자들은 역학적 통찰력을 정부 부처 또는 질병 통제 프로그램을 위한 실행 가능한 정보로 변환하고 의사 결정 프로세스를 안내할 수 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

나노 기 공 시퀀싱은 원격 지에서 비용 효과적인 시퀀싱을 허용 하는 새로운 기술 이며 리소스 부족 설정입니다. 여기서, 우리는 이러한 조건과 호환 되는 전 혈에서 mRNAs의 시퀀싱을 위한 프로토콜을 제시 한다.

나노 포어 시퀀싱을 사용 하 여 전 혈에서 mRNA의 시퀀싱

중첩 된 범-리스 사 바이러스는 역 전사 중 합 효소 연쇄 반응을 특이 적으로 알려진 모든 리즈 사 바이러스를 검출 하기 위해 개발 되었다. 다른 동물 종의 광견병 뇌 샘플을 이용한 검증은이 방법이 금 표준 형광 항 체 시험에 상응 하는 민감도 및 특이성을 가지 며, 일상적인 광견병 진단을 위해 사용 될 수 있음을 보여주었다.

Lyssaviruses 검출을 위한 보편적 중첩 역방향 전사 중 합 효소 연쇄 반응의 평가

dsDNA 인터칼레이팅 염료를 사용하는 이러한 실시간 RT-PCR은 리사바이러스 감염을 진단하는 데 적합합니다. 이 방법은 광견병에서 추출한 RNA로 시작하여 영양분 또는 사후 샘플로 의심되는 데, 마스터 믹스 준비, RNA 추가, 실시간 기계 설정 및 결과의 정확한 해석을 자세히 설명합니다.

광견병 진단을 위한 팬-리사바이러스 실시간 RT-PCR

우리는 뇌 생검 샘플링에서 최종 해석에 이르기까지 신속한 면역 크로마토그래피 진단 테스트 (RIDT)를 사용하여 필드 조건하에서 동물 광견병의 사후 진단을위한 완전한 프로토콜을 제시합니다. 우리는 또한 분자 분석 및 바이러스 성 지노티핑을 위한 장치를 사용하여 추가 응용을 설명합니다.

추가 분자 응용을 가진 자원 제한 적인 설정을 위한 필드 사후 광견병 급속한 면역학로토그래피 진단 시험

우리는 이전에 나노 기공 시퀀싱 플랫폼에서 앰플리코 기반 전체 게놈 우스투 바이러스 (USUV) 시퀀싱에 대한 프로토콜을 검증했습니다. 여기서, 보다 자세하게 사용되는 방법을 설명하고 나노기공 R10 유량 셀의 오차율을 결정한다.

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이 비디오 아카이브 포르말린 고정 재료를 포함한 다양한 소스에서 격리 수있는 DNA의 단지 25-100 NG를 사용하여 전체 인간 게놈을 검사 전체 게놈 기와 경로 배열 CGH에 대한 하이브 리다이 제이션 프로토콜의 기술 데모입니다.

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배우세요 광견병 바이러스 전체 게놈 염기서열 분석 방법을 나노포어 기술을 활용하여 신속하게 특성을 파악하는 것입니다. 이 기술은 현지 과학자들이 바이러스 계통을 식별하고 유전체 감시 능력을 강화하여 효과적인 광견병 통제 전략을 수립하는 데 도움을 줍니다.

나노포어 기술을 사용한 광견병 바이러스의 신속한 특성 분석을 위한 전체 게놈 염기서열 분석

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