Name: 냉동 조직 절편에서 전사체 및 후생유전체 표적의 공간적으로 분리된 단일 세포 통합 다중체체 프로파일링 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-12T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 6 s
Description: 학습하세요 냉동 조직 절편에서 공간 바코딩과 단일 세 CUT&Tag를 결합한 다중체체 프로파일링 방법을 통해 H3K27ac 수정과 유전자 발현을 동시에 분석하고 세포 유형 식별 및 조직 구조를 정밀하게 규명하는 기술을.

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	<li>St&#229;hl, P. L., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics.">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li><li>Asp, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+detection+of+fetal+marker+genes+expressed+at+low+level+in+adult+human+heart+tissue.">Spatial detection of fetal marker genes expressed at low level in adult human heart tissue.</a> Sci Rep. 7 (1), 12941 (2017).</li><li>Larsson, L., Fris&#233;n, J., Lundeberg, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+resolved+transcriptomics+adds+a+new+dimension+to+genomics.">Spatially resolved transcriptomics adds a new dimension to genomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 15-18 (2021).</li><li>Rodriques, S. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-seq:+A+scalable+technology+for+measuring+genome-wide+expression+at+high+spatial+resolution.">Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution.</a> Science. 363 (6434), 1463-1467 (2019).</li><li>Moffitt, J. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular,+spatial,+and+functional+single-cell+profiling+of+the+hypothalamic+preoptic+region.">Molecular, spatial, and functional single-cell profiling of the hypothalamic preoptic region.</a> Science. 362 (6416), eaau5324 (2018).</li><li>Kleshchevnikov, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell2location+maps+fine-grained+cell+types+in+spatial+transcriptomics.">Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (5), 661-671 (2022).</li><li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+multi-omics:+deciphering+technological+landscape+of+integration+of+multi-omics+and+its+applications.">Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications.</a> J Hematol Oncol. 17 (1), 72 (2024).</li><li>Marx, V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+of+the+Year:+spatially+resolved+transcriptomics.">Method of the Year: spatially resolved transcriptomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 9-14 (2021).</li><li>Zhu, C., Preissl, S., Ren, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+multimodal+omics:+the+power+of+many.">Single-cell multimodal omics: the power of many.</a> Nat Methods. 17 (1), 11-14 (2020).</li><li>Klemm, S. L., Shipony, Z., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+accessibility+and+the+regulatory+epigenome.">Chromatin accessibility and the regulatory epigenome.</a> Nat Rev Genet. 20 (4), 207-220 (2019).</li><li>Mimitou, E. P., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scalable,+multimodal+profiling+of+chromatin+accessibility,+gene+expression,+and+protein+levels+in+single+cells.">Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression, and protein levels in single cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (10), 1246-1258 (2021).</li><li>Deng, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial-CUT&amp;Tag:+Spatially+resolved+chromatin+modification+profiling+at+the+cellular+level.">Spatial-CUT&amp;Tag: Spatially resolved chromatin modification profiling at the cellular level.</a> Science. 375 (6581), 681-686 (2022).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Spatial-Resolution+Multi-Omics+Sequencing+via+Deterministic+Barcoding+in+Tissue.">High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue.</a> Cell. 183 (6), 1665-1681.e18 (2020).</li><li>Zhang, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+epigenome-transcriptome+co-profiling+of+mammalian+tissues.">Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues.</a> Nature. 616 (7955), 113-122 (2023).</li><li>Lee, C. N., Fu, H., Cardilla, A., Zhou, W., Deng, Y. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+joint+profiling+of+DNA+methylome+and+transcriptome+in+tissues.">Spatial joint profiling of DNA methylome and transcriptome in tissues.</a> Nature. 646 (8087), 1261-1271 (2025).</li><li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-tags+enable+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics.">Slide-tags enable single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li><li>Huang, Y. H., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unified+molecular+approach+for+spatial+epigenome,+transcriptome,+and+cell+lineages.">Unified molecular approach for spatial epigenome, transcriptome, and cell lineages.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (16), e2424070122 (2025).</li><li>Kaya-Okur, H. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CUT&amp;Tag+for+efficient+epigenomic+profiling+of+small+samples+and+single+cells.">CUT&amp;Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.</a> Nat Commun. 10 (1), 1930 (2019).</li><li>Xie, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-based+single-cell+joint+profiling+of+histone+modifications+and+transcriptomes.">Droplet-based single-cell joint profiling of histone modifications and transcriptomes.</a> Nat Struct Mol Biol. 30 (10), 1428-1433 (2023).</li><li>Caride, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Titration-based+normalization+of+antibody+amount+improves+consistency+of+ChIP-seq+experiments.">Titration-based normalization of antibody amount improves consistency of ChIP-seq experiments.</a> BMC Genomics. 24 (1), 171 (2023).</li><li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+and+controlled+chromatin+extraction+from+FFPE+tissues+and+the+application+to+ChIP-seq.">Enhanced and controlled chromatin extraction from FFPE tissues and the application to ChIP-seq.</a> BMC Genomics. 20 (1), 249 (2019).</li><li>Stuart, T., Srivastava, A., Madad, S., Lareau, C. A., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+chromatin+state+analysis+with+Signac.">Single-cell chromatin state analysis with Signac.</a> Nat Methods. 18 (11), 1333-1341 (2021).</li><li>Germain, P. L., Lun, A., Garcia Meixide, C., Macnair, W., Robinson, M. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Doublet+identification+in+single-cell+sequencing+data+using+scDblFinder.">Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder.</a> F1000Res. 10, 979 (2021).</li><li>Thibodeau, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMULET:+a+novel+read+count-based+method+for+effective+multiplet+detection+from+single+nucleus+ATAC-seq+data.">AMULET: a novel read count-based method for effective multiplet detection from single nucleus ATAC-seq data.</a> Genome Biol. 22 (1), 252 (2021).</li><li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions,+technologies,+and+species.">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li><li>Yao, Z., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+transcriptomic+and+spatial+atlas+of+cell+types+in+the+whole+mouse+brain.">A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain.</a> Nature. 624 (7991), 317-332 (2023).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Allen+Mouse+Brain+Common+Coordinate+Framework:+A+3D+Reference+Atlas.">The Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework: A 3D Reference Atlas.</a> Cell. 181 (4), 936-953.e20 (2020).</li></ol>

```html
<table><tbody><tr><td>0.4% 트라이판 블루</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td>4% 트라이판 블루 용액(Invitrogen, T10282)을 희석</td></tr><tr><td>10% Tween 20</td><td>Bio-Rad</td><td>1662404</td><td></td></tr><tr><td>10X Genomics Chromium X 장비</td><td>10X Genomics</td><td>1000331</td><td>RRID:SCR_024537</td></tr><tr><td>12웰 플레이트</td><td>Thermo Fisher</td><td>150200</td><td></td></tr><tr><td>1X CUT&amp;Tag 핵 버퍼</td><td>10x Genomics</td><td>20X 핵 버퍼를 사용하여 준비</td><td>총 110 &micro;L을 만들기 위해, 20X 핵 버퍼(10X Genomics) 5.5 &micro;L + RNAse 억제제 8.25 &micro;L + 100 mM DTT 1.1 &micro;L + 핵산 무처리 물 95.15 &micro;L을 혼합</td></tr><tr><td>20X 핵 버퍼</td><td>10x Genomics</td><td>2000207</td><td></td></tr><tr><td>4% 트라이판 블루 용액</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>5200 프래그먼트 분석기</td><td>Advanced Analytical</td><td>M5310AA</td><td></td></tr><tr><td>ABC 아틀라스</td><td>오픈 소스</td><td>N/A</td><td>개발자: Allen Institute for Brain Science (Seattle, WA) RRID:SCR_024440</td></tr><tr><td>액티베이터</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1006</td><td></td></tr><tr><td>어댑터 결합 믹스</td><td>10X Genomics</td><td>결합 버퍼, 효소, 올리고 뉴클레오타이드 사용하여 준비</td><td>총 50 ul 어댑터 결합 믹스를 만들기 위해, 결합 버퍼 20 uL + DNA 리게이스 10 uL + 어댑터 올리고 20 uL을 혼합</td></tr><tr><td>어댑터 올리고 뉴클레오타이드</td><td>10X Genomics</td><td>2000094</td><td></td></tr><tr><td>Amp 믹스</td><td>10X Genomics</td><td>2000047</td><td></td></tr><tr><td>Amulet</td><td>오픈 소스</td><td>N/A</td><td>개발자: Ucar Lab (The Jackson Laboratory) RRID: N/A</td></tr><tr><td>Anti-H3K27ac 항체</td><td>EpiCypher</td><td>13-0059</td><td>항체 로트는 대량 및 in-situ CUT&amp;Tag 분석을 위해 검증됨 RRID:AB_3712075</td></tr><tr><td>ATAC 버퍼 B</td><td>10X Genomics</td><td>PN-2000193</td><td></td></tr><tr><td>버퍼 EB</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>cDNA 증폭 반응 믹스</td><td>10X Genomics</td><td>Pre-Amp 믹스 및 프라이머 2를 사용하여 준비</td><td>총 65 uL의 cDNA 증폭 믹스를 만들기 위해, Amp 믹스 50 uL + 피쳐 cDNA 프라이머 2 15 uL을 혼합</td></tr><tr><td>Cell Ranger Arc v2.0.2</td><td>10X Genomics</td><td>N/A</td><td>RRID:SCR_023897</td></tr><tr><td>CFX Opus 실시간 PCR 시스템</td><td>Bio-Rad</td><td>12011319</td><td></td></tr><tr><td>크로마틴 Next GEM 칩 J</td><td>10X Genomics</td><td>PN 2000264</td><td></td></tr><tr><td>크로마틴 Next GEM 단일 세포 멀티옴 젤 비드 키트</td><td>10X Genomics</td><td>PN-1000231</td><td></td></tr><tr><td>크로마틴 Next GEM 단일 세포 멀티옴 GEM 키트</td><td>10X Genomics</td><td>PN-1000232</td><td>키트에는 바코딩 시약 믹스, 바코딩 효소 믹스, 템플릿 스위치 올리고, 환원제 B, 클린업 버퍼 및 퀜칭 에이전트가 포함됨</td></tr><tr><td>크로마틴 복구 시약</td><td>10X Genomics</td><td>220016</td><td></td></tr><tr><td>클린업 버퍼</td><td>10X Genomics</td><td>2000088</td><td></td></tr><tr><td>크라이오스타트</td><td>Leica Biosystem</td><td>CM1860</td><td></td></tr><tr><td>DNA 리게이스</td><td>10X Genomics</td><td>220110</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind 1.5 mL 튜브</td><td>Eppendorf</td><td>22431021</td><td></td></tr><tr><td>듀얼 인덱스 TT 세트 A</td><td>10X Genomics</td><td>PN-3000431</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads&trade; MyOne&trade; SILANE으로 Dynabeads 클린업 믹스 제작</td><td>10X Genomics</td><td>PN-2000048</td><td>총 200 uL의 Dynabead 클린업 믹스를 만들기 위해, 클린업 버퍼 182 uL + Dynabeads Myone SILANE 13 uL + 환원제 B 5 uL을 혼합</td></tr><tr><td>용출 용액 I</td><td>10X Genomics</td><td>버퍼 EB를 사용하여 준비</td><td>총 100 uL의 용출 용액 I을 만들기 위해, 버퍼 EB 98 uL + 10% Tween 20 1 uL + 환원제 B 1 uL을 혼합</td></tr><tr><td>피쳐 cDNA 프라이머 2</td><td>10X Genomics</td><td>2000097</td><td></td></tr><tr><td>프래그먼트 버퍼</td><td>10X Genomics</td><td>2000091</td><td></td></tr><tr><td>프래그먼트 효소</td><td>10X Genomics</td><td>2000090</td><td></td></tr><tr><td>프래그먼트 믹스</td><td>10X Genomics</td><td>프래그먼트 버퍼 및 효소를 사용하여 준비</td><td>��

냉동 조직 절편에서 전사체 및 후생유전체 표적의 공간적으로 분리된 단일 세포 통합 다중체체 프로파일링

Spatially Resolved, Integrated Single-Cell Multiomic Profiling of the Transcriptome and Epigenomic Targets in Frozen Tissue Sections

Spatial multiomic technologies combined with single-cell profiling offer unprecedented opportunities to elucidate the molecular and cellular architecture ...

spatially-resolved-integrated-single-cell-multiomic-profiling

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유전학

연속 크라이 섹션은 단일 마우스 골격근에서 인접 영역을 이용한 유전자 발현 측정 학적 어플리케이션 및 RNA의 농축을 가능하게 수집된다. 직접 애플리케이션에서 비교 풀링 저온부 및 측정 30mg을 - 고품질 RNA를 (20)로부터 얻어진다.

유전자 발현 및 조직 학적 분석을위한 단일 마우스 골격근의 연속 지역의 냉동 절편

우리는 냉동 된 조직에 다중 스펙트럼 이미징을 수행하는 빠른 염색 방법을 설명합니다.

냉동 조직 섹션의 다스펙트럼 형광 이미징을위한 신속한 방법

종양 내 이질성은 진모를 포함한 종양의 내재된 특징입니다. 우리는 단일 핵 RNA 및 ATAC 염기서열 분석 연구를 위한 신선한 동결 신경교종 조직에서 단 하나 핵을 격리하기 위하여 완충과 그라데이션 원심분리의 조합을 이용하는 간단하고 효율적인 프로토콜을 개발했습니다.

단일 핵 RNA-seq 및 ATAC-seq를 위한 신선한 냉동 뇌 종양에서 핵 절연

여기에서는 종양 미세 환경을 더 잘 특성화하고 특정 세포 집단을 식별하기 위해 Spatial Omics 기술의 관심 영역(ROI)을 미세 조정하는 프로토콜을 설명합니다. 단백질체학 분석의 경우 자동화된 맞춤형 프로토콜이 ROI 선택을 안내할 수 있는 반면, 전사체학 분석은 50μm의 작은 ROI를 활용하여 미세 조정할 수 있습니다.

조직에서 단백질 및 RNA 발현의 공간 프로파일링: 가상 미세 해부를 미세 조정하는 접근 방식

여기에서는 단일 핵 RNA-seq, ATAC-seq 및 관절 다중오믹스(RNA-seq 및 ATAC-seq)에 대해 급속 냉동되고 보관된 간 조직에서 핵을 분리하기 위한 프로토콜을 제시합니다.

단일 세포 다중오믹스를 위한 급속 동결 간 조직으로부터 핵 분리

이 연구는 다운스트림 단일 핵 RNA 염기서열 분석을 위해 냉동 포유류 조직에서 고품질 핵을 분리하는 간단하고 빠르며 부분적으로 자동화된 프로토콜을 설명합니다.

단일 핵 염기서열분석을 위해 냉동 포유류 조직에서 단일 핵을 분리하기 위한 간단하고 빠르며 부분적으로 자동화된 프로토콜

이 프로토콜은 조직 해리 조건, 단일 세포 현탁액의 동결 보존 및 분리된 핵 평가에 대한 권장 사항을 포함하여 10x Genomics 플랫폼을 사용하여 다중 종양 시퀀싱을 위해 고형 종양 검체에서 핵을 분리하는 데 신뢰할 수 있고 최적화된 접근 방식을 제공합니다.

Multiome Sequencing을 위한 신선 및 냉동 고형 종양 검체에서 최적화된 핵 분리

망막은 층류 구조 전반에 걸쳐 복잡한 공간 조직을 나타냅니다. 현대의 공간 전사체학 및 염기서열분석 기술에는 20μm 두께&lt; 조직 절편이 필요하기 때문에 망막 연구 적용이 제한됩니다. 이 신선 냉동 냉동 절편 방법은 평면 공간 관계를 유지하면서 마우스 망막의 얇은 표면 부분을 생성하여 층판 전반에 걸쳐 포괄적인 분자 매핑을 가능하게 합니다.

En 얼굴 High-dimensional Spatial Molecular Analysis (고차원 공간 분자 분석을 위한 마우스 망막의 동결 절편)

이 기사에서는 조직 구조를 보존하면서 다양한 전사체의 고해상도 매핑을 가능하게 하는 Stereo-seq를 사용하여 포르말린 고정 파라핀 포매 조직 절편에서 숙주, 바이러스, 진균 및 마이크로바이옴 RNA의 포괄적인 공간 전사체 프로파일링을 수행하는 프로토콜을 제시합니다.

Stereo-seq 를 통한 종에 구애받지 않는 전사체의 포괄적인 공간 프로파일링

단일 셀의 순서는 고해상도 게놈 변화를 해결하기위한 점점 인기 액세스 도구입니다. 우리는 하나의 셀에 복사 번호 변경을 식별하기 위해 단일 셀 시퀀싱을 사용하는 프로토콜을 제공합니다.

단일 셀 시퀀싱을 사용하여 복사 번호 수선의 검출

학습하세요 냉동 조직 절편에서 공간 바코딩과 단일 세 CUT&Tag를 결합한 다중체체 프로파일링 방법을 통해 H3K27ac 수정과 유전자 발현을 동시에 분석하고 세포 유형 식별 및 조직 구조를 정밀하게 규명하는 기술을.

냉동 조직 절편에서 전사체 및 후생유전체 표적의 공간적으로 분리된 단일 세포 통합 다중체체 프로파일링

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