Name: Methylated DNA의 Immunoprecipitation (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-01-02T00:00:00.000+00:00
Duration: 21 min 24 s
Description: 배우세요 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP) 프로토콜을 통해 비편향적으로 메틸화된 DNA를 분리하는 방법을 익히세요. 이 기법은 후성유전학 및 질병 연구에서 DNA 메틸화 패턴을 분석하는 데 필수적입니다.

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우리는이 비디오 및 문서를 비평에 참여를 위해 갈색과 램 실험실의 구성원을 감사하고 싶습니다. 이 작품은 건강 연구와 건강 연구에 대한 마이클 스미스 재단에 대한 캐나다 연구소에서 자금을 지원했다.

DNA 추출 및 샘플 준비 다른 샘플의 다양한 (교양 세포, 신선한뿐만 아니라 포르말린 고정 파라핀 - 임베디드 조직 얼어붙은)에서 DNA가 MeDIP 사용할 수 있습니다. 같은 histones으로 관련된 단백질없이 높은 정화 DNA를 사용하는 것이 중요합니다. 그것의 DNA quantitation 및 항체 바인딩 모두를 방해할 수 있으므로, 샘플에서 가능한 한 많은 RNA를 제거하는 것도 중요합니다. MeDIP에 사용되는 DNA의 양은 200 NG에서 사용할 DNA의 양에 따라 1 μg 범위 수 있습니다. 이 프로토콜을 입증하기 위해, DNA 1 μg가 사용됩니다. 다음 프로토콜은 교양 세포에서 고품질의 이중 좌초 DNA를 제공합니다. 다른 프로토콜은 다른 샘플 형식에서 DNA의 추출을위한 고용해야합니다. <ol><li> 1.7 ML Eppendorf 튜브에 세포 펠렛을 소화 버퍼 400 μl를 추가합니다. </li><li> 튜브에 proteinase K 100 μg을 추가하고 50 밤새 품어 ° C. </li><li> 500 μl 페놀 산도 7 추가하고 반전에 의해 부드럽게하지만 철저히 섞는다. </li><li> 실온에서 10 분 13 000g에 스핀. </li><li> 새로운 튜브로 수성 (위) 분수를 제거합니다. </li><li> 반복되면 3-5 단계를 반복합니다. </li><li> 500 μl 1시 1분 페놀 / 클로로포름 산도 7 추가하고 반전에 의해 부드럽게하지만 철저히 섞는다. </li><li> 실온에서 10 분 13 000g에 스핀. </li><li> 새로운 튜브로 수성 (위) 분수를 제거합니다. </li><li> RNase 40 μg을 추가하고 37 1 시간을 품어 ° C. </li><li> 500 μl 페놀 산도 7 추가하고 반전에 의해 부드럽게하지만 철저히 섞는다. </li><li> 실온에서 10 분 13 000g에 스핀. </li><li> 새로운 튜브로 수성 (위) 분수를 제거합니다. </li><li> 반복 일단 13을 통해 11 단계를 반복합니다. </li><li> 500 μl 1시 1분 페놀 / 클로로포름 산도 7 추가하고 반전에 의해 부드럽게하지만 철저히 섞는다. </li><li> 실온에서 10 분 13 000g에 스핀. </li><li> 새로운 튜브로 수성 (위) 분수를 제거합니다. </li><li> 1/10th 볼륨에게 3 M의 아세트산 나트륨 (40 μl)을 추가하고 잘 섞는다. </li><li> 100 % 에탄올 2 권 (900 μl)를 추가, 20 분에 대해 -20 ° C에서 잘 믹스, 장소. </li><li> 4 20 분 13 000g에 스핀 ° C. </li><li> , 에탄올을 제거 펄스 스핀, 그리고 잔류 에탄올을 제거하십시오. </li><li> 세척 500 μl 차가운 70 % 에탄올을 추가합니다. 4 20 분 13 000g에 스핀 ° C. </li><li> , 70 % 에탄올을 제거 펄스 스핀, 그리고 pipetting하여 잔류 에탄올을 제거하십시오. </li><li> 공기가 잔류 에탄올의 모든 흔적을 제거하는 실온에서 10 분 오픈 뚜껑과 펠릿 건조. </li><li> 4 밤새 소독 dH2O의 50 μl에 Resuspend의 DNA ° C. </li><li> NanoDrop 분광을 이용하여 DNA를 계량. 260 : 1.8 280 비율이 이상적입니다. </li><li> 100 BP의 사다리와 아가로 오스 겔에 DNA의 품질과 크기 범위를 확인합니다. 게놈 DNA의 조금은 10 NG는 SYBR 골드 같은 DNA의 소량에 매우 민감합니다 염료를 사용하여 얼룩 다음 1.7 % 아가로 오스 겔에서 실행할 수 있습니다. </li><li> 샘플 당 하나의 siliconized 튜브, 소독 DH 2 O.와 만들어진 볼륨의 나머지 부분과 함께 50 μl의 총 볼륨의 DNA 1 μg를 준비 </li></ol> DNA SONICATION DNA의 sonication과 MeDIP 프로토콜은 튜브 벽에 단백질이 아닌 특정 바인딩을 방지하기 위해 siliconzied 튜브에 수행되어야합니다. DNA 샘플을위한 최적의 sonication 시간은 겔 전기 영동 (단계 27)에서 결정된 DNA 샘플 조각의 정도를 기준으로합니다. 예를 들어, 교양 세포에서 추출한 DNA는 매우 높은 분자량의해야하고, 이후 종종 부분적으로 저하 아르 보존 시료에서 추출한 DNA보다 더 많은 sonication 필요합니다. 샘플이 균일하게 높은 분자량의 경우,는 각각 샘플을 확인하지 않고이 프로토콜에 설명되어있는 sonication과 함께 진행하는이 시점에서 합리적이다. 샘플 아카이브 샘플로 조각난있다면, 그것은 300 - 100bp 조각을 얻기 위해 sonication 시간을 줄임으로써 가능성 sonication 절차를 적응하기 위해 필요한 것입니다. 당신은 부분적으로 저하, sonication 매개 변수의 최적화 관심이 그 대표 샘플을 수행할 수 아르 샘플을 처리할 것으로 예상하십시오. 겔 전기 영동 (단계 27)에서 관찰의 DNA 조각의 정도에 따라, 실험자의 샘플에 대한 최적의 sonication 시간을 미리하실 수 있습니다. 여기 우리는 높은 분자량의 DNA를 사용하여 자동 sonicating 장치 (Diagenode에서 Bioruptor, UCD - 200 TM)와 sonication하여 300-1000 BP의 DNA 조각을 얻을 수있는 방법을 설명합니다. <ol><li> Biorupter에 물이 4 있어야 ° C. </li><li> 자동 설정 7 분 (30 초 최대 전력에서 30 초 해제)에 대한 Sonicate. </li><li> immunoprecipitation (IP) 반응에 대한 siliconized 1.7 ML의 원심 분리기 튜브의 sonicated 제품과 장소 800 NG를 (40 μl)를 제거합니다. </li><li> 입력으로 봉사하는 나머지 200 NG (10 μl) (IN) (4 스토어 ° C)을 참조 DNA를 별도로 설정합니다. </리&gt; </ol> METHYLATED DNA의 IMMUNOPRECIPITATON <ol><li> 물 목욕 10 분 95 ° C에서 IP 반응 (800 NG)에 사용되는 DNA를 변성. </li><li> 얼음 즉시 쿨. 다음 단계로 진행하기 전에 (얼음 약 5 분)을 완전히 DNA은 식지. </li><li> 5 μg 단클론 항체를 추가합니다. </li><li> 500 μl의 최종 볼륨 IP 버퍼 (이 프로토콜을 통해 상온에서 사용) 추가합니다. </li><li> 튜브 홀더를 회전 4에서 2 시간 ° C에 대해 숙고하다. </li><li> 5 단계가 완료되기 전에 (6-11 단계) 세탁하여 Dynabeads를 준비합니다. 첫째, vortexing하여 유리병에 철저하게 구슬을 resuspend. </li><li> 새로운 siliconized 튜브 (예를 들어, 8 개의 반응을하는 경우, 9, 즉 270 μl 정도 구슬을 제거)로, 반응 더하기 하나 당 resuspended Dynabeads 30 μl를 (~ 2 × 10 7) 전송합니다. </li><li> 상온에서 2 분에 대한 자성 랙에 튜브를 삽입합니다. </li><li> 뜨는을 피펫. 뜨는 제거하면, 피펫 팁과 내부 벽 (구슬은 자석을 유치 어디)에 대한 구슬을 감동하지 마십시오. </li><li> 자석에서 튜브를 제거하고 IP 버퍼의 초과 량 (750 μl - 1000 μl)의 구슬을 resuspend. 다시 실온에서 2 분을위한 자기 랙에 튜브를 삽입합니다. </li><li> 한 번 더 씻어을 반복하고 7 단계에서 제거 원래 볼륨의 IP 버퍼에 씻은 구슬을 resuspend. </li><li> 각 IP 반응을 씻어 Dynabeads 30 μl 추가 </li><li> 4 2 시간에 회전 튜브 홀더에 품어 ° C. </li><li> 배양이 완료되면, 상온에서 2 분을위한 자기 랙에 튜브를 놓으십시오. </li><li> 뜨는을 피펫. 피펫 팁로 튜브의 내부 벽 (비즈는 자석을 유치 어디에) 감동하지 마십시오. IP 버퍼 500 μl를 추가합니다. 튜브의 내용을 믹스 2 분을위한 자기 선반에 놓으세요. 500 UL IP 버퍼 한 번에 함께 씻어 반복합니다. </li><li> 마지막 세척에서 뜨는을 제거한 후 소화 버퍼 400 μl의 구슬을 resuspend. </li><li> Proteinase K 100 μg과 반응을 치료하고 50 밤새 품어 ° C. </li></ol> IMMUNOPRECIPITATED DNA의 정제 <ol><li> 500 μl 1시 1분 페놀 / 클로로포름 산도 7 철저히 와동을 추가합니다. </li><li> 실온에서 10 분 13 000g에 스핀. </li><li> 새로운 튜브로 수성 (위) 분수를 제거합니다. </li><li> 수성 및 유기 층 사이의 계면이 흐린 나타나면 반복 1-3 단계를 반복합니다. </li><li> 10분의 1 일 볼륨 3 M의 아세트산 나트륨 (40 μl)와 와동을 추가합니다. </li><li> 1 글리코겐의 μl (20 μg / μl)와 와동을 추가합니다. </li><li> 100 % 에탄올, 소용돌이, 그리고 20 분에 대해 -20 ° C에서 장소 2 권 (1000 μl)를 추가합니다. </li><li> 4 20 분 13 000g에 스핀 ° C. </li><li> , 에탄올을 제거 펄스 스핀, 그리고 잔류 에탄올을 제거하십시오. </li><li> 세척 500 μl 차가운 70 % 에탄올을 추가합니다. 4 20 분 13 000g에 소용돌이 간략하게, 그리고 스핀 ° C. </li><li> , 70 % 에탄올을 제거 펄스 스핀, 그리고 pipetting하여 잔류 에탄올을 제거하십시오. </li><li> 공기가 잔류 에탄올의 모든 흔적을 제거하는 실온에서 10 분 오픈 뚜껑과 펠릿 건조. </li><li> 10 μl의 Resuspend DNA 펠렛은 DH 2 0을 살균. </li></ol> PCR에 의해 검증 <ol><li> 당신은 MeDIP 절차는 보통 인간의 DNA를 (남녀)를 사용하여 MeDIP 프로토콜을 수행하여 작업하고, 이후 methylation에 대한 풍부한 것으로 알려져 영역을 시금 있는지 확인하기 위해 검사 수도 있습니다. </li><li> PCR 튜브에 MeDIP 제품의 30 %, 다른 PCR 튜브에 MeDIP 제품의 또 다른 30 ​​%를 제거합니다. </li><li> PCR 튜브에 DNA에 10 NG, 다른 PCR 튜브에 DNA에 10 NG 놔. 이제 네 별도의 PCR 반응은 설정해야합니다. </li><li> PCR은 H19와 CTRL primers를 사용하여 수행은 표 1에서 지적했다. </li><li> 으로 표 2에 명시된 12.5 μl 총 볼륨 PCR 반응을위한 두 mastermixes (각 프라이머 세트)로 준비하세요. </li><li> Thermocycle PCR은 표 3에 제시된 조건을 사용합니다. </li><li> 시각화를위한 2 % 아가로 오스 겔에 PCR 제품의 5 μl를 실행합니다. </li><li> 성공 MeDIP에 대한 예상 결과는 표 4에 표시됩니다. </li></ol> 테이블 표 1 : H19 및 PCR 검증을 위해 CTRL primers. <table border="1"><tbody><tr><td> 프라이머 세트 </td><td> 앞으로 프리머 </td><td> 역방향 프리머 </td><td> 예상 제품 크기 </td></tr><tr><td> H19 </td><td> H19_F 5&#39; - cgagtgtgcgtgagtgtgag </td><td> H19_R 5&#39; - ggcgtaatggaatgcttgaa </td><td> 174 BP </td></tr><tr><td> CTRL (제어) </td><td> CTRL_F5&#39; - gagagcattagggcagacaaa </td><td> CTRL_R 5&#39; - gttcctcagacagccacattt </td><td> 139 BP </td></tr></tbody></table> 표 2. PCR 반응을위한 Mastermixes. <table border="1"><tbody><tr><td></td><td> H19 믹스 (사람마다 Rxn) </td><td> CTRL 믹스 (사람마다 Rxn) </td></tr><tr><tD&gt; ddH 2 O </td><td> 6.875 </td><td> 6.875 </td></tr><tr><td> 10X 버퍼 </td><td> 1.25 </td><td> 1.25 </td></tr><tr><td> dNTP 혼합 (10 MM 각) </td><td> 0.25 </td><td> 0.25 </td></tr><tr><td> MgCl 2 (50 ㎜) </td><td> 0.25 </td><td> 0.25 </td></tr><tr><td> Primers (H19_F / R 또는 CTRL_F / R) (10 μm의 각 F / R) </td><td> 0.625 </td><td> 0.625 </td></tr><tr><td> 플래티넘 DNA 형성 촉매 </td><td> 0.25 </td><td> 0.25 </td></tr></tbody></table> 표 3. PCR thermocyling 조건. <table border="1"><tbody><tr><td></td><td> 95 ° C </td><td> 5시 </td></tr><tr><td rowspan="3"> 40X </td><td> 95 ° C </td><td> 0시 반 </td></tr><tr><td> 56 ° C </td><td> 0시 반 </td></tr><tr><td> 72 ° C </td><td> 0시 15분 </td></tr></tbody></table> 표 4. 성공 MeDIP에 대한 PCR 결과를 예상. <table border="1"><tbody><tr><td></td><td colspan="2" align="center"> 템플릿 DNA </td></tr><tr><td> 프리머 사용되는 </td><td> IN </td><td> IP </td></tr><tr><td> H19 </td><td> 긍정적인 </td><td> 긍정적인 </td></tr><tr><td> CTRL </td><td> 긍정적인 </td><td> 부정 </td></tr></tbody></table>

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</ol>

질병에있는 중요한 역할의 DNA methylation의 재생의 성장 의식이있다,이 수정을 측정 assays의 따라서 개발은 13 초, 12 초, 3 점차 중요 해지고 있습니다. MeDIP 기술은 전체 게놈과 로커스 - 특정 레벨 6, 7 모두에서 검사를받을 수있는 도구입니다. 이 기술은 DNA를 시작하는 제한된 양의를 사용하여 DNA의 methylation 수준의 빠른 볼을 제공하며 서로 다른 소스 사이에서 쉽게 비교를 위해 수 있습니다. MeDIP 제품을 사용하는 다운 스트림 응용 프로그램은 전체 게놈 및 CPG 섬 oligonucleotide 배열, 관심 loci에 대한 직접적인 PCR의 assays뿐만 아니라, 시퀀싱 등 microarrays 다양한 있습니다. MeDIP는 methylated DNA와 6 unmethylated 구분하는 항체에 의존 DNA의 methylation 검출에 대한 독특한 접근 방식을 제...

<table><tbody><tr><td>Biorupter 초음파 파쇄기</td><td>도구</td><td>Diagenode</td><td>UCD-200 TM</td><td></td></tr><tr><td>1.7ml SafeSeal 마이크로원심분리 튜브</td><td>기타</td><td>Sorenson BioScience</td><td>11510</td><td></td></tr><tr><td>ND 3300 분광광도계</td><td>도구</td><td>NanoDrop</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1차 항체: Anti-5&amp;rsquo;-methylcytosine mouse mAb</td><td>시약</td><td>Calbiochem</td><td>162 33 D3</td><td></td></tr><tr><td>2차 항체: Dynabeads M-280 Sheep anti-mouse IgG</td><td>시약</td><td>Invitrogen</td><td>112-01D</td><td></td></tr><tr><td>자성 튜브 랙</td><td>도구</td><td>Invitrogen</td><td>CS15000</td><td></td></tr><tr><td>Mini LabRoller</td><td>도구</td><td>Labnet International</td><td>H5500</td><td></td></tr><tr><td>IP 버퍼</td><td></td><td></td><td></td><td>10 mM NaPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; pH 7.0, 140 mM NaCl, 0.05% Triton X-100. 실온 보관</td></tr><tr><td>분해 버퍼</td><td></td><td></td><td></td><td>10 mM Tris pH8.0, 100 mM EDTA, 0.5% SDS, 50 mM NaCl</td></tr></tbody></table>

methylated dna의 immunoprecipitation

Methylated DNA Immunoprecipitation

DNA의 methylation 패턴의 식별은 methylation은 유전자 발현에 큰 영향을 미칠 것으로 알려져으로 epigenetics의 연구에서 일반적인 절차이며, 정상적인 발달뿐만 아니라 질병에 관여<sup&gt; 1-4</sup&gt;. 그러므로, methylated DNA가 아닌 methylated DNA 구별하는 능력은 연구 methylation 프로파일을 생성하기 위해 필수적입니다. Methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP)는 관심의 샘플에서 methylated DNA의 추출을위한 효율적인 기술입니다<sup&gt; 5-7</sup&gt;. DNA의 짧은 200 NG의 예제는 항체 또는 immunoprecipitation (IP), 반응 충분합니다. DNA는 300-1000 BP의 크기에 이르기까지 조각으로 sonicated이며, immunoprecipitated (IP)과 입력 (IN) 부분으로 나뉘어져 있습니다. IP DNA는 이후 단클론 항체가 methylated DNA를 바인딩 수 있도록, 변성 그리고 안티 5&#39;mC와 incubated 열 수 있습니다. 이 후, 차 항체에 대한 친화력이있는 이차 항체를 포함하는 자성 비즈를 추가하고, incubated 있습니다. 이러한 비드 링크된 항체는 첫 번째 단계에서 사용하는 단클론 항체를 바인딩합니다. 항체 복합 (methylated DNA)에 바운드 DNA는 솔루션의 단지를 빼내 자석을 사용하여 DNA의 나머지 부분에서 분리됩니다. IP 버퍼를 사용하는 몇 가지 세척은 다음 언바운드 아닌 methylated DNA를 제거하기 위해 수행됩니다. methylated DNA / 항체 단지 그 다음은 methylated DNA가 그대로 둔 항체를 소화 Proteinase K와 소화하고 있습니다. 단백질 물질을 제거하는 클로로포름 추출 후 나중에 사용하기 위해 시켰던과 물에 resuspended : 농축 DNA는 페놀로 정화됩니다. PCR 기법은 IP의 증폭 제품을 분석하여하고 부족으로 알려진 methylated 시퀀스를 포함하는 것으로 알려진 지역에 대한 DNA에 MeDIP 절차의 효율성을 확인하는 데 사용할 수 있습니다. 정화 methylated DNA는 다음 로커스 특정 (PCR) 또는 게놈 전체 (microarray 및 시퀀싱) methylation 연구에 사용하고, 같은 유전자 발현 프로 파일링 및 배열 비교 게놈 하이브 리다이 제이션 등 다른 연구 도구와 함께 적용하면 (특히 유용합니다 수 있습니다 CGH)<sup&gt; 8</sup&gt;. DNA의 methylation에 추가 수사를 차례로, aberrantly methylated DNA의 특징과 같은 암 같은 질병에 대한 새로운 치료 또는 전조의 연구 도구를 개발에 유용할 수 있습니다 새로운 epigenetic 목표의 발견으로 이어질 것입니다<sup&gt; 2, 4, 9-11</sup&gt;.

이 동영상은 methylated DNA의 immunoprecipitation (MeDIP)에 대한 프로토콜을 보여줍니다. MeDIP가 선택 (안티 - 5 MC) 5 methylcytosine에 대한 특이성과 항체를 사용하여 게놈 DNA 샘플에서 methylated DNA 조각을 추출 두 하루 절차입니다.

Methylated DNA의 Immunoprecipitation

DNA 메틸화 패턴의 식별은 후성유전학 연구에서 일반적인 절차인데, 이는 메틸화가 ...에 상당한 영향을 미치는 것으로 알려져 있기 때문입니다.

이 영상에서는 메틸화된 DNA 면역침강법(methylated DNA immunoprecipitation) 또는 meetup 프로토콜을 설명합니다. 이는 편향되지 않은 방식으로 메틸화된 DNA를 특이적으로 분리하는 데 사용되는 방법입니다. 포유류의 DNA 메틸화는 시토신의 C5 위치에 메틸기가 추가되는 것이 특징입니다.CPG 디뉴클레오타이드에 존재할 때, 이는 정상적인 발달뿐만 아니라 여러 질병 과정에서 중요한 역할을 하는 가역적인 후성유전학적 표지가 됩니다. DNA 메틸화의 정상적인 기능에는 여성의 X 염색체 불활성화, 반복 서열의 소멸, 게놈 각인 및 게놈 안정성 유지가 포함됩니다. 또한 DNA 메틸화는 암, 드윌리 증후군, 엔겔만 증후군, 면역결핍 중심절 불안정성 및 안면 기형 증후군과 같은 수많은 질병에서 역할을 하는 것으로 밝혀졌습니다.예를 들어, 암에서는 비정상적인 과메틸화와 프로모터로 인해 필수적인 종양 억제 유전자의 발현이 억제될 수 있습니다. 부적절한 저메틸화는 염색체 불안정성과 온코진 활성화를 초래하며, 분석은 먼저 DNA를 300에서 1000 base pairs 크기의 조각으로 초음파 분쇄하여 수행합니다. 그 후 초음파 분쇄된 DNA를 95 °C에서 변성시킵니다.5-메틸사이토신을 인식하는 1차 항체를 첨가하여 메틸화된 DNA 단편에 결합하도록 합니다. 마그네틱 다이나비드(magnetic dyna beads)가 접합된 2차 항체를 사용하여 1차 항체가 결합한 DNA 단편을 분리합니다. 메틸화되지 않은 단편은 제거하고, 항체는 단백질 분해 효소(proteinase)로 소화시킵니다.KA 페닐 클로로폼 정제 과정을 통해 소화된 단백질을 제거하고, 침전을 통해 DNA를 정제하면 메틸화된 단편이 농축됩니다. 정제된 DNA는 PCR 마이크로어레이 및 시퀀싱과 같은 응용 분야에 사용할 수 있습니다. 정제 과정은 일반적으로 2일에 걸쳐 수행됩니다.첫째 날에는 DNA 준비, 초음파 처리 면역침전 및 단백질 소화 단계가 진행됩니다. 둘째 날에는 메틸화가 농축된 DNA를 정제하고 분리하기 위해 pH 클로로포름 추출과 에탄올 침전 단계를 수행합니다. 실리콘 처리된 원심분리 튜브, DNA 초음파 처리 장치, 1차 항체(anti 5-methylcytosine mouse monoclonal antibody), 2차 항체(sheep anti-mouse IgG가 접합된 Dynabeads), 그리고 자석 튜브 랙을 포함하여 준

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

DNA의 methylation 분석을위한 황금 표준 bisulphite 변환 DNA의 게놈 시퀀싱 수 있습니다. 이 방법은 산성 조건 하에서 deamination을 bisulphite 5 - methylcytosine (5 멕)과 비교 사이 토신의 증가 감도 활용합니다. Unmethylated cytosines는 대상 게놈의 DNA의 PCR 증폭 후 methylated cytosines 구별하실 수 있습니다.

의 DNA Methylation : Bisulphite의 변경 및 분석

이 비디오는 나일론 멤브레인에 DNA 샘플을 블롯팅하고 단클론 항체를 사용한 후속 시각화를 통해 체외에서 인간 연골 세포의 DNA 메틸화 수준을 결정하는 도트 블롯 기술을 설명합니다. 이는 배양의 다양한 단계에서 연골세포의 표현형을 결정하는 데 도움이 됩니다.

DNA 메틸화 정도를 결정하기 위한 5-메틸시토신 점 블롯

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing은 시토신 중아황산염 변환과 결합된 제한 효소 분해를 기반으로 DNA 메틸화 분석을 위한 염기서열분석 라이브러리를 준비하는 방법입니다. 이 프로토콜은 50ng의 시작 물질이 필요하며 GC가 풍부한 게놈 영역에서 염기쌍 분해능 데이터를 생성합니다.

자료 쌍 해상도에서 DNA 메틸화의 평가에 대한 표현 바이 설 파이트 시퀀싱을 감소 향상

DNA 메틸화는 다양한 자극에 대한 반응으로 유전자 발현의 역동적인 변화를 허용할 뿐만 아니라 안정적인 수준의 유전자 발현을 유지할 수 있습니다. DNA 메틸화의 유전자 특이적 변화와 이러한 변화가 유전자 발현에 미치는 영향을 연구할 수 있는 기술에 대해 자세히 설명합니다.

유전자 특이 발현과 DNA 메틸화 변화와 성상 세포의 전사 활동의 상관 관계<em&gt; KCNJ10</em&gt; (Kir4.1)

여기서 우리는 프로토콜이 메틸 바인딩 DNA 캡처 시퀀싱 (MBDCap-서열 또는 MBD-SEQ) 기술과 이후의 생물 정보학 분석 파이프 라인을 사용하여 대규모 임상 환자 스크리닝 연구에서 게놈 전체 DNA 메틸화를 조사하기 위해 제시한다.

환자 조직에 대한 메틸 결합 DNA 캡처 시퀀싱

이 연구는 만성 림프 구성 백혈병 (CLL) 환자에서 차별적으로 메틸화 된 CpG가 풍부한 부위를 확인하기 위해 최적화 된 메틸 -CpG 결합 도메인 (MBD) 시퀀싱 프로토콜과 계산 파이프 라인을 설명합니다.

만성 림프 성 백혈병 환자에서 Methyl-CpG- 결합 도메인 포착 기반 방법을 이용한 포괄적 인 DNA 메틸화 분석

이 작품은 성숙 마우스 T 세포 라인을 사용하여 염색질 immunoprecipitation (ChIP)에 대한 프로토콜을 설명합니다. 이 프로토콜은 특정 프로모터 사이트 또는 게놈 전체에서 특정 히스톤 마크의 분포를 조사하는 데 적합합니다.

마우스 T- 세포주에서 Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)

우리 신경 조상 세포의 히스톤 3 리 79 dimethylation (H3K79me2)-내에 있는 히스톤 마크 chromatin immunoprecipitation (칩)에 대 한 미 발달 및 출생 후 뇌 조직에서 문화를 격리 하는 효과적이 고 재현 가능한 방법을 제시는 히스톤 3의 구형 도메인입니다.

절연 및 신경 창시자 Chromatin-Immunoprecipitation 히스톤 3 리 79 Dimethylation 마크의 뒤의 재배

크로마틴 면역 침전 (ChIP)은 유전자 조절의 분자 메커니즘을 이해하는 강력한 도구입니다. 그러나, 이 방법은 기계적 전단에 의한 재현가능한 크로마틴 단편화를 얻는 데 어려움을 수반한다. 여기서, 우리는 효소 소화를 사용하여 ChIP 분석에 대한 향상된 프로토콜을 제공한다.

포유류 세포에서 미세 Coccal 뉴클레아제사용 염색질 면역침전 분석

메틸화 RNA 면역 침전 분석법은 메틸화 RNA 단편을 농축하는 데 사용되는 항체 기반 방법입니다. 깊은 시퀀싱과 결합하여 m5C수정을 운반하는 성적 증명서를 식별합니다.

메틸화 RNA 면역 침전 분석연구 m5C 변형에 대한 애비독증

배우세요 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP) 프로토콜을 통해 비편향적으로 메틸화된 DNA를 분리하는 방법을 익히세요. 이 기법은 후성유전학 및 질병 연구에서 DNA 메틸화 패턴을 분석하는 데 필수적입니다.

Methylated DNA의 Immunoprecipitation

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