Er zijn een aantal variabelen die de waargenomen resultaten, zoals scherpstelling, laser intensiteit, de uitrusting mogelijkheden, lens gebruikt, enz. De fotostabiliteit van de fluorofoor bepaalt hoe snel de fluorescentie moet worden vastgelegd voordat vervagen.
Deze methode van eiwit labeling is veelzijdig en geschikt voor vele toepassingen. SNAP-tag en CLIP-tag technologieën voor de specifieke etikettering van fusie-eiwitten met synthetische probes in staat stellen de verschillende aspecten van eiwitten functie, zoals een verscheidenheid aan dynamische processen in levende cellen en in cellysaten. SNAP-, clip-, MCP-en de ACS-tag technologieën bieden eenvoud en buitengewone veelzijdigheid aan de beeldvorming van eiwitten in levende cellen en vaste en de studie van eiwitten in vitro. De oprichting van een enkel gen te bouwen levert een gecodeerde fusie-eiwit in staat is de vorming van een covalente binding aan een verscheidenheid van functionele groepen, waaronder fluoroforen, biotine, of kralen. Het eiwit van de rente moet worden gekloond en uitgedrukt slechts een keer en dan is de fusie kan worden gebruikt met een verscheidenheid van fluorescerende substraten voor tal van stroomafwaartse toepassingen zoals gelijktijdige eiwit-etiket aan de binnenzijde levende cellen, eiwit lokalisatie en translocatie, pulse-chase experimenten, receptor internalisatie studies , selectieve celoppervlak etikettering, eiwit pull-down assays, eiwit detectie in SDS-PAGE, flowcytometrie, high-throughput bindingsassays in microtiterplaten, biosensor interactie experimenten en FRET-gebaseerde binding assays.