1. exosome Isolation
Opmerking: De isolatie van exosomes uit het plasma monsters werd uitgevoerd met een commerciële kit, volgens het protocol van de fabrikant en door toevoeging van RNAse behandeling: (al deze stappen moeten worden uitgevoerd met een persoonlijke en milieu beschermingsmiddelen en volgende specifieke juridische procedure voor het manipuleren van biologische monsters ).
- Neem 1 ml plasma van elk monster, opgeslagen bij -80 ° C, en plaats het op ijs.
- Centrifugeer het monster bij 2000 xg gedurende 20 minuten bij kamertemperatuur; Deze passage is verplicht om de cellen en resten te verwijderen.
- Breng de supernatant dat het schone plasma naar een nieuwe 1,5 ml buis.
- Centrifugeer de nieuwe buis bij 10.000 xg gedurende 20 minuten bij kamertemperatuur.
- Breng de supernatant dat het schone plasma naar een nieuwe 1,5 ml buis.
- Voeg 100 ng / ml RNAse aan het supernatant en incubeer de buis bij 37 ° C gedurende 10 min inOm degraderen circulerende RNAs.
- Transfer alle behandelde plasma naar een nieuwe 2 ml buis en voeg 0,5 volume van 1x PBS.
- Vortex het monster om de oplossingen te mengen.
- Voeg 0,05 hoeveelheden proteïnase K oplossing (omsluiten in de kit) aan het monster.
- Vortex het monster en incubeer bij 37 ° C gedurende 10 minuten.
- Voeg 0,2 volume van exosome neerslag buffer om het monster en de oplossingen te mengen door inversie.
- Incubeer het monster bij 2 ° C tot 8 ° C gedurende 30 minuten en centrifugeer het monster bij 10.000 xg gedurende 5 minuten bij kamertemperatuur.
- Zuig en gooi de supernatant. De pellet bevat het geïsoleerde exosomes.
- Voeg geselecteerde buffer de exosome pellet om de exosomes resuspenderen. De keuze van de buffer afhankelijk van de stroomafwaartse analyse geplande, in dit geval:
- Voeg 100 ul 1X PBS om TEM analyse.
- Voeg 346,5 ul specifieke lysis buffer voor RNA-extractie (uit commerciële kit) (LET OP: chemische gevaar).
- Voeg 100 ul lysisbuffer voor eiwitextractie (Tris-HCl 50 mM pH 7,6 - 300 mM NaCl - Triton X-100 0,5% - 1 mM PMSF - leupeptine / aprotinine 10 ug / ml) teneinde Western Blotting analyse. (LET OP: chemische risico's).
- Bewaar de geresuspendeerde exosomes bij -20 ° C.
2. exosome karakterisering door Western Blot Analyse
Let op: Met het oog op de geïsoleerde nanovesicles karakteriseren, is western blotting met antilichamen tegen ALIX en Tsg101 (bekende exosomaal markers) aanbevolen.
- Na resuspenderen van de pellet in exosome lysisbuffer, plaats het op ijs gedurende 1 uur om de exosomaal membraan oplossen.
- Centrifugeer het lysaat bij 12.000 g gedurende 10 min en breng het supernatant naar een nieuwe buis zonder de pellet te verstoren.
- Kwantificeren van de totale exosomaal eiwit content door Bradford Assay of andere methoden en de belasting 50 ug van eiwitten per putje in een Tris / Glycine SDS - 8% Polyacrylamide gel. (LET OP: chemische risico's).
- Scheid de eiwitten (en een geschikt moleculair gewicht marker) in 8% SDS-PAGE gelelektroforese met loopbuffer (25 mM Tris, 192 mM glycine, 0,1% SDS) gedurende 1 uur en 30 minuten bij 120 V. (NB: chemische gevaren ).
- Breng het eiwit aan een nitrocellulose membraan door elektroblotting bij 4 ° C koude overdracht buffer (25 mM Tris, 192 mM glycine, 20% methanol) gedurende 1 uur bij een constante 50 V (NB: chemische gevaren).
- Blokkeer de membraan 1 uur bij langzaam roeren met 5% vetvrije droge melk in 1 x TBS -Tween 0,1%.
- Was het membraan 4 keer gedurende 5 minuten in een snelle beweging met 1x TBS - Tween 0,1%.
- Voeg de primaire antilichamen tegen ALIX en Tsg101 (één per membraan) in geschikte buffer (dienovereenkomstig aan het antilichaam datasheet van de fabrikant) en incubeer het membraan O / N; In langzaam roeren.
- Was het membraan 5 keer voor 5 min in een snelle beweging met 1x TBS - Tween 0,1% om overmatige antilichaam te verwijderen.
- Voeg de juiste secundaire antilichaam in geschikte buffer (dienovereenkomstig aan het antilichaam datasheet van de fabrikant) en incubeer het membraan gedurende 1 uur in langzaam roeren.
- Was het membraan 5 keer voor 5 min in een snelle beweging met 1x TBS - Tween 0,1% om overmatige antilichaam te verwijderen.
- Detecteren de geselecteerde eiwit door chemiluminescentie analyse 11.
3. exosome Karakterisering door TEM Analyse
Let op: Met het oog op de geïsoleerde exosomes visualiseren, werd TEM analyse (Transmission Electron Microscopy) uitgevoerd.
- Plaats ~ 10 ug (voorheen gekwantificeerd door Bradford test) monster van intacte exosomes geresuspendeerd in 1 x PBS op een parafilm en op het monster vallen een Formvar koolstof beklede nikkelen net voor 1 uur.
- Was het rooster 3 maal door het plaatsen van het op drie 40 ul 1x PBS daalt.
- Was het net 5 keer door het plaatsen van het op vijf 30 ul ultrapuur water druppels.
- Bevestig het monster door het toevoegen van een daling van 2,5% glutaraldehyde (LET OP: chemische gevaar) gedurende 10 min.
- Was het rooster 3 maal door het plaatsen van het op drie 40 ul 1x PBS daalt.
- Voeg een druppel 2% uranyl acetaat (WAARSCHUWING: chemische risico) en zet het rooster bovenop het voor 15 minuten om het monster contrast.
- Insluiten het monster op een daling van 0,13% methylcellulose (NB: chemische risico) en 0,4% uranyl acetaat en incubeer het rooster bovenop de druppel gedurende 10 minuten.
- Verwijder voorzichtig vloeibare overtollige met een absorberend papier en droog de grid voor 5 min met de gecoate kant naar boven.
- Bestudeer het rooster door de transmissie-elektronenmicroscoop 12.
4. exosomaal RNA-extractie en kwantificering
Let op: We hebben besloten om perfORM de totale RNA-extractie uit exosomaal monsters met behulp van een commerciële kit, volgens het protocol van de fabrikant: (LET OP: chemische gevaren, protocolbindingen en richtlijnen van de fabrikant).
- Na resuspensie van de exosome pellet in 346,5 ul lysisbuffer, voeg 3,5 ul van β-Mercaptoethanol (LET OP: chemische risico's) en vortex krachtig; Deze passage is verplicht om de lipide membranen te vernietigen.
- Voeg het lysaat aan de waskolom in een verzamelbuis en centrifugeer bij 11.000 x g gedurende 1 min. Na centrifugeren gooi de kolom en breng het filtraat over in een nieuwe 1,5 ml RNase-vrije buis.
- Voeg 350 ul van 70% ethanol (LET OP: chemische risico's) en meng door vortexen gedurende 5 sec.
- Plaats het lysaat in het oplossend kolom en centrifugeer gedurende 30 seconden bij 8000 x g. Na centrifugeren, gooi de doorstroom en de overdracht van de kolom om een nieuwe collectie buis.
- Plaats 350 pl van ontzouten buffer en centrifugeer bij 11.000 x g gedurende 1 min. Na centrifugeren, gooi de doorstroom en de terugkeer van de kolom in dezelfde collectie buis.
- Voeg 95 ul DNase I reactiemengsel (10 pi gereconstitueerde DNase I + 90 gl DNase buffer voor elk monster) op het silica membraan van de kolom en incubeer bij kamertemperatuur gedurende 15 minuten bij kamertemperatuur. (LET OP: chemische gevaar)
- Voeg 200 pl wasbuffer (LET chemisch gevaar) aan de kolom en centrifugeer bij 11.000 x g gedurende 1 min. Plaats de kolom in een nieuwe collectie buis.
- Voeg 600 pl wasbuffer aan de kolom en centrifugeer bij 11.000 x g gedurende 1 min. Na centrifugeren, gooi doorstroom en plaats de kolom in dezelfde collectie buis.
- Voeg 250 pl wasbuffer aan de kolom en centrifugeer bij 11.000 x g gedurende 2 minuten. Plaats de kolom in een 1,5 ml RNAse-vrij buis.
- Elueer het RNA in 40 ul RNAse-vrij water en centrifugeer bij 11.000 5; g gedurende 1 min, teneinde een hoog RNA-concentratie in het klein volume hebben.
- Plaats onmiddellijk geëlueerde RNA op ijs mogelijke afbraak of bewaar bij -80 ° C te voorkomen.
- Kwantificeren van de RNA inhoud. Opmerking: Hier werd het RNA kwantisatie uitgevoerd met 1 pl monster door spectrofotometer.
5. Retrotrascription van exosomaal miRNAs
Opmerking: Door de beschreven beperkte hoeveelheid miRNAs inhoud exosomes, werd besloten om de reverse transcriptie van geselecteerde miRNAs voeren een commerciële kit assay gebruikmakend van een individueel voor elke miRNA, volgens het protocol van de fabrikant. Voor elk monster werden 8 miRNAs gecorreleerd met NSCLC-status geselecteerd (miR-30b, miR-30c, miR-103, miR-122, miR-195, miR-203, miR-221, miR-222 en miR-1228- 3p als endogene controle).
- Bereid de Reverse transcriptie master mix (RT mix). Voor elke reactie bereiden 7 pl RT mix, zoals beschreven inhttps://www.jove.com/files/ftp_upload/53900/Table1.xlsx">Table 1 (klik hier om te downloaden) (LET OP: chemische gevaar).
Opmerking: In dit experiment werden 9 verschillende RT mix Voor elk monster. - Meng voorzichtig en bewaar de RT mix op ijs. Voeg 7 ul van RT mix per reactie buis.
- Voeg 5 ul van het monster RNA (10 ug totaal RNA) per reageerbuisje en meng voorzichtig.
- Voeg 3 ul van de 5x reverse transcriptie primers (LET OP: chemische gevaar) van elke set in de overeenkomstige reactie buis test.
- Meng langzaam, sluit de buis en incubeer op ijs gedurende 5 minuten.
- Laad de reactiebuis in de thermische cycler en start de reverse transcriptiereactie met het volgende parameterwaarden (HOLD bij 16 ° C gedurende 30 min, houden op 42 ° C gedurende 30 min, houden op 85 ° C gedurende 5 min; HOLD ∞ 4 ° C).
6. Real Time PCR analyse van exosomaal miRNAs
Opmerking: Deze analyse wasuitgevoerd met een commerciële kit voor Real Time PCR (qPCR), drie biologische en technische replicaten per monster.
- Voor elke reactie, voor te bereiden 17,67 pi Real Time PCR-mix (10 pi PCR Master Mix + 7,67 pi van Nuclease-vrij water), meng het en op ijs gezet. (LET OP: chemische gevaar)
- Voeg 1 ui, voor elke PCR-buis, van 20x qPCR primers (LET OP: chemische gevaar).
- Plaats 18.67 ul van de qPCR mix in elk putje-plaat.
- Voeg 1,33 ul van de reverse transcriptie product in de correspondent goed plaat.
- Sluit de plaat en draai het (300 GX 5 sec).
- Plaats de plaat in een real-time PCR-systeem en start de run met behulp van de volgende PCR voorwaarden: HOLD bij 95 ° C gedurende 10 min; 40 cycli van 15 sec bij 95 ° C en 60 sec bij 60 ° C. Werkwijze en gegevens normaliseren volgens de formule 2 - 13 ΔΔct.