Alle navelstrengbloedmonsters werden verkregen in strikte overeenstemming met lokaal goedgekeurde protocollen, waaronder geïnformeerde toestemming van anonieme donatie door de ouders. Alle dierproeven werden goedgekeurd en uitgevoerd in strikte overeenstemming met de Deense nationale regelgeving in het kader van de licentie 2017-15-0201-01312.
LET OP: Omgaan met hiv blootgestelde muizen en bloed met uiterste voorzichtigheid. Ontsmetten alle oppervlakken en vloeistoffen die in contact zijn geweest met HIV met een bevestigd HIV-ontsmettingsmiddel (Tabel van materialen).
1. Isolatie van menselijke CD34+ stamcellen
- Verzamel navelstrengbloedmonsters in EDTA-gecoate bloedafnamebuizen na geplande keizersnedes of vaginale geboorten en volgens lokale ethische goedkeuringen.
- Isoleer PMBC's van navelstrengbloed door scheiding van dichtheidsgradiënt volgens het protocol van de fabrikant.
- Oleer cd34+ cellen van de PBMC-populatie door eerst vooraf te verrijken met antilichamen tegen gemeenschappelijke markers voor volwassen cellen, wat kruiskoppelingen van cellen van ongewenste geslachten met rode bloedcellen induceert. Dit wordt gevolgd door CD34 + celverrijking met behulp van magnetische kralen, volgens het protocol van de fabrikant.
- Bepaal het aantal levende cellen door standaard trypan blauwe uitsluiting door 10 μL celvering in 90 μL trypanblauw opnieuw op te schorten. Voeg 10 μL van deze oplossing toe aan een hemacytometer en tel niet-blauwe cellen, volgens het protocol van de fabrikant.
- Viably cryopreservatie CD34+ cellen in 1 mL van 10% DMSO in foetaal runderserum (FBS) tot de dag van muistransplantatie.
- Viably cryopreserve een kleine fractie van zowel geïsoleerde (CD34+) en flow-through cellen (CD34-) afzonderlijk voor de beoordeling van CD34 + stamcelzuiverheid (~ 30.000 cellen van elk monster). U ook de zuiverheid testen op vers verrijkte cellen (zie stap 2 hieronder).
- Bevries een fractie van niet-pelleted flow-through (CD34-) voor bepaling van de CCR5Δ32-status. Cellen kunnen direct worden ingevroren zonder geconditioneerde vriesoplossing, maar de aanwezigheid van rode bloedcellen in de pellet kan de daaropvolgende PCR remmen als de doorstroom wordt gepelleteerd.
2. Beoordeling van de zuiverheid van cd34+ stamcellen via stroomcytometrie
- Ontdooi de geïsoleerde cellen (CD34+) en doorstroomcellen (CD34-). Was de cellen door de cellen van elke flacon opnieuw op te schorten in 9 mL kamertemperatuur (RT) FACS-buffer, bestaande uit 2% foetaal runderserum (FBS) in fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS).
- Centrifugeer gedurende 5 min bij 300 x g bij RT naar pelletcellen.
- Giet de supernatant af, breg de cellen in de resterende vloeistof opnieuw op en breng over naar FACS-buizen. Herhaal de wasstap met 3 mL FACS buffer. Na de tweede centrifugering, giet de supernatant en resuspend de cellen in de resterende vloeistof.
- Voeg 5 μL fc receptor-blokkeringsoplossing(Tabel met materialen)toe en laat gedurende 10 min bij RT. Spoel de fc-receptorblokkeringsoplossing niet af.
- Voeg de mix toe die vooraf bepaalde hoeveelheden antilichamen bevat tegen menselijke CD3 (kloon SK7) BUV395, CD34 (kloon AC136), FITC en CD45 (kloon 2D1) APC(tabel 1). Laat de cellen 30 min bij RT in het donker. De fluorophoren moeten worden gekozen op basis van parameters die kunnen worden beoordeeld met beschikbare stroomcytometers zonder dat een compensatiematrix nodig is.
- Was de cellen met 3 mL FACS buffer.
- Centrifugeer gedurende 5 min bij 300 x g bij RT om de cellen te pelleteren.
- Giet de supernatant af en breg de cellen in de resterende vloeistof opnieuw op.
- Herhaal deze wasstap 2x om ervoor te zorgen dat alle ongebonden antilichamen zijn verwijderd.
- Neem de monsters op op de flow cytometer(Tabel met materialen)en voer data-analyse uit met de juiste software. De gatingstrategie wordt gepresenteerd in figuur 1A–F.
3. Genetische screening op CCR5Δ32 varianten in navelstrengbloed
- Incubeer 1,25 μL niet-pelleted flow-through met 11,25 μL PCR-mix met 200 μM dNTP-mix, 0,01 U/μL high fidelity DNA polymerase en de voorwaartse en omgekeerde primers die zijn beschreven in tabel 2.
- Pas het volume aan met nuclease-vrij water op ongeveer 12,5 μL voor elke PCR-reactie.
- Versterk de genomische fragmenten met het PCR-fietsprogramma, beschreven in tabel 3.
- Scheid de PCR producten op een 2% agarose gel13.
- PCR-producten van de wilde soorten allelen en de Δ32 allelen leveren PCR-fragmenten op van respectievelijk 196 basisparen en 164 basisparen, waardoor ze gemakkelijk te onderscheiden zijn door gelelektroforese13 (figuur 1G).
4. Intraveneuze stamceltransplantatie
OPMERKING: Het hebben van een persoon de voorbereiding van de cellen in het laboratorium en een andere persoon de muizen en werkruimte voor te bereiden op transplantaties is een efficiënte aanpak.
- In een dierenfaciliteit bestraalt 4-6 uur voor de geplande transplantatie van de stamcellen 6-7 weken oude vrouwelijke NOD. Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Sug/ JicTac (NOG) muizen (Tabel van materialen) met 0,75 Gy met een Cs137 bron. De beste conditionerende dosis kan variëren op basis van de leeftijd van de muis, de bron van straling en andere factoren. Dit proces voorwaarden de dieren voor succesvolle engraftment met menselijke stamcellen.
- Bereid in een dierenfaciliteit de werkruimte van de stroombank en alle reagentia voor voordat u de muizen of cellen naar de werkruimte brengt.
- Plaats een steriele blauwe pad om het werkoppervlak van de stroombank te bedekken. Bereid steriel gaas en een scherpe container.
- Plaats een verwarmingslamp gedesinfecteerd met 70% ethanol in de stroombank met een lege steriele muizenkooi onder de hitte.
- In het laboratorium, ontdooien geïsoleerde CD34 + cellen en verdun ze in 9 mL van 37 ° C gewone RPMI.
- Centrifugeer de cellen op 350 x g voor 5 min bij RT, gooi de supernatant door aspiratie weg en bredig de pellet opnieuw op in 1 mL van gewone RPMI bij 37 °C.
- Bepaal het celtelling door het aantal blauwe uitsluiting te proberen en pas het volume aan op 200 μL per muis. Maak extra om rekening te houden met mogelijk verlies als gevolg van de daaropvolgende handling stappen.
- Bereid je voor om 75.000 CD34+ cellen per 200 μL in elke muis te transplanteren.
- De cellen kunnen bij 4 °C worden gehouden tijdens het transport naar de dierenfaciliteit vóór de transplantatie. Vermijd het houden van de cellen op ijs om aggregatie of samenklonteren te verminderen.
- Breng in de dierenfaciliteit de kooi met de muizen in de stroombank en breng de muizen naar de kooi onder de verwarmingslamp om de bloedvaten te verwijden. Laat een uiteinde van de kooi uit de buurt van de warmtebron, zodat de muizen kunnen weg van de hitte bij het warm worden. Muizen die zijn verhuisd naar het einde van de kooi, uit de buurt van de warmtebron, zijn voldoende warm voor een succesvolle staartader injectie.
- Laad een 1 mL gesmeerde spuit tot boven de 800 μL-markering met zwevende CD34+-cellen. Met behulp van een gesmeerde 1 mL spuit zal drastisch verlichten van de intraveneuze injectie en verhoging van de precisie van deze techniek.
- Bevestig een naald van 30 G 13 mm en bereid de naald en spuit voor op injectie. Deze volgorde van werking maakt het mogelijk om de spuit sneller te laden en tegelijkertijd de integriteit van de te transplanteren cellen te beschermen, gezien de mogelijke schade die kan optreden tijdens de snelle aspiratie van cellen door zo'n kleine meternaald. Vul de naaldnaaf met vloeistof door op de zuiger te drukken en verwijder vloeistof tot de 200 μL-markering van de naald.
- Plaats een verwarmde muis (stap 4.6) in een restrainer die wordt gebruikt voor het geven van INFUUS-injecties. Injecteer voorzichtig 200 μL van de celsuspensie in de staartader van de muis. Breng 2 s het uitvoeren van de duik en houd de naald ingevoegd voor ongeveer 2 s na voltooiing van de injectie. Dit zorgt ervoor dat de cellen voldoende ver van de injectieplaats zijn gemigreerd voordat de naald wordt verwijderd.
- Veeg indien nodig de muisstaart met steriel gaas om zichtbaar bloed te verwijderen. Zet de muis terug in zijn niet-verwarmde huiskooi. Herhaal de injectieprocedure met de resterende muizen.
5. Bloedafname en -verwerking voor analyse
OPMERKING: Menselijke celengraftment in het perifere bloed kan worden geëvalueerd via stroomcytometrie 3-5 maanden na menselijke stamceltransplantatie.
- Haal bloedmonsters van de muizen met behulp van lokale IACUC-goedgekeurde technieken.
- Verzamel maximaal 70-100 μL totaal bloed in steriele PCR microcentrifugebuizen met 10 μL van 0,5 M EDTA (pH = 8,0) om stolling van bloed te voorkomen.
6. Evaluatie van menselijke engraftment via stroomcytometrie
- Breng 40-50 μL bloed over naar FACS-buizen.
- Voeg 5 μL fc receptor-blokkeringsoplossing toe om niet-specifieke binding van antilichamen te voorkomen en laat gedurende 10 min bij RT.
- Voeg de muis anti-menselijke antilichaammix met CD4 (kloon SK3) BUV 496 toe, CD8 (kloon RPA-T8) BV421, CD3 (kloon OKT3) FITC, CD19 (kloon sj25c1) PE-Cy7, CD45 (kloon 2D1) APC(Tabel 4)en laat in het donker bij RT vlekken voor 30 min. Fluorophores moeten worden gekozen op basis van parameters die kunnen worden beoordeeld met de beschikbare stroomcytometers zonder dat een compensatiematrix nodig is.
- Voeg 2 mL van een geschikte rode bloedcel lysing buffer toe aan elke buis om de rode bloedcellen lyse. Gebruik een lysisbuffer die speciaal is geformuleerd voor antilichaamvlekken voorafgaand aan rode bloedcellyse (een geschikt voorbeeld wordt gegeven in de Materiaaltabel). Vortex kort om gelijke verdeling van de cellen in de lysing oplossing te garanderen en laat voor 10 min bij RT. Gelijke verdeling van de cellen is belangrijk.
- Voeg 2 mL FACS buffer toe om de lysisreactie te stoppen.
- Centrifugeer gedurende 5 min bij 300 x g bij RT om de cellen te pelleteren.
- Giet de supernatant en vortex voorzichtig af totdat de cellen opnieuw worden opgehangen.
- Voeg 3 mL FACS buffer en centrifuge toe voor 5 min bij 300 x g bij RT.
- Giet de supernatant af en breg de cellen opnieuw op.
- Neem de monsters op een geschikte flow cytometer en analyseer met behulp van de juiste software(Tabel met materialen). Representatieve analyses en resultaten zijn afgebeeld in figuur 2 en figuur 3.
7. Intravaginale hiv-blootstelling
OPMERKING: Het virus dat wordt gebruikt voor intravaginale blootstelling van de muizen kan worden geproduceerd met behulp van eerder gepubliceerde protocollen17. Het virus wordt op -80 °C gehouden en tussen locaties getransporteerd terwijl het wordt opgeslagen op droogijs volgens lokaal goedgekeurde protocollen. Het virus wordt opgeslagen op droogijs tot vlak voor de blootstelling van de muizen. Het virus kan worden verdund tot gewone RPMI (vermijd RPMI met antibiotica of serumadditieven) om de juiste concentratie te bereiken vlak voor blootstelling (21.400 IUs werden gebruikt voor deze IVAG-blootstelling). Eenmaal gegenereerd, houd de verdunde voorraad op nat ijs gedurende de procedure om bevriezing-dooi cycli die zouden optreden als het verdunde virus werd terug geplaatst op droog ijs eenmaal ontdooid te voorkomen.
- Bereid alle apparatuur en flow bench werkruimte zoals gepresenteerd in figuur 4 voor het brengen van de muizen of het virus in de flow bank (vergelijkbaar met stap 4.2).
- Plaats de focus van de verwarmingslamp in het midden van de werkruimte waar de muis zich tijdens de hiv-blootstellingsprocedure bevindt. De verwarmingslamp zorgt voor geen afname van de lichaamstemperatuur van de muizen. Andere apparatuur die de temperatuur regelt, kan ook worden gebruikt (bijvoorbeeld een verwarmd gelpad of een circulerende warmwaterdeken, volgens de lokale IACUC-voorschriften18).
- Breng steriele 20 μL pipet tips en een geschikte pipet in de bank. Plaats een container met vloeibaar ontsmettingsmiddel(Tabel van Materialen)in de bank voor onmiddellijke inactivering van materialen en vloeistoffen die in contact zijn geweest met het virus.
- Plaats een muis in een kamer met 3% isoflurane gas en papieren handdoeken. Dit gaspercentage zal de dieren binnen 2-4 min verdoven. Net als bij alle andere materialen die worden gebruikt met immunodeficiënte muizen, moet het anesthesieapparaat voor gebruik naar behoren worden gedesinfecteerd.
- Zodra verdoofd, breng de muis naar een steriele blauwe pad onder de verwarmingslamp. Steek de muis snuit in een masker leveren continue 3% isoflurane gas om anesthesie te handhaven. Houd de muis aan de basis van de staart, maag naar boven gericht, met uw hand ter ondersteuning van de muis terug zoals afgebeeld in figuur 4.
- Met een steriele pipet tip, stimuleren het genitale gebied door zachtjes streelde omhoog naar de anus te induceren lediging van het rectum, het verlichten van de druk op de vagina.
- Voorzichtig bloot de vaginale opening door het verpakken van de muis staart over je vingers zodanig dat de vulva natuurlijk opent, misschien met lichte nudging met behulp van een steriele pipet tip.
- Verander de pipettip en pipet 20 μL virus atraumatisch in de muisvagina zonder bellen te creëren. Steek de punt niet diep in de vagina. Integendeel, met de vulva geopend, plaats de pipet tip op het niveau van de vaginale opening, vermijd dieper gaan om het potentieel voor schaafwonden te elimineren tijdens het inentingsproces, laat het virus los, en laat de zwaartekracht om het virus te trekken in de vagina. U ook een 22 G 1,25 mm stompe, rechte naald gebruiken, zoals beschreven in Veselinovic et al.6.
- Bewaar de muis in deze positie met de vagina naar boven voor 5 min na blootstelling aan de zwaartekracht geïnduceerde lekkage van het virus schorsing te voorkomen.
- Plaats de muis voorzichtig in de kooi van het huis, waarbij u ervoor zorgt dat de muis op zijn rug wordt geplaatst.
8. Verwerking van bloedmonsters voorafgaand aan virale belastinganalyse
- Verzamel bloed zoals beschreven in punt 5 hierboven.
- Centrifugeer de bloedmonsters gedurende 5 min bij 500 x g bij RT om het plasma en de cellen te scheiden.
- Verzamel 40 μL plasma voor virale belastingsmeting in een nieuwe steriele PCR-goedgekeurde microcentrifugebuis en bewaar op -80 °C gedurende ten minste 1 uur tot verdere verwerking. Het is belangrijk om alle monsters te bevriezen vóór RNA-extractie om het risico van bias te voorkomen van het vergelijken van RNA-niveaus in monsters die niet zijn bevroren voordat RNA isolatie is bevroren aan monsters bevroren voorafgaand aan RNA isolatie.
- Pas het bloedvolume weer aan het oorspronkelijke volume aan door 40 μL suspensiemedia toe te voegen (PBS met 2,5% runderserumalbumine, 50 U/mL penicilline G en streptomycine, en 10 U/mL DNase, steriel gefilterd op 0,22 μm).
- Breng 15 μL van het aangepaste bloedvolume over naar een nieuwe PCR-goedgekeurde microcentrifugebuis.
- Voeg 1 mL 1x RBC lysis oplossing (Table of Materials),vortex, en incuberen voor 10 min bij RT.
- Centrifugeer gedurende 1 min bij 9.600 x g bij RT naar pelletcellen.
- Aanzuigen supernatant en laat alleen de kleine witte cel pellet, omdat rode bloedcellen besmetting pcr kan remmen.
- Bewaar pellet op -80 °C gedurende ten minste 1 uur tot verdere verwerking.
OPMERKING: Optioneel kan eventueel het resterende bloed uit stap 8.4 worden gebruikt voor stroomcytometrieanalyse, zoals hierboven beschreven in stap 6.
9. DNA-extractie met behulp van een eiwitase K-extractiemethode
- Extract DNA uit perifere cel pellets (gegenereerd in stap 8.8) met behulp van een proteinase K extractie methode zoals hieronder beschreven. Deze methode is aangetoond om de hoogste DNA-opbrengst te extraheren uit een klein volume bloed, zoals die nodig is voor de seriële bloedcollecties die in deze studie worden gebruikt19.
- Voeg 25 μL proteinase K (20 μg/mL) toe aan 1 mL van 0,1 M Tris buffer.
- Vortex de proteinase K oplossing kort.
- Voeg 50 μL van de proteinase K-oplossing toe aan elke te verteren celpellet.
- Mix door op en neer te stampen en bevestig de hersuspensie van de celpellet.
- Schud op een thermoshaker(Tafel van materialen)bij 400 tpm (afhankelijk van het instrument) bij 56 °C gedurende 1 uur. Tapebuizen naar beneden om ze op hun plaats te houden, indien nodig.
- Onmiddellijk en in dezelfde thermoshaker, inactiveren proteinase K met een temperatuur verschuiving naar 95 °C, terwijl het schudden blijft voor een extra 20 min.
- Vortex elk monster.
- Plaats elk monster minimaal 30 min op -80 °C.
- Ontdooi, centrifugeer de monsters vervolgens op 17.000 x g voor 1 min bij RT om ongewenste cellulaire fragmenten te pelleteren.
- Plaats het DNA-bevattende supernatant in een nieuwe microcentrifugebuis.
- De DNA-sjabloon is klaar voor PCR. De DNA-sjablonen kunnen worden opgeslagen bij -80 °C.
10. RNA-extractie, cDNA-synthese en ddPCR-kwantificering van viraal RNA
- Oleer RNA van ontdooid muisplasma met een virus RNA isolatiekit volgens het protocol van de fabrikant(Tabel met materialen).
- Voeg na toevoeging van het monster aan de kolom een dnase behandelingsstap op de kolom toe om ervoor te zorgen dat alle DNA in het plasmamonster wordt verwijderd.
- Voeg voor elk monster 95 μL RNase-vrije DNase-oplossing (meng 2 μL RNAse-vrije DNase en 98 μL reactiebuffer) toe aan de kolom en broed gedurende 15 min bij RT.
- Bewaar de RNA-monsters minstens 1 uur bij -80 °C voordat u verder wordt verwerkt. Het is belangrijk om alle monsters te bevriezen na RNA-extractie vermijd het risico van bias bij het vergelijken van monsters die niet zijn ingevroren met monsters die zijn ingevroren.
- Synthetiseren cDNA met behulp van een omgekeerde transcriptase stap met behulp van reagentia zoals eerder beschreven20. Zorg ervoor dat u 0,5 μL van een RNase-remmer aan de cDNA-reactie toevoegt om afbraak van het RNA te voorkomen.
- Voer cDNA-synthese uit met het programma dat is beschreven in tabel 5.
- Bewaar de cDNA-monsters minstens 1 uur op -80 °C. Het is belangrijk om alle monsters te bevriezen na cDNA synthese te voorkomen dat het risico van bias bij het vergelijken van monsters die niet zijn bevroren met monsters die werden bevroren.
- Monsters voor ddPCR opstellen alsvolgt:
- Meng 3 μL van het cDNA-monster met 11 μL van het ddPCR-sondemengsel (geen dUTP)20, 250 nM kleine groefbindingsssssonde en 900 nM van elk van de voorwaartse en omgekeerde primers zoals beschreven in tabel 6.
- Pas het totale PCR-volume aan op 22 μL met nuclease-vrij water.
- Emulsificeren van de PCR mengt met Droplet Generation Oil for Probes op een druppelgenerator volgens het protocol van de fabrikant en eerdere beschrijvingen20.
- Voer het PCR-programma uit zoals beschreven in tabel 7.
OPMERKING: De primer / sonde sequenties en PCR-programma's hier weergegeven zijn speciaal ontworpen en geoptimaliseerd voor gevoelige detectie van de HIV-stam RHPA4259. Primer- en sondesequenties kunnen eenvoudig worden aangepast om elke andere HIV-stam naar keuze te detecteren.
- Detecteer druppelfluorescentie van de monsters op een druppellezer en analyseer de resultaten met de juiste software volgens het protocol van de fabrikant.
11. Behandeling met cART-bevattende chow
- Voedermuizen met pellets die een standaard cART-regime bevatten dat 4.800 mg/kg raltegravir (RAL), 720 mg/kg tenofovir disoproxil fumarate (TDF) en 520 mg/kg emtricitabine (FTC)21 (Tabel 8) bevat. Deze doses werden bepaald in de veronderstelling dat een muis weegt 25 g en eet 4 g chow per dag. Dit komt overeen met een dagelijkse dosis van 768 mg/kg RAL, 2,88 mg/kg TDF en 83 mg/kg FTC21.
- Gebruik een cART dieet dat is bereid door een externe leverancier (Zie Tabel met materialen)van geneesmiddelen op recept. Andere bedrijven kunnen dit regime mogelijk ook produceren. Gebruik een cART dieet rood gekleurd om gemakkelijk te onderscheiden van gewone muis chow.
- Produceer een control chow dieet zonder cART in een standaard bruine kleur voor gemakkelijk onderscheid.
- Voor de initiatie van cART, bereiden steriele muiskooien met de toevoeging van cART-bevattende chow dieet, en breng vervolgens de muizen van de oude kooi naar de nieuwe kooi.
- Controleer de gewichten van de muizen en de consumptie van cART-bevattende chow door visuele inspectie om ervoor te zorgen dat de muizen zich aanpassen aan de verandering.