Name: Methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van het eiwit-eiwit interactie tussen HCN1 en TRIP8b (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 20 s
Description: Leer een fluorescentiepolarisatie-gebaseerde methode voor het identificeren van kleine moleculen die de TRIP8b-HCN interactie verstoren. Deze high-throughput aanpak ondersteunt de ontwikkeling van nieuwe behandelingen voor depressie en chronische pijn.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit werk werd ondersteund door National Institutes of Health Grant R21MH104471 en R01MH106511 (D.M.C.), Brain Research Foundation SG 2012-01 (D.M.C.), Northwestern University Clinical and Translational Sciences Institute 8UL1TR000150 (Y.H.), Chicago Biomedical Consortium HTS-004 (Y.H. en D.M.C.), en National Institutes of Health Grant 2T32MH067564 (K.L.). Een deel van dit werk werd uitgevoerd door de Northwestern University Medicinal and Synthetic Chemistry Core (ChemCore) in het Center for Molecular Innovation and Drug Discovery (CMIDD), dat wordt gefinancierd door het Chicago Biomedical Consortium met ondersteuning van de Searle Funds bij de Chicago Community Trust en Cancer Center Support Grant P30 CA060553 van het National Cancer Institute, toegekend aan het Robert H. Lurie Comprehensive Cancer Center. Het high throughput screen werk werd uitgevoerd in het High Throughput Analysis Laboratory, dat ook een kernfaciliteit is van het Robert H. Lurie Comprehensive Cancer Center.

1. Zuivering van TRIP8b (241-602) Protein <ol><li> Transformeer de plasmide dat TRIP8b (241-602) in de bacteriële eiwit expressievector pGS21 3 in competente E. coli voor eiwitexpressie volgens de instructies van de fabrikant. Plaat 300 pl van de kweek op Luria Broth (LB) -agar met 5 ug / ml chlooramfenicol en ampicilline. Incubeer de plaat bij 37 ° C gedurende 16 uur. </li><li> De volgende dag, kies een enkele kolonie voor het enten van 50 ml LB met 50 ug / ml chlooramfenicol en ampicilline. Incubeer de kweek bij 37 ° C gedurende 16 uur (onder schudden). </li><li> Voeg 50 ml cultuur 1 L LB met 50 ug / ml ampicilline. Incubeer bij 37 ° C onder schudden. </li><li> Zodra de kweek een OD 600 lezing van 0,8-1,2 heeft bereikt, verandert de temperatuur van de incubator op 18 ° C en voeg IPTG (isopropyl-beta-D-thiogalactoside) tot een eindconcentratie van 1 mM. Eiwitexpressie laten verlopen gedurende 16 uur. </li><li> Spin down de E. coli bij 6000 xg gedurende 15 min bij 4 ° C om de bacteriën te pelleteren. Na verwijdering van de buizen uit de centrifuge, houdt de bacteriën op ijs gedurende de rest van de procedure. Resuspendeer de bacteriën in 36 ml buffer A met 0,25 mM fenylmethaansulfonylfluoride (PMSF). </li><li> Ultrasone trillingen de geresuspendeerde bacteriën op het ijs met een platte bout voor 5-10 min, afwisselend 30 sec &#39;aan&#39; en 30 sec &#39;off&#39; op hoog vermogen. </li><li> Centrifugeer bij 12.000 xg gedurende 15 min bij 4 ° C. Centrifugeer gedurende nog 15 min als de supernatant is nog niet duidelijk. </li><li> Breng de supernatant op een kolom van 2 ml Ni-NTA-parels. Incubeer gedurende 60 minuten bij 4 ° C onder voorzichtig schommelen. </li><li> Zodat het gebonden materiaal door de kolom te stromen en wassen met 500 ml buffer A. </li><li> Was de kolom met 250 ml buffer B. </li><li> Was de kolom met 125 ml buffer A aangevuld met 5 mM imidazol. </li><li> Elueer het eiwit weerm de kolom met 20 ml elutiebuffer. </li><li> Voeg het geëlueerde eiwit aan een dialyse cassette (molecuulgewicht cutoff - 10 kDa) met een injectiespuit. Dialyseer het eiwit gedurende 60 min in 4 liter koude fosfaat gebufferde zoutoplossing (PBS) bij 4 ° C. </li><li> Verplaats de dialyse cassette in een nieuw 4 L emmer koud PBS. Dialyseren eiwit gedurende 16 uur bij 4 ° C </li><li> De volgende ochtend, controleer de eiwitconcentratie met behulp van een Coomassie eiwit assay kit volgens de instructies van de fabrikant. Concentreer het eiwit met een eiwit concentrator volgens de instructies van de fabrikant, als een concentratie lager dan 40 uM waargenomen. Aliquot en bevriezen bij -80 ° C voor opslag. </li></ol> 2. Small Scale Fluorescentie Polarisatie Assay om de interactie van de twee eiwitfragmenten karakteriseren <ol><li> Dooi 200 ul van 40 uM TRIP8b (241-602) en voeg deze toe aan een 1,5 ml buis. Voeg 100 pl PBS tot 11 extra 1,5 ml buizen. </li><li> Voer seriële verdunningen door het overdragen van 100 pl TRIP8b (241-602) van de oorspronkelijke buis naar de volgende buis in de reeks, en neer te pipetteren, en het proces te herhalen. Dit is een 12-punts serie 2-voudige verdunningen van TRIP8b (241-602) die varieert 0,01-40 urn. </li><li> Bereid een 650 pi Master Mix van 0,1 uM HCN1 FITC (6,5 pi van een 10 pM monster) en 2 mM dithiothreitol (DTT) in PBS. Opmerking: de master mix is ​​2x. </li><li> Opzetten 12 nieuwe 1,5 ml buizen. Voeg 50 ul van de master mix met HCN1 FITC aan elke buis en voeg 50 ul van elk van de 12 seriële verdunningen. Opmerking: Dit zal 12 buizen genereren, die elk 0,05 uM HCN1 FITC en de helft van de concentratie van TRIP8b (241-602) van de originele seriële verdunning. </li><li> Voeg de verdunningsreeks aan een testplaat, 30 ul per putje, in drievoud. Gebruik een lage bindende effen zwarte 384-wells plaat. </li><li> Spin de plaat fof 2 min bij 900 x g bij kamertemperatuur. </li><li> Lees de plaat met behulp van een microplaat lezer volgens de instructies van de fabrikant. Meet de fluorescentie-polarisatie met behulp van de volgende meting parameters: 485 nm excitatie, 530 nm emissie, 505 nm dichroïsche spiegel, 100 msec integratie tijd. </li><li> Plot de polarisatie (mp) waarden versus de TRIP8b (241-602) de concentratie op een logaritmische schaal. Bij de data met de Hill-vergelijking met de affiniteit (Kd) te bepalen van TRIP8b (241-602) voor het gelabelde peptide HCN1. Opmerking: Voor het verkrijgen van seriële verdunningen, kan een multi-well plaat ook worden vervangen door buizen. </li></ol> 3. Bestudeer de eiwit-eiwit interactie met behulp van een positieve controle <ol><li> Voeg 200 ul ongemerkt HCN1 peptide (200 uM) aan een 1,5 ml buis. Voeg 100 pl PBS tot 11 extra 1,5 ml buizen. Voer seriële verdunningen door het overdragen van 100 gl van de buis met 200 ui van peptide aan de eerste buisvan 100 gl PBS. Herhaal dit proces tot 12 buizen met 2-voudige verdunningen van ongemerkt peptide HCN1 genereren. </li><li> Bereid een 650 ul master mix van 0,2 uM HCN1 FITC en 4 uM TRIP8b (241-602). Opmerking: Dit is een 2x oplossing. </li><li> Voeg 50 ul van master mix tot 12 nieuwe 1,5 ml buizen. </li><li> Voeg 50 ul van elke seriële verdunning tot een 1,5 ml buis. </li><li> Laad de zwarte 384-well microtiterplaat in drievoud, het toevoegen van 30 ul per putje. </li><li> Centrifugeer de plaat gedurende 2 min bij 900 x g bij kamertemperatuur. </li><li> Lees de plaat met behulp van een microplaat reader staat FP. Gebruik dezelfde instellingen zoals beschreven in stap 2.7. </li><li> Bereken de affiniteit van het ongelabelde peptide TRIP8b (241-602) met de Cheng-Prusoff vergelijking: K d 1 = IC50 / (1 + [L] / Kd 2), waarbij Kd 1 de affiniteit van de ongelabelde TRIP8b peptide (241-602), IC50 wordt bepaald in de voorgaande stapen geeft het vermogen van de niet-gemerkte ligand aan het gemerkte ligand te verdringen, [L] is de concentratie van de gelabelde ligand in stap 3,2, en Kd 2 is de affiniteit van TRIPb (241-602) voor het gelabelde ligand. </li></ol> 4. Evalueer Assay Prestatie (Bereken Z Factor) <ol><li> Bereid een master mix door een 12 ml oplossing van FP buffer met 2 uM TRIP8b (241-602), 50 nM FITC HCN1, en 1 mM DTT buffer in FP. Opmerking: Dit wordt 60 pl 40 pM TRIP8b (241-602), 60 pl 10 pM HCN1 FITC en 1080 pl FP buffer vereisen. </li><li> Voeg 30 ul van de master mix aan elk putje van een zwarte 384-well microtiterplaat. </li><li> Voeg 1 pl 1 mM ongemerkt HCN1 peptide 192 putjes te dienen als een positieve controle. </li><li> Voeg 1 pl FP buffer 192 putjes te dienen als een negatieve controle. </li><li> Centrifugeer de plaat gedurende 2 min bij 900 x g bij kamertemperatuur. </li><li> Lees de plaat met behulp van een microplate lezer. </li><li> Bereken de Z-factor voor de test volgens de volgende formule: Z = 1-3 * (σ -σ pos neg) / (μ -μ neg pos) waarin σ en σ pos neg de standaardafwijkingen van de positieve en negatieve controleputjes en μ en μ pos neg vertegenwoordigen de gemiddelde signalen in de positieve en negatieve controles. </li></ol> 5. High Throughput Scherm <ol><li> Dooi porties van TRIP8b (241-602) en HCN1 FITC en bewaar ze op ijs. </li><li> Bereid 10 ml van TRIP8b (2 pm) en HCN1 FITC (50 Nm) in FP buffer. </li><li> Verdeel 25 ul van het mengsel in elk putje van een lage bindende 384 putjes zwarte microtiterplaat met een pipet. </li><li> Voor bibliotheek screening verbindingen toe te voegen in elk putje van de kolommen 3-22 (40 uM eindconcentratie voor elk) met een akoestische vloeistofhandler. Let op: Als gevolg van de relatively lage hit rate waargenomen met deze test werden twee verschillende verbindingen samengevoegd tot één goed. De twee verbindingen uit elk putje werden vervolgens actief individueel getest om te bepalen welke de activiteit verleend. </li><li> Voeg 100 nl van Dimethylsulfoxide (DMSO) in elk putje van de kolommen 1 en 23 van elke plaat als negatieve controles. </li><li> Voeg ongelabelde HCN1 peptide in elk putje van de kolommen 2 en 24 van elke plaat als positieve controles. </li><li> Incubeer de platen bij kamertemperatuur gedurende 2 uur. Hier platen of incuberen bij 4 ° C gedurende 16 uur voor het lezen. </li><li> Meet de fluorescentie polarisatie op een bord lezer. Gebruik dezelfde instellingen zoals beschreven in stap 2.7. </li><li> Bereken percentage remming van genormaliseerd signalen berekenen van de gemiddelde positieve en negatieve controles van elke plaat als 100%. Gebruik de vergelijking XN = 100% * ((X neg - X) / (X neg - X pos)), waarin X N is het genormaliseerde percentage remming overeenkomt met het signaal X, X pos </sub&gt; Het gemiddelde signaal van de positieve controleputjes en negatieve X is het signaal van de negatieve controle wells. </li></ol> 6. Bevestiging van Hits behulp TAMRA-tag HCN Peptide <ol><li> Valideren raakt met meer dan 50% remming met behulp van TAMRA-gelabelde HCN1 peptide (HCN1 TAMRA). <ol><li> Bereid een master mix van 12 ml van 2 micrometer TRIP8b (241-602) en 50 Nm HCN1 TAMRA in FP buffer. </li><li> Verdeel 25 ul van de master mix in elk putje van een zwarte 384-well microtiterplaat. </li><li> Transfer seriële verdunningen van elke werkzame verbindingen in de respectieve putjes. Voeg tweevoudige verdunningen zodanig dat de concentratie van elke hit varieert van 0,2 uM tot 200 uM. </li><li> Voor de negatieve controle reacties dragen 100 nl van DMSO in elk putje. Voor de positieve controle voeg 100 nl van serieel verdund ongelabelde HCN1 peptide met een uiteindelijke concentratie van 200 uM tot 0,1 uM. </li><li> Incubeer de plaat bij kamertemperatuurgedurende 2 uur. Lees platen en incubeer gedurende 16 uur bij 4 ° C voor het lezen. </li><li> Meet de fluorescentie polarisatie (MP) met behulp van de volgende meting parameters: 535 nm excitatie; 580 nm emissie; 535 nm dichroïsche spiegel, 20 msec integratie tijd. </li><li> Bereken IC 50-waarden door het aanbrengen van de concentratie afhankelijke FP-gegevens van elke verbinding met behulp van een vier-parameter niet-lineaire regressiemodel 23. </li></ol></li></ol> 7. Dosis-respons Validatie van Bead-gebaseerde Proximity Assay <ol><li> Dooi 1 portie van His-tag TRIP8b (241-602) (His-TRIP8b) en GST-gelabeld HCN1 (GST HCN1 C40) fusie-eiwitten en houd ze op ijs. </li><li> Combineer His-TRIP8b met GST-HCN1 C40 in assaybuffer bij concentraties van 400 nM His-TRIP8b en 40 nM GST HCN1 C40. Bereid 300 pi van het mengsel voor elke te testen verbinding. Noot: Verbindingen worden uitgevoerd in drievoud bij 11 verschillende concentraties en een DMSO control (geen verbinding). </li><li> Voor de controle wells, voor te bereiden 30 ul van His-TRIP8b (200 nm) zonder GST-HCN1C40 en vervolgens afzonderlijk voor te bereiden 30 ul van GST-HCN1C40 (20 nM) zonder Zijn-TRIP8b in assay buffer. </li><li> Voor elke te testen verbinding, voeg 7 pl van de His-TRIP8b: GST-HCN1 C40 mengsel (bereid in stap 7.2 hierboven) aan 36 putjes van een plaat met behulp van een 16-kanaals pipet. Voor het testen van een enkele verbinding, het regelen van de 12 verschillende concentraties in rijen AL en de drie herhalingen in de kolommen 1-3. Voeg 7 ul van de His-TRIP8b-oplossing (bereid in 7.3) kolommen 1-3 van rij M en 7 pi GST-HCN1 C40-oplossing (bereid in 7.3) kolommen 1-3 van rij N. kort centrifuge de plaat zorgen voor de vloeistoffen op de bodem van elk putje en eventuele luchtbellen te verwijderen. </li><li> Verdeel de treffer te testen verbindingen in de plaat zodanig dat de concentratie van elke hit varieert van 200 pM (in rij A) tot 0,1 uM (in rij K). Verdeel een volume vanDMSO in rijen LN die overeenkomt met de hoeveelheid verbinding afgeleverd in rijen AK. </li><li> Schud de plaat gedurende 2 min en incubeer gedurende 2,5 uur bij kamertemperatuur. </li><li> Verdun de anti-GST acceptor korrels 1:50 met testbuffer. </li><li> Voeg 3,5 gl van de verdunde Acceptant kralen aan elk putje van de plaat met een 16-kanaals pipet en meng door voorzichtig pipetteren te voorkomen dat luchtbellen. </li><li> Incubeer de plaat gedurende 1 uur bij KT in het donker. </li><li> Verdun de Nickel Chelaat Donor kralen 01:50 met assay buffer. Mis het mengsel niet bloot aan licht. </li><li> Voeg 3,5 gl van de verdunde Donor kralen aan elk putje van de plaat met een 16-kanaals pipet en meng door voorzichtig pipetteren te voorkomen dat luchtbellen. </li><li> Incubeer de plaat gedurende 1,5 uur bij KT in het donker. </li><li> Lezen op een bord lezer. Gebruik een plaat reader met de volgende meting parameters: 40 msec excitatie tijd, 100 msec emissie tijd, 0,1 mm detectie hoogte. </li><li> Bereken IC 50-waarden door het aanbrengen van gegevens voor each verbinding onder toepassing van een vier parameter lineaire regressiemodel 23. </li></ol>

<ol><li>Biel, M., Wahl-Schott, C., Michalakis, S., Zong, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hyperpolarization-activated+cation+channels%3A+from+genes+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Hyperpolarization-activated cation channels: from genes to function.</a> Physiol Rev. 89 (3), 847-885 (2009).</li>
<li>Shah, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HCN1+channels%3A+a+new+therapeutic+target+for+depressive+disorders%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Signal%22%5BJournal%5D)">HCN1 channels: a new therapeutic target for depressive disorders?</a> Sci Signal. 5 (244), pe44(2012).</li>
<li>Han, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Small-Molecule+Inhibitors+of+Hyperpolarization-Activated+Cyclic+Nucleotide-Gated+Channels%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">Identification of Small-Molecule Inhibitors of Hyperpolarization-Activated Cyclic Nucleotide-Gated Channels.</a> J Biomol Screen. 20 (9), 1124-1131 (2015).</li>
<li>Postea, O., Biel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+HCN+channels+as+novel+drug+targets%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Exploring HCN channels as novel drug targets.</a> Nat Rev Drug Discov. 10 (12), (2011).</li>
<li>Stieber, J., Wieland, K., Stöckl, G., Ludwig, A., Hofmann, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bradycardic+and+proarrhythmic+properties+of+sinus+node+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Bradycardic and proarrhythmic properties of sinus node inhibitors.</a> Mol Pharmacol. 69 (4), 1328-1337 (2006).</li>
<li>Santoro, B., Wainger, B. J., Siegelbaum, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+HCN+channel+surface+expression+by+a+novel+C-terminal+protein-protein+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Regulation of HCN channel surface expression by a novel C-terminal protein-protein interaction.</a> J Neurosci. 24 (47), 10750-10762 (2004).</li>
<li>Lewis, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deletion+of+the+hyperpolarization-activated+cyclic+nucleotide-gated+channel+auxiliary+subunit+TRIP8b+impairs+hippocampal+Ih+localization+and+function+and+promotes+antidepressant+behavior+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Deletion of the hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel auxiliary subunit TRIP8b impairs hippocampal Ih localization and function and promotes antidepressant behavior in mice.</a> J Neurosci. 31 (20), 7424-7440 (2011).</li>
<li>Heuermann, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reduction+of+thalamic+and+cortical+Ih+by+deletion+of+TRIP8b+produces+a+mouse+model+of+human+absence+epilepsy%5BTitle%5D)+AND+%22Neurobiol+Dis%22%5BJournal%5D)">Reduction of thalamic and cortical Ih by deletion of TRIP8b produces a mouse model of human absence epilepsy.</a> Neurobiol Dis. 85, 81-92 (2016).</li>
<li>Steru, L., Chermat, R., Thierry, B., Simon, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+tail+suspension+test%3A+A+new+method+for+screening+antidepressants+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Psychopharmacology%22%5BJournal%5D)">The tail suspension test: A new method for screening antidepressants in mice.</a> Psychopharmacology. 85 (3), 367-370 (1985).</li>
<li>Petit-Demouliere, B., Chenu, F., Bourin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forced+swimming+test+in+mice%3A+a+review+of+antidepressant+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Psychopharmacology%22%5BJournal%5D)">Forced swimming test in mice: a review of antidepressant activity.</a> Psychopharmacology. 177 (3), 245-255 (2004).</li>
<li>Cryan, J. F., Mombereau, C., Vassout, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+tail+suspension+test+as+a+model+for+assessing+antidepressant+activity%3A+Review+of+pharmacological+and+genetic+studies+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosci+Biobehav+Rev%22%5BJournal%5D)">The tail suspension test as a model for assessing antidepressant activity: Review of pharmacological and genetic studies in mice.</a> Neurosci Biobehav Rev. 29 (4-5), 571-625 (2005).</li>
<li>Han, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trafficking+and+gating+of+hyperpolarization-activated+cyclic+nucleotide-gated+channels+are+regulated+by+interaction+with+tetratricopeptide+repeat-containing+Rab8b-interacting+protein+%28TRIP8b%29+and+cyclic+AMP+at+distinct+sites%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Trafficking and gating of hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channels are regulated by interaction with tetratricopeptide repeat-containing Rab8b-interacting protein (TRIP8b) and cyclic AMP at distinct sites.</a> J Biol Chem. 286 (23), 20823-20834 (2011).</li>
<li>Hu, L., Santoro, B., Saponaro, A., Liu, H., Moroni, A., Siegelbaum, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+the+auxiliary+subunit+TRIP8b+to+HCN+channels+shifts+the+mode+of+action+of+cAMP%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gen+Physiol%22%5BJournal%5D)">Binding of the auxiliary subunit TRIP8b to HCN channels shifts the mode of action of cAMP.</a> J Gen Physiol. 142 (6), 599-612 (2013).</li>
<li>Saponaro, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+basis+for+the+mutual+antagonism+of+cAMP+and+TRIP8b+in+regulating+HCN+channel+function%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Structural basis for the mutual antagonism of cAMP and TRIP8b in regulating HCN channel function.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (40), 14577-14582 (2014).</li>
<li>Bankston, J. R., Camp, S. S., DiMaio, F., Lewis, A. S., Chetkovich, D. M., Zagotta, W. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+stoichiometry+of+an+accessory+subunit+TRIP8b+interaction+with+hyperpolarization-activated+cyclic+nucleotide-gated+channels%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Structure and stoichiometry of an accessory subunit TRIP8b interaction with hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channels.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (20), 7899-7904 (2012).</li>
<li>Gatto, G. J. Jr, Geisbrecht, B. V., Gould, S. J., Berg, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peroxisomal+targeting+signal-1+recognition+by+the+TPR+domains+of+human+PEX5%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Peroxisomal targeting signal-1 recognition by the TPR domains of human PEX5.</a> Nat Struct Biol. 7 (12), 1091-1095 (2000).</li>
<li>Owicki, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+polarization+and+anisotropy+in+high+throughput+screening%3A+perspectives+and+primer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">Fluorescence polarization and anisotropy in high throughput screening: perspectives and primer.</a> J Biomol Screen. 5 (5), 297-306 (2000).</li>
<li>Smith, D. S., Eremin, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+polarization+immunoassays+and+related+methods+for+simple%2C+high-throughput+screening+of+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Fluorescence polarization immunoassays and related methods for simple, high-throughput screening of small molecules.</a> Anal Bioanal Chem. 391 (5), 1499-1507 (2008).</li>
<li>Roehrl, M. H. A., Wang, J. Y., Wagner, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+general+framework+for+development+and+data+analysis+of+competitive+high-throughput+screens+for+small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions+by+fluorescence+polarization%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">A general framework for development and data analysis of competitive high-throughput screens for small-molecule inhibitors of protein-protein interactions by fluorescence polarization.</a> Biochemistry. 43 (51), 16056-16066 (2004).</li>
<li>Arkin, M. R., Wells, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions%3A+progressing+towards+the+dream%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing towards the dream.</a> Nat Rev Drug Discov. 3 (4), 301-317 (2004).</li>
<li>Zhang, J., Chung, T., Oldenburg, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Simple+Statistical+Parameter+for+Use+in+Evaluation+and+Validation+of+High+Throughput+Screening+Assays%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">A Simple Statistical Parameter for Use in Evaluation and Validation of High Throughput Screening Assays.</a> J Biomol Screen. 4 (2), 67-73 (1999).</li>
<li>Eglen, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+AlphaScreen+technology+in+HTS%3A+current+status%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Cheml+Genomics%22%5BJournal%5D)">The use of AlphaScreen technology in HTS: current status.</a> Curr Cheml Genomics. 1 (1), 2-10 (2008).</li>
<li>Lehninger, A. L., Nelson, D. L., Cox, M. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLehninger%2C+AL+%22Lehninger+Principles+of+Biochemistry%22">Lehninger Principles of Biochemistry</a>. , Worth Publishers. New York. (2000).</li>
<li>Kim, C. S., Chang, P. Y., Johnston, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancement+of+dorsal+hippocampal+activity+by+knockdown+of+HCN1+channels+leads+to+anxiolytic-+and+antidepressant-like+behaviors%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Enhancement of dorsal hippocampal activity by knockdown of HCN1 channels leads to anxiolytic- and antidepressant-like behaviors.</a> Neuron. 75 (3), 503-516 (2012).</li>
<li>Wahl-Schott, C., Biel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HCN+channels%3A+structure%2C+cellular+regulation+and+physiological+function%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">HCN channels: structure, cellular regulation and physiological function.</a> Cell Mol Life Sci. 66 (3), 470-494 (2009).</li>
<li>DeBerg, H. A., Bankston, J. R., Rosenbaum, J. C., Brzovic, P. S., Zagotta, W. N., Stoll, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+Mechanism+for+the+Regulation+of+HCN+Ion+Channels+by+the+Accessory+Protein+TRIP8b%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">Structural Mechanism for the Regulation of HCN Ion Channels by the Accessory Protein TRIP8b.</a> Structure. 23 (4), 734-744 (2015).</li>
<li>Weiss, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Hill+equation+revisited%3A+uses+and+misuses%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">The Hill equation revisited: uses and misuses.</a> FASEB J. 11 (11), 835-841 (1997).</li>
<li>Prinz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hill+coefficients%2C+dose-response+curves+and+allosteric+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Hill coefficients, dose-response curves and allosteric mechanisms.</a> J Chem Biol. 3 (1), 37-44 (2009).</li>
<li>Pollard, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Guide+to+Simple+and+Informative+Binding+Assays%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Cell%22%5BJournal%5D)">A Guide to Simple and Informative Binding Assays.</a> Mol Biol Cell. 21 (23), 4061-4067 (2010).</li>
<li>Rossi, A. M., Taylor, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+protein-ligand+interactions+by+fluorescence+polarization%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analysis of protein-ligand interactions by fluorescence polarization.</a> Nat Protoc. 6 (3), (2011).</li>
<li>Ryan, A. J., Gray, N. M., Lowe, P. N., Chung, C. -W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+Detergent+on+%22Promiscuous%22+Inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Effect of Detergent on "Promiscuous" Inhibitors.</a> J Med Chem. 46 (16), 3448-3451 (2003).</li>
<li>McGovern, S. L., Caselli, E., Grigorieff, N., Shoichet, B. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+mechanism+underlying+promiscuous+inhibitors+from+virtual+and+high-throughput+screening%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">A common mechanism underlying promiscuous inhibitors from virtual and high-throughput screening.</a> J Med Chem. 45 (8), 1712-1722 (2002).</li>
<li>Hertzberg, R. P., Pope, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+screening%3A+new+technology+for+the+21st+century%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">High-throughput screening: new technology for the 21st century.</a> Curr Opin Chem Biol. 4 (4), 445-451 (2000).</li>
<li>Sundberg, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+and+ultra-high-throughput+screening%3A+solution-and+cell-based+approaches%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">High-throughput and ultra-high-throughput screening: solution-and cell-based approaches.</a> Curr Opin Biotechnol. 11 (1), (2000).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Wegens zijn potentieel als een therapie bij MDD 24, is er veel belangstelling voor farmacologische benaderingen die HCN kanaalfunctie antagoniseren in het centrale zenuwstelsel 4 geweest. Echter, deze inspanningen tot stilstand gekomen door de belangrijke rol van HCN kanalen in cardiale pacemaking en het risico van aritmie 25. We redeneerden dat het verstoren van de interactie tussen HCN en brein geëxpresseerd auxiliaire subeenheid, TRIP8b 8 voldoende antidepressivum-achtige e...

-Hyperpolarization cyclisch-nucleotide-gated (HCN) kanalen worden uitgedrukt in het hart en het centrale zenuwstelsel waar ze een belangrijke rol in het reguleren membraan prikkelbaarheid 1 spelen. HCN kanalen zijn geïmpliceerd bij de pathogenese van depressieve stoornis (MDD) 2, die verschillende groepen heeft geleid tot voorstellen beperken HCN kanaalfunctie farmacologisch effectief als een nieuwe behandeling voor MDD 3 kan zijn. Echter direct gericht HCN kanalen niet levensvatbaar vanwege hun belangrijke rol in de cardiale actiepotentiaal 4. Ivabradine, de enige FDA goedgekeurde HCN kanaal antagonist wordt gebruikt voor de behandeling van hartfalen een Bradycardie 5 produceren. Als zodanig is er een behoefte aan farmacologische middelen die HCN kanaalfunctie uitsluitend in het centrale zenuwstelsel te beperken. Tetratricopeptide herhaal-bevattende Rab8b interactie eiwit (TRIP8b) is een brein specific extra subunit van HCN kanalen die de oppervlakte-expressie en lokalisatie van HCN kanalen 6,7 regelt. Genetische knock-out van TRIP8b zorgt voor een vermindering van de hersenen HCN kanalen 7 zonder dat HCN expressie in het hart 8. Interessant TRIP8b knockout muizen besteden minder tijd onbeweeglijk over de gedwongen zwemmen taak en staart schorsing taak 7, twee veelgebruikte screening tests voor de antidepressieve werking 9-11. Deze resultaten suggereren dat in plaats van direct targeting HCN kanalen met een klein molecuul antagonist van HCN kanalen functie verstoren van de interactie tussen TRIP8b en HCN kan voldoende zijn om antidepressivum-achtige gedrag produceren. TRIP8b bindt aan HCN in twee verschillende bindingsplaatsen. De cyclische nucleotide bindend domein (CNBD) HCN samenwerkt met een geconserveerd domein van TRIP8b gelegen N terminal naar de TPR-domeinen van TRIP8b 12,13. Hoewel de resten van de CNBD die betrokken zijn bij dezeinteractie zijn in kaart gebracht 14 is TRIP8b regio die betrokken is niet ingeperkt voorbij een-80-aminozuurfragment 13. Een tweede interactie plaatsvindt tussen de tetratricopeptide repeat (TPR) domeinen van TRIP8b en de C-terminale tripeptide van HCN ( &#39;SNL&#39; in HCN1, HCN2 en HCN4, maar &#39;ANM in HCN3) 3,12. Het onlangs opgelost kristalstructuur 15 van deze C staart interactie onthulde aanzienlijke structurele gelijkenis met de interactie tussen de peroxisomale import receptor, peroxin 5 (Pex5), en de interactie partners, met type 1 peroxisomale targeting sequenties (PTS1) 16. Hoewel beide interactieplaatsen zijn vereist voor HCN kanaalfunctie, de interactie tussen de TPR-domeinen van TRIP8b en de C-terminale tripeptide van HCN1 dient als de dominante bindingsplaats en reguleert HCN oppervlakte-expressie. Daarom werd deze interactie gekozen als targeting site in deze studie.Voor de rest van het manuscript Wanneer verwezen wordt naar de interactie tussen TRIP8b en HCN, is deze interactie die wordt aangeduid. Deze interactie wordt herinnerd aan een sterk oplosbaar fragment van TRIP8b overeenkomstig zijn geconserveerde C eind bevattende de TPR-domeinen nodig zijn voor binding van het C-terminale staart van HCN (residuen 241-602 van de 1a-4 isovormen van TRIP8b) 3. Om een hoge doorvoer screen kleine moleculen die het ontwrichten van de interactie kaart te brengen, een fluorescentie polarisatie (FP) gebaseerde assay werd toegepast 17. Fluorescentiepolarisatie is gebaseerd op de excitatie van een fluorofoor-gelabeld ligand met gepolariseerd licht, en het meten van de mate van polarisatie van de uitgezonden fluorescentie 18. In aanwezigheid van een bindingspartner, wordt de rotatiebeweging van de fluorescerende ligand beperkt en gepolariseerd licht uitgezonden 19. Bij gebrek aan een bindingspartner, thij rotatiebeweging van de ligand leidt tot de emissie van gedepolariseerde licht. In de bijgevoegde protocol, wordt een werkwijze voor het zuiveren van N-terminale tag (6xHis) TRIP8b (241-602) middels nikkel-Nitrilotriazijnzuur (Ni-NTA) kralen gepresenteerd. Een soortgelijk protocol werd toegepast om de glutathion-S-transferase (GST) gemerkte C-terminale 40 aminozuren van HCN1 (HCN1 C40) toegepast in stap 7 van het protocol zuiveren. Voor ruimte overwegingen, een gedetailleerde beschrijving van deze procedure werd weggelaten. In de stappen 2 tot en met 7 van het protocol, is een high throughput screening workflow gepresenteerd (zie figuur 1). Eiwit-eiwit interacties zijn een notoir moeilijk doelwit voor high throughput screening en de lezers worden geadviseerd om te zoeken naar extra middelen op het onderwerp 20. Stap 2 en 3 van de procedure te karakteriseren de in vitro affiniteit van het gezuiverde TRIP8b (241-602) te construeren fora fluoresceïne isothiocyanaat (FITC) gemerkte elf aminozuur peptide dat overeenkomt met de C-terminale staart van HCN1 (HCN1 FITC). Gebaseerd op de kristalstructuur van de TRIP8b HCN-complex 15 Deze elf aminozuur segment voldoende is om binding met TRIP8b (241-602). In stap 2 wordt de Kd van de interactie gemeten door titratie TRIP8b (241-602) in een vaste concentratie van HCN1 FITC. In stap 3 wordt een ongemerkt versie van de HCN peptide in stap 2 getitreerd in een vaste concentratie van zowel TRIP8b (241-602) en FITC HCN1 te onderzoeken of de FITC tag interfereert met binding. Deze experimenten zijn essentieel voor het selecteren van de geschikte concentraties van TRIP8b (241-602) en HCN1 FITC gebruikt bij de hoge doorvoer screen. Het uitgangspunt van de high throughput scherm is dat een klein molecuul in staat is het verstoren van de interactie tussen TRIP8b (241-602) en HCN1 FITC zal een december producerenrease in gepolariseerd licht. In stap 4 wordt de Z-factor van de test berekende 21 voor een bepaalde concentratie van TRIP8b (241-602) en FITC HCN1 dat de bepaling geschikt zijn voor high throughput screening (stap 5) is. Stappen 6 en 7 zijn validatie testen om te bevestigen dat de klappen die in de primaire hoge doorvoer screen handelen door het verstoren van de interactie tussen TRIP8b (241-602) en HCN1 FITC plaats van via een niet-specifieke mechanisme. In stap 6, carboxytetramethylrhodamine (TAMRA) -gemerkte HCN1 peptide (HCN1 TAMRA) wordt gebruikt in een overigens identieke fluorescentie polarisatie assay fluorescerende verbindingen die de FP test met het FITC tag compromis filteren. Stap 7 gebruikt een groter HCN1 C terminale fragment (HCN1 C40) en maakt gebruik van een bead based proximity assay die is gebaseerd op het &#39;tunneling&#39; van singlet zuurstof uit een donor kraal een acceptor kraal bracht dicht bij elkaar door interagerende proteïnen 22.

<table><tbody><tr><td>Ni-NTA agarose&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>30210</td><td></td></tr><tr><td>Dialysis cassette&nbsp;</td><td>ThermoFisher</td><td>66456</td><td></td></tr><tr><td>Isopropyl b-D-1-thiogalactopyranoside&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I5502 - 1 gr</td><td></td></tr><tr><td>384-Well Black plate&nbsp;</td><td>Corning</td><td>3820</td><td></td></tr><tr><td>Proxiplate&nbsp;</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>6008289</td><td></td></tr><tr><td>Anti-GST Acceptor beads&nbsp;</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>6760603C</td><td></td></tr><tr><td>NiChelate</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>AS101D</td><td></td></tr><tr><td>pGS21-a</td><td>Genscript</td><td>SD0121</td><td></td></tr><tr><td>PMSF</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>10837091001</td><td></td></tr><tr><td>Coomassie Kit</td><td>ThermoFisher</td><td>23200</td><td></td></tr><tr><td>Protein concentrator</td><td>ThermoFisher</td><td>88527</td><td></td></tr><tr><td>Perkin Elmer Enspire Multimode Plate reader</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>#2300-001M</td><td></td></tr><tr><td>BL21 (DE3) Competent Cells</td><td>Agilent</td><td>200131</td><td></td></tr></tbody></table>

methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van het eiwit-eiwit interactie tussen hcn1 en trip8b

Method for Identifying Small Molecule Inhibitors of the Protein-protein Interaction Between HCN1 and TRIP8b

-Hyperpolarization cyclisch-nucleotide-gated (HCN) kanalen zijn een rode draad door de hersenen, waar ze functioneren om de prikkelbaarheid van neuronen reguleren uitgedrukt. De subcellulaire verdeling van deze kanalen in piramidale neuronen in de hippocampus CA1 gebied wordt geregeld door tetratricopeptide-repeat bevattende Rab8b interactie eiwit (TRIP8b), een extra subunit. Genetische knockout HCN porievormende subeenheden of TRIP8b, beide leiden tot een toename antidepressivum-achtige gedrag, wat suggereert dat het beperken van de werking van HCN kanalen bruikbaar voor de behandeling van depressieve stoornis (MDD) kan zijn. Ondanks aanzienlijk therapeutisch belang zijn HCN kanalen ook tot uiting in het hart, waar ze reguleren ritmiek. Af-target problemen geassocieerd met cardiale blokkeren HCN kanalen omzeilen, heeft ons lab onlangs voorgesteld gericht op de eiwit-eiwit interacties tussen HCN en TRIP8b teneinde specifiek verstoren HCN kanaal functie in de hersenen.TRIP8b bindt aan HCN porievormende subeenheden op twee verschillende interactie sites, maar hier ligt de nadruk op de interactie tussen de tetratricopeptide repeat (TPR) domeinen van TRIP8b en de C-terminale staart van HCN1. In dit protocol, een geëxpandeerde beschrijving van een werkwijze voor het zuiveren TRIP8b en uitvoeren van een hoge doorvoer screen aan kleinmoleculige remmers van de interactie tussen HCN en TRIP8b identificeren beschreven. Werkwijze voor high throughput screening gebruikt een fluorescentie polarisatie (FP) gebaseerde assay te controleren de binding van een groot fragment TRIP8b een fluorofoor-gelabeld elf aminozuur peptide dat overeenkomt met de HCN1 C terminale staart. Deze methode maakt treffer verbindingen te identificeren gebaseerd op de verandering in de polarisatie van het uitgezonden licht. Validatie testen worden dan uitgevoerd om ervoor te zorgen dat de &#39;hit&#39; verbindingen zijn niet kunstmatig.

Copyright problemen met onze eerdere publicatie voorkomen, een TAMRA-gemerkt probe HCN1 TAMRA werd de figuren 2 en 3 te genereren. Merk op dat deze substitutie geen merkbaar verschil maakte op de resultaten en de protocollen identiek aan die hierboven beschreven met HCN1 FITC. De interactie met HCN1 TAMRA, TRIP8b (241-602) evalueren werd getitreerd in een vaste concentratie van HCN1 TAMRA gebruik van het protoc...

De interactie tussen HCN kanalen en hun ondersteunende subunit is geïdentificeerd als een therapeutisch doel in depressieve stoornis. Hier wordt een fluorescentie-polarisatie- methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van dit eiwit-eiwit interactie, gepresenteerd.

Methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van het eiwit-eiwit interactie tussen HCN1 en TRIP8b

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the ...

Het algemene doel van deze procedure is het identificeren van kleine moleculen die in staat zijn de interactie tussen TRIP8b en HCN-kanalen te verstoren. Deze methode identificeert kandidaatmoleculen die ontwikkeld kunnen worden tot nieuwe behandelingen voor depressie. Het belangrijkste voordeel van deze techniek is dat deze op een high-throughput wijze kan worden uitgevoerd.Deze techniek heeft implicaties voor de ontwikkeling van een nieuwe therapie voor een majeure depressieve stoornis, omdat ons laboratorium heeft aangetoond dat het verstoren van de binding van TRIP8b aan HCN therapeutisch voordelig kan zijn. Hoewel deze methode is ontwikkeld met het oog op depressie, kan het verstoren van de interactie tussen TRIP8b en HCN ook therapeutisch voordelig zijn bij andere aandoeningen, zoals chronische pijn. Een visuele demonstratie van dit protocol is belangrijk omdat het de voordelen illustreert van het gebruik van geautomatiseerde high-throughput instrumenten om fundamenteel en translationeel onderzoek te bevorderen bij open faciliteiten, zoals het high-throughput analyselaboratorium van Northwestern University.Nadat het TRIP8b 241-602 eiwitfragment is gezuiverd en de eiwit-eiwiti

method-for-identifying-small-molecule-inhibitors-protein-protein

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Tandem Affinity Purification is een robuuste aanpak voor de identificatie van eiwitbinding partners. Als proof of concept, werd deze methode toegepast op de goed gekarakteriseerde translatie initiatie factor eIF4E van co-neerslag de gastheercel factoren die betrokken zijn in de vertaling initiatie. Deze methode kan gemakkelijk worden aangepast aan een cellulair of viraal eiwit.

Identificatie van eiwit Interactie partners met behulp van Tandem Affinity Purification

Wij presenteren een variatie van de QUICK (kwantitatieve Immunoprecipitatie combinatie met Knockdown) benadering die eerder werd onderscheid te maken tussen echte en valse eiwit-eiwit interacties. Onze aanpak is gebaseerd...

Een protocol voor de identificatie van eiwit-eiwit interacties op basis van<sup&gt; 15</sup&gt; N Metabole Labeling, Immunoprecipitatie, kwantitatieve Massaspectrometrie en Affiniteit Modulatie

Drosophila is beroemd om zijn krachtige genetische manipulatie, maar niet voor de geschiktheid van diepgaande biochemische analyse. Hier presenteren wij een-TAP gebaseerde procedure tot interactie partners van een eiwit van belang te identificeren van de vlieg hersenen. Deze procedure kan mogelijk leiden tot nieuwe wegen van onderzoek.

Het identificeren van eiwit-eiwit interactie in<em&gt; Drosophila</em&gt; Adult Heads door Tandem Affinity Purification (TAP)

Peptide array screening is een hoogdoorlaattest voor het identificeren van interactieplaatsen tussen eiwitten. Dit maakt het mogelijk om meerdere interacties van een doeleiwit in kaart te brengen en kan dienen als een methode voor het identificeren van plaatsen voor remmers die een eiwit aanspreken. Hier beschrijven we een protocol voor het screenen en analyseren van peptide arrays.

Het identificeren van eiwit-eiwit interacties sites maken met Peptide Arrays

Eiwitten interageren met elkaar en deze interacties bepalen voor een groot deel hun functies. Eiwitinteractiepartners kunnen op grote schaal in vivo worden geïdentificeerd met behulp van een gistfitnesstest op basis van de dihydrofolaatreducase-eiwitfragmentcomplementatietest (DHFR-PCA).

Genoom-brede Eiwit-eiwit Interactie Screening door Eiwit-fragment Complementatie Assay (PCA) in levende cellen

We beschrijven de implementatie van de REPLACE-strategie voor het targeten van eiwit-eiwitinteracties. REPLACE is een iteratieve strategie die synthetische en computationele benaderingen omvat voor de omzetting van geoptimaliseerde peptidische remmers in geneesmiddelachtige moleculen.

Ontwikkeling van inhibitoren van eiwit-eiwit interacties door middel van VERVANGEN: Toepassing op het ontwerp en de ontwikkeling van niet-concurrerende ATP CDK-remmers

We hebben een werkwijze voor het zuiveren van eiwitten mederegulerende interactie met de LC-MS / MS systeem.

Een eiwit Bereidingswijze voor de High-throughput identificatie van eiwitten Interactie met een nucleair Cofactor Met behulp van LC-MS / MS Analysis

Dit protocol richt zich op de identificatie van eiwitten die binden aan inositol fosfaten of fosfoinositides. Het maakt gebruik van affiniteits chromatografie met biotinyleerd inositol fosfaten of fosfoinositides die zijn geïmmobiliseerd via streptavidine aan agarose of magnetische kralen. Inositol fosfaat of fosfoinositide bindende eiwitten worden geïdentificeerd door Western blotting of massaspectrometrie.

Identificatie van inositol fosfaat of Fosfoinositide interactie eiwitten door Affiniteits chromatografie gekoppeld aan Western Blot of massaspectrometrie

Deze studie was gericht op het presenteren van een strategie voor het identificeren van drug-peptide interacties. De strategie omvat het biopanning van drug-herkennende korte peptiden op basis van een kwarts-kristal microbalans (QCM) biosensor, gevolgd door bioinformatica analyse voor het kwantitatief beoordelen van de informatie verkregen voor de drugherkenning en annotatie van de drug-bindende sites op eiwitten.

Biosensor-gebaseerde high throughput biopanning en bioinformatica analyse strategie voor de wereldwijde validatie van drug-eiwit interacties

Dit protocol presenteert een techniek voor het onderzoeken van eiwit-eiwitinteracties met behulp van glutathion-gekoppelde donorkralen met GST-gefuseerde TPR-motief co-chaperones en acceptor kralen in combinatie met een Hsp90-afgeleid peptide. We hebben deze techniek gebruikt om kleine moleculen te screenen om Hsp90-FKBP51- of Hsp90-FKBP52-interacties te verstoren en hebben krachtige en selectieve Hsp90-FKBP51-interactieremmers geïdentificeerd.

Studies van Chaperone-Cochaperone Interacties met behulp van Homogene Bead-Based Assay

Het experiment dat hier wordt gebruikt, toont een methode van moleculaire docking in combinatie met cellulaire thermische verschuivingstest om de interactie tussen kleine moleculen en eiwitdoelen te voorspellen en te valideren.

Voorspelling en validatie van eiwitdoelen van een verbinding met kleine moleculen

Leer een fluorescentiepolarisatie-gebaseerde methode voor het identificeren van kleine moleculen die de TRIP8b-HCN interactie verstoren. Deze high-throughput aanpak ondersteunt de ontwikkeling van nieuwe behandelingen voor depressie en chronische pijn.

Methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van het eiwit-eiwit interactie tussen HCN1 en TRIP8b

Meer video's verkennen