Name: Iteratief bleken breidt de veelheid uit met behulp van kleurautomatisering voor kernfaciliteiten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-06T14:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 52 s
Description: Leer de IBEX-methode voor geautomatiseerde weefselkleuring met tyramide-signaalversterking. Deze techniek verbetert beeldkwaliteit en reproduceerbaarheid in neurobiologisch onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+an+iterative+immunolabeling+and+chemical+bleaching+method+for+high-content+imaging+of+diverse+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protoc%22%5BJournal%5D)">IBEX: an iterative immunolabeling and chemical bleaching method for high-content imaging of diverse tissues.</a> Nature Protoc. 17 (2), 378-401 (2022).</li>
<li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+A+versatile+multiplex+optical+imaging+approach+for+deep+phenotyping+and+spatial+analysis+of+cells+in+complex+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">IBEX: A versatile multiplex optical imaging approach for deep phenotyping and spatial analysis of cells in complex tissues.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 117 (52), 33455-33465 (2020).</li>
<li>Prichard, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overview+of+automated+immunohistochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Pathol+Lab+Med%22%5BJournal%5D)">Overview of automated immunohistochemistry.</a> Arch Pathol Lab Med. 138, 1578-1582 (2014).</li>
<li>Stack, E. C., Wang, C., Roman, K. A., Hoyt, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+immunohistochemistry%2C+imaging%2C+and+quantitation%3A+a+review%2C+with+an+assessment+of+Tyramide+signal+amplification%2C+multispectral+imaging+and+multiplex+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Multiplexed immunohistochemistry, imaging, and quantitation: a review, with an assessment of Tyramide signal amplification, multispectral imaging and multiplex analysis.</a> Methods. 70, 46-58 (2014).</li>
<li>Speranza, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Age-related+differences+in+immune+dynamics+during+SARS-CoV-2+infection+in+rhesus+macaques%5BTitle%5D)+AND+%22Life+Sci+Alliance%22%5BJournal%5D)">Age-related differences in immune dynamics during SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques.</a> Life Sci Alliance. 5, 4(2022).</li>
<li>Parra, E. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Procedural+requirements+and+recommendations+for+multiplex+immunofluorescence+tyramide+signal+amplification+assays+to+support+translational+oncology+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Procedural requirements and recommendations for multiplex immunofluorescence tyramide signal amplification assays to support translational oncology studies.</a> Cancers (Basel). 12 (2), 255(2020).</li>
<li>Hoyt, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+immunofluorescence+and+multispectral+imaging%3A+forming+the+Basis+of+a+clinical+test+platform+for+immuno-oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Multiplex immunofluorescence and multispectral imaging: forming the Basis of a clinical test platform for immuno-oncology.</a> Front Mol Biosci. 8, 674747(2021).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7, 16878(2017).</li>
<li>Feng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+analysis+with+SPIAT+and+spaSim+to+characterize+and+simulate+tissue+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Spatial analysis with SPIAT and spaSim to characterize and simulate tissue microenvironments.</a> Nat Commun. 14, 2697(2023).</li>
<li>Meyer, L., Eling, N., Bodenmiller, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cytoviewer%3A+an+R%2FBioconductor+package+for+interactive+visualization+and+exploration+of+highly+multiplexed+imaging+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">cytoviewer: an R/Bioconductor package for interactive visualization and exploration of highly multiplexed imaging data.</a> BMC Bioinformatics. 25, 9(2024).</li>
<li>Windhager, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+end-to-end+workflow+for+multiplexed+image+processing+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">An end-to-end workflow for multiplexed image processing and analysis.</a> Nat Protoc. 18 (11), 3565-3613 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Staining reagent Alexa TSA kits</td><td>ThermoFisher</td><td></td><td>Alternatieve TSA kleurstoffen als Opal microscoopfilters niet beschikbaar zijn. Deze omvatten Alexa Fluor 488 (blauw/groen kanaal), Alexa Fluor 555 of 568 (rood kanaal), Alexa Fluor 647 (ver-rood kanaal), Alexa Fluor 750 (nabij-infrarood, indien uitgerust met geschikte filters).&nbsp;</td></tr><tr><td>Antibody Arg1</td><td>Cell Signaling</td><td>93668</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:100</td></tr><tr><td>Materiaal Mesjes</td><td>Leica Biosystems</td><td></td><td>Of soortgelijk, hoog of laag profiel is afhankelijk van het type weefsel</td></tr><tr><td>Antibody CD11b</td><td>Abcam</td><td>ab133357</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:2000</td></tr><tr><td>Antibody CD163</td><td>Abcam</td><td>ab182422</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:500</td></tr><tr><td>Antibody CD31</td><td>Cell Signaling</td><td>77699S</td><td>Gebruikt in Figuur 2 bij 1:100</td></tr><tr><td>Antibody CD3e</td><td>Dako</td><td>A045201-2</td><td>Gebruikt in Figuur 1 bij 1:100</td></tr><tr><td>Gereedschap Coplin pot</td><td>Fischer Scientific</td><td>01-816-21</td><td>Of soortgelijk</td></tr><tr><td>Materiaal Dekglasjes</td><td>VWR</td><td>v48393-026</td><td>Of soortgelijk</td></tr><tr><td>Antibody CX3CR1</td><td>Abcam</td><td>ab308613</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:450</td></tr><tr><td>Kleurstof DAPI</td><td>Akoya</td><td>FP1490</td><td></td></tr><tr><td>Software FIJI</td><td></td><td></td><td>Gebruikt om signaalintensiteit te meten</td></tr><tr><td>Slide Fisher Superfront Slides</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-037-246</td><td>Of soortgelijk</td></tr><tr><td>Software HALO</td><td>Indica Labs</td><td></td><td>Voorbeeld van commercieel beschikbare beeldanalysesoftware. Gebruikt om afbeeldingen uit te lijnen en te analyseren.</td></tr><tr><td>Antibody Iba1</td><td>Cell Signaling</td><td>17191</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:800</td></tr><tr><td>Software inForm</td><td>Akoya</td><td></td><td>Gebruikt om signaalintensiteit te meten</td></tr><tr><td>Antibody iNOS</td><td>Abcam</td><td>ab283655</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:400</td></tr><tr><td>Instrument Leica Bond Rx (of RXm)</td><td>Leica Biosystems</td><td>21.2201</td><td>Verwijst naar als "Autostainer 1" in tekst. Zorg ervoor dat alle bijbehorende reagentia ook beschikbaar zijn, inclusief kleuringsboxen en bulkoplossingen.&nbsp;</td></tr><tr><td>Reagens LiBH4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>62460-5G-F</td><td>Bewaar in een watervrij milieu</td></tr><tr><td>Instrument Mantra Snap</td><td>Akoya</td><td></td><td>Multispectrale fluorescente microscoop is nodig om de kleurstoffen te detecteren. Voorbeeld microscoop die kan worden gebruikt om Opal kleurstoffen te detecteren.</td></tr><tr><td>Gereedschap Microtoom</td><td>Leica Biosystems</td><td></td><td>Of soortgelijk met voorkeursaccessoires zoals borstels</td></tr><tr><td>Staining reagent Opal IHC 480 Kit</td><td>Akoya</td><td>FP1500001KT</td><td>Gebruikt in Figuur 4</td></tr><tr><td>Staining reagent Opal IHC 6-plex Plex Kit</td><td>Akoya</td><td>NEL821001KT</td><td>520 en 620 bleken niet, gebruikt in Figuur 1, 2 en 4</td></tr><tr><td>Staining reagent Opal IHC 780 Kit</td><td>Akoya</td><td>FP1501001KT</td><td>Gebruikt in Figuur 4</td></tr><tr><td>Gereedschap Oven</td><td>Millipore Sigma</td><td>Z683329</td><td>Of soortgelijk, kan ook worden gedaan op autostainer</td></tr><tr><td>Antibody Pancytokeratine</td><td>Abcam</td><td>ab9377</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:50</td></tr><tr><td>Reagens PBS (optioneel)</td><td>Fisher Scientific</td><td>AAJ61196AP</td><td></td></tr><tr><td>Instrument PhenoImager</td><td>Akoya</td><td></td><td>Multispectrale whole slide imaging met onboard spectrale unmixing opgenomen in software</td></tr><tr><td>Reagens ProLong Gold Antifade</td><td>Fisher Scientific</td><td>P36961</td><td>Of soortgelijk waterige montage media</td></tr><tr><td>Antibody ProSP-C n-terminaal (ProSPC)</td><td>Seven Hills Bioreagents</td><td>WRAB-9337</td><td>Gebruikt in Figuur 4 bij 1:250</td></tr><tr><td>Antibody RAGE</td><td>R&amp;D</td><td>MAB1179</td><td>Gebruikt in Figuur 1 en 2 bij 1:50</td></tr><tr><td>Reagens Reactiebuffer</td><td>Roche</td><td>NC1895692</td><td>Voor gebruik met Ventana autostainer</td></tr><tr><td>Antibody SARS-CoV-2-N</td><td>Cell Signaling</td><td>68344</td><td>Gebruikt in Figuur 2 bij 1:1000</td></tr><tr><td>Slide TOMO Adhesion CC Microscope Slides-WH</td><td>Avantik</td><td>SKUSL6519-1</td><td>Als weefselhechting een zorg is</td></tr><tr><td>Instrument Ventana Discovery Ultra</td><td>Roche</td><td></td><td>Verwijst naar als "Autostainer 2" in tekst. Zorg ervoor dat alle bijbehorende reagentia ook beschikbaar zijn, inclusief kleuringsboxen en bulkoplossingen.&nbsp;</td></tr><tr><td>Reagens Wash buffer</td><td>Leica Biosystems</td><td>AR9590</td><td>Voor gebruik met Leica Bond autostainer</td></tr><tr><td>Reagens Water</td><td>Fisher Scientific</td><td>15-230-147</td><td>DI is het beste, niet millipore</td></tr><tr><td>Gereedschap Waterbad</td><td>Leica Biosystems</td><td>140607020C1</td><td>Of soortgelijk</td></tr></tbody></table>

iteratief bleken breidt de veelheid uit met behulp van kleurautomatisering voor kernfaciliteiten

Iterative Bleaching Extends Multiplicity with Use of Staining Automation for Core Facilities

Iteratief bleken breidt de veelheid uit met behulp van kleurautomatisering voor kernfaciliteiten

Iterative Bleaching Extends Multiplicity (IBEX) is a highly sensitive tyramide signal amplification (TSA)-based multi-round fluorescence imaging technique ...

iterative-bleaching-extends-multiplicity-with-use-staining-automation

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie en Infectie

Genoomassemblages op basis van massaal parallelle DNA-sequencingtechnologieën zijn doorgaans sterk gefragmenteerd. De ontwikkeling van fysieke chromosoomkaarten kan genoomassemblages potentieel verbeteren. Hier demonstreren we innovatieve benaderingen voor chromosoompreparatie, fluorescentie in situ hybridisatie en imaging die de doorvoer van de ontwikkeling van de fysieke kaart aanzienlijk verhogen.

High-throughput Fysische in kaart brengen van Chromosomen met Automatisch<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisatie

In dit manuscript presenteren we een hoogdoorvoerige, semi-geautomatiseerde cryohistologieplatform om gealignde composietbeelden te produceren van meerdere responsmaatregelen uit verschillende rondes van fluorescentiebeeldvorming op bevroren secties van gemineraliseerde weefsels.

High-throughput, Multi-Beeld Cryohistology gemineraliseerde weefsels

Een gedetailleerd protocol voor een zes-marker multiplex immunofluorescentie paneel is geoptimaliseerd en uitgevoerd, met behulp van een geautomatiseerde stainer voor meer consistente resultaten en een kortere tijd van de procedure. Deze aanpak kan direct worden aangepast door elk laboratorium voor immuno-oncologie studies.

Geautomatiseerde Multiplex immunofluorescentie paneel voor Immuno-oncologie Studies over formaline-vaste Carcinoma weefsel Specimens

We beschrijven een uitgebreide en praktische protocol voor fluorescentie herstel na photobleaching experimenten met cellen levende. Hoewel het protocol werd gebruikt voor het meten van de mobiliteit van gele fluorescerende eiwit-gelabeld p62 in aggresome-achtige geïnduceerde structuren, kan het worden toegepast op een verscheidenheid van microscopie systemen en fluorescente proteïnen.

Fluorescentie herstel na Photobleaching van gele fluorescerende eiwit Tagged p62 in Aggresome-achtige geïnduceerde structuren

We beschrijven een snelle kleuringsmethode om multispectrale beeldvorming op bevroren weefsels uit te voeren.

Een snelle methode voor multispectrale fluorescentiebeeldvorming van bevroren weefselsecties

Dit rapport beschrijft een geautomatiseerd protocol voor multiplex immunofluorescentie (mIF)-assays op een geautomatiseerde objectglaaskleuring. Het demonstreert de hoge reproduceerbaarheid van ruimtelijke proteomics op standaard high-throughput weefselautostainers en fluorescentiebeeldvormers met hele objectglaasjes, wat ideaal is voor aangepaste mIF-assays op een groot aantal weefselglaasjes in translationeel onderzoek.

High-throughput geautomatiseerde multiplex immunofluorescentietesten voor translationeel onderzoek

De combinatie van iteratief-bleken-extends-multiplexity (IBEX) en een commerciële nucleotide-labelingtest (Click-iT EdU) maakt de detectie en categorisatie van delende celtypen mogelijk in zeer dynamische processen in gefixeerde ingevroren muizenweefselsecties. Bovendien biedt een nieuwe open-source beeldverwerkingspijplijn beeldacquisitie en -analyse met hoge doorvoer.

High-throughput beeldvormings- en analyseworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in weefselmonsters

Dit artikel beschrijft een protocol voor multiplex-immunofluorescentie dat is geoptimaliseerd om de driedimensionale architectuur van peritoneale metastasen te karakteriseren.

Driedimensionale beeldvorming van tumordragend weefsel met behulp van de iteratieve bleking breidt de multiplexiteitsbenadering uit

De implementatie van een goedkope, veelzijdige fotobestralingstechniek met de handmatige IBEX-methode zorgt voor een optimale beeldvorming van menselijk weefsel met aanzienlijke natuurlijke autofluorescentie. Dit protocol beschrijft hoe gemultiplexte beelden van hele dia's kunnen worden verkregen uit gearchiveerde klinische monsters met behulp van een omgekeerde microscoop, algemeen verkrijgbare reagentia en open-source software voor beelduitlijning en -verwerking.

Geoptimaliseerde workflow voor iteratief bleken breidt multiplexiteitsbeeldvorming van sterk autofluorescerende klinische monsters uit

Spectral Iterative Bleaching Extend Multiplexity (IBEX) bouwt voort op de basis IBEX-techniek door heparineblokkering toe te voegen om niet-specifieke binding te minimaliseren en gebruik te maken van spectrale detectie met computationele ontmenging om autofluorescentie te onderdrukken. Deze aanpak versnelt de beeldacquisitie en vermindert tegelijkertijd achtergrondbronnen, waardoor robuuste multi-ronde, high-parameter ruimtelijke proteomische analyses mogelijk zijn.

High-plex beeldvorming met behulp van spectrale confocale microscopie om niet-specifieke weefselfluorescentie te minimaliseren

Leer de IBEX-methode voor geautomatiseerde weefselkleuring met tyramide-signaalversterking. Deze techniek verbetert beeldkwaliteit en reproduceerbaarheid in neurobiologisch onderzoek.

Iteratief bleken breidt de veelheid uit met behulp van kleurautomatisering voor kernfaciliteiten

Meer video's verkennen