Op DNA-barcode gebaseerde multiplex immunofluorescentiebeeldvorming om FFPE-monsters van genetisch geherprogrammeerd muizenmelanoom te analyseren

1.6K weergaven

09:58 min.

6 juni 2025

10.3791/68124-v

6 juni 2025

1.6K weergaven

Sachin S. Surwase^*¹^,²^,³ , Xin Ming M. Zhou^*³^,⁴ , Kathryn M. Luly¹^,²^,³ , Qingfeng Zhu⁵^,⁶^,⁷ , Niki Talebian⁶ , Robert A. Anders⁵^,⁶^,⁷^,⁸^,⁹ , Jordan J. Green¹^,²^,³^,⁵^,⁸^,⁹^,¹⁰^,¹¹^,¹² , Stephany Y. Tzeng¹^,²^,³ , Joel C. Sunshine¹^,³^,⁴^,⁵^,⁶^,⁸^,⁹

¹Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University, ²Translational Tissue Engineering Center, Johns Hopkins University, ³Johns Hopkins Translational ImmunoEngineering Center, Johns Hopkins University, ⁴Department of Dermatology, Johns Hopkins University, ⁵Department of Oncology, Johns Hopkins University, ⁶Department of Pathology, Johns Hopkins University, ⁷Convergence Institute, Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center Johns Hopkins University School of Medicine, ⁸Bloomberg Kimmel Institute for Cancer Immunotherapy, Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, Johns Hopkins University School of Medicine, ⁹Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, Johns Hopkins University School of Medicine, ¹⁰Institute for Nanobiotechnology, Johns Hopkins University, ¹¹Departments of Neurosurgery and Ophthalmology, Johns Hopkins University School of Medicine, ¹²Departments of Materials Science & Engineering and Chemical & Biomolecular Engineering, Johns Hopkins University

^* These authors contributed equally

Dit protocol biedt een stapsgewijze handleiding voor het ontwerpen van een multiplex immunofluorescentie-antilichaampaneel voor op DNA-barcodes gebaseerde beeldvorming van muizen FFPE-melanoomweefsels. We beschrijven ook een pijplijn voor beeldanalyse met behulp van open-source tools voor het genereren van ruimtelijke proteomics-inzichten in de immuunmicro-omgeving van de muizenmelanoomtumor.

Meer video's verkennen

DNA-strijkcode-imaging

ruimtelijke proteomics

ontwerp van antilichaampanels

weefselmicro-omgeving

image-analysepijplijn

cel-fenotypering

tumor-micro-omgeving

Chapters in this video

0:00

Introduction

1:21

Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Staining and Imaging for Multiplex Analysis

4:37

Digital Pathology Analysis and Proteomics Data Normalization

8:34

Results