ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Poss, K. D., Wilson, L. G., Keating, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heart+regeneration+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%281979%29%22%5BJournal%5D)">Heart regeneration in zebrafish.</a> Science (1979). 298 (5601), 2188-2190 (2002).</li>
<li>Jopling, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+heart+regeneration+occurs+by+cardiomyocyte+dedifferentiation+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Zebrafish heart regeneration occurs by cardiomyocyte dedifferentiation and proliferation.</a> Nature. 464 (7288), 606-609 (2010).</li>
<li>Kikuchi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primary+contribution+to+zebrafish+heart+regeneration+by+gata4%2B+cardiomyocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Primary contribution to zebrafish heart regeneration by gata4+ cardiomyocytes.</a> Nature. 464 (7288), 601-605 (2010).</li>
<li>Bertozzi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Is+zebrafish+heart+regeneration+%22complete%22%3F+Lineage-restricted+cardiomyocytes+proliferate+to+pre-injury+numbers+but+some+fail+to+differentiate+in+fibrotic+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Is zebrafish heart regeneration "complete"? Lineage-restricted cardiomyocytes proliferate to pre-injury numbers but some fail to differentiate in fibrotic hearts.</a> Dev Biol. 471, 106-118 (2021).</li>
<li>Nguyen, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+calcium+and+sarcomeres+directs+cardiomyocyte+maturation+during+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%281979%29%22%5BJournal%5D)">Interplay between calcium and sarcomeres directs cardiomyocyte maturation during regeneration.</a> Science (1979). 380 (6646), 758-764 (2023).</li>
<li>Fukuda, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stimulation+of+glycolysis+promotes+cardiomyocyte+proliferation+after+injury+in+adult+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">Stimulation of glycolysis promotes cardiomyocyte proliferation after injury in adult zebrafish.</a> EMBO Rep. 21 (8), e49752(2020).</li>
<li>Honkoop, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+uncovers+that+metabolic+reprogramming+by+ErbB2+signaling+is+essential+for+cardiomyocyte+proliferation+in+the+regenerating+heart%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis uncovers that metabolic reprogramming by ErbB2 signaling is essential for cardiomyocyte proliferation in the regenerating heart.</a> Elife. 8, e50163(2019).</li>
<li>Lekkos, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+phosphorylation+is+required+for+cardiomyocyte+redifferentiation+and+long-term+fish+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cardiovasc+Res%22%5BJournal%5D)">Oxidative phosphorylation is required for cardiomyocyte redifferentiation and long-term fish heart regeneration.</a> Nat Cardiovasc Res. 4 (10), 1363-1380 (2025).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Langendorff-like+system+to+quantify+cardiac+pump+function+in+adult+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dis+Model+Mech%22%5BJournal%5D)">A Langendorff-like system to quantify cardiac pump function in adult zebrafish.</a> Dis Model Mech. 11 (9), dmm034819(2018).</li>
<li>Zhang, P. C., Llach, A., Sheng, X. Y., Hove-Madsen, L., Tibbits, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Calcium+handling+in+zebrafish+ventricular+myocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul+Integr+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Calcium handling in zebrafish ventricular myocytes.</a> Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 300, 56-66 (2011).</li>
<li>Lin, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+and+use+of+a+zebrafish+heart+voltage+and+calcium+optical+mapping+system%2C+with+integrated+electrocardiogram+and+programmable+electrical+stimulation%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul+Integr+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Construction and use of a zebrafish heart voltage and calcium optical mapping system, with integrated electrocardiogram and programmable electrical stimulation.</a> Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 308, R755-R768 (2015).</li>
<li>Miklas, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amino+acid+primed+mTOR+activity+is+essential+for+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22iScience%22%5BJournal%5D)">Amino acid primed mTOR activity is essential for heart regeneration.</a> iScience. 25 (1), 103574(2022).</li>
<li>García-Poyatos, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cox7a1+controls+skeletal+muscle+physiology+and+heart+regeneration+through+complex+IV+dimerization%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Cox7a1 controls skeletal muscle physiology and heart regeneration through complex IV dimerization.</a> Dev Cell. 59 (14), 1824-1841.e10 (2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22How+Agilent+Seahorse+XF+Analyzers+Work%22">How Agilent Seahorse XF Analyzers Work</a>. , Agilent. https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/how-seahorse
-xf-analyzers-work?srsltid=AfmBOopkIZodH4uZO
5puXTOp1U5gdkky661L6TKluz5XgBWGqujHEzww (2026).</li>
<li>Yoo, I., Ahn, I., Lee, J., Lee, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+flux+assay+%28Seahorse+assay%29%3A+Diverse+applications+in+metabolic+research+across+biological+disciplines%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cells%22%5BJournal%5D)">Extracellular flux assay (Seahorse assay): Diverse applications in metabolic research across biological disciplines.</a> Mol Cells. 47 (8), 100095(2024).</li>
<li>Chablais, F., Jaźwińska, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+myocardial+infarction+in+adult+zebrafish+using+cryoinjury%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Induction of myocardial infarction in adult zebrafish using cryoinjury.</a> J Vis Exp. (62), e3666(2012).</li>
<li>González-Rosa, J. M., Mercader, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryoinjury+as+a+myocardial+infarction+model+for+the+study+of+cardiac+regeneration+in+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Cryoinjury as a myocardial infarction model for the study of cardiac regeneration in the zebrafish.</a> Nat Protoc. 7 (4), 782-788 (2012).</li>
<li>Schnabel, K., Wu, C. C., Kurth, T., Weidinger, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regeneration+of+cryoinjury+induced+necrotic+heart+lesions+in+zebrafish+is+associated+with+epicardial+activation+and+cardiomyocyte+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Regeneration of cryoinjury induced necrotic heart lesions in zebrafish is associated with epicardial activation and cardiomyocyte proliferation.</a> PLoS One. 6 (4), e18503(2011).</li>
<li>Aleström, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish%3A+Housing+and+husbandry+recommendations%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Anim%22%5BJournal%5D)">Zebrafish: Housing and husbandry recommendations.</a> Lab Anim. 54 (3), 213-224 (2019).</li>
<li>Singleman, C., Holtzman, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heart+dissection+in+larval%2C+juvenile+and+adult+zebrafish%2C+Danio+rerio%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Heart dissection in larval, juvenile and adult zebrafish, Danio rerio.</a> J Vis Exp. (55), e3165(2011).</li>
<li>Duan, X., Liu, X., Zhan, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+regulation+of+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cardiovasc+Med%22%5BJournal%5D)">Metabolic regulation of cardiac regeneration.</a> Front Cardiovasc Med. 9, 933060(2022).</li>
<li>Yu, F., Cong, S., Yap, E. P., Hausenloy, D. J., Ramachandra, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unravelling+the+interplay+between+cardiac+metabolism+and+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Unravelling the interplay between cardiac metabolism and heart regeneration.</a> Int J Mol Sci. 24 (12), 10300(2023).</li>
<li>Cook, M., Lal, S., Hume, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional%2C+proteomic+and+metabolic+drivers+of+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Heart%22%5BJournal%5D)">Transcriptional, proteomic and metabolic drivers of cardiac regeneration.</a> Heart. 111 (18), 851-858 (2025).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming%3A+A+byproduct+or+a+driver+of+cardiomyocyte+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming: A byproduct or a driver of cardiomyocyte proliferation.</a> Circulation. 149 (20), 1598-1610 (2024).</li>
<li>Bond, S. T., McEwen, K. A., Yoganantharajah, P., Gibert, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+metabolic+profile+analysis+of+zebrafish+embryos+using+a+seahorse+XF+24+extracellular+flux+analyzer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Live metabolic profile analysis of zebrafish embryos using a seahorse XF 24 extracellular flux analyzer.</a> Methods Mol Biol. 1797, 393-401 (2018).</li>
<li>Gibert, Y., McGee, S. L., Ward, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+profile+analysis+of+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Metabolic profile analysis of zebrafish embryos.</a> J Vis Exp. (71), e4300(2013).</li>
<li>Trampel, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seahorse+metabolic+analysis+for+human+and+mouse+cardiac+organotypic+slices%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Seahorse metabolic analysis for human and mouse cardiac organotypic slices.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Ruggiero, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+balanced+circadian+glycolytic+rhythm+drives+cardiomyocyte+cell+cycle+progression+during+fish+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">A balanced circadian glycolytic rhythm drives cardiomyocyte cell cycle progression during fish heart regeneration.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Lee, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+assessment+of+cardiac+responses+of+adult+zebrafish+%28Danio+rerio%29+to+acute+and+chronic+temperature+change+using+high-resolution+echocardiography%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Functional assessment of cardiac responses of adult zebrafish (Danio rerio) to acute and chronic temperature change using high-resolution echocardiography.</a> PLoS One. 11 (1), e0145163(2016).</li>
<li>Shaftoe, J. B., Geddes-McAlister, J., Gillis, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+cellular+response+of+the+zebrafish+%28Danio+rerio%29+heart+to+temperature+change%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Biol%22%5BJournal%5D)">Integrated cellular response of the zebrafish (Danio rerio) heart to temperature change.</a> J Exp Biol. 227 (20), jeb247522(2024).</li>
<li>Ryan, R., Moyse, B. R., Richardson, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+cardiac+regeneration%E2%80%94looking+beyond+cardiomyocytes+to+a+complex+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Histochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Zebrafish cardiac regeneration—looking beyond cardiomyocytes to a complex microenvironment.</a> Histochem Cell Biol. 154 (5), 533-548 (2020).</li>
<li>Angelini, A., Pi, X., Xie, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+long-chain+fatty+acid+respiration+in+neonatal+mouse+cardiomyocytes+using+SeaHorse+instrument%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Evaluation of long-chain fatty acid respiration in neonatal mouse cardiomyocytes using SeaHorse instrument.</a> STAR Protoc. 3 (2), 101392(2022).</li>
<li>Ludikhuize, M. C., Meerlo, M., Burgering, B. M. T., Rodríguez Colman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+profile+the+bioenergetics+of+organoids+using+Seahorse%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to profile the bioenergetics of organoids using Seahorse.</a> STAR Protoc. 2 (1), 100386(2021).</li>
<li>Neary, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hypoxia+signaling+controls+postnatal+changes+in+cardiac+mitochondrial+morphology+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Cell+Cardiol%22%5BJournal%5D)">Hypoxia signaling controls postnatal changes in cardiac mitochondrial morphology and function.</a> J Mol Cell Cardiol. 74 (100), 340-352 (2014).</li>
<li>Cheng, Y. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+changes+associated+with+cardiomyocyte+dedifferentiation+enable+adult+mammalian+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Metabolic changes associated with cardiomyocyte dedifferentiation enable adult mammalian cardiac regeneration.</a> Circulation. 146 (25), 1950-1967 (2022).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+fatty+acid+oxidation+enables+heart+regeneration+in+adult+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inhibition of fatty acid oxidation enables heart regeneration in adult mice.</a> Nature. 622 (7983), 619-626 (2023).</li>
<li>Mookerjee, S. A., Goncalves, R. L. S., Gerencser, A. A., Nicholls, D. G., Brand, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+contributions+of+respiration+and+glycolysis+to+extracellular+acid+production%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">The contributions of respiration and glycolysis to extracellular acid production.</a> Biochim Biophys Acta. 1847 (2), 171-181 (2015).</li>
<li>Mookerjee, S. A., Brand, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+and+analysis+of+extracellular+acid+production+to+determine+glycolytic+rate%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Measurement and analysis of extracellular acid production to determine glycolytic rate.</a> J Vis Exp. (106), e53464(2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5ml Eppendorf tubes&nbsp;</td><td>Starlab</td><td>S1615-5550</td><td></td></tr><tr><td>96-well plate&nbsp;</td><td>ThermoFisher</td><td>AB-0800</td><td></td></tr><tr><td>Antimycin A</td><td>ChemCruz&nbsp;</td><td>sc-202467A</td><td></td></tr><tr><td>DMEM medium</td><td>Agilent</td><td>1035755-100</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Dry ice&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Supelco</td><td>1.00983.2500</td><td></td></tr><tr><td>Extracellular Flux Assay Kit&nbsp;</td><td>Agilent</td><td>103518-100</td><td>pack bevat utility plate, hydro booster, sensor cartridge, lid (wordt geleverd met de islet plates)</td></tr><tr><td>FCCP</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>C2920</td><td></td></tr><tr><td>Glucose</td><td>Agilent</td><td>103577-100</td><td></td></tr><tr><td>Glutamine</td><td>Agilent</td><td>103579-100</td><td></td></tr><tr><td>Incubator</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Islet capture microplate</td><td>Agilent</td><td>101122-100</td><td>25 roosters inbegrepen in de verpakking</td></tr><tr><td>Islet capture screen inster tool</td><td>Agilent</td><td>101135-100</td><td></td></tr><tr><td>microdissection forceps</td><td>ideal-tek</td><td>3131760</td><td>5-S maat (2x nodig om de ventrikkel te isoleren van de bulbus arteriosus en atrium)</td></tr><tr><td>microdissection scissors</td><td>FST</td><td>15009-08</td><td></td></tr><tr><td>MS-222</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>E10521</td><td></td></tr><tr><td>Oligomycin</td><td>MP&nbsp;</td><td>151786</td><td></td></tr><tr><td>Pestle mottor homogeniser&nbsp;</td><td>VWR</td><td>431-0100</td><td></td></tr><tr><td>Pestles</td><td>VWR</td><td>431-0094</td><td></td></tr><tr><td>petri dish 35mm</td><td>Greiner Bio-One</td><td>627102</td><td></td></tr><tr><td>petri dish 92mm</td><td>Starstedt</td><td>82.1473</td><td></td></tr><tr><td>Pierce BCA Assay Kit</td><td>Thermo Scientific</td><td>23227</td><td></td></tr><tr><td>Pierce Protease and Phosphatase Inhibitor Mini Tablets,EDTA-free</td><td>Thermo Scientific</td><td>A32961</td><td></td></tr><tr><td>Pyruvate</td><td>Agilent</td><td>103578-100</td><td></td></tr><tr><td>RIPA lysis buffer</td><td>santa-crus</td><td>sc-364162</td><td></td></tr><tr><td>Rotenone</td><td>MP&nbsp;</td><td>02150154-CF</td><td></td></tr><tr><td>Seahorse Analytics Agilent interphase</td><td>Agilent</td><td>https://www.agilent.com/en/product/cell-analysis/real-time-cell-metabolic-analysis/xf-software/agilent-seahorse-analytics-787485</td><td></td></tr><tr><td>Seahorse XFe24 Analyzer</td><td>Agilent</td><td>https://www.agilent.com/en/product/cell-analysis/real-time-cell-metabolic-analysis/xf-analyzers/seahorse-xfe24-analyzer-740878</td><td></td></tr><tr><td>Sealer</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0558</td><td></td></tr><tr><td>SPECTROstar Nano</td><td>MG LABTECH GmbH</td><td>601-0298</td><td></td></tr><tr><td>Sponge</td><td></td><td></td><td>maak een insnijding lang en diep genoeg om de buikzijde van de vis naar boven te passen</td></tr><tr><td>Wave (version 2.6.1.56)</td><td>Agilent</td><td>https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/software-download-for-wave-desktop</td><td></td></tr><tr><td>XF calibrant&nbsp;</td><td>Agilent</td><td>100840-000</td><td></td></tr></tbody></table>

beoordeling van de metabole activiteit van hele regenererende zebravisventrikels ex vivo met behulp van een extracellulaire fluxassay

Assessing the Metabolic Activity of Whole Regenerating Zebrafish Ventricles Ex Vivo Using an Extracellular Flux Assay

Beoordeling van de metabole activiteit van hele regenererende zebravisventrikels ex vivo met behulp van een extracellulaire fluxassay

The ability of zebrafish to regenerate their hearts throughout adulthood is partially attributed to metabolic adaptations. Although it has been ...

De seahorse-assay maakt een high-throughput beoordeling van het metabolisme in intacte ventrikels van zebravissen ex vivo mogelijk. Deze methode kan worden gebruikt om genetische perturbaties in metabole genen te valideren en veranderingen in het metabolisme tijdens regeneratie te karakteriseren. Zet het systeem aan en bereid alle drugsoluties en media voor voordat u aan het experiment begint.Wijs op de pagina Groepsdefinities in de WAVE-software, onder het tabblad Injectiestrategieën, oligomycine toe aan Poort A, carbonylcyanide 4-trifluormethoxyfeny lhydrazon, of FCCP, aan Poort B, en het mengsel van rotenon en antimycine aan Poort C vanuit de catalogus met verbindingen. Verwijder alle bestaande injectiestrategieën zodra de experimentele strategie is gedefinieerd. Definieer vervolgens in het Groepenpaneel de experimentele groepen en wijs de overeenkomstige injectiestrategie toe.Select op de pagina Plate Map de posities van de monsters op de 24-wells plaat door op elke groep en de bijbehorende wells te klikken, waarbij vier wells als blanco's worden gelaten. Verwijder op de Protocol-pagina onnodige controle- of experimentele tabbladen en stem de poorttoewijzingen van de software af op de posities van de geneesmiddelen op de cartridge. Stel 10 cycli in voor de baseline, drie cycli voor oligomycine, zeven cycli voor FCCP en negen cycli voor het mengsel van rotenon en antimycine-A.Zorg ervoor dat elke cyclus bestaat uit drie minuten mengen, twee minuten wachten en drie minuten meten. Verwijder de cartridger en de hulpplaat uit de bevochtigde incubator die de vorige avond was klaargezet. Verwijder vervolgens de hydrobooster en het deksel van de cartridger en plaats de sensorecartridger op de hulpplaat die de calibrant bevat.Pipetteer de inhibitoren voorzichtig in hun respectievelijke poorten langs de zijwand en vermijd tikken. Selecteer in de software Run Assay. Geef de run een naam en klik op Start Run.Sla de run op met een bestandsnaam en laad de assay. Zodra het plateau van de analyzer opent, plaatst u de cartridge geladen met geneesmiddelen en de utility plate met calibrant op het plateau volgens de plaatkaart. Druk op Run Assay om de assay te starten.Nadat de eyelet-capture microplate met de geïsoleerde harten met een rooster is afgedekt, dient u via de software te bevestigen dat alle putjes succesvol zijn gekalibreerd door te controleren op het groene vinkje. Klik vervolgens op Open Tray om de hulpplaat uit te werpen. Plaats de eyelet-microplate zonder deksel in de analyzer, waarbij A1 zich in de linkerbovenhoek bevindt, en klik op Load Cell Plate om het experiment te starten.Zodra het experiment is voltooid, klikt u op Eject om de eyelet microplate en de cartridges uit te werpen. Verwijder de uitgeworpen eyelet plate en cartridges uit de analyzer en sluit de cartridges met het deksel. Bewaar de eyelet plate op droog ijs.Klik vervolgens op Done om het dienblad te sluiten. Klik ten slotte op View Results om de gegevens te visualiseren. Sla de metingen op en exporteer deze vanaf de computer van de analyzer.Upload de gegevens naar de analyse-interface en selecteer de grafiek voor de zuurstofconsumptiesnelheid, of OCR-grafiek, bij Standard Views. Bekijk het OCR-niveau en de extracellulaire verzuringssnelheid, of ECAR-niveau, en corrigeer de achtergrond met behulp van lege wells. Selecteer Wells in de plaatkaart om gegevens weer te geven of te verbergen.Nadat de eiwitgehaltes zijn gekwantificeerd, moeten de OCR- en ECAR-metingen worden genormaliseerd om een betrouwbare vergelijking tussen monsters te waarborgen. Niet-beschadigde ventrikels van het wildtype zonder medicamenteuze behandeling vertoonden een stabiele zuurstofconsumptiesnelheid en extracellulaire acidificatiesnelheid, wat wijst op een normale respiratoire functie en overleving van de ventrikels in de ex vivo setting. Een lichte toename in de zuurstofconsumptiesnelheid werd waargenomen bij 10 micromolar oligomycine, acht micromolar FCCP en 25 micromolar rotenon en antimycine.Een iets grotere toename werd waargenomen bij 50 micromolar oligomycine, 30 micromolar FCCP en 45 micromolar rotenon en antimycine. Na permeabilisatie vertoonde de zuurstofconsumptiesnelheid een aanhoudende afname en nam deze niet toe na injectie van FCCP, wat wijst op metabolisch falen van de gepermeabiliseerde ventrikels. De behandeling met oligomycine verandert de zuurstofconsumptiesnelheid niet significant.FCCP verhoogde de zuurstofconsumptiesnelheid en de extracellulaire verzuringssnelheid, waarbij de ventrikels met overexpressie van het cytosolische malaatdehydrogenase 1 AB de hoogste maximale respiratoire capaciteit vertoonden in vergelijking met de controleventrikels. Met dit protocol kunnen de zuurstofconsumptie en de extracellulaire verzuringssnelheid van zebravisharten ex vivo worden gemeten. De ECAR-gegevens weerspiegelen niet alleen het uit glycolyse afgeleide lactaat, maar ook kooldioxide uit de ademhaling, waarbij beide de extracellulaire verzuring beïnvloeden.

assessing-metabolic-activity-whole-regenerating-zebrafish-ventricles

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Ontwikkelingsbiologie

Zebravis een krachtig gewervelde model dat is onder-gebruikt voor metabole studies. Hier beschrijven we een snelle manier om de te...

Metabole Profiel Analyse van zebravis embryo&#39;s

Zebravissen zijn een belangrijk modelorganisme voor de studie van energiehomeostase. Door gebruik te maken van een NADH2 gevoelige redoxindicator, alamar Blue, hebben we een test ontwikkeld die de metabole snelheid van zebravislarven meet in een 96-well plate formaat en kan worden toegepast op medicijn- of genontdekking.

High Throughput<em&gt; Danio Rerio</em&gt; Energie Uitgaven Assay

Hier presenteren we een protocol om te visualiseren ontwikkeling van harten in zebrafish in 4 dimensies (4-D). 4-D imaging, via licht-blad fluorescentie microscopie (LSFM), neemt de 3-dimensionale (3-D) beelden na verloop van tijd te reconstrueren ontwikkelende harten. Laten we kwalitatief en kwantitatief dat schuifspanning activeert endocardial Notch signalering tijdens de ontwikkeling van de zaal, die cardiale trabeculation bevordert.

Licht vel fluorescentie microscopie 4-dimensionale beelden van de gevolgen van het moduleren van Shear Stress op de ontwikkelingslanden Zebrafish hart

Deze techniek wordt beschreven real-time opname van zuurstofverbruik en extracellulaire verzuring tarieven in het netvlies weefsel transplanteren muis met behulp van een extracellulaire flux-analyzer.

Meting van de energie-stofwisseling in transplanteren retinale weefsel met behulp van extracellulaire Flux-analyse

Het doel van dit protocol is om een nieuwe methode voor de beoordeling van de segmentale cardiale functie bij embryonale zebravissen onder zowel fysiologische als pathologische omstandigheden te beschrijven.

Verplaatsinganalyse van Myocardiale mechanische vervorming (DIAMOND) onthult segmentale heterogeniteit van cardiale functie bij embryonale zebravis

We beschrijven een protocol om hartmorfologie en functie bij volwassen zebravissen te beoordelen met behulp van hoogfrequente echocardiografie. De methode maakt visualisatie van het hart en de daaropvolgende kwantificering van functionele parameters mogelijk, zoals hartslag (HR), hartoutput (CO), fractionele gebiedsverandering (FAC), uitwerpfractie (EF) en bloedinstroom en uitstroomsnelheden.

High-Frequency Ultrasound Echocardiography om zebravissen cardiale functie te beoordelen

Dit protocol maakt gebruik van light-sheet beeldvorming om de contractiele functie van het hart bij zebravislarven te onderzoeken en inzicht te krijgen in de hartmechanica door middel van celtracking en interactieve analyse.

4D Light-sheet beeldvorming van hartcontractie van zebravissen

Dit protocol beschrijft een goedkope lichtmicroscopiemethode om de cardiale morfologie en functie in zebravisembryo's te beoordelen, waardoor een reproduceerbare evaluatie van ontwikkelingscardiotoxiciteit mogelijk is zonder dat er geavanceerde beeldvormingssystemen nodig zijn.

Functionele cardiale beeldvorming in zebravisembryo's met behulp van standaardmicroscopie en videoanalyse: toepassingen in milieu- en biomedisch onderzoek

De gepresenteerde methoden bieden stapsgewijze instructies voor het uitvoeren van een verzameling respirometrische assays op basis van microplates met behulp van geïsoleerde mitochondriën uit minimale hoeveelheden muisskeletspier. Deze assays kunnen mechanistische veranderingen/aanpassingen in het mitochondriale zuurstofverbruik meten in een veelgebruikt diermodel.

Met behulp Isolated Mitochondriën van geringe hoeveelheden van de muis skeletspieren voor High throughput Microplate Respiratory Metingen

De ex vivo rechtopstaande druppelcultuur is een alternatief voor huidige in vitro en in vivo experimentele technieken. Dit protocol is eenvoudig uit te voeren en vereist kleinere hoeveelheden reagens, terwijl het de mogelijkheid biedt om foetale vasculaire vorming, morfogenese en organogene te manipuleren en te bestuderen.

Gebruik<em&gt; Ex Vivo</em&gt; Upright Droplet Culturen van Whole Foetale organen Developmental processen te bestuderen tijdens Mouse Organogenese

University of Oxford.  In dit artikel beschrijven we een gedetailleerd protocol voor het kwantificeren van de zuurstofconsumptiesnelheid en extracellulaire verzuringingssnelheid van ex vivo volwassen zebravisventrikels om hun oxidatieve en glycolytische metabole capaciteit te karakteriseren.

Beoordeling van de metabole activiteit van hele regenererende zebravisventrikels ex vivo met behulp van een extracellulaire fluxassay

Meer video's verkennen