UWAGA: Historycznie rzecz biorąc, kladogramy były konstruowane poprzez porównanie morfologii. Teraz sekwencje genetyczne mogą być również porównywane między interesującymi gatunkami w celu skonstruowania kladogramów. Sekwencje DNA zwykle nie są zachowywane w skamieniałościach, więc w tym laboratorium użyjesz bazy danych BLAST, aby porównać sekwencje DNA żyjących gatunków, które są blisko spokrewnione ze skamieniałością, z tysiącami innych żyjących gatunków.
Przed rozpoczęciem tego laboratorium instruktor pobierze trzy zachowane sekwencje genów do folderu na pulpicie.
Przejdź do strony głównej BLAST, którą instruktor powinien pozostawić otwartą w Twojej przeglądarce, i kliknij na Zapisane strategie w menu na górze strony.
Kliknij Otwórz w pliku Evolutionary_Relationships_Gene1.txt.
Następnie kliknij Widok, aby przejść do strony wyszukiwania Standard Nucleotide BLAST. Sekwencja DNA powinna być widoczna w polu Sekwencja zapytania w prawym górnym rogu ekranu.
Przewiń do dołu ekranu i kliknij przycisk BLAST. Uwaga: Przetworzenie i przeanalizowanie danych zajmie kilka chwil.
Gdy dane zostaną przetworzone, pojawi się graficzne podsumowanie. UWAGA: Sekwencja zapytania jest reprezentowana przez niebieską linię w górnej części pola. Każda z linii poniżej niebieskiej linii reprezentuje inną sekwencję w bazie danych BLAST, która pasuje do Twojego zapytania. Długość i położenie tych pasków reprezentują, gdzie i jaka część sekwencji pasuje do zapytania. Kolor paska reprezentuje jego wynik lub to, jak identyczna jest sekwencja z zapytaniem. Poniżej podsumowania graficznego znajduje się lista Sekwencje tworzące znaczące dopasowania, która zawiera opisy sekwencji DNA pobranych z bazy danych, które są najbardziej zgodne ze zdaniem zapytania. Są one wymienione w kolejności malejącej, od najbardziej podobnych na górze do najmniej podobnych na dole. Po prawej stronie znajduje się kilka statystyk dotyczących tego, jak ściśle powiązana jest każda sekwencja bazy danych z sekwencją eksperymentalną. Im wyższe są wyniki Maksymalna, Łączna, Pokrycie zapytań i Tożsamość, tym bardziej zapytanie i pobrane sekwencje są do siebie podobne. Podobnie, im niższa wartość E, tym mniejsze prawdopodobieństwo, że dopasowanie sekwencji zostało znalezione losowo, a co ważniejsze, wyrównanie jest dokładne. Wartość E równa 0 oznacza bardzo istotne dopasowanie.
Kliknij na nazwę opisu najbardziej podobnego wyrównania na liście. Spowoduje to przejście w dół strony do dokładnego wyrównania sekwencji DNA między pobraną sekwencją a sekwencją zapytania.
Kliknij numer identyfikacyjny sekwencji. Spowoduje to otwarcie nowej karty z bardziej szczegółowymi informacjami na temat pobranej sekwencji genów.
Zidentyfikuj i zapisz nazwy naukowe i zwyczajowe organizmu, które powinny być wymienione obok Źródła.
Zidentyfikuj i zapisz białko, które gen koduje, które powinno być wymienione obok Definicji.
Zamknij kartę i naciśnij Wstecz, aby powrócić do listy Sekwencje tworzące znaczące wyrównania.
Następnie powtórz kroki 7 – 9 dla następnych najbardziej podobnych sekwencji.
Po zebraniu kilku nazw gatunków, wróć do listy Sekwencje tworzące znaczące wyrównania i kliknij Wybierz: Wszystkie, aby zaznaczyć wszystkie pola obok nazw każdej z wymienionych sekwencji wyrównania.
Kliknij na Wyniki dotyczące odległości drzewa, aby utworzyć filogram oparty na podobieństwie wszystkich sekwencji genów z wynikiem BLAST do sekwencji genu zapytania. Uwaga: Twoje zapytanie o sekwencję względną skamieniałości zostanie podświetlone na żółto.
Zapisz lokalizację swojej sekwencji w stosunku do innych grup taksonów pokazanych w drzewie.
Na koniec wróć do zakładki Zapisane strategie i prześlij następną zapisaną sekwencję genów.
Zapytaj o pozostałe dwie sekwencje skamieniałego krewnego DNA, jak wcześniej pokazano (kroki 1 – 16).
