W niniejszym filmie przedstawiono proces filtracji dużych objętości (≥20 L) biomasy drobnoustrojowej o średnicy od 0.22μm do 2.7μm z kolumny wody.
Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.
Artykuł metodologiczny
Filtracja próbek wody morskiej z wybrzeża o dużej objętości (20L+)
W tym artykule
Podsumowanie
Streszczenie
Procedura rozpoczyna się od poboru wód morskich z obszarów przybrzeżnych w celu przeprowadzenia dalszych analiz składu społeczności mikroorganizmów, zawartości składników odżywczych oraz gazów śladowych. W ramach tej metody próbki pobrano z pokładu jednostki HMS John Strickland operującej w zatoce Saanich Inlet. Niniejszy film dokumentuje filtrację dużych objętości (≥20 l) biomasy mikrobownej o średnicy od 0,22 μm do 2,7 μm z kolumny wody. Dwie próbki o objętości 20 l można filtrować jednocześnie, korzystając z jednej pompy wyposażonej w cztery obrotowe głowice. Filtrację przeprowadza się w terenie podczas długich wypraw lub niezwłocznie po powrocie w przypadku wycieczek jednodniowych. Istotne jest odnotowanie objętości wody przepływającej przez każdą jednostkę filtra Sterivex. Aby zapobiec tworzeniu się biofilmu pomiędzy wyprawami pobieralniczymi, cały sprzęt do filtracji musi zostać przepłukany rozcieńczonym HCl i wodą dejonizowaną, a następnie poddany autoklawowaniu niezwłocznie po użyciu. Procedura ta trwa około 5 godzin, plus dodatkowa godzina na oczyszczenie sprzętu.
Protokół
- Konfiguracja aparatury do filtracji
- Aby skonfigurować aparaturę do filtracji, należy za pomocą pęsety umieścić filtr klasy GF/D w obudowie przedfiltra. Dokręcić lekko obudowę ręką. Jako ogólną zasadę należy przyjąć, aby nie dokręcać zbyt mocno, ponieważ może to spowodować nieszczelność jednostki po uruchomieniu pompowania.
- Zastąpić korek bani autoklawowanym korkiem z dołączonym przewodem, ostrożnie wkładając wewnętrzny przewód do bani, tak aby go nie dotknąć. W razie potrzeby użyć pęsety do wprowadzenia przewodu do wnętrza bani.
- Przeciągnąć zewnętrzny przewód przez pompę perystaltyczną.
- Do końców obu zewnętrznych p....
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Dyskusja
Niezbędne jest przetarcie blatów i pomp wilgotną ściereczką po zakończeniu pracy, aby usunąć wszelkie pozostałości wody słonej, które w przeciwnym razie mogłyby spowodować korozję sprzętu. Choć procedura jest prosta, wymagany czas jej wykonania może być znaczny, w zależności od stężenia biomasy lub zanieczyszczeń w filtrowanej próbce.
....Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Oświadczenia
Autorzy nie zgłaszają żadnych konfliktów interesów.
Podziękowania
Pragniemy podziękować Kanadyjskiej Fundacji Innowacji (Canadian Foundation for Innovation), Funduszowi Rozwoju Wiedzy Kolumbii Brytyjskiej (British Columbia Knowledge Development Fund) oraz Narodowej Radzie Badań nad Naukami Przyrodniczymi i Inżynierią (NSERC) w Kanadzie za wsparcie prowadzonych badań nad obszarami o niskiej zawartości tlenu w wodach przybrzeżnych i otwartych oceanach. D.A.W. otrzymał wsparcie w ramach stypendiów z NSERC, Killam oraz fundacji TULA w Centrum Różnorodności i Ewolucji Mikroorganizmów.
....Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Materiały
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze | |
|---|---|---|---|---|
| Pompa perystaltyczna | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | ||
| Przewody Tygon LFL | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | Do aparatury filtracyjnej | |
| Zaciski do węży | Cole-Parmer | 0683204 | Do aparatury filtracyjnej | |
| Adaptery rur 1/4” x 3/16” | Cole-Parmer | 31702-20 | Do aparatury filtracyjnej | |
| Polipropylenowa obudowa przedfiltra | ADVANTEC | 501200 | Do aparatury filtracyjnej | |
| Metalowe złącze luer (koniec węża do męskiego luer lock) | Cole-Parmer | 31507-27 | Do aparatury filtracyjnej | |
| Magnesy 2“ | Do aparatury filtracyjnej | |||
| 3-portowe zakrętki do butli carboy | Do aparatury filtracyjnej | |||
| Filtry GV 0.22 μm STERIVIX | EMD Millipore | SVGV01R5 | ||
| Filtry GF/D o średnicy 47 mm i wielkości oczek 2.7 μm | Whatman, GE Healthcare | 1823047 | ||
| Bufor lizujący | Odczynnik | 0.75 M sacharozy, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | ||
| 0.1 % HCl | Odczynnik | Do płukania po filtracji | ||
| Woda autoklawowana | Odczynnik | Do płukania po filtracji |
Przedruki i uprawnienia
