Opisujemy tutaj metodę przygotowania i hodowli pierwotnych komórek wydzielonych z embrionów Drosophila w stadium gastruli. W skrócie, dużą ilość embrionów o określonym stadium rozwoju, pochodzących od młodych i zdrowych muszek, poddaje się sterylizacji, a następnie dysocjacji fizycznej w celu uzyskania zawiesiny pojedynczych komórek przy użyciu homogenizatora szklanego. Po wysianiu na płytki hodowlane lub szkiełka z komorą przy odpowiedniej gęstości w medium hodowlanym, komórki te mogą ulegać dalszej różnicowaniu w kilka morfologicznie odrębnych typów komórek, które można zidentyfikować za pomocą specyficznych markerów komórkowych. Ponadto przedstawiamy warunki traktowania tych komórek dwuniciowym (ds) RNA w celu wywołania wyciszenia genów. Efektywny RNAi w pierwotnych komórkach Drosophila osiąga się poprzez proste inkubowanie komórek w medium hodowlanym zawierającym dsRNA. Możliwość przeprowadzania skutecznych perturbacji za pomocą RNAi, wraz z innymi analizami molekularnymi, biochemicznymi oraz obrazowaniem komórkowym, pozwoli na udzielenie odpowiedzi na szereg pytań badawczych w pierwotnych komórkach Drosophila, szczególnie tych związanych z zróżnicowanymi komórkami mięśniowymi i neuronalnymi.