1. Hodowla i utrzymanie uśpionych oraz metastatycznych linii komórkowych nowotworu
- Hodować uśpione komórki nowotworowe (D2OR/ MCF7/K7M2-AS.46) oraz komórki przerzutowe (D2A1/ MDA-MB-231/ K7M2) w płytkach hodowlanych 10 cm zawierających DMEM (Dulbecco's Modified Eagle's Medium) z wysoką zawartością glukozy, 10% FBS (płodowej surowicy bydlęcej) oraz antybiotykami. Po osiągnięciu przez komórki 70-80% konfluencji przejść do następnych analiz.
2. Test proliferacji komórek nowotworowych w stanie uśpienia (spoczynku) i komórek przerzutowych (proliferujących) hodowanych w systemie 3D-BME
Hodowla komórek uśpionych/metastatycznych w systemie 3D
- Rozmrozić ekstrakt błony podstawnej (BME) Cultrex z obniżoną zawartością czynników wzrostu w lodówce w temperaturze 4°C dzień przed przeprowadzeniem testu. Należy pamiętać, że BME powinien być przez cały czas przechowywany w lodzie.
- Następnego dnia umieścić płytkę 96-dołkową na tacy z lodem wewnątrz komory z laminarnym przepływem powietrza. Każdy dołek pokryć 50-100μl lodowatego BME za pomocą dozownika ze strzykawką. Należy upewnić się, że w dołkach nie powstały pęcherzyki powietrza. Płytkę 96-dołkową pokrytą BME umieścić w inkubatorze z nawilżaniem, w atmosferze 5% CO2 w temperaturze 37°C na 30 minut.
- W międzyczasie odessać medium z komórek guza uśpionego i/lub przerzutowego (przygotowanych w sekcji 1). Przepłukać płytki hodowlane 10 ml fosforanowo-buforowanego roztworu soli, pH 7.4 (PBS). Odessać PBS i dodać do płytek hodowlanych 2ml trypsyny uprzednio ogrzanej do 37°C. Inkubować płytki w warunkach nawilżania, 5% CO2 w temperaturze 37°C przez 5 min.
- Przenieść komórki do probówki stożkowej 15 ml zawierającej 5ml DMEM z wysoką zawartością glukozy uzupełnionego o 10% FCS i antybiotyki, a następnie policzyć komórki.
- Odwirować całkowitą liczbę komórek przeznaczonych do hodowli w wirówce do kultur tkankowych z prędkością 1500g w temperaturze pokojowej przez 5 min. W naszych testach przygotowujemy 2X103 komórek /dołek dla każdej linii komórkowej lub punktu czasowego poddanego badaniu. Wartość ta może się jednak różnić w zależności od użytych linii komórkowych.
- Ostrożnie odessać nadsącz. Należy pamiętać, że w większości przypadków osad nie jest widoczny, dlatego należy pozostawić niewielką ilość medium. Opukać palcami dno probówki stożkowej 15ml, aby upewnić się, że uzyskano zawiesinę pojedynczych komórek. Resuspender osad w DMEM z niską zawartością glukozy z antybiotykami, uzupełnionym o 2% FCS + 2% BME (medium testowe). Należy dodać 100 μl medium testowego na każde 2x103 komórek. Wielokrotnie triturować komórki pipetą 5ml, aby zapewnić utrzymanie zawiesiny pojedynczych komórek.
- Nanieść 100μl mieszaniny komórkowej na dołek na powierzchnię płytki 96-dołkowej pokrytej BME. W celu oceny tła (w sekcji 2.8) nanieść dodatkowo 100μl na dołek samego medium testowego na płytkę 96-dołkową pokrytą BME. Inkubować przygotowane płytki 96-dołkowe w inkubatorze z nawilżaniem, 5% CO2 w temperaturze 37°C. Komórki należy dokarmiać medium testowym co 4 dni.
Test proliferacji:
- Test proliferacji komórek: w wybranych punktach czasowych dodać do studni 20 μl odczynnika z zestawu Cell Titer 96 AQueous One Solution Cell Proliferation assay. Inkubować w wilgotnym inkubatorze z 5% CO2 w temperaturze 37°C przez 2h. Za pomocą czytnika płytek ELISA zmierzyć absorbancję przy 490nm. W celu oceny i odjęcia tła, dodać 20μl odczynnika z zestawu Cell Titer 96 AQueous One Solution Cell Proliferation assay do studni uprzednio powleczonych BME i zawierających jedynie pożywkę do testu. Za pomocą czytnika płytek ELISA zmierzyć absorbancję przy 490 nm.
3. Barwienie immunofluorescencyjne cząsteczek sygnalizacji komórkowej w uśpionych (spoczywających) komórkach nowotworowych i/lub przerzutowych (proliferujących) komórkach nowotworowych
Hodowla komórek uśpionych/metastatycznych w systemie 3D do barwienia immunofluorescencyjnego
*Poniższy protokół jest modyfikacją protokołu hodowli 3D opublikowanego przez Debnath J et al 18.
- Przygotować BME zgodnie z opisem w sekcji 2.1. Następnego dnia: umieścić system szkiełek przedmiotowych z 8 komorami na tacy z lodem wewnątrz dygestorium z przepływem laminarnym. Pokryć każdą studzienkę 50ul lodowatego BME za pomocą pipety 200μl. Upewnić się, że BME jest rozprowadzone równomiernie i w studzienkach nie powstały pęcherzyki powietrza. Umieścić szkiełko z 8 komorami pokryte BME w wilgotnej atmosferze 5% CO2 w temperaturze 37°C na 20 min.
- Zebrać komórki uśpione i/lub przerzutowe z sekcji 1 i przygotować do hodowli zgodnie z opisem w sekcjach 2.3- 2.4. Zebrać całkowitą liczbę komórek do hodowli do probówki stożkowej 15 ml. Przygotowujemy 5 x103 komórek / studzienkę dla każdej linii komórkowej i badanego punktu czasowego. Odwirować komórki w wirówce do hodowli tkankowych z prędkością 1500g w temperaturze pokojowej przez 5 min. Ostrożnie odessać nadsącz. Należy pamiętać, że osad nie jest widoczny; dlatego należy pozostawić niewielką ilość pożywki. Opukać palcami dno probówki stożkowej 15ml, aby upewnić się, że uzyskano zawiesinę pojedynczych komórek. Resuspendować osad w pożywce do testu. Na każde 5x103 komórek należy dodać 400μl pożywki do testu. Wielokrotnie triturować komórki za pomocą pipety 5ml. Ten krok jest bardzo ważny dla zapewnienia utrzymania zawiesiny pojedynczych komórek.
- Nanieść 400μl mieszaniny komórek na studzienkę, na wierzch każdej z 8 komór pokrytych BME. Inkubować system szkiełek z 8 komorami z hodowlą w wilgotnym inkubatorze z 5% CO2 w temperaturze 37°C. Komórki należy dokarmiać pożywką do testu co 4 dni.
Barwienie immunofluorescencyjne:
- W wybranych punktach czasowych odessać górną warstwę medium i dodać 200μl utrwalacza zawierającego 4% Paraformaldehydu (PFA), 5% sacharozy i 0,1% Triton X-100, a następnie inkubować w temperaturze pokojowej przez 5 minut. Odessać utrwalacz i dodać 200μl 4% PFA zawierającego 5% sacharozy i inkubować w temperaturze pokojowej przez 25 minut.
- Odessać utrwalacz; do każdej studni dodać 400 μl fosforanu soli buforowanej (PBS). Inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Odessać PBS i dodać 400 μl PBS zawierającego 0,05% Tween 20 na 10 minut w temperaturze pokojowej.
- Zablokować utrwalone komórki w temperaturze pokojowej, stosując 200μl 10% surowicy osła lub 3% BSA przez 1 godzinę (odpowiedni roztwór blokujący należy dobrać empirycznie dla każdego przeciwciała pierwszorzędowego).
- Odessać roztwór blokujący i dodać 200μl przeciwciała pierwszorzędowego (rozcieńczenie należy dobrać empirycznie dla każdego stosowanego przeciwciała pierwszorzędowego). Rozcieńczyć przeciwciało pierwszorzędowe w 10% surowicy osła, jeśli do blokowania użyto 10% surowicy osła, lub w 3% BSA, jeśli użyto roztworu blokującego z 3% BSA. Inkubować z przeciwciałem pierwszorzędowym przez noc w 4°C.
- Odessać przeciwciało, przemyć studnie 400μl PBS przez 15 minut i powtórzyć tę czynność dwukrotnie. Odessać PBS i dodać 200μl przeciwciała wtórnego anty-IgG osła sprzężonego z rodaminą czerwoną (rozcieńczenie należy dobrać empirycznie), przykryć szkiełko 8-komorowe folią aluminiową i inkubować przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej.
- Przemyć studnie 400μl PBS (3x15 minut każdego płukania). Odessać PBS. Zamontować preparaty przy użyciu medium montażowego VECTASHIELD z DAPI. Suszyć szkiełka przez 40 minut w temperaturze pokojowej w ciemności. Szkiełka można przechowywać przez 1 tydzień w 4°C. Przechowywać szkiełka w ciemności. Wykonać obrazowanie szkiełek za pomocą mikroskopii konfokalnej.
4. Reprezentatywne wyniki:
Przykład analizy proliferacji uśpionych komórek nowotworowych D2.0R oraz przerzutowych komórek D2A1 w hodowli 3D przedstawiono na Ryc. 1A. Komórki D2.0R pozostają uśpione (w stanie spoczynku) przez cały 14-dniowy okres hodowli eksperymentalnej, podczas gdy silnie przerzutowe komórki D2A1 pozostają uśpione jedynie przez cztery do sześciu dni, po czym zaczynają proliferować. W początkowej fazie uśpienia wiele komórek w hodowli 3D pozostaje odosobnionych (Ryc. 1B; dzień 4), podczas gdy inne nieproliferujące komórki tworzą wielokomórkowe sferoidy. Przejście komórek D2A1 ze stanu uśpienia do stanu proliferacyjnego w hodowli 3D (Ryc. 1B; dzień 12) wiąże się z gwałtownymi zmianami w morfologii komórek. Zatem test ten może być wykorzystany do zbadania, jakie czynniki mogą skłonić uśpione komórki D2.0R do wyjścia ze stanu uśpienia oraz jakie czynniki mogą zapobiegać przejściu komórek D2A1 ze stanu uśpienia. Ryc. 2 przedstawia przykład związku zapobiegającego przejściu komórek D2A1 ze stanu uśpienia do stanu proliferacyjnego. Jak zilustrowano na Ryc. 2, traktowanie komórek D2A1 specyficznym inhibitorem kinazy lekkich łańcuchów miozyny (ML-7) pozwoliło utrzymać komórki D2A1 w stanie uśpienia.
Sygnalizację komórkową w uśpionych i proliferujących komórkach nowotworowych hodowanych w systemie 3D można badać za pomocą barwienia immunofluorescencyjnego na cząsteczki sygnałowe. Jak pokazano na Rysunku 3, podczas przejścia komórek D2A1 ze stanu uśpienia (dni 1-4) do proliferacji (dzień 7) następuje znaczny wzrost fosforylacji lekkiego łańcucha miozyny (barwienie czerwone), po którym następuje reorganizacja filamentów f-aktyny, tworzących włókna stresowe aktyny (barwienie zielone). Jednakże zablokowanie aktywności kinazy lekkiego łańcucha miozyny w komórkach D2A1 za pomocą shRNA lub specyficznego leku (ML-7) utrzymuje komórki D2A1 w stanie uśpienia i skutkuje zahamowaniem fosforylacji lekkiego łańcucha miozyny oraz organizacji włókien stresowych f-aktyny (Rysunek 4).

Rycina 1. Model in vitro do badania stanu uśpienia pojedynczych komórek nowotworowych oraz przejścia w wzrost przerzutowy. A) Proliferacja uśpionych komórek D2.0R i przerzutowych D2A1 w 3-D Cultrex BME, n=8 (średnia ± SE). Reprezentatywne wyniki trzech eksperymentów (* p≤0.05). B) Obrazy z mikroskopii świetlnej komórek D2.0R i D2A1 hodowanych w 3-D Cultrex BME, powiększenie x20. Rycina zmodyfikowana na podstawie Barkan et al 17.

Rysunek 2. Zapobieganie przejściu komórek D2A1 ze stanu uśpienia (spoczynku) do proliferacji w systemie hodowli 3D poprzez inhibicję kinazy lekkich łańcuchów miozyny (MLCK). Przebieg czasowy proliferacji komórek D2A1 hodowanych w 3-D Cultrex BME, n=8 (średnia ±SE). Komórki pozostały nieleczone (kontrola) lub były traktowane specyficznym inhibitorem MLCK (ML-7; 5 μM) przez 48 hr poczynając od 5. dnia hodowli. Rysunek zmodyfikowany na podstawie Barkan et al 17.

Rycina 3. Fosforylacja lekkiego łańcucha miozyny, a następnie reorganizacja f-aktyny podczas przejścia komórek D2A1 ze stanu uśpienia do wzrostu proliferacyjnego. Komórki D2A1 hodowano w 3-D Cultrex BME na szkiełkach przedmiotowych z 8 komorami. Komórki utrwalono i zabarwiono DAPI (niebieski) w celu lokalizacji jąder, faloidyną (zielony) dla f-aktyny oraz przeciwciałem przeciwko fosforylowanej formie lekkiego łańcucha miozyny (MLC-p) (czerwony), jak wskazano w różnych punktach czasowych. Nałożenie barwień f-aktyny i MLC-p (żółty). Ekspresja MLC-p wzrosła podczas przejścia komórek D2A1 ze stanu uśpienia (dni 1-4) do wzrostu proliferacyjnego (dzień 7), po czym nastąpiło tworzenie włókien stresowych aktyny (strzałki). Mikroskopia konfokalna, powiększenie x63. Biały pasek odpowiada 20 microns. Rycina zmodyfikowana na podstawie Barkan et al 17.

Rysunek 4. Hamowanie tworzenia włókien stresowych f-aktyny zapśredniczone przez kinazę lekkich łańcuchów miozyny (MLCK) w komórkach D2A1. Komórki D2A1 pozostawiono bez obróbki (kontrola), poddano działaniu inhibitora MLCK (ML-7; 5 μM) przez 48 hr począwszy od 5. dnia hodowli lub poddano transfekcji shRNA przeciwko MLCK bądź kontrolnym shRNA (scrambled), a następnie barwiono na obecność fosforylowanej formy lekkiego łańcucha miozyny (MLC-p) (czerwony), f-aktyny (zielony) oraz jąder komórkowych (niebieski). Nałożenie barwień f-aktyny i MLC-p (żółty). Mikroskopia konfokalna, powiększenie x63. Biały pasek odpowiada 20 mikronom.