1. Hodowla i manipulacja dietą w celu uzyskania zmienności wielkości ciała i wielkości skrzydeł
Uzasadnienie i Przegląd. Ekspresja zależności skalowania zależy ostatecznie od rozwojowych procesów regulacyjnych, które generują zmienność końcowej wielkości organów i ciała. Procesy te są najlepiej opisane w pracach nad owadami przechodzącymi pełną przeobraźkę (tzn. holometabolnymi), takimi jak D. melanogaster, w których organy rozwijają się jako niezróżnicowane „dyski imaginalne” wewnątrz larwy przypominającej gąsienicę11,15-17. U Drosophila końcowa wielkość organów i ciała jest regulowana przez wzrost podczas stadiów larwalnych; larwy rosną przez pierwsze i drugie stadium larwalne, aż osiągną minimalną masę niezbędną do wylochania (MVWE) pod koniec trzeciego stadium larwalnego18. Głodzenie przed osiągnięciem MVWE uniemożliwia wylochanie osobników dorosłych. Jednak larwy głodzone przy osiągnięciu MVWE dają żywotne osobniki dorosłe, choć o bardzo małych rozmiarach. Dzieje się tak dlatego, że ograniczone odżywienie podczas rozwoju zmniejsza końcową wielkość ciała i organów, nie tylko u muszek, ale u niemal wszystkich zwierząt19-21. Poprzez manipulację dostępnością pokarmu po osiągnięciu MVWE, lecz przed zapoczątkowaniem przepoczwarzenia, możliwe jest wywołanie ekstremalnej plastyczności fenotypowej wielkości ciała, która znacznie przewyższa inne źródła zmienności (np. indywidualną zmienność genetyczną).
- Jaja są zbierane z populacji przeznaczonej do fenotypowania, dzielone na partie po 50 sztuk i umieszczane w fiolkach zawierających 10ml standardowej pożywki dla much. Ponieważ składanie jaj odbywa się w sposób ciągły, są one zbierane co 24h przez trzy dni, co pozwala na utworzenie trzech kohort wiekowych.
- W momencie, gdy najstarsza kohorta osiągnie stadium wędrowania lub właśnie zacznie przepoczwarzać się, stosuje się manipulację dietą. Na tym etapie najstarsza kohorta znajduje się znacznie powyżej MVWE, najmłodsza kohorta jest bardzo blisko MVWE, a pozostała kohorta znajduje się pomiędzy tymi ekstremami. Zatem usunięcie pożywki w tym momencie spowoduje uzyskanie bardzo dużych osobników dorosłych z najstarszej kohorty, bardzo małych z najmłodszej oraz osobników o średniej wielkości z pozostałej kohorty. Aby usunąć larwy z fiolek, do wszystkich naczyń dodaje się około 5ml 40% roztworu sacharozy. W celu uwolnienia larw, pożywkę miesza się przez 15-20 minut na stołach wstrząsowych ustawionych na średnią prędkość.
- Pływające larwy są usuwane z roztworu sacharozy za pomocą cienkiego (00) pędzla, przenoszone do fiolek z wilgotnym czopem watowym i pozostawiane do przepoczwarczenia. Alternatywnie larwy można umieścić na nietrawionym dodatku do pożywki, takim jak metyloceluloza22.
2. Pomiar wielkości ciała
Uzasadnienie i przegląd. Poprzednie badania wskazują, że długość klatki piersiowej nie jest idealnym wskaźnikiem całkowitej wielkości ciała22. Zamiast tego, jako miarę wielkości ciała wykorzystujemy rozmiar poczwarki. Maksymalna wielkość ciała zostaje ustalona w momencie zaprzestania żerowania poprzedzającego przepoczwarczenie. W rezultacie istnieje ścisła korelacja między rozmiarem poczwarki a wielkością ciała osobnika dorosłego23.
- Pokrywy są układane stroną brzuchową do góry na szklanych lamelkach i obrazowane za pomocą kamery cyfrowej przymocowanej do mikroskopu stereoskopowego. Każdy obraz jest rejestrowany, przypisany do unikalnego kodu identyfikacyjnego i przesyłany do komputera poprzez transmisję na żywo łączącą kamerę cyfrową z komputerem.
- Obrazowane pokrywy przenosi się do poszczególnych probówek typu epitube o pojemności 2 ml zawierających 1 ml pożywki dla much, etykietuje unikalnym kodem przypisanym do danej osobnika i nakłuwa otworami powietrznymi, aby umożliwić wymianę gazową.
- Wielkość pokrywy szacuje się jako liczbę pikseli sylwetki pokrywy. Można również zastosować inne wskaźniki wielkości.
3. Szacowanie wielkości cechy (skrzydła)
Uzasadnienie i przegląd. Do obrazowania skrzydeł używamy tzw. „chwytaka do skrzydeł”24, który wyciąga i utrzymuje skrzydło żywej, znieczulonej muchy prostopadle do jej ciała. Dzięki przyciśnięciu między dwiema szybkami skrzydło może być obrazowane jako obiekt dwuwymiarowy.
- Muchy są lekko znieczulone CO2 i umieszczane w uchwycie do skrzydeł pod mikroskopem sekcyjnym wyposażonym w kamerę cyfrową podłączoną do komputera.
- Wykonuje się obraz skrzydła i zapisuje go pod unikalnym kodem przypisanym do danej osobnicy.
- Wielkość skrzydła można oszacować, wykorzystując minimalny wielokąt wypukły obejmujący marginalne punkty orientacyjne lub obliczając liczbę pikseli sylwetki skrzydła.
4. Szacowanie zależności skalowania
- Dane z różnych kohort są łączone, ale rozdzielane według płci i poddawane transformacji logarytmicznej.
- Relacje skalowania są dopasowywane do danych o rozmiarze przy użyciu regresji typu II (tj. zredukowanej osi głównej – Reduced Major Axis) (patrz przegląd w 12), a parametry są szacowane dla każdej grupy.
5. Reprezentatywne wyniki:
Nasza manipulacja dietą spowoduje powstanie szerokiego zakresu wielkości ciała (Rysunek 1) oraz wielkości cech (Rysunek 2). Wykreślenie logarytmowanych cech względem siebie ujawnia wzorzec ich współzmienności w ramach danej grupy biologicznej i pozwala na dopasowanie relacji skalowania do tej grupy (Rysunek 3). Wyznaczenie parametrów relacji skalowania, które opisują, w jaki sposób kształt skaluje się wraz z wielkością ciała, umożliwia porównanie współzmienności kształtu i rozmiaru pomiędzy grupami.

Rysunek 1. Poczwarki z ekstremów rozkładu wielkości, uzyskane poprzez manipulację dietą po osiągnięciu przez osobniki MVWE. Po lewej stronie przedstawiono rzeczywiste obrazy poczwarek, a po prawej odpowiadające im sylwetki służące do pomiaru wielkości poczwarki. Pasek skali wynosi 1mm.

Rycina 2. Skrzydła pobrane z ekstremów rozkładu wielkości ciała uzyskanego poprzez manipulację dietą po osiągnięciu przez osobniki MVWE. Po lewej stronie przedstawiono rzeczywiste zdjęcia skrzydeł, a po prawej odpowiadające im sylwetki służące do pomiaru wielkości skrzydeł. Pasek skali wynosi 1mm.

Rysunek 3. Skalowanie wielkości skrzydeł względem ciała u Drosophila melanogaster w zależności od płci. Logarytmowane dane dla osobników każdej płci, które w stadium larwy były w pełni karmione (ciemne kółka), głodzone przez jeden dzień (szare kółka) lub dwa dni (puste kółka). Dla każdej płci przedstawiono linię regresji typu II. Między poszczególnymi kohortami wiekowymi występuje spadek średniej powierzchni skrzydeł o ok. 0,1 mm (~7%) i ok. 0,2 mm (~8%), co zwiększa całkowity zakres obserwowanych fenotypów. Regresje wykazują, że samice wykazują lekką hypoallometrię w tej relacji skalowania (nachylenie 0,96), podczas gdy samce wykazują lekką hyperallometrię (nachylenie 1,06).