Przygotowanie próbek
Poszczególne etapy protokołu przedstawiono w formie schematów na Rysunku 1. Jako przykład przedstawiono wprowadzanie do bakterii fragmentów DNA znakowanych podwójnie (barwnikiem donora i akceptora). Reprezentatywne wyniki internalizacji DNA pokazano na Rysunku 2. Dla każdej próbki poddanej elektroporacji zarejestrowano również dane dla komórek pustych oraz komórek niepoddanych elektroporacji (Rysunek 2). „Komórki puste” to komórki elektrokompetentne, które nie były inkubowane z fluorescencyjnymi biomolekułami ani poddane elektroporacji; ich intensywność w kanale fluorescencyjnym odzwierciedla poziom autofluorescencji w identycznych warunkach eksperymentalnych (moc lasera, rozdzielczość czasowa, temperatura itp.). „Komórki niepoddane elektroporacji” (zwane również –EP, i.e., minus EP) stanowią kontrolę negatywną, w której komórki elektrokompetentne inkubowano z fluorescencyjnymi biomolekułami, ale nie poddano ich elektroporacji. Komórki te powinny wykazywać poziom fluorescencji zbliżony do autofluorescencji komórek pustych i znacznie niższy niż intensywność fluorescencji wykazana przez załadowane komórki po elektroporacji. Potwierdza to usunięcie wszystkich niezinternalizowanych znakowanych biomolekuł, które mogłyby przylegać do zewnętrznej błony komórkowej.

Rysunek 2: Reprezentatywne wyniki internalizacji dsDNA znakowanego różnymi fluoroforami w różnych stężeniach w bakteriach (A-E) i drożdżach (F). Od lewej do prawej: obrazy w świetle białym, fluorescencyjne oraz nałożone. -/+ EP oznacza inkubację bez/z elektroporacją. Paski skali: 3 µm. A. Cy3B dsDNA, 10 pmol, E. coli. B. ATTO647N dsDNA, 10 pmol, E. coli. C. Alexa647 dsDNA, 5 pmol, E. coli. D. Cy3B dsDNA, 100 pmol, E. coli. E. ATTO647N dsDNA, 100 pmol, E. coli. F. ATTO647N dsDNA, 30 pmol, drożdże. Rysunek został zmodyfikowany na podstawie źródła 26. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
Liczenie liczby zinternalizowanych biomolekuł na komórkę
Procedura szacowania liczby zinternalizowanych znakowanych biomolekuł na komórkę przy użyciu analizy fotoblurkowania przedstawiona jest na Rysunku 3 oraz w Filmie uzupełniającym 2, wraz z reprezentatywnymi wynikami uzyskanymi dla różnych stężeń znakowanego DNA. Wydajność wprowadzania do komórek wzrasta wraz z początkową ilością inkubowanego znakowanego DNA, co pozwala użytkownikowi dostosować liczbę znakowanych cząsteczek na komórkę od poziomu „pojedynczej cząsteczki” (<10, Film uzupełniający 2B) do poziomu „zespołowego” (>10, Film uzupełniający 2A). Niezawodnym sposobem szacowania procenta komórek z załadowanym materiałem jest zliczenie liczby komórek poddanych elektroporacji, których intensywność przekracza średnią intensywność komórek niepoddanych elektroporacji powiększoną o 3-krotność ich odchylenia standardowego (t.j., Av(I–EP)+3*StdDev(I–EP), gdzie Av = średnia, I = intensywność na piksel, Std. Dev. = odchylenie standardowe, a –EP = niepoddana elektroporacji), jak pokazano na Rysunku 3.

Rysunek 3: Wyznaczanie liczby zinternalizowanych cząsteczek za pomocą analizy fotoblaknięcia. (A) Analiza fotoblaknięcia pojedynczej komórki. Przykłady przebiegów intensywności fluorescencji w czasie (niebieski: surowe dane; czerwony: dopasowanie; wstawki: obrazy WL i obrazowanie fluorescencyjne E. coli załadowanych dsDNA znakowanym ATTO647N przed i po blaknięciu). Góra: zdarzenie blaknięcia jednostopniowego. Środek: komórka zawierająca ±3 cząsteczki wykazująca blaknięcie i mruganie. Dół: komórka zawierająca >10 stopni odpowiadających co najmniej 10 cząsteczkom. (B) Histogram intensywności wysokości pojedynczych stopni z zautomatyzowanego algorytmu dopasowania stopni dla 57 komórek zawierających mniej niż 6 rozróżnialnych stopni. Dopasowanie do pojedynczej rozkładu Gaussa jest wycentrowane na 11 ± 3 a.u., co odpowiada jednostkowej intensywności fluoroforu wynoszącej 8100 fotonów na sekundę. Gwiazdka oznacza koszyk grupujący wszystkie wysokości stopni powyżej lub równe 50 a.u. (C) Histogram zinternalizowanych cząsteczek na komórkę poddaną elektroporacji różnymi ilościami dsDNA ATTO647N, obliczony po podzieleniu początkowej intensywności fluorescencji przez jednostkową intensywność fluoroforu. Od góry do dołu: komórki puste (t.j. nieinkubowane z cząsteczkami fluorescencyjnymi i niepoddane elektroporacji), komórki niepoddane elektroporacji (ale inkubowane z cząsteczkami fluorescencyjnymi, oznaczone jako –EP) oraz komórki poddane elektroporacji i inkubowane z 10 i 100 pmol dsDNA (oznaczone jako +EP). Komórki puste i niepoddane elektroporacji odpowiadają autofluorescencji, podczas gdy komórki poddane elektroporacji wykazują szeroki rozkład zinternalizowanych cząsteczek, z większą proporcją komórek silnie załadowanych przy 100 pmol (≥ 4 cząsteczki, patrz koszyk oznaczony gwiazdką). Efektywność internalizacji (frakcja komórek z Int. > średnia + 3x Odch. Std. próbki nie –EP) dla próbek 10 i 100 pmol wyniosła odpowiednio 94% i 90%. Średnia liczba zinternalizowanych cząsteczek na komórkę: 121 ± 106 cząsteczek dla 10 pmol dsDNA oraz 176 ± 187 cząsteczek dla 100 pmol dsDNA. Ustawienia: czas ekspozycji 100 ms, oświetlenie szerokopolowe. Paski skali: 1 μm. Rysunek został zmodyfikowany na podstawie referencji 26. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku.
Ładowanie i żywotność komórek
Oprócz zmiany ilości znakowanych biomolekuł dodawanych do komórek przed elektroporacją, użytkownik może regulować ilość zinternalizowanych cząsteczek, wybierając różne natężenia pola podczas elektroporacji (Rysunek 4, film uzupełniający 1). Wyższe natężenia pola prowadzą do zwiększenia wydajności internalizacji, ale powodują niewielki spadek żywotności komórek. W przypadku internalizacji białek zastosowanie etapu filtracji może pomóc w usunięciu niezinternalizowanych białek znakowanych (patrz 3.3.3.1.1). W takich przypadkach filtracja komórek zapewnia, że obserwowane białka fluorescencyjne rzeczywiście znajdują się wewnątrz cytoplazmy bakteryjnej; zauważamy jednak, że filtracja ma również negatywny wpływ na żywotność komórek (szczegóły patrz w REF 22).

Rycina 4: Wpływ napięcia elektroporacji na obciążenie i żywotność komórek. (A) Wykres słupkowy przedstawiający wpływ natężenia pola elektroporacji na wydajność obciążania (słupki czerwone) oraz żywotność komórek (słupki zielone). 84 ± 8 % nieelektroporowanych komórek (0 kV/cm) dzieli się po 1 h na podkładzie agarozowym w temperaturze 37 °C. W tych samych warunkach po 1 h dzieli się odpowiednio 78 ± 3 % i 49 ± 3 % komórek poddanych elektroporacji przy 0,9 kV/cm i 1,8 kV/cm. W przypadku wydajności obciążania, przy 0,9 kV/cm obciążonych jest 73 ± 8 % komórek, natomiast przy 1,8 kV/cm obciążonych jest 92 ± 6 % komórek. Słupki błędów reprezentują odchylenie standardowe obliczone z trzech niezależnych pomiarów; dla każdej próbki i każdego powtórzenia przeanalizowano ponad 200 komórek. Całkowita wydajność obciążania wzrasta wraz z napięciem elektroporacji, co odbywa się lekkim kosztem żywotności komórek. (B) Pomiary fluorescencji w komórkach w ciągu kilku pokoleń wykazują, że całkowita intensywność fluorescencji jest dzielona po równo między obie komórki córki. Komórka 1 i 2 odnosi się do numeracji komórek na obrazie w świetle białym (lewo) i obrazie fluorescencyjnym w czasie t = 0. Pasek skali: 1 µm). Rycina została zmodyfikowana na podstawie referencji 26.
Internalizacja białek
Reprezentatywne wyniki internalizacji białek przedstawiono na Rysunkach 5A & B. Szczególnie istotne jest usunięcie jak największej ilości pozostałego wolnego (nieprzereagowanego) barwnika z próbki białka przed przeprowadzeniem elektroporacji. W przykładach na Rysunkach 5A & B próbka fragmentu Klenowa znakowanego Cy3b (Cy3b-KF, gdzie KF to fragment Klenowa polimerazy DNA I E. coli, 66 kDa) zawiera jedynie 1% wolnego barwnika; taki wkład barwnika w całkowity ładunek komórkowy jest pomijalny. Porównanie elektroporowanej próbki badawczej zarówno z komórkami nieelektroporowanymi (inkubowanymi z taką samą ilością znakowanego białka), jak i z komórkami elektroporowanymi równoważną ilością wolnego barwnika stanowi dwie niezbędne kontrolle, które pozwalają upewnić się, że obserwowane cząsteczki fluorescencyjne są rzeczywiście zinternalizowanymi białkami znakowanymi.

Rysunek 5: Internalizacja białek w żywych bakteriach. (A) Reprezentatywne pola widzenia z nałożeniem obrazów fluorescencyjnych. Komórki electroporowane przy napięciu 1,4 kV z 50 pmol podjednostki ω RNAP z roztworu zapasowego białka, który zawierał jedynie 1% wolnego barwnika Cy3b. Komórki nieelectroporowane (non–EP) oraz puste zdefiniowano jak wcześniej. Wolny barwnik został zinternalizowany w tym samym stężeniu, co w próbce electroporowanej RNAP ω. Obrazowanie w trybie szerokiego pola, wzbudzenie 532 nm przy mocy 1 mW, czas ekspozycji 50 ms. (B) Rozkład niekorygowanych średnich intensywności komórkowych dla próbek z (A), podany jako proporcja całkowitej liczby komórek. Segmentowano ponad 400 komórek na próbkę. Rysunek zmodyfikowano na podstawie referencji 22. (C) Internalizacja nieoznakowanej polimerazy RNA T7 (T7 RNAP, 98 kDa) do elektrokompetentnych DH5α niosących plazmid pRSET-EmGFP kodujący emerald GFP (EmGFP) pod kontrolą promotora T7. Lewo: Schemat testu. Środek: nałożenie obrazów fluorescencyjnych. Prawo: histogramy intensywności fluorescencji komórek dla próbki nieelectroporowanej (góra) oraz komórek inkubowanych i electroporowanych T7 RNAP (dół); około 11% komórek electroporowanych wykazuje wysoką intensywność fluorescencji (frakcja komórek z Int. > średnia + 3x odchylenie standardowe próbki non–EP), co wskazuje na ekspresję EmGFP. Gwiazdki oznaczają koszyki grupujące wszystkie intensywności powyżej lub równe 1 100 a.u. Pasek skali: 3 μm. Rysunek zmodyfikowano na podstawie referencji 26.
Rysunek 5C przedstawia kolejne zastosowanie elektroporacji białek. W tym przypadku elektroporowane białko nie jest znakowane, ale jego internalizacja wywołuje obserwowalną odpowiedź fluorescencyjną. Eksperyment ten weryfikuje obecność i funkcjonalność elektroporowanych białek w cytoplazmie komórkowej. Nieznakowana polimeraza RNA T7 (98 kDa) została wprowadzona do szczepu E. coli DH5α zawierającego plazmid kodujący fluorescencyjne białko EmGFP pod kontrolą promotora T726. Ponieważ gen polimerazy RNA T7 nie występuje w szczepie DH5α, ekspresja EmGFP w naszych eksperymentach wymaga wprowadzenia funkcjonalnej polimerazy RNA T7 do komórek poprzez elektroporację (Rysunek 5C). Po elektroporacji z zastosowaniem 1 pmol T7 RNAP, >11% komórek (niebieski słupek, Rysunek 5C) wykazało fluorescencję wyższą niż w kontroli negatywnej (inkubowanej z taką samą ilością T7 RNAP, ale niepoddanej elektroporacji). Wynik ten potwierdza, że część cząsteczek T7 RNAP wprowadzonych drogą elektroporacji zachowuje swoją integralność in vivo i może pełnić zamierzone funkcje w cytoplazmie komórkowej.
In vivo FRET na poziomie pojedynczych cząsteczek i pojedynczych komórek
Wreszcie, internalizacja i analiza podwójnie znakowanych cząsteczek w żywych bakteriach zostały przedstawione na Rysunku 6 oraz w filmie uzupełniającym 3. Ponieważ fuzje z białkami fluorescencyjnymi nie są idealne do badań smFRET in vivo, możliwość wprowadzania podwójnie znakowanych biomolekuł do żywych komórek za pomocą elektroporacji jest jednym z głównych atutów tej metody. Rysunek 6A przedstawia analizę FRET w pojedynczych komórkach bakterii obciążonych różnymi standardami DNA FRET (z wykorzystaniem fluoroforów Cy3B i Atto647N jako pary donor-akceptor FRET). Komórki poddano elektroporacji z użyciem 20 pmol trzech krótkich, podwójnie znakowanych standardów dsDNA FRET o pozornych wydajnościach FRET (E*) wynoszących odpowiednio 0,17, 0,48 i 0,86 in vitro (wyznaczonych wcześniej26). Wszystkie cząsteczki DNA efektywnie wniknęły do komórek (Rysunek 6A, lewo), a główny pik rozkładu E* dla pojedynczych komórek jest zgodny z wynikami in vitro (Rysunek 6A, prawo). W próbkach o średnim i wysokim FRET zaobserwowano populacje komórek z niższymi wartościami E* niż oczekiwano, co prawdopodobnie wynika z kombinacji wybielania akceptora i nieaktywności fotofizycznej, zmiennego obciążenia komórek (a tym samym zmiennego stosunku sygnału do szumu) oraz degradacji DNA.

Rysunek 6: Reprezentatywne wyniki obserwacji FRET w pojedynczych komórkach i pojedynczych cząsteczkach w żywych bakteriach. Badania zespołowe i smFRET w pojedynczych bakteriach. (A) Analiza komórek obciążonych 20 pmol każdą z trzech standardowych sekwencji DNA FRET wykazujących niską (~0.17), średnią (~0.48) i wysoką (~0.86) wydajność FRET (mierzone za pomocą pomiarów pojedynczych cząsteczek in vitro; patrz REF 26). Po lewej: nałożone obrazy światła białego i fluorescencji zielonej/czerwonej (FRET) (Pasek skali: 3 μm). Wskazano przykłady wartości FRET z różnych komórek (białe). Po prawej (od góry do dołu): niepoprawione histogramy FRET w komórkach (E*) dla standardów DNA: tylko donor (ciemnozielony), niski FRET (jasnozielony), średni FRET (żółty) i wysoki FRET (czerwony). (B–D) smFRET in vivo. Komórki obciążono 0.25 pmol DNA o średnim FRET (panel B), 0.25 pmol DNA o wysokim FRET (panel C) oraz 5 pmol podwójnie znakowanego KF (panel D). Lewa kolumna: nałożona fluorescencja zielona/czerwona pojedynczej klatki przed i po fotoblaknięciu akceptora. Środkowa kolumna: przebiegi czasowe odpowiadające cząsteczce w żółtym okręgu. Wydajności FRET, intensywności emisji donora i intensywności emisji akceptora przedstawiono odpowiednio w kolorach niebieskim, zielonym i czerwonym. Prawa kolumna: histogramy FRET dla cząsteczek zawierających tylko donor (zielone) i cząsteczek donor-akceptor (żółte, czerwone i szare) z 20 przebiegów czasowych dla każdej próbki. Paski skali: 3 μm dla A, 1 μm dla B–D. Rysunek zmodyfikowano na podstawie referencji 26. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
Aby zaobserwować smFRET in vivo dla próbek DNA lub białek, do komórek E. coli elektroporuje się niskie ilości (0,25 pmol) standardów DNA o średnim i wysokim FRET (Rysunek 6B, C) lub 5 pmol podwójnie znakowanego KF (fluorofory Alexa647/Cy3B jako para FRET, Rysunek 6D). Takie stężenia doprowadziły do tego, że wiele komórek zawierało niewielką liczbę (n = 1–10) znakowanych cząsteczek, co umożliwiło bezpośrednią lokalizację, śledzenie i monitorowanie FRET dla pojedynczych cząsteczek. Niektóre cząsteczki dyfundują swobodnie, podczas gdy inne wydają się nieruchome lub dyfundują powoli (Film uzupełniający 3). Profile czasowe unieruchomionych, podwójnie znakowanych biomolekuł (Rysunek 6, środek) trwają od 1 do 30 s i wykazują charakterystyczne cechy smFRET: antykorelowane zmiany fluorescencji donora i akceptora po wybieleniu akceptora (na przykład t~16 sek; Rysunek 6B, środek), a następnie jednowykroczone wybielenie donora (na przykład t~19 sek; Rysunek 6B). Rozkłady FRET wygenerowane z takich profili czasowych (Rysunek 6, prawo) dają wartość średnią, która jest w doskonałej zgodności z opublikowanymi badaniami in vitro26,31,32. Wyniki te potwierdzają możliwość prowadzenia ilościowych badań smFRET na zinternalizowanych DNA i białkach oraz sugerują, że białka zachowują swoją integralność i strukturę po elektroporacji i internalizacji (co potwierdzają eksperymenty z internalizacją T7 RNAP).
Film uzupełniający 1: Żywotność komórek. Lewo: obrazy w świetle białym. Prawo: obrazy fluorescencyjne. Animowany plik GIF przedstawiający podziały po elektroporacji (1,8 kV/cm) bakterii obciążonych 10 pmol DNA znakowanego Atto647. Ogólny widoczny spadek fluorescencji wynika z rozcieńczenia znakowanego DNA podczas podziału komórek, a także częściowo z fotowyblakania, które następuje podczas każdego pomiaru.
Film uzupełniający 2: Badania fotoblaknięcia w komórkach. A. Reprezentatywny przykład komórki silnie obciążonej (zawierającej >100 cząsteczek DNA znakowanych Atto647N). Góra po lewej, obraz komórki w świetle białym (czerwony prostokąt). Góra po prawej, film z obciążonych komórek pokazujący spadek ich fluorescencji w ciągu kilku minut. Dół, przebieg czasowy całkowitego spadku intensywności fluorescencji badanej komórki. Fluorofory organiczne mogą wykazywać czasy życia fotoblaknięcia o 2 rzędy wielkości wyższe niż białka fluorescencyjne (tutaj ~41 sec dla Atto647N). B. Reprezentatywny przykład komórki obciążonej mniej niż 10 znakowanymi cząsteczkami (w tym przypadku 3). Góra, analogicznie jak w panelu A. Dół, przebieg czasowy całkowitej intensywności fluorescencji badanej komórki pokazujący jednostopniowe blaknięcie i/lub migotanie odpowiadające pojedynczym fluoroforom organicznym. Średnia wysokość tych stopni odpowiada jednostkowej intensywności pojedynczej cząsteczki (tutaj ~12 a.u.) wykorzystywanej do oszacowania początkowej liczby zinternalizowanych cząsteczek na komórkę. Filmy wykonane przy ciągłym wzbudzaniu czerwonym laserem o mocy 300 µW i czasie 100 msec na klatkę.
Film dodatkowy 3: In vivo FRET pojedynczych cząsteczek. Góra: Komórki obciążone 0,25 pmol DNA o wysokim FRET (jak na Rysunku 6C) monitorowane w sposób ciągły z częstotliwością 50 ms na klatkę przy oświetleniu nTIRF z użyciem zielonego lasera (532 nm) o mocy 1 mW. Każda klatka stanowi nałożenie fluorescencji zielonej i czerwonej (FRET) z każdego kanału. Można zaobserwować dyfundujące i nieruchome czerwone (nienaruszone) oraz zielone (pojedynczy aktywny znacznik) cząsteczki DNA. Dół: Ślad czasowy odpowiadający cząsteczce w żółtym okręgu. Wydajności FRET, intensywności emisji donora i intensywności emisji akceptora są przedstawione odpowiednio w kolorze niebieskim, zielonym i czerwonym. Antykorelowane zdarzenie blaknięcia akceptora (przejścia z czerwonego na zielony) odpowiada sygnaturze FRET pojedynczych cząsteczek.