Toxoplasma gondii (T. gondii) jest obowiązkowym wewnątrzkomórkowym, pierwotniakowym patogenem. Jest to czynnik wywołujący toksoplazmozę, zagrożenie dla zdrowia u osób z obniżoną odpornością. Jest to również system modelowy dla innych patogenów apikompleksów, które infekują ludzi, w tym Cryptosporidium i Cyclospora. Toksoplazmoza jest najczęściej nabywana poprzez spożycie żywności lub wody zanieczyszczonej w stadium bradyzoitu lub oocysty pasożyta. Po spożyciu etapy te przekształcają się w stadium tachyzoitowe pasożyta, który replikuje się w komórkach gospodarza i rozprzestrzenia się ogólnoustrojowo. Limfocyty T, IFN-γ i, w mniejszym stopniu, tlenek azotu 1-4, są ważne dla kontroli infekcji, ale nie są w stanie wyeliminować choroby, ponieważ część tachyzoitów przekształca się w stadium bradyzoitu, które są chronione w torbielach tkankowych, co prowadzi do długotrwałej przewlekłej infekcji. W rzeczywistości nie ma skutecznych środków terapeutycznych przeciwko przewlekłemu stadium torbieli choroby. Ciężka toksoplazmoza jest najczęściej spowodowana reaktywacją uporczywego zakażenia, przy czym stadium bradyzoitu pasożyta przekształca się z powrotem w stadium szybko replikujące się tachyzoitu, charakterystyczne dla zakażenia pierwotnego i ostrego.
Wczesne przeżycie w obliczu wrodzonej odpowiedzi immunologicznej jest ważne, aby umożliwić pasożytowi osiągnięcie wystarczającej liczby pasożytów, jak również dotarcie do miejsc dystalnych, aby umożliwić rozpoczęcie przewlekłej infekcji. T. gondii rozwinął strategie przeciwdziałania mechanizmom obronnym gospodarza, które prawdopodobnie przyczyniają się do jego zdolności do replikacji i rozprzestrzeniania się we wczesnej fazie infekcji. Po pierwsze, T. gondii tworzy unikalny PV podczas inwazji pasożyta, który jest w dużej mierze oddzielony od procesów endocytarnych i egzocytarnych komórki gospodarza w porównaniu z innymi patogenami wewnątrzkomórkowymi 5-9. Ponadto, podobnie jak wszystkie skuteczne patogeny wewnątrzkomórkowe, T. gondii modyfikuje swoją komórkę gospodarza, aby stworzyć środowisko sprzyjające wzrostowi. Obejmuje to przeprogramowanie ekspresji genów w komórce gospodarza poprzez zmianę czynników transkrypcyjnych komórek gospodarza, w tym tych ważnych dla regulacji aktywacji komórek 10-15. Wykazano, że ROP16 16-19, GRA15 20, GRA16 21 i GRA24 22 są ważne w regulacji odpowiedzi transkrypcyjnej i kaskad sygnalizacji komórkowej komórek gospodarza zakażonych T. gondii. Ostatnie badania wykorzystujące krzyżówki genetyczne między szczepami pasożytów o różnych fenotypach były bardzo produktywne w identyfikacji genów pasożytów, które leżą u podstaw cech zależnych od genotypu pasożyta, w tym unikania GTPaz związanych z odpornością (IRG) 16,19,23-26. U myszy GTPazy związane z odpornością (IRG) mają kluczowe znaczenie dla kontroli genotypów typu II i III pasożyta, podczas gdy bardzo zjadliwe genotypy typu I wyewoluowały mechanizmy unikania mysich IRG. Jednak jasne jest również, że pasożyt wyewoluował mechanizmy unikania mediatorów przeciwdrobnoustrojowych oprócz IRG i że niektóre z tych mechanizmów mogą być zachowane w genotypach pasożyta 27,28. Ponadto bardzo niewiele wiadomo na temat krytycznych mediatorów autonomicznej odporności komórek przeciwko T. gondii podczas toksoplazmozy u ludzi. Geny pasożytów ważne dla odporności na mediatory autonomicznej odporności komórek mogą być również ważne dla przetrwania podczas konwersji tachyzoitu do bradyzoitu, która może być również wywołana przez odpowiedź immunologiczną gospodarza. Na przykład tlenek azotu w wysokich stężeniach może hamować replikację pasożytów w zakażonych makrofagach, ale może również stymulować konwersję tachyzoitu do bradyzoitu, powodując produkcję torbieli30-32.
ToxoDB to funkcjonalna genomiczna baza danych dla T. gondii, która funkcjonuje jako krytyczne źródło dla tej dziedziny pod względem dostarczania informacji o sekwencji genomu pasożyta oraz dostępu do opublikowanych i niepublikowanych danych w skali genomowej, w tym adnotacji społeczności, ekspresji genów i danych proteomicznych 33. Podobnie jak w przypadku wielu patogenów pierwotniakowych, większość genomu składa się z hipotetycznych genów, bez dostępnych informacji opartych na homologii genów, które zapewniłyby wgląd w ich potencjalne funkcje. W związku z tym genetyka postępowa jest potężnym narzędziem do identyfikacji nowych genów pasożytów ważnych dla unikania odporności, konwersji torbieli i innych funkcji krytycznych dla patogenezy pasożyta, a także dla konwersji między różnymi etapami rozwoju. Dodatkową zaletą genetyki postępowej jest to, że może być ona stosowana jako stosunkowo bezstronne podejście do badania pasożyta pod kątem genów, które są ważne dla określonych zadań w patogenezie, w tym unikania odporności i tworzenia torbieli. Ostatnie ulepszenia w sekwencjonowaniu nowej generacji do profilowania mutacji sprawiły, że jest to metoda z wyboru do identyfikacji odpowiedzialnych genów pasożytów z przyszłych badań genetycznych przy użyciu zarówno mutagenezy chemicznej, jak i insercyjnej 34-37.
Ważne jest, aby zidentyfikować słabe punkty u T. gondii, które mogą być wykorzystane do zwiększenia skuteczności autonomicznych mechanizmów immunologicznych komórek przeciwko pasożytowi, szczególnie tych, które mogą być również aktywne przeciwko opornemu stadium torbieli. W tym celu opracowano model zakażenia i aktywacji mysich makrofagów in vitro w celu identyfikacji mutacji pasożyta, które specyficznie upośledzają przystosowanie T. gondii po aktywacji zakażonych makrofagów, ale nie u wcześniej nieleczonych makrofagów. To badanie przesiewowe makrofagów wykorzystano do zbadania biblioteki mutantów insercyjnych T. gondii w celu ostatecznej identyfikacji genów T. gondii ważnych dla odporności na tlenek azotu 27,28. Izolacja panelu mutantów T. gondii z upośledzoną odpornością na aktywację zakażonych makrofagów, w szczególności wyraźną wrażliwością na tlenek azotu, dowiodła użyteczności badania przesiewowego do identyfikacji genów pasożytów ważnych dla odporności na mediatory autonomicznej odporności komórek innych niż mechanizmy oporności opisane dla mysich IRG 28. Mutageneza insercyjna ma przewagę nad mutagenezą chemiczną pod względem generowania ograniczonej liczby losowych mutacji w każdym klonie pasożyta i, teoretycznie, łatwiejszej identyfikacji miejsca mutacji. Jednak identyfikacja genomowego miejsca insercji plazmidu w mutantach insercyjnych T. gondii w praktyce była zaskakująco trudna w wielu przypadkach 37. Wprowadzenie plazmidu do genu może również zakłócić funkcję genu, w przeciwieństwie do mutagenezy chemicznej, która zwykle powoduje zmiany pojedynczego nukleotydu. Jednak mutageneza chemiczna z N-etylo-N-nitrozomocznikiem (ENU) lub sulfonianem etylometanu (EMS) może oferować zwiększoną zdolność do analizy większej części genomu pasożyta w porównaniu z mutagenezą insercji, ponieważ tworzy wiele polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (szacowanych na 10 -100) na mutanta34,38. Co więcej, ostatnie postępy w profilowaniu całego genomu umożliwiły wykorzystanie sekwencjonowania nowej generacji do identyfikacji najbardziej prawdopodobnych genów kandydujących odpowiedzialnych za zidentyfikowany fenotyp zmutowanego pasożyta 34,38. Niezależnie od podejścia opartego na mutagenezie, potwierdzenie roli genu pasożyta w odporności na aktywację makrofagów ostatecznie wymaga delecji i uzupełnienia genu, aby spełnić molekularne postulaty Kocha.
Zdolność do analizy funkcji genu poprzez manipulację genetyczną zarówno pasożyta, jak i makrofaga jest ważna, ponieważ wiele genów zidentyfikowanych za pomocą genetyki postępowej u T. gondii, jak również innych patogenów, jest nadal charakteryzowanych jako hipotetyczne geny z niewielką lub żadną homologią sekwencji do innych białek o znanych funkcjach. W niniejszym artykule przedstawiono ogólne podejście, które można wykorzystać do określenia, czy zakłócony gen u mutanta jest ważny dla odporności na znany lub nieznany mediator autonomicznej odporności komórki. Wstępna analiza czynników przeciwdrobnoustrojowych gospodarza jest przeprowadzana poprzez ocenę przeżywalności pasożytów typu dzikiego i zmutowanych w makrofagach myszy typu dzikiego w porównaniu z tymi ze specyficznymi delecjami genów w indukowalnej syntazie tlenku azotu (iNOS), gp-91 phox (oksydaza NADPH) i GTPazach związanych z odpornością specyficzną (IRG). Pozwoli to określić, czy zidentyfikowane geny pasożyta są ważne dla odporności odpowiednio na tlenek azotu, reaktywne produkty pośrednie tlenu lub GTPazy związane z odpornością 28, czy też zaangażowany jest nieznany mechanizm immunologiczny. Aktywacja zakażonych makrofagów zarówno IFN-γ, jak i LPS, opisana w obecnym protokole, skutkuje przede wszystkim izolacją genów pasożyta ważnych dla odporności na tlenek azotu 28. Zastosowanie środków farmakologicznych, które indukują tlenek azotu przy braku aktywacji makrofagów (donorów tlenku azotu) potwierdziło, że większość zidentyfikowanych genów była ważna dla oporności na tlenek azotu, a nie tlenek azotu w połączeniu z dodatkowymi mediatorami związanymi z aktywacją makrofagów 28.
Krok pierwszy i drugi opisują przesiewowe badanie genetyczne przeznaczone do izolowania mutantów pasożytów z defektem sprawności po aktywacji zakażonych makrofagów pochodzących ze szpiku kostnego in vitro. Krok pierwszy opisuje analizę miareczkowania dawki w celu empirycznego określenia dawki IFN-γ i LPS do wykorzystania do aktywacji makrofagów, która zmniejsza replikację pasożyta, ale nie hamuje w pełni replikacji szczepu rodzicielskiego T. gondii typu dzikiego, który jest używany do tworzenia biblioteki mutantów pasożytów. Krok drugi opisuje przesiewowe badanie genetyczne zmutowanych klonów w makrofagach na 96-dołkowych płytkach. Krok trzeci przedstawia podejście mające na celu potwierdzenie fenotypu każdego mutanta zidentyfikowanego na ekranie 96 płytek dołkowych i ocenę, czy defekt każdego mutanta wpływa na przeżycie, replikację lub produkcję torbieli pasożyta w odpowiedzi na aktywację makrofagów. Krok czwarty opisuje zastosowanie makrofagów pochodzących ze szpiku kostnego od myszy z delecjami w określonych szlakach przeciwdrobnoustrojowych w celu zidentyfikowania mediatorów immunologicznych, na które mutant pasożyta jest specyficznie podatny. Krok piąty przedstawia podejście mające na celu ustalenie, czy mutant pasożyta jest również zagrożony patogenezą in vivo, ocenianą przez produkcję torbieli w mózgach zakażonych myszy.