Metody odkrywania alternatywnego wykorzystania promotora i regulacji transkrypcji mysiego Bcrp1

Karthika Natarajan; Yi Xie; Takeo Nakanishi; Rebecca S. Moreci; Pancharatnam Jeyasuria; Arif Hussain; Douglas D. Ross

doi:10.3791/53827

Subskrypcja JoVE jest wymagana do oglądania tego materiału. Zaloguj się lub rozpocznij bezpłatny okres próbny.

Artykuł metodologiczny

Metody odkrywania alternatywnego wykorzystania promotora i regulacji transkrypcji mysiego Bcrp1

7.8K wyświetleń

⸱

DOI:

10.3791/53827

⸱

27 maja 2016

Karthika Natarajan¹^,² , Yi Xie¹^,³ , Takeo Nakanishi⁴ , Rebecca S. Moreci⁵^,⁶ , Pancharatnam Jeyasuria⁷ , Arif Hussain¹^,³^,⁸^,⁹ , Douglas D. Ross¹^,³^,⁸^,⁹^,¹⁰^,¹¹

¹Greenebaum Cancer Center, University of Maryland School of Medicine, ²Pharmaceutical Sciences, University of Maryland School of Pharmacy, ³Baltimore VA Medical Center, ⁴Membrane Transport and Biopharmaceutics, School of Pharmaceutical Sciences, Kanazawa University, ⁵Obstetrics, Gynecology and Reproductive Science, University of Pittsburgh, ⁶Magee Women's Research Institute, ⁷Obstetrics, Gynecology, Perinatal Research Branch (NICHD), Wayne State University School of Medicine, ⁸Medicine, University of Maryland School of Medicine, ⁹Pathology, University of Maryland School of Medicine, ¹⁰Pharmacology, University of Maryland School of Medicine, ¹¹Experimental Therapeutics, University of Maryland School of Medicine

W tym artykule

Podsumowanie

Na przykładzie mysiego transportera ABC Bcrp1 (Abcg2) przedstawiono protokoły in-silico do wykrywania alternatywnego użycia promotorów w genach ulegających ekspresji w tkankach myszy oraz do oceny funkcjonalności alternatywnych promotorów zidentyfikowanych za pomocą testów reporterowych.

Streszczenie

Ekspresja genów w różnych tkankach jest często kontrolowana przez alternatywne promotory, które skutkują syntezą mRNA z unikalnymi - zwykle nietranslowanymi - pierwszymi eksonami. Bcrp1 (Abcg2), mysi ortolog białka oporności na raka piersi transportera ABC (BCRP, ABCG2), ma co najmniej cztery alternatywne promotory, które są oznaczone przez odpowiadające im cztery alternatywne pierwsze wytworzone eksony: E1U, E1A, E1B i E1C. W niniejszym artykule przedstawiono protokoły in-silico w celu przewidywania alternatywnego użycia promotora dla Bcrp1. Ponadto opisano metody oznaczania reporterowego w celu wytworzenia konstruktów reporterowych dla alternatywnych promotorów oraz określenia funkcjonalności przypuszczalnych promotorów przed zidentyfikowanymi alternatywnymi pierwszymi eksonami.

Wprowadzenie

Ponad połowa ludzkich genów jest regulowana przez alternatywne promotory¹. Każdy alternatywny promotor może zawierać elementy regulacyjne, które mogą różnić się od tych w innych alternatywnych promotorach. Promotor (promotory) stosowany w jednej tkance może różnić się od tych stosowanych w innej tkance. Na przykład, możliwe jest, że aktywacja danego szlaku sygnałowego może wyzwolić alternatywny promotor dla genu wykorzystywanego w jednej tkance, ale nie mieć wpływu ani tłumić oddzielnego alternatywnego promotora dla tego samego genu, który jest wykorzystywany w innej tkance.

Ekspresja genu Bcrp1 jest regulowana przez alternatywne....