Ludzki mikrobiom obejmuje różnorodne organizmy z wielu królestw taksonomicznych, które dzielą regiony geograficzne w ciele. Przyleganie do powierzchni komórek jest niezbędnym pierwszym krokiem w tworzeniu biofilmu, który jest częścią procesu kolonizacji mikrobiomu. W skład mikrobiomu mogą wchodzić wirusy, które powodują przewlekłe i uporczywe infekcje. Przewlekłe zakażenie komórek tymi wirusami może powodować zmianę w przypuszczalnej dostępności receptorów. 1,2 Ponadto wnikanie do komórek przez patogeny wewnątrzkomórkowe może również wpływać na płynność/hydrofobowość błony gospodarza, co z kolei może zmieniać przyczepianie się innych członków mikrobiomu, w tym bakterii i grzybów. Aby zrozumieć interakcje, które mogą zachodzić między tymi wieloma patogenami, które kolokalizują się w tych samych regionach geograficznych ludzkiego gospodarza, musimy być w stanie zbadać interakcję patogenów, które reprezentują spektrum królestw taksonomicznych obecnych na powierzchni błony śluzowej.
Herpesviridae to rodzina mikrobów obecnych u 100% ludzi jako stali członkowie mikrobiomu3,4. Ponadto mogą być również uporczywie wydalane zarówno w obecności, jak i bez objawów. W szczególności wirus opryszczki pospolitej-1 i wirus opryszczki pospolitej-2 (odpowiednio HSV-1 i HSV-2) są stałymi członkami mikrobiomu w jamie ustnej gardła i drogach rodnych. U osób immunokompetentnych zarówno HSV-1, jak i HSV-2 powodują zapalenie dziąseł i jamy ustnej, a także opryszczkę narządów płciowych5-8. W tych miejscach HSV powoduje utajone zakażenie charakteryzujące się przewlekłym, uporczywym, bezobjawowym wydalaniem wirusa9. Wnikanie HSV do komórek powoduje zmiany w powierzchniowej ekspresji nektyn, siarczanu heparanu, tratw lipidowych i mediatora wnikania wirusa opryszczki / receptora czynnika martwicy nowotworu (HVEM / TNFr)10-25. Potencjalnie reprezentują one wspólne receptory dla niektórych bakterii i grzybów, np. S. aureus i C. albicans, które będąc patogenami oportunistycznymi, mogą również znajdować się jako członkowie mikrobiomu błony śluzowej jamy ustnej gardła 26,27. W obrębie gardła ustnego S. aureus i C. albicans zajmują dwa odrębne miejsca kolonizacji. U żywicieli z naturalnymi zębami błona śluzowa jamy ustnej jest wspólna dla HSV-1 i C. albicans, podczas gdy przednie nozdrza są zajęte przez S. aureus28. Jednak pomimo ustaleń in vitro, że S. aureusprzylega do komórek nabłonka jamy ustnej, 29,30 S. aureus jest rzadko izolowany z próbek jamy ustnej, gdy obecna jest normalna tkanka29,30. Niewiele wiadomo na temat nisz kokolonizacyjnych dróg rodnych poza wynikami klinicznymi, że S. aureus jest związany z tlenowym zapaleniem pochwy, charakteryzującym się zapaleniem narządów płciowych, upławą i dyspareunią, podczas gdy C. albicans powoduje zmiany błony śluzowej podobne do obserwowanych w jamie ustnej31-35. Tak więc, chociaż ci członkowie mikrobiomu jamy ustnej i narządów płciowych krzyżują się z królestwami taksonomicznymi, niewiele wiadomo na temat ich interakcji, ponieważ wpływa to na ich zdolność do inicjowania tworzenia biofilmu poprzez przyleganie do powierzchni komórki gospodarza5. Protokół ten został skutecznie zastosowany do określenia funkcjonalnych konsekwencji kokolonizacji/infekcji.