RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
pl_PL
Menu
Menu
Menu
Menu
A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Znakowanie domeny zewnątrzkomórkowej białka błonowego za pomocą wrażliwego na pH fluoroforu, superekliptycznej pHluoryny (SEP), pozwala na określenie subkomórkowej lokalizacji, ekspresji i transportu. Obrazowanie białek znakowanych SEP za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej z całkowitym wewnętrznym odbiciem (TIRFM) umożliwia ilościowe określenie poziomów białek w obwodowej ER i błonie plazmatycznej.
Zrozumienie transportu, składania i ekspresji białek błonowych wymaga podejścia, które odróżnia te znajdujące się w organellach wewnątrzkomórkowych od tych zlokalizowanych na błonie plazmatycznej. Tradycyjne pomiary oparte na fluorescencji nie są w stanie rozróżnić białek błonowych znajdujących się w różnych organellach. Najnowocześniejsze metodologie wykraczają poza tradycyjne metody poprzez sprzężenie fluoroforów wrażliwych na pH z mikroskopią fluorescencyjną z pełnym wewnętrznym odbiciem (TIRFM). Oświetlenie TIRF wzbudza próbkę do około 150 nm od granicy faz szkło-próbka, zmniejszając w ten sposób tło, zwiększając stosunek sygnału do szumu i poprawiając rozdzielczość. Objętość wzbudzenia w TIRFM obejmuje błonę plazmatyczną i pobliskie organelle, takie jak obwodowy ER. Superekliptyczna pHluorin (SEP) jest wrażliwą na pH wersją GFP. Genetyczne kodowanie SEP w domenie zewnątrzkomórkowej białka błonowego będącego przedmiotem zainteresowania umieszcza fluorofor po stronie światła ER i w zewnątrzkomórkowym regionie komórki. SEP jest fluorescencyjny, gdy pH jest większe niż 6, ale pozostaje w stanie wyłączonym przy niższych wartościach pH. Dlatego receptory oznaczone SEP fluoryzują, gdy znajdują się w retikulum endoplazmatycznym (ER) lub po wprowadzeniu do błony plazmatycznej (PM), ale nie wtedy, gdy są ograniczone do pęcherzyka transportowego lub innych organelli, takich jak Golgi. Zewnątrzkomórkowe pH można regulować, aby dyktować fluorescencję receptorów na błonie plazmatycznej. Różnica we fluorescencji między obrazami TIRF przy obojętnym i kwaśnym zewnątrzkomórkowym pH dla tej samej komórki odpowiada względnej liczbie receptorów na błonie plazmatycznej. Pozwala to na jednoczesny pomiar receptorów wewnątrzkomórkowych i rezydujących w błonie komórkowej. Zdarzenia wprowadzenia pojedynczych pęcherzyków można również zmierzyć, gdy pH zewnątrzkomórkowe jest neutralne, co odpowiada pęcherzykowi transportowemu o niskim pH łączącym się z błoną plazmatyczną i przechodzącemu w stan fluorescencyjny. Ta wszechstronna technika może być wykorzystana do badania lokalizacji, ekspresji i transportu białek błonowych.
Zmiany w ekspresji, dystrybucji i montażu receptorów zostały powiązane z wieloma różnymi chorobami, w tym chorobą Alzheimera, chorobą Parkinsona, mukowiscydozą i uzależnieniem od narkotyków1,2,3,4,5. Na przykład nikotyna i inne ligandy nikotynowe wpływają na transport nikotynowych receptorów acetylocholiny (nAChR), prowadząc do zmian w transporcie, ekspresji i regulacji w górę1,2,5,6,7,8,9,10. Nikotyna zwiększa całkowitą liczbę złożonych nAChR w komórce, zwiększa transport w kierunku błony plazmatycznej i zmienia składanie podjednostek, aby faworyzować wersję niektórych podtypów o wysokiej czułości. Rozwiązanie wyraźnych zmian w transporcie, składaniu i ekspresji receptorów w modelu choroby dostarcza kluczowych szczegółów mechanistycznych, które są niezbędne do zdefiniowania celów leku. Idealnym podejściem byłoby szybkie różnicowanie receptorów wewnątrzkomórkowych od tych zlokalizowanych na błonie plazmatycznej. Jest to szczególnie trudne w przypadkach, gdy większość danego białka znajduje się wewnątrzkomórkowo, na przykład w przypadku nAChR. Ponieważ większość nAChR jest zlokalizowana w retikulum endoplazmatycznym, tradycyjne pomiary nie mają rozdzielczości czasoprzestrzennej niezbędnej do określenia lokalizacji i zmian w transporcie wzdłuż szlaku wydzielniczego. Badania nad transportem i ekspresją receptorów nAChR prowadzono głównie przy użyciu wiązania radioligandów11, testów biotynylacji12, western blotting13, lub technik immunoprecypitacji12. Zależą one od specyficzności wiązania cząsteczki reporterowej lub utrwalenia komórek i nie mają zdolności do jednoczesnego rozróżniania receptorów rezydentnych w błonie plazmatycznej i wewnątrzkomórkowych. Dlatego badania nad składaniem kanałów jonowych i dynamiką pęcherzyków w dużej mierze opierały się na technikach elektrofizjologicznych o niskiej przepustowości14.
Doskonała rozdzielczość przestrzenna i czasowa jest możliwa dzięki postępom w mikroskopii fluorescencyjnej. Genetycznie kodowane cząsteczki reporterowe, takie jak białko zielonej fluorescencji (GFP) i jego warianty, eliminują niespecyficzne problemy z wiązaniem i zwiększają czułość15. Wrażliwy na pH wariant GFP, znany jako superekliptyczna pHluorin (SEP), może być wykorzystany do wykorzystania nieodłącznych różnic pH między przedziałami w komórce w celu określenia lokalizacji5,7,8,9,16,17,18. SEP fluoryzuje, gdy pH jest wyższe niż 6, ale pozostaje w stanie wyłączonym przy niższym pH. Dlatego receptory oznaczone SEP po stronie światła są wykrywane, gdy są obecne w retikulum endoplazmatycznym (ER) lub po wprowadzeniu do błony plazmatycznej (PM), ale nie wtedy, gdy są ograniczone do pęcherzyka transportowego. Manipulowanie zewnątrzkomórkowym pH w kontakcie z receptorami na błonie plazmatycznej w konsekwencji zmienia fluorescencję, a tym samym wykrywanie tych receptorów. Jeśli ta sama komórka jest sekwencyjnie obrazowana zarówno przy neutralnym pH zewnątrzkomórkowym, jak i przy pH niższym niż 6, różnica między obrazami jest przypisywana receptorom znajdującym się na błonie plazmatycznej. Pozwala to na jednoczesny pomiar receptorów wewnątrzkomórkowych (obwodowych ER) i rezydujących w błonie komórkowej5,7,8,9. Przypadki przyczepienia pojedynczych pęcherzyków mogą być również rozwiązane, gdy pH zewnątrzkomórkowe jest neutralne. Gdy pęcherzyk transportujący o niskim pH połączy się z błoną plazmatyczną, luminalna strona pęcherzyka jest wystawiona na działanie obojętnego roztworu zewnątrzkomórkowego, powodując przejście wykryte jako wybuch fluorescencji7,18,19,20. SEP umożliwia pomiar receptorów zlokalizowanych w błonie plazmatycznej i obwodowej retikulum endoplazmatycznym oraz zapewnia środki do pomiaru transportu receptorów między tymi regionami subkomórkowymi5,7,18.
Aby osiągnąć wyższą rozdzielczość na błonie plazmatycznej, receptor z genetycznie kodowanym SEP jest obrazowany za pomocą mikroskopii florescencyjnej całkowitego wewnętrznego odbicia (TIRFM). Metoda ta jest szczególnie przydatna, jeśli większość receptorów jest zlokalizowana w regionach wewnątrzkomórkowych, ponieważ TIRFM zwiększa widoczność błony plazmatycznej. TIRFM umożliwia również rozwiązanie dynamiki transportu pojedynczych pęcherzyków przenoszących receptory znakowane SEP po wprowadzeniu do PM. Całkowite odbicie wewnętrzne występuje na styku materiałów o różnych współczynnikach załamania, takich jak między komórką a szklanym szkiełkiem nakrywkowym21,22. SEP fluoryzuje po napromieniowaniu wzbudzeniem o długości fali 488 nm, które jest zorientowane na uzyskanie całkowitego wewnętrznego odbicia na granicy faz roztworu szkła i ogniwa. W ten sposób powstaje fala ulotna, która wnika w głąb próbki na około 150 nm, wzbudzając tylko fluorofory w tej objętości. Wykrywane są tylko receptory zawierające SEP w środowisku o neutralnym pH w tym zakresie wzbudzenia, odpowiadające receptorom znajdującym się na błonie plazmatycznej lub obwodowej retikulum endoplazmatycznym. Ponieważ detekcja jest ograniczona do wzbudzenia przez falę ulotną, fluorescencja tła z obszaru wewnątrzkomórkowego jest zmniejszona, a stosunek sygnału do szumu zwiększony21,22. Ponadto, ponieważ promieniowanie nie przenika do większości komórki, fotouszkodzenia są zminimalizowane, co umożliwia obrazowanie żywych komórek w miarę upływu czasu. W rezultacie, TIRFM w połączeniu z genetycznie kodowanym SEP zapewnia wysoką rozdzielczość i czułość wymaganą do pomiaru lokalizacji subkomórkowej i dynamiki transportu receptorów błonowych wzdłuż szlaku wydzielniczego.
1. Hodowla komórkowa i transfekcja
2. Obrazowanie żywych komórek za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej z całkowitym wewnętrznym odbiciem (TIRFM)
3. Analiza obrazu i przetwarzanie danych
Włączenie SEP do receptora umożliwia bezpośrednie wykrycie tego receptora w żywej komórce. W połączeniu z TIRFM pozwala to na ocenę względnych poziomów ekspresji na błonie plazmatycznej i rozmieszczenia receptorów w lokalizacjach subkomórkowych w regionie wzbudzenia TIRF. Można również rozwiązać przypadki transportu pojedynczych pęcherzyków.
Względne poziomy ekspresji receptorów znakowanych SEP na błonie plazmatycznej
Fluorescencja SEP po wzbudzeniu jest podyktowana pH otaczającego roztworu. Gdy SEP jest połączony z receptorami rezydującymi w błonie komórkowej, zewnątrzkomórkowym pH można manipulować, aby włączyć lub wyłączyć tę fluorescencję5,7,8,9,17. Gdy pH roztworu zewnątrzkomórkowego wynosi fizjologiczne 7,4, receptory zarówno z błony plazmatycznej, jak i retikulum endoplazmatycznego w obszarze wzbudzenia TIRF fluoryzują. Roztwór zewnątrzkomórkowy można następnie wymienić na identyczny roztwór o pH 5,4. Powoduje to, że SEP rezydujący w błonie plazmatycznej przechodzi w stan wyłączenia, co oznacza, że cała obserwowana fluorescencja pochodzi teraz z retikulum endoplazmatycznego. Rysunek 2 przedstawia przykład komórek zobrazowanych zarówno przy pH 7,4 (A), jak i pH 5,4 (B). Względna liczba receptorów na błonie plazmatycznej w porównaniu z obwodową retikulum endoplazmatycznym w obszarze wzbudzenia TIRF jest następnie obliczana matematycznie, odejmując zintegrowaną gęstość fluorescencji przy pH 5,4 od gęstości przy pH 7,4, przedstawionej na rysunku 2C. Ta obliczona gęstość zintegrowana błony plazmatycznej odpowiada względnej liczbie receptorów znakowanych SEP zlokalizowanych na błonie plazmatycznej i w objętości wzbudzenia TIRF. Ponieważ błona plazmatyczna i pobliska obwodowa retikulum endoplazmatyczne są preferencyjnie wzbudzane przez TIRF, to porównanie dystrybucji subkomórkowej odbywa się między receptorami zlokalizowanymi w tych regionach, a nie całym wewnątrzkomórkowym regionem komórki.
Subkomórkowa dystrybucja receptorów znakowanych SEP
Handel receptorami można zmierzyć, porównując stosunek receptorów znajdujących się na błonie plazmatycznej do retikulum endoplazmatycznego. Dzielenie gęstości zintegrowanej błony plazmatycznej przez całkowitą gęstość zintegrowaną przy pH 7,4, pomnożoną przez 100, daje względny procent receptorów znakowanych SEP zlokalizowanych na błonie plazmatycznej5,7. Jako kontrola, brefeldyna A może być dodawana do komórek w celu zakłócenia wewnątrzkomórkowego transportu białek. Gdy brefeldyna A jest obecna, praktycznie wszystkie wykryte receptory w regionie wzbudzenia TIRF będą ograniczone do retikulum endoplazmatycznego, co spowoduje niższy % PM. Dodatkowo, zmutowany (Δ508-I539T) regulator transbłonowy mukowiscydozy (Δ508-I539T-CFTR) może być stosowany jako kontrola pozytywna. W obecności dostępnego na rynku VX-809 ekspresja Δ508-I539T-CFTR na powierzchni komórki wzrasta od 2 do 3-krotnie.
Pojedyncze zdarzenia wprowadzania pęcherzyków
SEP nie fluoryzuje ani nie fotowybiela w niskim pH pęcherzyka transportowego, ale odzyskuje fluorescencję po wystawieniu na zewnątrzkomórkowe pH 7,4 na błonie komórkowej7,16,18. Zdarzenia insercji są wizualizowane jako wybuch fluorescencji na błonie plazmatycznej trwający co najmniej 3 klatki (600 ms), odpowiadający pełnemu wtopieniu się pęcherzyka transportowego do błony plazmatycznej, jak pokazano na rysunku 3. Przed włożeniem (ryc. 3B) nie ma zauważalnego pęknięcia. Wzrost intensywności fluorescencji obserwuje się, gdy pęcherzyk transportowy dociera (ryc. 3C), dyfundując przez błonę (ryc. 3D-3G), aż do włączenia się do masowej fluorescencji komórki (ryc. 3H-3I).

Rysunek 1: Schemat mikroskopu TIRF. Ta konfiguracja TIRF wykorzystuje laser DPSS o długości fali 488 nm do wzbudzenia SEP, światłowód sprzężony z silnikiem krokowym w celu dostosowania krytycznego kąta wiązki wzbudzenia poprzez translację wiązki przez tylny otwór obiektywu. Komórki są obrazowane za pomocą obiektywu zanurzeniowego z olejkiem 60X, 1,49 NA. Emisja jest wykrywana za pomocą urządzenia sprzężonego z ładunkiem zwielokrotniającym elektrony. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rycina 2: Ekspresja i transport na błonie plazmatycznej. Komórka N2a wykazująca ekspresję α3-sep/β4-wt nAChRs przy pH 7,4 (A) wykazuje receptory zlokalizowane na błonie plazmatycznej i retikulum endoplazmatycznym. Przy pH 5,4 (B) receptory na błonie plazmatycznej nie fluoryzują, więc widoczne są tylko receptory rezydentne retikulum endoplazmatycznego. Różnica między gęstością zintegrowaną przy pH 7,4 a pH 5,4 (C) odpowiada receptorom zlokalizowanym w błonie komórkowej. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rycina 3: Zdarzenie wprowadzenia pojedynczego pęcherzyka. Komórka N2a eksprymująca α3-sep / β4-wt nAChRs o zewnątrzkomórkowym pH 7,4 pokazano w (A). Bezpośrednio przed insercją (B) nie jest widoczny wybuch fluorescencji. Przybywa pęcherzyk transportowy przenoszący SEP (C), a receptory znakowane SEP dyfundują przez błonę plazmatyczną (DG), aż stają się nie do odróżnienia od wcześniej wstawionych receptorów (H-I). Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
Autorzy nie mają do zadeklarowania konfliktu interesów.
Znakowanie domeny zewnątrzkomórkowej białka błonowego za pomocą wrażliwego na pH fluoroforu, superekliptycznej pHluoryny (SEP), pozwala na określenie subkomórkowej lokalizacji, ekspresji i transportu. Obrazowanie białek znakowanych SEP za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej z całkowitym wewnętrznym odbiciem (TIRFM) umożliwia ilościowe określenie poziomów białek w obwodowej ER i błonie plazmatycznej.
Ta praca była częściowo wspierana przez National Institute on Drug Abuse T32 DA 016176, National Institute on Drug Abuse DA 038817 oraz National Institute on Drug Abuse DA 040047.
| Odczynnik/Materiał | |||
| Cell Termosy do hodowli komórkowych z nasadką filtrującą, sterylne, Greiner Bio One, 75 cm2 | VWR | 82050-856 | |
| 35 mm szalki Petriego ze szklanym dnem, sterylne | Cell E& G | GBD00002-200 | |
| Poli-D-lizyna | vwr | 215017510 | |
| Dulbecco Modified Eagle Medium (DMEM), Fisher Scientific o wysokiej zawartości glukozy | 11-965-084 | ||
| Opti-MEM I Zredukowana surowica Medium | Gibco / Fisher Scientific | 31-985-088 | |
| Płodowa surowica bydlęca, certyfikowana, pochodzenia amerykańskiego, standardowa (sterylnie filtrowana) | Gibco / Fisher Scientific | 16-000-044 | |
| TrypLE Express Enzyme (1x), bez czerwieni fenolowej | Fisher Scientific | 12604-021 | |
| Roztwór penicyliny-streptomycyny | VWR | 45000-652 | |
| Leibovitz's L-15 Medium, bez czerwieni fenolowej | Gibco / Fisher Scientific | 21083027 | Opcjonalnie |
| Lipofectamina | Fisher Scientific | 11668030 | Delikatnie wymieszaj; Nie wirować |
| Chlorek sodu | Fisher Scientific | BP358-1 | |
| Chlorek potasu | Fisher Scientific | P217-10 | |
| Chlorek magnezu | Fisher Scientific | BP214-500 | |
| Chlorek wapnia | Fisher Scientific | C79-500 | |
| HEPES | Fisher Scientific | BP310-500 | |
| D-Glukoza | Fisher Scientific | D16-1 | |
| Obiektywny olejek immersyjny | Olympus | Typ F | |
| silny>Firma | |||
| Mikroskop | Aparat fotograficzny Olympus | IX81 | |
| ior iXon Ultra 897 | |||
| 60X, 1,49 NA Obiektyw zanurzeniowy w oleju | Olympus | APON 60XOTIRF | |
| Stopień zmotoryzowany | Prior | IXPROXY | |
| Siłownik z napędem silnikowym (silnik krokowy) | Thorlabs | ZST213 | |
| MetaMorph (lub inny program do obrazowania) | Laser Metamorph | ||
| 488 nm | Market Tech | ||
| Światłowód | jednomodowyThorlabs | SM450 | |
| Lustra | Thorlabs | BB1-E01 | |
| Dichroic 488 nm LP | Semrock | Di02-R488-25x36 | |
| Filtr pasmowo-przepustowy, 488 nm | Semrock | LL01-488-12.5 | |
| Filtr pasmowo-przepustowy, 525/50 | Semrock | FF03-525/50-25 |