Stosując przedstawioną tutaj procedurę (Rycina 11), 60-kanałowe MEA wysiane neuronami myszy E17 inkubowano do czasu, aż hodowle pokryły macierze zdrowym płatem komórek (Rycina 12 oraz Rycina 3a). Po 3 tygodniach inkubacji w 10% CO2 i 37 °C, hodowle sprawdzono pod kątem aktywności spontanicznej, używając komercyjnego systemu rejestracji (patrz Tabela materiałów). Podczas procedury rejestracji temperaturę utrzymywano na poziomie 37 °C za pomocą kontrolera temperatury, ponieważ temperatura wpływa na aktywność neuronalną i częstotliwość wyładowań.
Badanie aktywności
Spontanicznie aktywne sieci zazwyczaj wykazują zróżnicowane wzorce sygnałów. Średnio aktywna hodowla może rejestrować aktywność w około 40% elektrod. Z tych aktywnych miejsc elektrod niemal połowa rejestruje sygnały spontaniczne, przy częstotliwościach wyładowań w zakresie 5 - 10 Hz. Reprezentatywny wykres rastrowy aktywności spontanicznej przedstawiono na Rysunku 4a. Znaczniki wskazują znaczniki czasu potencjałów czynnościowych zarejestrowanych z 9 aktywnych elektrod w oknie 20 s, przy częstotliwości próbkowania 25 kHz i zakresie filtra pasmowo-przepustowego od 300 Hz do 3 kHz. Rysunek 4b przedstawia szum bazowy oraz przefiltrowany surowy sygnał zewnątrzkomórkowy podczas 8 serii wyładowań przed procedurą sortowania. Aby oddzielić potencjały czynnościowe od szumu, progi dla każdego kanału ustawiono na 5-krotność odchylenia standardowego szumu bazowego, obliczanego w oknie 500 ms15.
Przed analizą zarejestrowane impulsy (spikes) dla każdej elektrody zostały posortowane w trybie offline, aby odróżnić aktywność fizjologiczną od artefaktów stymulacji, przy użyciu algorytmu k-średnich oraz analizy głównych składowych. Sygnały zidentyfikowane jako odpowiedzi fizjologiczne zostały pogrupowane w celu stworzenia odpowiedzi populacyjnej dla każdej elektrody (Rysunek 13 i Rysunek 9)15.
Trenowanie sieci neuronowych za pomocą stymulacji elektrycznej
Sieci trenowano, stosując stymulację elektryczną przyłożoną do hodowli bezpośrednio poprzez elektrody MEA przy użyciu generatora impulsów (patrz tabela materiałów). W tym zestawie reprezentatywnych wyników zastosowano konfigurację w kształcie litery „L” składającą się z 13 elektrod (Rysunek 8), choć można zastosować wiele innych konfiguracji. Stymulacja badawcza i trenująca opierały się na parametrach zdefiniowanych przez Ruaro et al.14.
Wstępny poziom bazowy ustalono poprzez rejestrację 5 minut aktywności spontanicznej przed stymulacją. Po ustaleniu poziomu bazowego zastosowano 5-minutową stymulację badawczą przed treningiem, składającą się z dwufazowych impulsów o częstotliwości 0,5 Hz z 200 µs czas trwania impulsu oraz amplitudę impulsu wynoszącą 900 mV (Rycina 7a) podano poprzez wybrane miejsca stymulacji (t. j. (w kształcie litery „L”). Następnie sieciom podawano protokół treningowy co 2 s, wykorzystując ten sam zestaw elektrod. Sygnał treningowy składał się z 40 serii impulsów, z których każda zawierała 100 impulsów dwufazowych z 4-milisekundowym odstępem między impulsami, a 200 µs czas trwania impulsu oraz amplitudę impulsu wynoszącą 900 mV (Rysunek 7b i Rycina 7c). Po okresie treningowym nastąpiła 5-minutowa faza potreningowa, analogiczna do stymulacji przedtreningowej. Protokół zakończono 5-minutowym zapisem spontanicznej aktywności po stymulacji.
Ten sam protokół eksperymentalny zastosowano do kontrolnej grupy kultur, aby uwzględnić naturalne fluktuacje w odpowiedzi sieci. Jedyną różnicą w protokole kontrolnym było jednak zastosowanie okresu pozorowanego treningu, podczas którego nie podawano rzeczywistego sygnału treningowego.
Analizy statystyczne zbiorów danych (tj. grupa trenowana versus kontrolna) przeprowadzono za pomocą jednoczynnikowej analizy wariancji (ANOVA), przyjmując zmienną „trening” jako czynnik międzyosobniczy. Latencja została wykorzystana jako czynnik wewnątrzosobniczy. W przypadku stwierdzenia istotnej interakcji zastosowano procedurę post-hoc Tukeya. Wyniki wykazały odpowiedź przed treningiem w czasie do 20 ms po bodźcu, choć zakres aktywności był niespójny po pierwszej odpowiedzi. Jednakże aktywność po treningu wykazywała nie tylko odpowiedź w ciągu pierwszych 20 ms po bodźcu, podobnie jak przed treningiem, ale także istotną aktywność w przedziale 30-50 ms po bodźcu (Rycina 14 i Rycina 15)15. Stwierdzono również statystycznie istotną korelację „częstotliwości impulsów” względem „czasu po bodźcu” oraz „niezawodności impulsów” względem „czasu po bodźcu”. „Niezawodność impulsów” można zdefiniować jako prawdopodobieństwo wystąpienia odpowiedzi sieciowej na stymulację, gdzie każdej odpowiedzi na bodziec przypisuje się wartość maksymalną 1. Rycina 16 pokazuje niemal 50% wzrost częstotliwości impulsów, a także 30-50% wzrost niezawodności impulsów dla sieci trenowanych w porównaniu z kontrolnymi w przedziale 20-50 ms po bodźcu. Wyniki te sugerują, że trening fundamentalnie zmienił dynamikę sieci.

Rycina 1: Narzędzia i materiały używane do usuwania zarodków. (A) Taca wypełniona lodem. (B) Szalki Petriego wypełnione schłodzoną „papką” L-15. (C) Ręcznik papierowy. (D) Butelka z rozpylaczem z 70% etanolem. (E) Pincety precyzyjne (x2). (F) Małe nożyczki chirurgiczne. (G) Pinceta anatomiczna. (H) Duże nożyczki. (I) Worek na ciało. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 2: Narzędzia i materiały używane do ekstrakcji mózgu. (A) Taca wypełniona lodem. (B) Szalka Petriego zawierająca głowy embrionów. (C) Przykryta folią probówka do wirówki z medium do przechowywania. (D) Odwrócona szklana szalka Petriego. (E) Autoklawowany papier filtracyjny. (F) Zlewka z 70% etanolem. (G) Plastikowa pipeta. (H) Nożyczki irydowe. (I) Precyzyjna pęseta. (J) Cienka szpatułka dwustronna. (K) Ręcznik papierowy. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 3: Kultury optymalne w porównaniu z nieoptymalnymi. (A) przedstawia zdrową warstwę komórek pokrywającą macierze, w przeciwieństwie do (B), w której występuje słaba proliferacja komórek. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 4: Reprezentatywne wyniki aktywności spontanicznej. (A) Reprezentatywny wykres rastrowy aktywności spontanicznej. Znaki kresek oznaczają potencjały czynnościowe zarejestrowane z 9 aktywnych elektrod w oknie czasowym 20 s przy częstotliwości próbkowania 25 kHz i zakresie filtra pasmowo-przepustowego od 3 kHz do 300 Hz. (B) Reprezentatywny przefiltrowany zewnątrzkomórkowy potencjał czynnościowy z aktywnego miejsca. Rycina zmodyfikowana na podstawie referencji15. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 5: Układ rejestracyjny. (A) Generator stymulacji. (B) Kontroler temperatury. (C) Zasilacz. (D) Wzmacniacz. (E) Głowica/przedwzmacniacz. (F) Przykryta MEA. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 6: Schematyczny przedstawienie protokołu treningu elektrycznego. Rejestracja początkowego poziomu bazowego przez 5 min oraz stymulacji badawczej przez 3 min. Zastosowanie stymulacji tężcowej przez 90 s, która nie jest rejestrowana. Zastosowanie i rejestracja drugiej stymulacji badawczej przez 3 min oraz końcowego poziomu bazowego przez 5 min. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 7: Parametry sygnałów stymulacji sondującej i treningowej. (A) Stymulacja sondująca składa się z impulsów dwufazowych ±900 mV podawanych z częstotliwością 0.5 Hz. (B) Pociągi impulsów składają się ze 100 dwufazowych impulsów ±900 mV o częstotliwości 250 Hz. (C) Sygnał treningowy składa się z 40 pociągów impulsów podawanych co 2 s. Rycina zmodyfikowana na podstawie źródła15. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 8: Reprezentacja konfiguracji w kształcie litery „L”. Kwadraty reprezentują poszczególne elektrody z MEA. Niebieskie kwadraty oznaczają elektrody użyte do stymulacji, natomiast wszystkie pozostałe służą do rejestracji. Rysunek zmodyfikowany na podstawie referencji15. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 9: Rozróżnianie jednostek od szumu i artefaktów stymulacyjnych.Kilka górnych paneli (A-C) na tym rysunku pokazuje przykłady szumu, aby wyjaśnić, czym powinna być „jednostka”. (D) Żółta fala jest jedyną wykrytą tutaj jednostką. (E) Zielona fala jest jedyną jednostką. (F) Przykład kanału zarejestrowanego z elektrody, która służyła również do stymulacji, gdzie nie można racjonalnie wykryć żadnych jednostek z powodu nasycenia wzmacniacza. Proszę kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 10: Histogram czasu po stymulacji (PSTH). Graficzny interfejs użytkownika (patrz Tabela materiałów) wykreśla PSTH zgodnie z wprowadzeniem użytkownika (t.j. PSTH populacyjny, PSTH średnia obciążona lub PSTH pojedynczego kanału), co umożliwia przegląd eksperymentu stymulacyjnego oraz bezpośrednie porównanie plików z okresu po i przed stymulacją. Interfejs wykreśla również początkowe i końcowe PSTH; pozwala to porównać odpowiedź sieci na pierwsze 6 i ostatnie 6 bodźców. GUI pełni kilka innych funkcji, takich jak analiza częstotliwości impulsów, odstępu międzyimpulsowego, liczby impulsów w serii (burst), odstępu między seriami oraz czasu trwania serii, zarówno dla plików ze stymulacją, jak i plików z aktywnością spontaniczną. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 11: Przegląd przygotowania i wysiewu komórek. (A) Ciąża myszy w dniu E17 zostaje uśpiona za pomocą CO2. (B) Mysz zostaje zdekapitowana, a macica usunięta. (C) Zarodki zostają uwolnione i zdekapitowane. (D) Mózg zostaje wyjęty z każdego zarodka, a płaty czołowe usunięte. (E) Komórki zostają dysocjowane. (F) Zdysocjowane komórki zostają zawieszone w medium. (G) Zawiesina komórek zostaje wysiana na 60-kanałowe wieloelektrodowe macierze (MEAs). Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 12: Kultury neuronalne wysiane na macierzach mikroelektrod. Neurony embrionalne myszy są wysiewane na 60-kanałowe MEA, które umożliwiają jednoczesny zapis aktywności neuronalnej w całej sieci z każdej elektrody. (Rycina zmodyfikowana na podstawie źródła15). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 13: Program sortujący wykorzystany do sortowania przebiegów z każdego kanału. Program sortujący (patrz Tabela materiałów) ładuje plik danych i wyświetla wszystkie jednostki początkowo zarejestrowane dla każdego kanału. Wybiera się jedną z kilku metod w celu przypisania sygnałów do konkretnych jednostek. W tym przykładzie wybrano algorytm k-średnich (k-means clustering), a następnie zidentyfikowano żółtą jednostkę (oznaczoną jako „unit a” w dolnym oknie). Następnie inny program (patrz Tabela materiałów) służy do eksportu pliku .nex do pliku .mat, który jest plikiem wejściowym dla niestandardowego interfejsu GUI (patrz Tabela materiałów oraz Rycina 10). Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Figura 14: Zmieniona aktywność sieci w odpowiedzi na stymulację po okresie treningu. Reprezentatywny wykres rastrowy aktywności z ośmiu elektrod. Pionowa czerwona linia wskazuje czas podania bodźca, a czarne znaczniki wskazują potencjały czynnościowe. Przed treningiem (A) występuje natychmiastowa odpowiedź na impuls stymulujący we wszystkich kanałach. Po treningu (B) sieć wykazuje bardziej przedłużoną odpowiedź aktywności, a także natychmiastową odpowiedź na stymulację15. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej figury.

Rysunek 15: Trenowane sieci wykazują istotnie zmienione częstotliwości impulsów. Częstotliwość impulsowania sieci w grupach kontrolnych obliczono poprzez całkowanie liczby impulsów w okresie 50 ms bezpośrednio po każdej stymulacji i podzielenie przez ten okres. Przedstawiono średnią dla 12 sieci trenowanych i 10 sieci kontrolnych (słupki błędów wskazują standardowy błąd średniej). Gwiazdka (*) oznacza różnicę statystyczną (wartość p <0,05) między dwoma zestawami danych. Rysunek zmodyfikowany na podstawie referencji15. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 16: Odpowiedzi zapośredniczone synaptycznie są znacząco zmodyfikowane w sieciach trenowanych. (A) Niezawodność impulsów, mierzona w przedziałach 10 ms i znormalizowana względem sieci kontrolnych, nie wykazuje zmian przy bezpośredniej aktywacji neuronów w pobliżu elektrod (0-20 ms). W związku z tym w tych przedziałach nie stwierdzono statystycznej różnicy między grupami kontrolnymi a sieciami trenowanymi. Z drugiej strony odpowiedzi o dłuższym czasie utajenia (30-50 ms) są zapośredniczone synaptycznie, co wskazuje, że ta metoda umożliwia bardziej szczegółowe badanie niezawodności niż w Rysunku 15 powyżej. (B) Częstotliwość impulsów populacyjnych powtarza zachowanie niezawodności i nie wykazuje modyfikacji przy bezpośredniej aktywacji (0-20 ms), podczas gdy statystycznie istotna różnica została stwierdzona dla odpowiedzi długoterminowych (30-50 ms). Zachowanie to jest zgodne ze średnimi wynikami przedstawionymi na poprzednim rysunku15. Słupki błędów przedstawiają błąd standardowy średniej, obliczony dla 10 sieci kontrolnych i 12 sieci trenowanych. (*) p-value <0,05; (**) p-value <0,001. Rysunek zmodyfikowany na podstawie źródła15. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tego rysunku.
| Ilość | Element |
| 1 | Autoklawowana szklana butelka na odczynniki (pojemność co najmniej 100 mL) |
| 20 | Sterylne probówki do wirowania 15 mL |
| 1 | Sterylna pipeta serologiczna 10 mL |
| 4 | Sterylne pipety serologiczne 25 mL |
| 2 | Sterylne pipety serologiczne 50 mL |
| 1 | Sztalaga do probówek do wirowania |
| 150 mL | Sterylna woda dejonizowana (DI) |
| 5 mg | Fiolka z poli-D-lizyną |
Tabela 1: Przygotowanie PDL – lista materiałów i odczynników.
| Ilość | Pozycja |
| 1 | sterylne probówki wirówki 50 ml |
| 10 | sterylne probówki wirówkowe 15 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna 1 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna 50 ml |
| 1 | Statyw na probówki do wirówek |
| 1 ml | bufor fosforanowo-solny (PBS) |
| 1 mg | Laminina |
Tabela 2: Przygotowanie lamininy – lista materiałów i odczynników.
| Ilość | Element |
| 1 | Autoklawowana szklana butelka na odczynniki (o pojemności co najmniej 100 mL) |
| 20 | Sterylne probówki do wirowania 15 mL |
| 1 | Sterylna pipeta serologiczna 10 mL |
| 4 | Sterylne pipety serologiczne 25 mL |
| 2 | Sterylne pipety serologiczne 50 mL |
| 1 | Statyw do probówek do wirowania |
| 150 mL | Sterylna woda dejonizowana |
| 5 mg | Fiolka z poli-D-lizyną |
Tabela 3: Przygotowanie medium do przechowywania – lista materiałów i odczynników.
| Ilość | Element |
| 44 ml | DMEM ze stabilizowaną formą L-glutaminy (patrz tabela materiałów) |
| 1 ml | Suplement bezsurowiczy do hodowli komórek neuronalnych (patrz tabela materiałów) |
| 2,5 mL | Surowica końska |
| 100 µL | Kwas askorbinowy [4 mg/ml] |
| 2,5 ml | Płodowa surowica bydlęca (FBS) |
| 0,5 mL | Pen strep (opcjonalnie) |
| 1 | sterylne probówki wirówkowe 50 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna 25 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna 10 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna 1 ml |
| 1 | filtr 250 ml |
Tabela 4: Przygotowanie pożywki DMEM 5/5 – lista materiałów i odczynników.
| Ilość | Element |
| 49 ml | DMEM ze stabilizowaną formą L-glutaminy (patrz tabela materiałów) |
| 1 ml | Suplement bezsurowiczy do hodowli komórek neuronalnych (patrz tabela materiałów) |
| 100 µL | Kwas askorbinowy [4 mg/ml] |
| 0,5 mL | Pen strep (opcjonalnie) |
| 1 | sterylne probówki wirówkowe 50 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna o objętości 25 ml |
| 2 | sterylna pipeta serologiczna 1 ml |
| 1 | filtr 250 ml |
Tabela 5: Przygotowanie pożywki DMEM+ – lista materiałów i odczynników.
| Ilość | Element |
| 1 | Papaina 140 U/fiolka |
| 1 | DNaza I, 260 J/fiolka |
| 7 ml | DMEM+ (schłodzony) |
| 5 ml | DMEM 5/5 (podgrzane) |
| 10 µL | Błękit trypanu |
| 2 | Ostrza skalpela |
| 1 | sterylna szalka Petri 35 mm |
| 4 | sterylne probówki do wirowania o pojemności 15 ml |
| 2 | sterylne probówki kriogeniczne 5 ml |
| 2 | sterylne probówki kriogeniczne 2 ml |
| 1 | sterylne probówki wirówkowe 50 ml |
| 1 | probówka do mikrocentryfugi |
| 2 | Pipeta transferowa o szerokim wylocie |
| 3 | Pipeta transferowa o małej średnicy otworu |
| 5 | sterylna pipeta serologiczna 2 ml |
| 5 | sterylna pipeta serologiczna 1 ml |
| 2 | 10 µL sterylne końcówki do mikropipet |
| 1 | 1000 µL sterylne końcówki do mikropipet |
| 1 | Chip hemocytometru |
Tabela 6: Dysocjacja komórek – lista materiałów i odczynników.