Opisany tutaj znormalizowany protokół tworzenia organoidów typu przedmózgowego zazwyczaj generuje wysoce jednorodnie kultury organoidów o niemal wyłącznie grzbietowej tożsamości korowej z ludzkich iPSC w ciągu 20 dni hodowli (schemat protokołu przedstawiono na Rysunku 1A). Zaleca się przeprowadzenie kilku etapów kontroli jakości w trakcie trwania protokołu, zdefiniowanych tutaj jako: „go” (kontynuacja procesu różnicowania) oraz „no-go” (kultury suboptymalne, zaleca się przerwanie serii) (Rysunek 1). Wskazane jest również staranne dokumentowanie każdego etapu kontroli jakości poprzez wykonywanie zdjęć i sporządzanie notatek.
Pierwszym krytycznym krokiem w generowaniu organoidów typu przedmózgowego jest rozpoczęcie procesu od wysokiej jakości kultur iPSC. Ważne jest, aby iPSC nie zawierały dużych frakcji zróżnicowanych komórek. Należy używać wyłącznie kultur iPSC, które w populacji początkowej prezentują się jako jednorodna monowarstwa niezróżnicowanych komórek (Ryciny 1B, C). Ponadto kluczowe jest zastosowanie określonej liczby komórek do agregacji iPSC. Pierwszą szczegółową inspekcję agregatów iPSC należy przeprowadzić w 2. dniu. Na tym etapie agregaty powinny utworzyć zwarte pączki komórkowe o gładkich krawędziach („go”), natomiast agregaty o nieregularnym wyglądzie lub z jamami powinny zostać odrzucone („no-go”) (Ryciny 1D, E). Kolejny etap kontroli jakości należy przeprowadzić w 10. dniu protokołu. W tym punkcie czasowym agregaty komórkowe powinny wykazywać gładką i optycznie przezroczystą tkankę na powierzchni zewnętrznej, co reprezentuje indukcję neuroektodermy („go”), podczas gdy brak takiej tkanki wskazuje na suboptimalną indukcję neuralną („no-go”) (Ryciny 1F, G). Do macierzy BME należytować jedynie te agregaty, które wykazują przezroczystą powierzchnię (Rycina 1F). Po osadzeniu organoidy korowe rozwiną ciągłe, pętlowate struktury neuroepithelialne, które będą szybko powiększać się. Efektywność indukcji korowej należy przeanalizować w 15. i 20. dniu, badając, czy organoidy rozwinęły spolaryzowaną ektodermę neuralną, jak pokazano na Rycini 1H, J („go”). W przypadku, gdy organoidy nie rozwinęły takich pączków neuroepithelialnych („no-go”, jak zilustrowano na Rycini 1I, K), należy krytycznie zweryfikować przeprowadzone kroki kontroli jakości w celu rozwiązania problemu. Przy ścisłym przestrzeganiu protokołu zostaną wygenerowane wysoce zestandaryzowane serie organoidów (Ryciny 2A, B), które wykażą ≥ 90% jednorodności w formowaniu spolaryzowanej ektodermy neuralnej w obrębie i pomiędzy seriami (Rycina 2C). Powszechnym błędem prowadzącym do zmiennej efektywności formowania spolaryzowanej ektodermy neuralnej jest zwiększenie początkowej liczby komórek do agregacji iPSC lub rozpoczęcie pracy z niskiej jakości kulturami iPSC, takimi jak kultury zanieczyszczone mykoplazmami lub kultury zawierające zróżnicowane komórki.
W 20. dniu należy przeprowadzić szczegółową walidację tożsamości grzbietowej części telencefalonu w wygenerowanych organoidach. W tym celu 3 organoidy powinny zostać utrwalone i wykorzystane do analiz immunofluorescencyjnych. Warstwowe pętle neuroepitelialne (Rycina 3A) wykazują ekspresję markera komórek macierzystych neuronów Sox2 (Rycina 3B, D), markery przedmózgowia Pax6 i Otx2 (Rysunki 3C, E), oraz marker kory grzbietowej Emx1 (Rycina 3F). Pętle korowe te charakteryzują się ponadto apikalną lokalizacją N-kadheryny i ZO-1 (Rysunki 3G, H), mikrotubulę pochodzącą z komórki glejowej radialnej strefy komorowej (vRGC), która rozciąga się od strony apikalnej do bazalnej tych struktur (Rysunek 3I), oraz położone apikalnie dzielące się komórki, wykazujące pozytywne barwienie na fosforylowaną wimentynę (p-Vimentin, Rycina 3J). Wewnątrz struktur organoidów może występować śmierć komórek. Centralna apoptoza jest zjawiskiem normalnym i nie wpływa na rozwój tkanki korowej. Ponadto, do oceny homogeniczności protokołu za pomocą analiz ekspresji genów należy wykorzystać 3 organoidy. Organoidy typu przedmózgowia wykazują ekspresję markerów grzbietowej części przedmózgowia (FoxG1, Otx2, Emx1), podczas gdy ekspresja markerów śródmózgowia (FoxA2, Pax5) oraz rhombenfalonu (HoxB2, HoxA4, HoxB4, HoxB6) nie jest wykrywalna (Rysunek 3K).
Partie organoidów poddanych kontroli jakości mogą być wykorzystane w różnych zastosowaniach, takich jak analizy płaszczyzny podziału apikalnych komórek glejowych radialnych. W tym celu sugerujemy wykonanie podwójnego barwienia z użyciem przeciwciał przeciwko p-Vimentin i Tpx2 (Rycina 3J). P-Vimentin jest fosforylowany przez CDK1 podczas mitozy i znajduje się w jądrze, znakując tym samym wszystkie jądra w fazie mitotycznej16. Tpx2 to białko związane z mikrotubulami, które pozwala zwizualizować wrzeciono mitotyczne oraz wypustki apikalne podczas interkinetycznej migracji jąder17,18. Używając tych markerów, w zasadzie można przeanalizować trzy aspekty podziału vRGC: (I) czy podział komórki zachodzi po stronie apikalnej, (II) czy płaszczyzna podziału jest ustawiona pionowo (co wskazuje na symetryczny podział komórek), poziomo lub ukośnie (co wskazuje na asymetryczny podział komórek) względem powierzchni apikalnej oraz (III) czy centra organizujące mikrotubule formują się prawidłowo.
Organoidy mogą być również dalej różnicowane w bardziej złożone, zorganizowane i warstwowe struktury tkanki korowej. Struktury korowe w organoidach w 35 ± 2 dniu składają się ze strefy komorowej (VZ), wewnętrznej i zewnętrznej strefy podkomorowej (SVZ) oraz obszaru przypominającego blaszkę korową (CP). W obrębie VZ oraz wewnętrznej i zewnętrznej SVZ można zidentyfikować vRGC, progenitorów pośrednich (IPs) oraz komórki przypominające oRGC. Ponadto w obszarze przypominającym CP można zaobserwować początkowe tworzenie się warstwowej kory, z głębokimi neuronami korowymi wykazującymi ekspresję Tbr1 i Ctip2 wewnątrz oraz górnymi neuronami korowymi wykazującymi ekspresję Satb2, a także komórkami wykazującymi ekspresję Reelin w obszarach zewnętrznych10.

Rysunek 1Schematyczny przegląd protokołu tworzenia organoidów oraz ilustracja kryteriów „go” i „no-go”. (A) Schematyczny przegląd protokołu. Pożywka CI: pożywka do indukcji korowej; CD: pożywka do różnicowania korowego. (B-C) Obraz optymalnej hodowli monowarstwy iPSC o 90% konfluencji (B) oraz nieodpowiednią kulturę iPSC wykazującą różnicowanie (C). (D-E) Agregat iPSC o optymalnej wielkości, gęstości komórkowej i wyglądzie powierzchni (D) oraz dwa agregaty komórkowe typu „no-go”, wykazujące albo pustki międzykomórkowe (E, górny agregat) lub nieregularne krawędzie (E, mniejsze agregaty) dwa dni po agregacji komórek. (F-G) Agregaty komórkowe wykazujące przezroczyste i gładkie krawędzie (F) oraz agregaty komórkowe bez przejrzystania optycznego (G). Żółta linia wizualizuje obszar zainteresowania. (H-K) Optymalny organoid z ciągłymi pętlami neuroepitelialnymi (H, J) oraz organoid, w którym nie rozwinął się radialnie zorganizowany neuroektoderm (I, K) obrazowano odpowiednio w 15. i 20. dniu. Paski skali, B-C 500 µm; D-K 200 µm. Proszę kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej figury.

Rysunek 2Jednorodność i powtarzalność protokołu hodowli organoidów typu przedmózgowia. (A-B) Reprezentatywne obrazy organoidów z jednej serii w dniu 15., wykonane w jasnym polu (A) oraz 26. dnia (B). (C) Analizy ilościowe organoidów w 20. dniu. Ilościowo określono organoidy, które na zewnętrznej powierzchni wykazują neuroepitel, rozpoznawalny w jasnym polu jako optycznie przejrzysta tkanka powierzchowna z wyraźną granicą i widoczną radialną architekturą komórkową (n = 3 na linię iPSC, przy co najmniej 16 organoidach na eksperyment). Paski skali, A-B: 500 µmSłupki błędów ± SD. Aby wyświetlić tę figurę w powiększeniu, należy kliknąć tutaj.

Rycina 3Walidacja organoidów typu przedmózgowia w 20. dniu. (A-J) Charakterystyka immunocytochemiczna organoidów. Organoidy organizują się w wiele pętli neuroepitelialnych (A, kontrastowane DAPI). Zorganizowane warstwowo komórki w obrębie pętli neuroepitelialnych wykazują ekspresję markera komórek macierzystych neuronów Sox2 (B, D), markery przedmózgowia Pax6 (C, D) oraz Otx2 (E), a także marker grzbietowej części przedmózgowia Emx1 (F). Struktury pętli korowych wykazywały w swojej najbardziej apikalnej części cienki, przylegający pas złącz z akumulacją N-kadheryny (G) oraz białko zona occludens 1 (ZO-1; H). Sieci mikrotubul komórek RGC komór ventricularnych (barwione przeciwciałem przeciwko acetylowanej $\alpha$-tubulinie, Ac-Tub) rozciągają się od strony apikalnej do bazalnej struktur pętlowych (I). Proliferujące komórki wykazujące ekspresję p-wimentyny (p-Vim) znajdują się na powierzchni apikalnej. Wrzeciona mitotyczne są barwione za pomocą Tpx2. Po prawej stronie przedstawiono reprezentatywne obrazy przy większym powiększeniu dla pionowej i poziomej płaszczyzny podziału (J). (K) Analiza RT-PCR dla czynników transkrypcyjnych specyficznych dla regionu w 20. dniu dla dwóch niezależnych zestawów organoidów pochodzących z 2 różnych linii iPSC. FB: kontrola z mózgu płodowego; AB: kontrola z mózgu dorosłego. Paski skali, A-D 200 µm; E-I 10 µm. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
| Epitop | Rozcieńczanie |
| Sox2 | 1 - 300 |
| Pax6 | 1 - 500 |
| Otx2 | 1 - 500 |
| Emx1 | 1 - 50 |
| N-kaderyna | 1 - 500 |
| ZO-1 | 1 - 100 |
| p-Wimentyna | 1 - 1000 |
| Tpx2 | 1 - 500 |
| Acetylowana α-tubulina | 1 - 500 |
| Alexa48 przeciwko mysim antygenom | 1 - 1000 |
| przeciwciało anty-królicze Alexa488 | 1 - 1000 |
| przeciwciało anty-mysie sprzężone z Alexa5 | 1 - 1000 |
| przeciwciało anty-Rb znakowane Alexa55 | 1 - 1000 |
Tabela 1: Przeciwciała do kontroli jakości organoidów w 20. dniu.
| Starter | Sekwencja |
| Otx2 forward | tgcaggggttcttctgtgat |
| Otx2 reverse | agggtcagcaattgacca |
| FoxG1 forward | ccctcccatttctgtacgttt |
| FoxG1 reverse | ctggcggcttagagat |
| Emx1 forward | agacgcaggtgaaggtgg |
| Emx1 reverse | caggcaggcaggctcc |
| FoxA2 forward | ccaccaccaaccccacaaaatg |
| FoxA2 reverse | tgcaacaccgtctccccaaagt |
| Pax5 forward | aggatgccgctgatggagtac |
| Pax5 reverse | tggaggagtgaatcagcttgg |
| HoxB2 forward | tttagccgttcgcttagagg |
| HoxB2 reverse | cggatagctggagacaggag |
| HoxA4 forward | ttcagcaaaatgccct |
| HoxA4 reverse | taggccagctccacagttct |
| HoxB4 forward | acccgctaacaaatgagg |
| HoxB4 reverse | gcacgaaagatgagggag |
| HoxB6 forward | gaactgaggagcggactcac |
| HoxB6 reverse | ctgggatcagggagtcttca |
| 18s forward | ttccttggaccggcgcaag |
| 18s reverse | gccgcatcgccggtcgg |
Tabela 2: Primery i sekwencje primerów do profilu ekspresji genów.