Aby zbadać skład komórkowy i cechy morfologiczne jajników ssaków, naukowcy często polegają na eksperymentach in vivo, po których następuje immunohistologiczne barwienie jajników zatopionych w parafinie. Ostatnio jednak posiew całego narządu jajnika okazał się skuteczną alternatywą dla badania funkcji jajników1,2,3,4, ponieważ technikę tę można połączyć z lepszymi narzędziami do wizualizacji i kwantyfikacji. Tradycyjnie analiza morfologii jajników polega na odtworzeniu trójwymiarowej architektury jajnika na podstawie seryjnych wycinków zatopionych w parafinie, ale oprócz tego, że jest to pracochłonne i czasochłonne, seryjne cięcie tkanki zatopionej w parafinie nie gwarantuje prawidłowej rekonstrukcji narządu, a skrawki często giną lub są w tym procesie źle uporządkowane.
Oprócz wyzwań technicznych związanych z seryjnym cięciem, istnieją również różnice w metodach rutynowo używanych do ilościowego określania liczby pęcherzyków na jajnik5,6. Obecnie stosowana zmienność metodologiczna upośledza metaanalizę rezerwy jajnikowej w różnych badaniach5,7. Na przykład liczba pęcherzyków z różnych artykułów naukowych może różnić się 10-krotnie lub więcej między podobnymi wiekami rozwojowymi w obrębie określonego szczepu6. Te duże różnice w zgłaszanej kwantyfikacji pęcherzyków mogą prowadzić do nieporozumień i utrudniać porównania między badaniami. Eksperymentalnie, tradycyjne podejścia do kwantyfikacji pęcherzyków z odcinków szeregowych są wykonywane przez liczenie pęcherzyków o określonej liczbie odcinków (np. co piąty, dziesiąty lub inny odcinek). Zmienność liczby mieszków włosowych przy użyciu tego podejścia wynika nie tylko z okresowości, w jakiej zliczane są sekcje, ale także z różnic w grubości przekroju oraz doświadczenia technicznego w generowaniu odcinków szeregowych5,6. Oprócz zmienności, kolejną wadą tradycyjnego cięcia tkanek jest to, że cięcie małych jajników od młodych zwierząt jest szczególnie trudne i w dużym stopniu zależy od orientacji tkanki8.
Poniższy protokół opisuje rutynowo stosowaną technikę hodowli jajników1, ale znacznie poprawia tradycyjną kwantyfikację pęcherzyków, zastępując fizyczne cięcie oczyszczaniem tkanek i cięciem optycznym za pomocą mikroskopii konfokalnej8,9. Oczyszczanie za pomocą zanurzenia w tkance (bez konieczności perfuzji przezczaszkowej lub elektroforezy) w roztworze na bazie mocznika i sorbitolu (np. ScaleS(0)10) okazało się zgodne z barwieniem immunologicznym i pozwoliło na skrócenie czasu usuwania bez uszczerbku dla głębokości obrazowania. Inne raportowane metody (np. ScaleA28,10, SeeDB11, ClearT12 i ClearT212) są albo bardziej czasochłonne, albo nie pozwalają na dogłębną rozdzielczość optyczną próbki. Sekcja optyczna jest korzystna, ponieważ jest mniej pracochłonna i zachowuje trójwymiarową architekturę organów7,8. Kolejną zaletą tego podejścia jest to, że przygotowanie próbek nie wymaga kosztownych odczynników do oczyszczenia tkanki i może być przeprowadzone ze względną łatwością.
W szczególności, opisany protokół został zoptymalizowany dla hodowanych jajników myszy w piątym dniu po urodzeniu, ale został przeprowadzony na jajnikach od 0 do 10 dnia po urodzeniu. Metoda wykorzystuje system hodowli jajników, w którym tkanka w naturalny sposób przyczepia się do błony, na której jest hodowana, ułatwiając obsługę narządów i manipulację. Opisany system hodowli może być używany do utrzymywania eksplantowanych jajników przez okres do 10 dni i do oceny, w jaki sposób różne warunki eksperymentalne mogą zakłócać przeżywalność oocytów13. Opisana procedura kwantyfikacji jest wykonywana przy użyciu niekomercyjnego pakietu do przetwarzania obrazów FIJI-ImageJ14 i może być przeprowadzona na większości komputerów osobistych. Co więcej, obrazy wykorzystywane do kwantyfikacji mogą być szeroko dostępne dla społeczności naukowej, co pozwoli na przyszłą metaanalizę.