$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Zmiana lokalizacji subkomórkowej białka jest powszechnym mechanizmem w odpowiedzi na wewnętrzne lub zewnętrzne sygnały, takie jak stres cieplny, głód, stres oksydacyjny, apoptoza, fosforylacja białek i inne. Na przykład stres cieplny indukuje translokację jądrową członka FOXO DAF-16 1,2, a proapoptotyczne białko BCL-2 BID przemieszcza się do mitochondriów po otrzymaniu sygnalizacji śmierci3,4. Dostępne są różne techniki wykrywania tych zmian. Połączenie western blotting i biochemicznie izolujących struktur subkomórkowych (np. mitochondriów lub jąder) może z powodzeniem osiągnąć cel3. Wymaga jednak specyficznego przeciwciała przeciwko białku będącemu przedmiotem zainteresowania. W ten sposób dobrze ugruntowane przeciwciało staje się kluczem do sukcesu. Alternatywnym podejściem jest znakowanie różnych struktur subkomórkowych lub organelli różnymi markerami, takimi jak białko zielonej fluorescencji (GFP), białko czerwonej fluorescencji (RFP), białko żółtej fluorescencji (YFP) i mCherry, a tymczasem znakowanie interesującego białka innymi markerami. Następnie obserwuj je pod mikroskopem konfokalnym, aby zlokalizować cele5,6. Izotopy promieniotwórcze są alternatywnym wyborem do znakowania białek docelowych, a następnie wykrywania ich lokalizacji subkomórkowej7. Metoda ta wymaga jednak odpowiedniego przeszkolenia i obchodzenia się z odpadami promieniotwórczymi. W takich okolicznościach, jak brak swoistego przeciwciała, brak odpowiedniego markera lub niedobór sprzętu, takiego jak mikroskop konfokalny, należy rozważyć alternatywne podejście. Aby zidentyfikować translokację jądrową białka, atrakcyjne jest znakowanie docelowych białek tylko markerem i barwienie jąder odczynnikiem chemicznym 4',6-diamidyn-2-fenyloindolowym (DAPI), ponieważ wymaga to tylko zwykłego mikroskopu fluorescencyjnego.
Immunoznakowanie C. elegans przeciwciałami jest trudne ze względu na niską przepuszczalność zarówno skorupki jaja, jak i kolagenowego naskórka otaczającego zwierzę. Tymczasem, ponieważ białka C. elegans znacznie różnią się od ortologów kręgowców, kilka firm komercyjnych dostarcza C. elegans określone produkty. Małemu laboratorium trudno jest wytworzyć dla siebie przeciwciała przeciwko C. elegans. Naukowcy należący do społeczności często używają oznakowanych białek jako markerów, aby wykazać lokalizację białka lub ekspresję genów. W tym artykule użyto EXL-1::GFP jako przykładu do śledzenia translokacji jądrowej białka pod wpływem stresu cieplnego8. Zintegrowany translacyjny exl-1::gfp do genomu zwierzęcego służy do stabilnej ekspresji genu za pomocą fuzji gfp. Badania wykazały, że exl-1 ulega ekspresji w jelicie, ścianie ciała, mięśniach i innych strukturach subkomórkowych8. Protokół ten pokazuje, jak zsynchronizować robaki z czwartym stadium larwalnym (L4), przeprowadzić eksperyment ze stresem cieplnym i przeprowadzić barwienie DAPI, utrwalanie etanolu, utrwalanie acetonu i obrazowanie pod zwykłym mikroskopem fluorescencyjnym.