Rozpoznanie antygenów związanych z powierzchnią przez receptor komórek B (BCR) wyzwala powstanie synapsy odpornościowej (IS), gdzie zarówno sygnalizacja jak i przyjmowanie antygenu są skoordynowane. Powstawanie IS wymaga dynamicznej reorganizacji aktyny towarzyszącej spolaryzowanemu rekrutowaniu do błony synaptycznej centrum komórkowego i powiązanych organelli wewnątrzkomórkowych, takich jak lizozomy i aparat Golgiego. Wczesne etapy reorganizacji aktyny pozwalają komórkom B zwiększyć powierzchnię komórki i zmaksymalizować ilość kompleksów antygen-BCR gromadzonych w synapsie. W pewnych warunkach, gdy komórki B rozpoznają antygeny związane z sztywnymi powierzchniami, proces ten jest sprzężony z lokalnym rekrutowaniu i sekrecją lizozomów, które mogą ułatwić ekstrakcję antygenu. Przyjęte antygeny są internalizowane do specjalizowanych kompartmentów endo-lizosomalnych w celu przetworzenia na peptydy, które są ładowane na cząsteczki kompleksu głównej zgodności tkankowej II (MHC-II) do dalszej prezentacji limfocytom T pomocniczym. Dlatego badanie dynamiki organelli związanej z tworzeniem IS jest kluczowe dla zrozumienia, w jaki sposób aktywowane są komórki B. W niniejszym artykule omówimy zarówno obrazowanie, jak i technikę biochemiczną stosowaną do badania zmian w pozycji organelli wewnątrzkomórkowych i przemieszczenia cytoszkieletu, które są związane z tworzeniem IS w komórkach B.