Prezentowany tutaj jest protokół użycia systemu CRISPR-Cas9 do zmniejszenia produkcji białka w mózgu dorosłej pszczoły miodnej w celu zbadania swoistości przeciwciał.
Artykuł metodologiczny
* These authors contributed equally
Prezentowany tutaj jest protokół użycia systemu CRISPR-Cas9 do zmniejszenia produkcji białka w mózgu dorosłej pszczoły miodnej w celu zbadania swoistości przeciwciał.
Cluster Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) to technika edycji genów szeroko stosowana w badaniach nad funkcją genów. Używamy tej metody w tym badaniu, aby sprawdzić swoistość przeciwciał opracowanych przeciwko podjednostce receptora GABAA owadów Oporność na dieldrynę (RDL) i metabotropowemu receptorowi glutaminianu mGlutR1 (mGluRA). Przeciwciała wytworzone były u królików przeciwko sprzężonym peptydom specyficznym dla muszek owocowych (Drosophila melanogaster), a także dla pszczół miodnych (Apis mellifera). Użyliśmy tych przeciwciał w skrawkach mózgu pszczoły miodnej do zbadania rozmieszczenia receptorów w mózgach pszczół miodnych. Przeciwciała oczyszczono pod kątem powinowactwa do peptydu i przetestowano za pomocą immunoblottingu i klasycznej metody preadsorpcji za pomocą koniugatów peptydowych, aby wykazać, że przeciwciała są specyficzne dla odpowiednich koniugatów peptydowych, przeciwko którym zostały wyhodowane. Tutaj opracowaliśmy technikę CRISPR-Cas9 do testowania redukcji docelowych białek w mózgu 48 godzin po wstrzyknięciu CRISPR-Cas9 z przewodnikowymi RNA zaprojektowanymi dla odpowiedniego receptora. Metoda CRISPR-Cas9 może być również stosowana w analizach behawioralnych u dorosłych pszczół, gdy konieczna jest modyfikacja jednego lub wielu genów.
Niedawno odkryty system CRISPR/Cas9 jest potężnym narzędziem, które zostało użyte do zmiany genomowego DNA w różnych systemach modelowych i organizmach. Przyspieszyła ona badania biomedyczne i dokonała ważnych przełomów technologicznych, sprawiając, że modyfikacja genomu jest bardziej wydajna i solidna niż poprzednie metody1. Natywny dla bakterii S. pyogenes system opiera się na endonukleazie Cas9, której aktywność prowadzi do dwuniciowych pęknięć (DSB) w DNA, oraz przewodniku RNA (gRNA), który kieruje białko Cas9 do określonej, zależnej od sekwencji lokalizacji2. Dwuniciowe pęknięcia generowane przez CRISPR/Cas9 mogą być naprawiane poprzez niehomologiczne łączenie końców (NHEJ), proces podatny na błędy, który może prowadzić do przesunięć ramki lub bezpośredniej naprawy homologii, gdy obecny jest szablon dawcy. Sam gRNA składa się z docelowego CRISPR RNA (crRNA) i uniwersalnego transaktywującego crRNA (tracrRNA), które mogą być chemicznie syntetyzowane i dostarczane z oczyszczoną nukleazą Cas9 jako kompleks rybonukleoproteinowy (RNP)2,3. Znakowanie fluorescencyjne nukleazy gRNA lub Cas9 może pozwolić na wykrycie i wewnątrzkomórkową wizualizację składników molekularnych za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej4.
W naszej obecnej pracy wykorzystujemy system CRISPR-Cas9 do obniżania poziomu białka w mózgach dorosłych pszczół miodnych. Badaliśmy metabotropowy receptor glutaminianu (mGluR) i przeciwciała receptora anty-mGlutR1 oraz podjednostkęreceptora GABA A RDL i przeciwciała anty-RDL. Opracowaliśmy prostą metodę zmniejszania ilości białka w mózgu dorosłej pszczoły miodnej i wykorzystaliśmy ją do przeprowadzenia dodatkowych testów przeciwciał wytworzonych przeciwko odpowiednim białkom. Monitorowanie fluorescencji CRISPR-Cas9 pozwoliło nam oszacować obszary i komórki zaangażowane w redukcję białka.
Korzystając z tej metody, scharakteryzowaliśmy również przeciwciała anty-mGlutR1, które zostały wytworzone u królików przeciwko sprzężonemu peptydowi. Genom pszczoły miodnej koduje wysoce konserwatywny receptor glutaminianu AmGluRA (nazwany mGlutR1 zgodnie z nomenklaturą NCBI) metabotropowy receptor glutaminianu 5. Gen mGlutR1 pszczoły miodnej ma cztery przewidywane warianty splicingu zgodnie z bazą danych NCBI. Doniesiono, że ulega ekspresji w ośrodkowym układzie nerwowym (OUN) zarówno w stadium poczwarki, jak i dorosłej pszczoły i bierze udział w tworzeniu pamięci długotrwałej5. Przeciwciała opracowane przeciwko mGlutR1 mogą być niezbędnym narzędziem do badania układu glutaminergicznego w procesie uczenia się i zapamiętywania u pszczół miodnych.
W naszych badaniach scharakteryzowaliśmy również przeciwciała anty-RDL wytworzone u królików immunizowanych sprzężonymi peptydami z podjednostki receptora RDL Apis mellifera. Gen Rdl pszczoły miodnej, AmRdl (XM_006565102.3, baza danych NCBI), ma 14 przewidywanych wariantów splicingu. Częściowo sklonowany fragment został zgłoszony w bazie danych NCBI AF094822.1. Funkcja receptora RDL i jego fizjologia jest dobrze zbadana u owadów6,7,8, w tym pszczoły miodne9,10,11. Przeciwciała wytworzone przeciwko anty-RDL mogą być niezbędnym narzędziem do badania układu GABA-ergicznego w procesie uczenia się i zapamiętywania u pszczół miodnych.
Wcześniejsze badanie nad rolą receptorów oktopaminy i tyraminy wykorzystywało RNAi wstrzykiwane do mózgu, a następnie testowano ilość białka za pomocą Western blot12,13. RNAi ma jednak pewne istotne ograniczenia. Po wstrzyknięciu RNAi istnieje tylko krótkie okno czasowe, w którym następuje redukcja białka13. CRISPR-Cas9 został niedawno użyty w zarodkach pszczół miodnych do usuwania lub modyfikowania genów w całym zwierzęciu14,15,16. Informowaliśmy o zastosowaniu CRISPR-Cas9 w celu zmniejszenia ilości białka w dorosłej pszczole miodnej. Opracowaliśmy to podejście dla pszczół miodnych ze względu na możliwość powiązania go z behawioralnymi badaniami uczenia się i pamięci w kontrolowanych warunkach laboratoryjnych17.
W obecnej pracy opracowaliśmy przeciwciała przeciwko dwóm receptorom i przetestowaliśmy je na sekcjach mózgu dorosłej pszczoły miodnej po tym, jak białko zostało zredukowane przez wstrzyknięcie CRISPR-Cas9. Równolegle opracowaliśmy projekt eksperymentalny, który pozwala na wykorzystanie tej metody do eksperymentów behawioralnych.
Protokół opisany w niniejszym opracowaniu jest zgodny z wytycznymi dotyczącymi opieki nad zwierzętami Uniwersytetu Stanowego Arizona.
1. Izolacja całkowitego białka z mózgów Apis mellifera
UWAGA: Do tego eksperymentu należy wykorzystać pszczoły zbieraczki Apis mellifera rasy kraińskiej z Nowego Świata o nieznanym wieku.
2. Western blotting19
3. Procedury immunocytochemiczne
4. Test ekspresji białek RDL i mGlutR1 metodą immunocytochemii (sekcja 3) w mózgu pszczoły miodowej po wstrzyknięciu odpowiedniego systemu CRISPR-Cas9
5. Procedura wstrzykiwania
6. Analiza drop-off oparta na qPCR w celu oceny zmodyfikowanego genomowego DNA RDL 48 h po wstrzyknięciu CRISPR Cas9 RNPRDLmix
i 
7. Ilościowe oznaczenie względne RNA RDL 48 h po wstrzyknięciu RNPRDLmix
8. Analiza drop-off oparta na qPCR w celu oceny zmodyfikowanego DNA genomowego 48 h po wstrzyknięciu RNPmGlutR1mix
i 
9. Ilościowe oznaczenie RNA mGlutR1 48 h po wstrzyknięciu RNPmGlutR1mix
Testy przeciwciał anty-RDL
Przeciwciała zostały wytworzone przeciwko koniugatom peptydowym RDL, jak pokazano na Ryc. 1A. Pierwszym krokiem w charakterystyce przeciwciał anty-RDL jest analiza homogenatu białka wyekstrahowanego z mózgu pszczoły za pomocą techniki Western blot z użyciem przeciwciał anty-RDL oraz wtórnego przeciwciała koziego anty-króliczego IgG znakowanego HRP (Ryc. 1A, wstawka). Oba przeciwciała anty-RDL rozpoznały prążek znajdujący się na poziomie ~50-60 kD (strzałka), co odpowiada szacowanej masie białek izoform podjednostki RDL. Aby wykazać, że przeciwciała anty-RDL rozpoznają peptyd w przekrojach mózgu, zastosowano kontrolę z preadsorpcją (Ryc. 1B,C). Po preinkubacji przeciwciał z koniugatami peptydowymi barwienie na preparacie zniknęło. Dowiodło to, że przeciwciała anty-RDL rozpoznają koniugat peptydowy, przeciwko któremu zostały wytworzone. W celu wykazania, że przeciwciała anty-RDL rozpoznają białko w utrwalonej tkance mózgowej, wykorzystano system CRISPR-Cas9 do wyciszenia genu RDL odpowiedzialnego za produkcję białka RDL w komórkach. Ryc. 1D1-3 przedstawia kontrolne przekroje przedniej części mózgu pszczoły znakowane przeciwciałami anty-RDL. Pszczoła ta nie otrzymała wstrzykniętego kompleksu RDL-CRISPR-Cas9 RNP. Na Ryc. 1D1 przeciwciała anty-RDL znakują neuropile w przednim przekroju mózgu pszczoły. Ten sam przekrój przedni na Ryc. 1D2 wykazuje brak fluorescencji ATTO50, ponieważ kompleks RDL-CRISPR-Cas9 nie został wstrzyknięty.
Rysunek 1E1-E3 przedstawia przekrój mózgu pszczoły po wstrzyknięciu RDL-CRISPR-Cas 9 i poddaniu go obróbce z użyciem tej samej ilości przeciwciał, co w przypadku mózgu kontrolnego na Rysunku 1D1-D3. Barwienie anty-RDL było znacznie zredukowane w całym mózgu 48 h po wstrzyknięciu, a rozkład barwienia ATTO50 w mózgu (Rysunek 1E2) wskazuje na skuteczność wstrzyknięć RDL-CRISPR-Cas 9 do oczek median w u pszczoły. W wielu rozproszonych komórkach mózgu występuje ATTO50. Skuteczne wstrzyknięcie RDL-CRISPR-Cas 9 zredukowało ekspresję białka w porównaniu z grupą kontrolną (Rysunek 1E1-3). Z ośmiu immunobarwionych mózgów pszczół tylko jeden wykazywał wysoki stopień rozprzestrzenienia RDL-CRISPR-Cas9 w komórkach ciała grzybowego, protocerebrum i płata antenowego, podczas gdy w pozostałych mózgach barwienie ATTO50 komórek występowało w kielichu ciała grzybowego i kompleksie centralnym, ale nie w płacie antenowym. Należy zaznaczyć, że u tych pszczół redukcja immunobarwienia anty-RDL nie była tak gwałtowna, jak w mózgu pokazanym na Rysunku 1E1.
Następnie, aby oszacować poziom zmodyfikowanego gDNA RDL u pszczół 48 h po wstrzyknięciu RDL-CRISPR-Cas9, przeprowadzono test qPCR drop-off, w którym sonda drop-off została zaprojektowana tak, aby odpowiadała obszarowi jednego z gRNA RDL. W tych eksperymentach, w mózgach pszczół poddanych wstrzyknięciu RDL-CRISPR-Cas9, relatywna redukcja fluorescencji odpowiadała liczbie zmodyfikowanego gDNA w próbkach. W naszych testach obszar odpowiadający tej prowadzącej sekwencji w gDNA u 12 pszczół poddanych wstrzyknięciu RDL-CRISPR-Cas9 wyniósł 64 % ± (średnia ± 30 %SD) w porównaniu z gDNA u pszczół niewstrzykniętych (Rycina 3A).
Następnie, aby oszacować poziom RNA RDL w pszczołach 48 h po iniekcji, przeprowadziliśmy analizę qRT-PCR w osobnej grupie pszczół (Rycina 3B). Porównaliśmy poziom RNA RDL u pszczół poddanych iniekcji RDL-CRISPR-Cas 9 (n = 19) z poziomem RNA u pszczół niepoddanych iniekcji (n = 12). W tych eksperymentach względna redukcja mRNA RDL wyniosła 59% ± (średnia ± 15% SE) w porównaniu z poziomem RNA u pszczół niepoddanych iniekcji. Po zbadaniu poziomu RNA RDL u każdej pszczoły indywidualnie, tylko 13 z 19 pszczół wykazało znaczną redukcję RNA. Dane te wskazują, że iniekcja RDL-CRISPR-Cas9 poprzez ocelli może nie zawsze docierać do dużej liczby komórek mózgu, co potwierdza dane uzyskane z immunobarwienia RDL u pszczół poddanych iniekcji RDL-CRISPR-Cas9. W tych preparatach tylko jedna z 8 pszczół miała RDL CRISP-Cas9 w wielu komórkach mózgu (ciało grzybowate, protocerebrum i płat antenowy) w porównaniu z mózgami innych pszczół, gdzie dystrybucja RDL-CRISPR-Cas9 była skoncentrowana w komórkach protocerebrum (kaliкс ciała grzybowatego i kompleks centralny), ale nie w płacie antenowym (Rycina 4A-D).
Testy przeciwciał anty-mGlutR1
Użyto przeciwciał anty-mGlutR1 otrzymanych od królika przeciwko peptydom sprzężonym specyficznym dla Drosophila melanogaster (Rysunek 2A). Sekwencja tego peptydu wykazuje 94% identyczności z peptydem pszczelim (CLSDKTRFDYFARTVPPD) Rysunek 2A. W pierwszej kolejności sprawdzono reaktywność przeciwciał wobec białek mózgu pszczółly przy użyciu immunoblottingu. Homogenat mózgu pszczół rozdzielono za pomocą 10% SDS-PAGE, przeniesiono elektroforetycznie na błonę nitrocelulozową i inkubowano z przeciwciałami anty-mGlutR1. Wstawka na Rysunku 2A przedstawia dwa prążki o szacowanych masach (103 i 83 kD) odpowiadające dwóm izoformom. Podczas testowania tych przeciwciał na mózgach pszczół miodnych stwierdzono, że znakują one profile neuropilarne i komórki w przekrojach mózgu pszczół, co zilustrowano na Rysunku 2B,D. Po preadsorpcji przeciwciał anty-mGlutR1 sprzężonym peptydem mGlutR1 specyficzne barwienie w przekroju mózgu pszczół zanikło (Rysunek 2C). Potwierdza to, że przeciwciała anty-mGlutR1 rozpoznają ten peptyd (Rysunek 2C). Następnie do oczek środkowych wstrzyknięto mieszaninę mGlutR1-CRISPR-Cas9, stosując jako kontrolę no-guideRNA. U pszczół kontrolnych (n = 7) fluorescencja ATTO50 nie była skoncentrowana w komórkach. W niektórych mózgach zaobserwowano rozproszone znakowanie fluorescencyjne ATTO50. W związku z tym preparat kontrolny na Rysunku 2D1-3 wykazuje barwienie anty-mGlutR1 w mózgu, ale nie wykazuje fluorescencji ATTO50. Po wstrzyknięciu mGlutR1-CRISPR-Cas9 do oczek i jego pobraniu przez wiele komórek, poziom fluorescencji przeciwciał wtórnych był znacznie zredukowany w obszarze, który pobrał funkcjonalne mGlutR1RNP (Rysunek 2E1-3). Pszczoły monitorowano przez 48 h; jedna pszczoła z każdego wariantu eksperymentalnego padła. Zatem w tym eksperymencie sprawdzono siedem pszczół kontrolnych i osiem pszczół CRISPR-Cas9. Wszystkie pszczoły wstrzyknięte CRISPR-Cas9 posiadały komórki, które pobrały mGlutR1-CRISPR-Cas9. Większość tych komórek znajdowała się w kielichu ciała grzybkowatego, kompleksie centralnym i tylnym protocerebrum. Tylko dwie z siedmiu pszczół wykazały znakowanie ATTO550 w wielu komórkach ciała grzybkowatego, kompleksu centralnego i płata antenowego. Przykład jednej z tych pszczół przedstawiono na Rysunku 2E. Redukcja poziomu barwienia mGlutR1 w tych preparatach była istotna. Pozostałe pięć pszczół wykazywało znakowanie ATTO50 odpowiadające pomyślnemu dostarczeniu mGlutR1 CRISPR-Cas9 do ciała grzybkowatego i tylnego protocerebrum, ale nie do płatów antenowych.
Następnie, aby oszacować poziom zmodyfikowanego gDNA mGlutR1 u pszczół 48 h po iniekcji, przeprowadzono test drop-off oparty na qPCR, w którym sonda drop-off została zaprojektowana tak, aby znajdowała się w obszarze w pobliżu przewodnika mGlutR1. W tych eksperymentach, w mózgach pszczół po iniekcji mGlutR1-CRISPR-Cas 9, względna modyfikacja gDNA u 12 pszczół wyniosła 59% ± (średnia ± 3 %SD) w porównaniu z gDNA u pszczół niepoddanych iniekcji (Rycina 3A).
Wyniki te potwierdzono również testami qRT-PCR w innej grupie pszczół, w której oszacowano poziomy RNA mGlutR1 przy użyciu qRT-PCR 48 h po wstrzyknięciu RNPmGlutR1mix (Rycina 3B). Porównano poziom RNA mGlutR1 u pszczół poddanych wstrzyknięciu mGlutR1-CRISPR-Cas9 (n = 6) z poziomami RNA u pszczół niewstrzykniętych (n = 6). W tych eksperymentach względna redukcja mRNA mGlutR1 u pszczół poddanych wstrzyknięciu wyniosła 53% ± (średnia ± 18% SE) w porównaniu do pszczół niewstrzykniętych (Rycina 3B).
Przekroje z czterech różnych pszczół, w których w komórkach Kenyon ciała grzybowatego wyeksponowano RNP RDL-CRISPR-Cas9, przedstawiono na Rysunku 4A-D. Przykład pszczoły z fluorescencją ATTO50 w ciele grzybowatym i płacie czuciowym pokazano na Rysunku 4E,F.
| Przewodniki | Sekwencje | gRNA | RNP |
| [guideRNA:tracrRNA] | [gRNA:Cas9 Nuclease] | ||
| RDL_Guide1 | ACCGTAACGCGACCCCCGCT | GRDL1 | RRDL1 |
| RDL_Guide2 | AACGTCGATCGACTTGACGT | GRDL2 | RRDL2 |
| RDL_Guide3 | CCATGACGAAACACGTGCCC | GRDL3 | RRDL3 |
| mGlu_Guide 1 | CGAAAGTTATCTGACGGT | GMGL1 | RMGL1 |
| mGlu_Guide 2 | TTCAACGAGAGCAAGTTCAT | GMGL2 | RMGL2 |
| mGlu_Guide 3 | GCAAACGTCGGTAGGAGTGA | GMGL3 | RMGL3 |
Tabela 1: Sekwencje nukleotydowe przewodników zaprojektowanych dla RDL oraz mGlutR1.

Rycina 1: Charakterystyka przeciwciał anty-RDL. (A) Schemat podjednostki RDL, gdzie różowe kółka wskazują lokalizację peptydu 2 (zewnątrzkomórkowy CVNEKQSYFHIATTSNEFIRI-amid) w N-końcu oraz peptydu 1 (wewnątrzkomórkowy CVRFKVHDPKAHSKGGTL-amid) w C-końcu. Wstawka w A przedstawia prążki w Western blot ekstraktów z mózgu pszczoły miodnej, poddanych obróbce z odpowiadającymi im przeciwciałami anty-RDL (jednym z anty-RDL pep1 i anty-RDL pep2). Każdy immunoblot wykazuje pozorną wielkość białka ~50-60 kD, co odpowiada szacowanym masom różnych izoform podjednostek RDL. (B, C) Preadsorpcja przeciwciał anty-RDL z wykorzystaniem sprzężonego peptydu 1. Obraz w C wykazuje zmniejszenie intensywności barwienia w przekroju, gdy przeciwciała poddano preinkubacji z koniugowanym peptydem 1. Ciało wachlarzowate (Fb) i ciało elipsoidalne (eb) to struktury kompleksu centralnego w mózgu. M = płat przyśrodkowy ciała grzybowatego. (D1-3) Barwienie anty-RDL kontrolnego, niepodanego zastrzyku przekroju mózgu pszczoły po 48 h. Kolor zielony wskazuje profil dodatni pod kątem anty-RDL w mózgu. (D2) Ta pszczoła nie została poddana iniekcji i nie wykazuje fluorescencji ATTO50. (D3) Obrazy z nałożeniem z D1 i D3. (E1-3) Wstrzyknięcie RDL-CRISPR-Cas9 zmniejszyło intensywność barwienia przeciw-RDL po 48 h. (E2Fluorescencja ATTO50 w jądrach komórkowych wskazała na pomyślne dostarczenie RDL-CRISPR-Cas9.E3) Obraz z nałożeniem przeciwciał anty-RDL (zielony) i ATTO50 (czerwony). Pasek skali = 100 μm (B-E). Proszę kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 2: Charakterystyka przeciwciał anty-mGlutR1. (A) Schemat GCPR mGluR, który przedstawia Drosophila melanogaster peptyd użyty do immunizacji. Dla porównania, the Apis mellifera peptyd przedstawiono poniżej. Okrąg wskazuje lokalizację peptydydu w obrębie N-końca domeny zewnątrzkomórkowej receptora mGlutR1. Wstawka w A wykazuje, że przeciwciała anty-mGlutR1 rozpoznały w analizie Western blot mózgów pszczół dwa prążki o masach ~103 kD i ~83 kD, które odpowiadają szacunkowym masom znanych izoform.B,C) Kontrola preadsorpcyjna przeciwciała anty-mGlutR1 w dwóch kolejnych przekrojach kłębków płata czuciowego. Obraz anty-mGlutR1 w przekroju kłębków czuciowych w C wykazuje zmniejszenie intensywności barwienia w wyniku preinkubacji peptydu anty-mGlutR1 z przeciwciałem anty-mGlutR1. Procedura ta powoduje wytrącenie przeciwciała z roztworu, co znosi barwienie w porównaniu z B (kontrola, brak peptydy w preinkubacji). (D1) przedstawia barwienie przeciwciałem anty-mGlutR1 w przekroju mózgu pszczoły po iniekcji kontrolnej w ocelli medianum. Iniekcja ta nie zawierała gRNA dla mGlutR1, które umożliwia wyciszenie receptorów mGlutR1 za pomocą CRISPR-Cas9, w związku z czym intensywność barwienia przeciwciałem anty-mGlutR1 nie uległa zmniejszeniu (kolor zielony). (D2Brak fluorescencji ATTO50 wskazuje na brak funkcjonalnego układu CRISPR-Cas9 w mózgu.D3) Nałożone obrazy przeciwciał anty-mGlutR1 i ATTO50. (E1-E3) przedstawia barwienie przeciwciałem anty-mGlutR1 w przekroju mózgu, w którym mGlutR1 został trwale wyciszony 48 h po wstrzyknięciu mGlutR1-CRISPR-Cas 9 do oczka środkowego. W związku z tym barwienie w tym mózgu jest znacznie zredukowane ze względu na skuteczny knockout mGlutR1 w wielu komórkach. (E2Barwienie ATTO50 w wielu jądrach komórkowych w mózgach pszczół wskazuje, że wstrzyknięcie mGlut1-CRISPR-Cas 9 przebiegło pomyślnie.E3) Nałożone obrazy ATTO50 (czerwony) i anty-mGlutR1 (zielony). Pasek skali = 10 μm (B, C); 100 μm (D,E). Prosimy kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 3: Ocena zmodyfikowanego gDNA i ekspresji mRNA RDL i mGlutR1 mRNA w mózgach pszczół 48 h po wstrzyknięciu 345 nL odpowiadającego RPN CRISPR-Cas9. (A) Test analizy spadku sygnału (drop-off assay) oparty na qPCR w celu oceny ilości gDNA z obszarem zmodyfikowanym obliczono przy użyciu 2-ΔCt metodą i znormalizowane względem kontrolnych, nieiniekcyjnych mózgów. Dane przedstawiono jako średnia + SD. (B) Do oceny ilości mRNA w pszczołach poddanych iniekcji CRISPR-Cas9 oraz w pszczołach niepoddanych iniekcji wykorzystano test qRT-PCR. Jako gen referencyjny zastosowano AmActin. Względnią ekspresję genu obliczono przy użyciu metody 2-ΔCt metod i znormalizowane względem kontrolnych, niezatrzymanych mózgów. Dane przedstawiono jako średnia + SE. Prosimy kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 4: Przykład rozprzestrzeniania się kompleksów RNP CRISPR-Cas9 w mózgach pszczół z obrazowaniem fluorescencyjnym ATTO50. (A-DPrzekroje mózgu czterech różnych pszczół, w których kompleks RNP RDL-CRISPR-Cas9 wykazano w komórkach Kenyona ciała grzybowatego.E, FPrzykład dwóch mózgów 48 h po iniekcji RNPmGlutR1 CRISPR-Cas9. Pasek skali = 150 μm (A-F). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
Charakterystyka anty-RDL i anty-mGlutR1
Po pierwsze, scharakteryzowaliśmy przeciwciała anty-RDL i anty-mGlutR1 za pomocą immunoblot i wstępnej adsorpcji na wycinkach utrwalonych mózgów pszczół miodnych. Każde przeciwciało zostało stworzone tak, aby rozpoznawać wszystkie znane mu izoformy, a zachodnie analizy pokazują, że rozpoznają one prążki, które odpowiadają ich przewidywanej masie cząsteczkowej. Następnie oba przeciwciała zostały zablokowane przez sprzężony peptyd, przeciwko któremu zostały wytworzone na odcinkach mózgu pszczoły miodnej.
Jednym z pierwszych celów naszego badania było ustalenie, że przeciwciała wytwarzane przeciwko specyficznemu sprzężonemu peptydowi są specyficzne dla jego białka w utrwalonej tkance mózgowej. W tym celu wykorzystaliśmy system CRISPR-Cas9. Zaprojektowaliśmy specjalne prowadnice dla pszczół miodnych RDL i mGlutR1 i użyliśmy każdego z nich do wykonania CRISPR-Cas9 znakowanego za pomocą sondy fluorescencyjnej ATTO550. Dla każdego receptora wstrzyknęliśmy mieszaninę trzech różnych rybonukleoprotein CRISPR-Cas9 do ocelli, aby zmniejszyć ilość docelowego białka w mózgu dorosłej pszczoły miodnej poprzez wyeliminowanie odpowiedniego genu w komórkach, które przyjęły zaprojektowany przez nas system Cas9. W naszym badaniu wykonaliśmy ten krok.
Jednym z pierwszych kluczowych kroków dla powodzenia tych eksperymentów jest zaprojektowanie odpowiednich przewodników RNA. Zalecamy zaprojektowanie do pięciu przewodników RNA, znajdujących się na początku, w środku i na końcu sekwencji genu. W naszych wstępnych pracach przetestowaliśmy je w różnych kombinacjach na trzech do pięciu pszczołach. Próbowaliśmy również różnych stężeń zastrzyków, a także czasów po wstrzyknięciu oraz różnych mieszanek RNP w zastrzykach. Przeanalizowaliśmy mózgi i przetworzyliśmy je za pomocą przeciwciał anty-RDL i anty-mGlutR1. W tych wstępnych testach ustaliliśmy odpowiednią kombinację, czas po wstrzyknięciu, a także stężenie i ilość CRISPR-Cas9 do wstrzyknięcia. Te wstępne testy były podstawą do przeprowadzenia eksperymentów, które szczegółowo opisaliśmy tutaj.
Cel był dwojaki: 1) wykazanie na pszczole, że barwienie przeciwciał uległo zmniejszeniu po leczeniu CRISPR-Cas9 oraz 2) przepracowanie najlepszych warunków eksperymentalnych dla badań behawioralnych. W ten sposób pokazujemy, że jeśli wiele jąder komórkowych zawiera CRISPR-Cas9 48 godzin po wstrzyknięciu, redukcja barwienia anty-RDL i anty-mGlutR1 jest znacząca. Ponadto pokazuje to, że badane przeciwciała specyficznie rozpoznają białko mGlut1 i RDL w preparacie mózgu pszczoły miodnej i że mogą być wykorzystane do badań lokalizacyjnych w mózgu pszczoły miodnej.
Eksperymentalne ustawienie CRISPR-Cas9 do badania behawioralnego
Następnie przeprowadziliśmy eksperymenty tak, aby CRISPR-Cas9 mógł być wykorzystany w badaniach behawioralnych. Zebrano osiem lub dziewięć pszczół miodnych do leczenia kontrolnego i eksperymentalnego. Zostali przebadani behawioralnie przed i po wstrzyknięciu, a następnie ich mózgi zostały przetworzone pod kątem ATTO550 i/lub immunocytochemii w celu określenia regionów mózgu, które wykazywały redukcję docelowego białka. W tym miejscu należy zauważyć, że liczba pszczół pobranych do jednego zestawu doświadczeń była ograniczona do nie więcej niż 8-9 pszczół w warunkach kontrolnych i doświadczalnych. W ten sposób oba warunki mogły zostać przetestowane tego samego dnia. Ponadto, gdy już przygotowaliśmy mieszanki CRISPR-Cas9 do wstrzykiwań, nigdy ich nie zamroziliśmy. Mieszanina CRISPR-Cas9 nie zmieniła swojej mocy, gdy była stosowana 3 dni z rzędu i przechowywana w temperaturze 4-8 °C. Nie testowaliśmy go jednak po 3 dniach.
Jak opisaliśmy w sekcji Wyniki dla obu zestawów eksperymentalnych zastrzyków i dla obu przeciwciał, tylko trzy pszczoły z 16 badanych wykazały dużą ATTO550 rozmieszczenia w ciele grzyba, protocerebru i płatach czułkowych. U wszystkich innych pszczół dystrybucja CRISPR-Cas9 była ograniczona do ciała grzyba, kompleksu centralnego i/lub tylnego protocerebrum. Istotne jest, aby zrozumieć dla wszelkich badań behawioralnych, że przy użyciu tej metody wstrzykiwania redukcja białka docelowego będzie ograniczona tylko do ciała grzyba u większości pszczół. Nie rozciąga się na płat antenowy ani zwój podprzełykowy. Tak więc technika iniekcji, której używamy, jest odpowiednia do badania efektu redukcji receptorów w ciele grzyba i kompleksie centralnym w eksperymentach behawioralnych, podczas gdy inna metoda wprowadzania CRISPR-Cas9 będzie bardziej odpowiednia do badania innych obszarów mózgu.
Podsumowując, nasze badanie wykazało udane zastosowanie CRISPR-Cas9 jako kontroli barwienia przeciwciał w mózgu. W przypadku obu przeciwciał (anty-RDL i anty-mGlutR1), gdy wychwyt mGlutR1-CRISPR-Cas9 lub RDL-CRISPR-Cas9 zakończył się sukcesem, poziom odpowiedniego barwienia przeciwciał również uległ znacznemu zmniejszeniu. Należy również zauważyć, że wstrzyknięcie do oczek doprowadziło do dystrybucji CRISPR-Cas9 w mózgu, która nie była jednorodna. Dystrybucja wahała się od minimalnego obszaru otaczającego oczka i ciało grzyba do wielu komórek w całym mózgu. Zmienność wychwytu mGlutR1-lub RDL-CRISPR-Cas9 przez komórki była prawdopodobnie spowodowana zmiennością w iniekcjach. Nasze dane pokazują, że system CRISPR-Cas9 działa u pszczół miodnych, ale metoda wstrzykiwania musi zostać ulepszona, aby zmniejszyć zmienność wchłaniania CRISPR-Cas9 w mózgach poszczególnych pszczół. W ramach tych ograniczeń możliwe jest teraz zastosowanie tej techniki do manipulowania genami u dorosłych pszczół w eksperymentach behawioralnych.
Autorzy nie mają nic do ujawnienia.
Ta praca została wsparta następującymi nagrodami dla BHS: Human Frontiers Science Program; NIH NIGMS (R01 GM113967); Laboratorium Pomysłów NSF (1556337). Peptyd i przeciwciała przeciwko DmGluRA zostały zaprojektowane w laboratorium dr Serge'a Birmana (Marsylia, Luminy, Francja), gdy IS było wspierane przez Programme d'Urgence FRM/Postdocs UFP20060306548 z Fondation pour la Recherche Medicale. Jesteśmy wdzięczni Danieli Junqueira Marosi i Alexowi Hanterowi z Integrated DNA Technology (IDT) za pomoc w projektowaniu przewodników RDL i testów qPCR.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Kwas octowy | Sigma-Aldrich | A6283_100 mL | western blotting |
| Acrylamide-bis Acrylamide | Bio-Rad | 500 mL 1610156 | western blotting |
| Agaroza | Sigma-Aldrich | A0169-250g | używany z wodą destylowaną do mocowania mózgu pszczoły miodnej w blokach |
| Alexa Fluor 488 AffiniPure F(ab')2 Fragment osła IgG anty-królika (H+L) | Jackson Laboratoria Badawcze | 711-546-152 | przeciwciało drugorzędowe w celu ujawnienia pierwszorzędowych przeciwciał z królika |
| Alt-R CRISPR-cas9 tracrRNA-5'ATTO | IDT | 1075934 | z zaprojektowanym przewodnikiem RNA, tworzy gRNA |
| Alt-R S.p. Nukleaza Cas9 V3 | IDT | 1081058 | enzym używany do wytwarzania rybonukleoproteiny dla systemu CRISPR |
| Nadsiarczan amonu | Bio-RAD | 10 g 1610700 | western blotting |
| Przeciwciała anty-mGlutR1 | Covalab (FRANCJA)/21st Century Biochemical | scharakteryzowane przez autorów w niniejszej pracy | Stosowane do pierwotnej inkubacji mGlut 1 u pszczół miodnych Przeciwciała |
| anty-RDL | 21st Century Biochemical | scharakteryzowane przez autorów w niniejszej pracy | Stosowane do pierwotnej inkubacji RDL u pszczół miodnych |
| Aprotynina | Sigma-Aldrich | Y0001154 | inhibitor proteazy |
| Barraquer Iris Nożyczki 7mm Ostrze Ostra końcówka | World Precision Instruments | 14128-G | używane do preparacji mózgu pszczoły miodnej |
| Benzamidine | Sigma-Aldrich | 12072 | inhibitor proteazy |
| Ostrze (łamliwe) do uchwytu ostrza | Fine Science Tool | 10050-00 | rozwarstwienie do western blotting |
| Uchwyt ostrza i łamacz | Fine Science Tool | 15309 | rozwarstwienie do western blot |
| Kapilary ze szkła borokrzemianowego | World Precision Instruments | 1B100 F | do procedury iniekcyjnej |
| Chemiluminescencyjny substrat do wykrywania western blot | Bio-Rad | 1705062 | western blotting |
| Chloroform | Sigma-Aldrich | 472476-50mL | Izolacja RNA |
| Dithiothreitol | Bio-Rad | 1610611 | western blotting |
| Łatwy zestaw DNA | QIAGEN | 69504 | Ekstrakcja DNA |
| Zestaw bez DNA | INVITROGEN | AM1907 | Służy do usuwania DNA |
| Eppendorf Research plus pipeta, 3-pak | Sigma-Aldrich | Z683884 | |
| Falcon 24 Well Polistyren Multiwell | Falcon | 351147 | Multiwell |
| Kapsułki do zatapiania z płaskim dnem, Polietylenowa | mikroskopia elektronowa Science | 70021 | kosz na sekcje mózgu |
| Kleszcze Dumont #5 (para) | Narzędzie do nauki | 11254-20 | do sekcji mózgu pszczoły miodnej z głowy |
| Kleszcze Dumont #5S (para) | Narzędzie do nauki o czystości | 11252-00 | do oczyszczania mózgu z tchawicy przed rozbiorem |
| Gene Expression Master | Mix Zintegrowane technologie DNA | 1055770 | test |
| zrzutu qPCRAldehyd glutarowy | EMS | 16220 | stosowany do otrzymywania koniugatów peptydowych do kontroli peabsorpcji |
| Glycerol | Sigma-Aldrich | G5516-500 mL | western blott, podłoża do zatapiania |
| Glycine | Bio-Rad | 1610718 | western blotting |
| Hydrofobowa siatka nylonowa z filtrem hydrofobowym | Spectrum Labs | 145910 | na dno kosza na sekcje mózgu |
| Izopropyl alkohol | Sigma-Aldrich | I9030-50mL | izolacja RNA |
| Dziurka od klucza hemocyjanina | likot Sigma-Aldrich | H7017 | służy do przygotowania koniugatów do kontroli |
| Mikroskop kofokalny LSM800 | Zeiss | ||
| mGlu_Guide 1 | IDT | zaprojektowany przewodnik RNA dla CRISPR-Cas 9. Docelowe sekwencje genomu mGlutR1 | |
| mGlu_Guide 2 | IDT zaprojektowane przez IDT | przewodnikowe RNA dla CRISPR-Cas 9. Docelowe sekwencje genomu mGlutR1 | |
| mGlu_Guide 3 | IDT zaprojektowane przez IDT | przewodnikowe RNA dla CRISPR. Docelowe sekwencje genomu mGlutR1 metanol | |
| Sigma-Aldrich | 34860 | western blotting | |
| 96-dołkowa mikropłytka PCR | Stosowany | test zrzutu 4346907 qPCR i mikropłytka qRT-PCR | |
| 384-dołkowa płytka do PCR | Sigma-Aldrich | Z374911 | qRT-PCR |
| Olej mineralny | Sigma-Aldrich | M5904_500mL | do procedury iniekcyjnej |
| Model p87 Płonący brązowy ściągacz do mikropipet | Sutter Instrument Co. | Preparat kapilarny | |
| Mowiol 4-88 | Sigma-Aldrich | 81381 | do zatapiania roztworu |
| Nanolitr 2000 | World Precision Instruments Nanolitrowy | aparat iniekcyjny | |
| Normalna surowica osła Jackson | Research Laboratories | AB_2337258 | środek blokujący do immunocytochemii |
| Nieimmunologiczna surowica kozia | Invitrogen | 50-062Z 100 ml | Środek blokujący do immunoblottingu |
| Bufor wolny od nukleaz | IDT | 1072570 | Bufor wolny od nukleaz, który jest używany do przygotowania iniekcji CRISPR-Cas9 |
| Woda wolna od nukleaz | IDT | AM9337 | wolna od nukleaz, która jest używana do przygotowania systemu CRISPR-Cas 9 |
| OrbitalShaker Mp4 | Genemate | ||
| Paraformaldehyd | Sigma-Aldrich | 158127-500 g | używany z PBS do produkcji utrwalacza dla mózgów pszczół |
| Fluorek fenylometylosulfonylu (PMSF) | Sigma-Aldrich | P7626-250 mg | inhibitor proteazy |
| Bufor fosforanowy Sól fizjologiczna | Sigma-Aldrich | P4417-100TAB | Stosowany z paraformaldehydem jako utrwalaczem; bufor dla przeciwciał |