Rak jest coraz częściej rozpoznawany jako złożony ekosystem, który zależy nie tylko od ciągłej dysregulacji zmutowanych populacji komórek, ale także od istotnych interakcji między komórkami rakowymi a mikrośrodowiskiem gospodarza. W tym sensie rak ewoluuje w krajobrazie adaptacyjnym objawiającym się kombinacją czynników, w tym heterogenicznym mikrośrodowiskiem guza i wzajemnym oddziaływaniem z różnymi komórkami gospodarza, z których wszystkie przyczyniają się do selektywnego nacisku na dalsze zmiany genetyczne lub epigenetyczne1,2,3. W kontekście guzów litych nierównomierne rozmieszczenie chemioterapeutyków i innych gradientów zasobów przyczynia się do ich niejednorodności molekularnej i może odgrywać rolę w rozwoju oporności na leki, zwiększonej angiogenezie do określonych subpopulacji nowotworów, a nawet przerzutów4,5,6. Konwencjonalne badania 2D hodowli komórkowych in vitro, choć dysponują dużą skalą, wygodną zdolnością doświadczalną, zapewniają warunki pola średniego, jednolite i stałe, często pozbawione precyzyjnej kontroli przestrzennej i czasowej środowiska niezbędnej do prawdziwego naśladowania dynamiki guza in vivo. W związku z tym istnieje potrzeba opracowania bardziej reprezentatywnych modeli ex vivo w celu odtworzenia mikrośrodowiska guza przed modelami zwierzęcymi w procesie opracowywania leków, aby lepiej przewidywać progresję raka, a także reakcje na leki w dynamicznych krajobrazach stresu. Zaproponowano mikrofluidykę, aby wypełnić lukę między badaniami 2D nad hodowlami komórkowymi a bardziej złożonymi badaniami na zwierzętach in vivo, które mogą nie być w stanie wesprzeć kontrolowanych badań ilościowych7,8,9.
Idealny system in vitro do charakteryzowania dynamiki komórek nowotworowych powinien posiadać zdolność do generowania heterogenicznego mikrośrodowiska do naśladowania adaptacyjnych odpowiedzi komórkowych, które mogą mieć miejsce w guzie, a także umożliwiać obserwację tej dynamiki w rozdzielczości pojedynczej komórki. W tym artykule opisujemy mikroprzepływową platformę hodowli komórkowych, urządzenie oparte na PDMS o nazwie "Akcelerator Ewolucji" (EA), które pozwala na równoległe badania in vitro dynamiki komórek nowotworowych w rozdzielczości komórkowej z akwizycją danych w czasie rzeczywistym w ciągu kilku tygodni, przy jednoczesnym stabilnym utrzymaniu gradientów stresu w całym krajobrazie hodowli. Projekt tej platformy opiera się na naszych wcześniejszych pracach, w których dynamika ewolucyjna organizmów w metapopulacji może być przyspieszona10,11. W szczególności w grupie przestrzennie oddzielonych populacji, które oddziałują na siebie na pewnym poziomie, po wystawieniu na niejednorodny krajobraz stresu, najbardziej przystosowane gatunki mogą dominować w lokalnej populacji szybciej w porównaniu z dużą jednolitą populacją. Korzystne gatunki migrują następnie do sąsiednich mikrosiedlisk w poszukiwaniu zasobów i przestrzeni, aby ostatecznie zdominować całą populację. Jak pokazano na Rysunek 1, wzór mikroprzepływowego chipa EA składa się z (i) pary kanałów serpentynowych, które zapewniają cyrkulację świeżego podłoża i konstruują stałe warunki brzegowe dla dyfuzji chemicznej, oraz (ii) sześciokątnego obszaru hodowli komórek, który składa się ze 109 połączonych ze sobą sześciokątnych i 24 półsześciokątnych komór w środku, przypominających strukturę plastra miodu. Chip ma głębokość 100 μm. Kanały pożywkowe i obszar hodowli komórkowej są połączone małymi szczelinami (o szerokości około 15 μm), które zapobiegają bezpośredniemu przepływowi pożywki i wynikającemu z tego naprężeniu ścinającemu w obszarze hodowli komórkowej, a jednocześnie umożliwiają dyfuzję chemikaliów przez małe szczeliny i wymianę składników odżywczych, odpadów metabolicznych itp. Generowanie gradientów chemicznych jest pokazane w Rysunek 1B, gdzie jeden kanał medialny zawiera 0,1 mM fluoresceiny, podczas gdy drugi kanał jest wolny od fluoresceiny. Komórki są hodowane na membranie przepuszczającej gaz, otoczonej mikrostrukturami poprzez dodatnie ciśnienie zwrotne na membranie w stosunku do chipa. Elementy uchwytu urządzenia są zilustrowane na Rysunek 2, a konfiguracja eksperymentalna jest zilustrowana na Rysunek 3, gdzie hodowla jest utrzymywana na odwróconym mikroskopie w temperaturze 37 °C, przy wilgotności względnej powyżej 85% i kondycjonowana w składzie gazu normoxia.
Ten system zapewnia szczegółową obserwację zlokalizowanych interakcji komórkowych za pośrednictwem kanałów jasnego pola i fluorescencji oraz pozwala na przestrzennie rozdzielcze testy niższego szczebla, takie jak immunofluorescencja, Western blot lub spektrometria mas. Wcześniej wykazaliśmy jako dowód słuszności tego mikroprzepływowego modelu raka na chipie długoterminową kokulturę nabłonkowych i mezenchymalnych komórek raka prostaty PC3 w 12, a także pojawienie się opornych na leki poliploidalnych gigantycznych komórek rakowych przy użyciu nabłonkowej linii komórkowej PC313. Podczas gdy przedstawiamy zastosowanie tej platformy do zrozumienia czasoprzestrzennej dynamiki nabłonkowego PC3 i mezenchymalnych komórek raka prostaty pod gradientem stresu docetakselu, system mikroprzepływowy można łatwo zastosować do dowolnej kombinacji linii komórkowych i gradientów zasobów (tj. leków, składników odżywczych, tlenu).