Wszystkie próbki krwi pępowinowej zostały pobrane w ścisłej zgodności z lokalnie zatwierdzonymi protokołami, w tym świadomą zgodą anonimowego oddawania krwi przez rodziców. Wszystkie eksperymenty na zwierzętach zostały zatwierdzone i przeprowadzone w ścisłej zgodności z duńskimi przepisami krajowymi na podstawie licencji 2017-15-0201-01312.
UWAGA: Z myszami i krwią narażoną na HIV należy obchodzić się z najwyższą ostrożnością. Wszystkie powierzchnie i płyny, które miały kontakt z wirusem HIV, należy odkazić środkiem dezynfekującym o potwierdzonym zakażeniu wirusem HIV (tabela materiałów).
1. Izolacja ludzkich komórek macierzystych CD34+
- Próbki krwi pępowinowej należy pobrać w probówkach do pobierania krwi pokrytych EDTA po planowanym cesarskim cięciu lub porodzie naturalnym i zgodnie z lokalnymi zezwoleniami etycznymi.
- Wyizolować PMBC od krwi pępowinowej poprzez separację gradientu gęstości zgodnie z protokołem producenta.
- Wyizoluj komórki CD34 + z populacji PBMC, najpierw wstępnie wzbogacając je w przeciwciała przeciwko powszechnym markerom dla dojrzałych komórek, co indukuje sieciowanie komórek niepożądanych linii z czerwonymi krwinkami. Następnie następuje wzbogacanie komórek CD34+ za pomocą kulek magnetycznych, zgodnie z protokołem producenta.
- Oznaczyć liczbę żywych komórek przez standardowe wykluczenie błękitu trypanowego poprzez ponowne zawieszenie 10 μl zawiesiny komórek w 90 μl błękitu trypanowego. Dodaj 10 μl tego roztworu do hemacytometru i policz inne niż niebieskie krwinki, zgodnie z protokołem producenta.
- Żywotna kriokonserwacja komórek CD34 + w 1 ml 10% DMSO w płodowej surowicy bydlęcej (FBS) do dnia przeszczepu myszy.
- Wykonalna kriokonserwacja niewielkiej frakcji zarówno izolowanych (CD34+), jak i komórek przepływowych (CD34-) oddzielnie w celu oceny czystości komórek macierzystych CD34+ (~ 30 000 komórek z każdej próbki). Alternatywnie, przetestuj czystość na świeżo wzbogaconych komórkach (patrz krok 2 poniżej).
- Zamrozić frakcję niegranulowanego produktu przepływowego (CD34-) w celu określenia statusu CCR5Δ32. Komórki można zamrażać bezpośrednio bez kondycjonowanego roztworu do zamrażania, ale obecność czerwonych krwinek w granulce może hamować późniejszy PCR, jeśli przepływ jest granulowany.
2. Ocena czystości komórek macierzystych CD34+ za pomocą cytometrii przepływowej
- Rozmrozić izolowane komórki (CD34+) i komórki przepływowe (CD34-). Umyć komórki, ponownie zawieszając komórki z każdej fiolki w 9 ml buforu FACS o temperaturze pokojowej (RT), składającego się z 2% płodowej surowicy bydlęcej (FBS) w buforowanym fosforanem soli fizjologicznej (PBS).
- Wirować przez 5 minut przy 300 x g przy temperaturze pokojowej do osadzania komórek.
- Odlewać supernatant, ponownie zawiesić komórki w pozostałym płynie i przenieść do probówek FACS. Powtórz etap płukania z 3 ml buforu FACS. Po drugim odwirowaniu odlej supernatant i ponownie zawieś komórki w pozostałej cieczy.
- Dodać 5 μl roztworu blokującego receptor Fc (tabela materiałów) i pozostawić na 10 minut w temperaturze pokojowej Nie zmywać roztworu blokującego receptor Fc.
- Dodać mieszaninę zawierającą z góry określone objętości przeciwciał przeciwko ludzkiemu CD3 (klon SK7) BUV395, CD34 (klon AC136), FITC i CD45 (klon 2D1) APC (Tabela 1). Pozostaw ogniwa na 30 minut w RT w ciemności. Fluorofory muszą być wybrane na podstawie parametrów, które można ocenić za pomocą dostępnych cytometrów przepływowych bez konieczności stosowania matrycy kompensacyjnej.
- Umyj komórki 3 ml buforu FACS.
- Wirować przez 5 minut przy 300 x g w suchej temperaturze w celu osadzenia komórek.
- Odlewać supernatant i ponownie zawiesić komórki w pozostałym płynie.
- Powtórz ten krok mycia 2 razy, aby upewnić się, że wszystkie niezwiązane przeciwciała zostały usunięte.
- Zapisać próbki na cytometrze przepływowym (tabela materiałów) i przeprowadzić analizę danych za pomocą odpowiedniego oprogramowania. Strategia bramkowania jest przedstawiona w Rysunek 1A–F.
3. Genetyczne badania przesiewowe w kierunku wariantów CCR5Δ32 we krwi pępowinowej
- Inkubować 1,25 μl niegranulowanego płynu z 11,25 μl mieszanki PCR zawierającej 200 μM mieszaniny dNTP, 0,01 U/μL polimerazy DNA o wysokiej wierności oraz starterami do przodu i do tyłu wyszczególnionymi w tabeli 2.
- Dostosuj objętość wodą wolną od nukleaz do około 12,5 μl dla każdej reakcji PCR.
- Amplifikować fragmenty genomu za pomocą programu cyklicznego PCR wyszczególnionego w Tabeli 3.
- Oddziel produkty PCR na 2% żelu agarozowym13.
- Produkty PCR z alleli typu dzikiego i alleli Δ32 dają fragmenty PCR składające się odpowiednio ze 196 par zasad i 164 par par zasad, dzięki czemu można je łatwo odróżnić za pomocą elektroforezy żelowej13 (Rysunek 1G).
4. Dożylny przeszczep komórek macierzystych
UWAGA: Posiadanie jednej osoby przygotowującej komórki w laboratorium, a drugiej osoby przygotowującej myszy i przestrzeń roboczą do przeszczepów, jest skutecznym podejściem.
- W zwierzęclni, na 4–6 godzin przed planowanym przeszczepieniem komórek macierzystych, należy napromienić 6–7 tygodniową samicę NOD. Myszy Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Sug/JicTac (NOG) (Tabela materiałów) z 0,75 Gy ze źródłem Cs137. Najlepsza dawka kondycjonująca może się różnić w zależności od wieku myszy, źródła promieniowania i innych czynników. Proces ten warunkuje zwierzęta do udanego wszczepienia ludzkich komórek macierzystych.
- W pomieszczeniu dla zwierząt należy przygotować przestrzeń roboczą stołu przepływowego i wszystkie odczynniki przed wprowadzeniem myszy lub komórek do miejsca pracy.
- Umieść sterylną niebieską podkładkę, aby przykryć powierzchnię roboczą stołu przepływowego. Przygotuj sterylną gazę i pojemnik na ostre przedmioty.
- Umieść lampę grzewczą zdezynfekowaną 70% etanolem w ławce przepływowej z pustą sterylną klatką dla myszy pod ogniem.
- W laboratorium rozmrozić wyizolowane komórki CD34+ i rozcieńczyć je w 9 ml zwykłego RPMI o temperaturze 37 °C.
- Odwirować komórki przy 350 x g przez 5 minut w temperaturze pokojowej, odrzucić supernatant przez aspirację i ponownie zawiesić osad w 1 ml zwykłego RPMI w temperaturze 37 °C.
- Określ liczbę komórek przez wykluczenie trypana niebieskiego i dostosuj głośność do 200 μl na mysz. Zrób dodatkowe, aby wziąć pod uwagę możliwe straty spowodowane kolejnymi krokami obsługi.
- Przygotuj się do przeszczepienia 75 000 komórek CD34+ na 200 μl każdej myszy.
- Komórki mogą być przechowywane w temperaturze 4 °C podczas transportu do zakładu dla zwierząt przed przeszczepem. Unikaj trzymania komórek na lodzie, aby zmniejszyć agregację lub zbrylanie.
- W obiekcie dla zwierząt przenieś klatkę z myszami do ławki przepływowej i przenieś myszy do klatki pod lampą grzewczą, aby rozszerzyć naczynia krwionośne. Pozostaw jeden koniec klatki z dala od źródła ciepła, aby myszy mogły odsunąć się od ciepła po rozgrzaniu. Myszy, które przeniosły się na koniec klatki, z dala od źródła ciepła, są wystarczająco ciepłe, aby pomyślnie wstrzyknąć żyłę ogonową.
- Załaduj nasmarowaną strzykawkę o pojemności 1 ml powyżej oznaczenia 800 μl z zawieszonymi komórkami CD34+. Użycie nasmarowanej strzykawki o pojemności 1 ml znacznie ułatwi wstrzyknięcie dożylne i zwiększy precyzję tej techniki.
- Założyć igłę 30 G 13 mm i przygotować igłę i strzykawkę do wstrzyknięcia. Taka kolejność operacji pozwala na szybsze ładowanie strzykawki przy jednoczesnej ochronie integralności komórek, które mają być przeszczepione, biorąc pod uwagę możliwe uszkodzenia, które mogą wystąpić podczas szybkiego aspiracji komórek za pomocą igły o tak małej średnicy. Napełnić piastę igły płynem, naciskając tłok i usunąć płyn do oznaczenia 200 μl na igle.
- Umieść podgrzaną mysz (krok 4.6) w ograniczniku używanym do podawania zastrzyków dożylnych. Ostrożnie wstrzyknąć 200 μl zawiesiny komórkowej do żyły ogonowej myszy. Poświęć 2 s na wykonanie zanurzenia i przytrzymaj igłę włożoną przez około 2 sekundy po zakończeniu wstrzyknięcia. Gwarantuje to, że komórki przeniosły się odpowiednio daleko od miejsca wstrzyknięcia przed usunięciem igły.
- W razie potrzeby przetrzyj ogon myszy sterylną gazą, aby usunąć widoczną krew. Umieść mysz z powrotem w nieogrzewanej klatce domowej. Powtórzyć procedurę wstrzykiwania z pozostałymi myszami.
5. Pobieranie i przetwarzanie krwi do analizy
UWAGA: Przeszczepienie komórek ludzkich do krwi obwodowej można ocenić za pomocą cytometrii przepływowej 3-5 miesięcy po przeszczepie ludzkich komórek macierzystych.
- Pobrać próbki krwi od myszy przy użyciu lokalnych technik zatwierdzonych przez IACUC.
- Zebrać maksymalnie 70–100 μl całkowitej krwi do sterylnych probówek mikrowirówkowych PCR zawierających 10 μl 0,5 M EDTA (pH = 8,0), aby uniknąć krzepnięcia krwi.
6. Ocena ludzkiego wszczepienia za pomocą cytometrii przepływowej
- Przenieś 40–50 μl krwi do probówek FACS.
- Dodać 5 μl roztworu blokującego receptor Fc, aby zapobiec niespecyficznemu wiązaniu przeciwciał i pozostawić na 10 minut w temperaturze pokojowej.
- Dodać mysią mieszaninę przeciwciał anty-ludzkich zawierającą CD4 (klon SK3) BUV 496, CD8 (klon RPA-T8) BV421, CD3 (klon OKT3) FITC, CD19 (klon sj25c1) PE-Cy7, CD45 (klon 2D1) APC (Tabela 4) i pozostawić do barwienia w ciemności w temperaturze pokojowej przez 30 minut. Fluorofory należy wybrać na podstawie parametrów, które można ocenić za pomocą dostępnych cytometrów przepływowych bez konieczności stosowania matrycy kompensacyjnej.
- Dodać 2 ml odpowiedniego buforu do lizy czerwonych krwinek do każdej probówki w celu lizy czerwonych krwinek. Należy użyć buforu do lizy specjalnie opracowanego do barwienia przeciwciał przed lizą krwinek czerwonych (odpowiedni przykład znajduje się w Tabeli Materiałów). Krótko przemieszać, aby zapewnić równomierne rozłożenie komórek w roztworze lizującym i pozostawić na 10 minut w temperaturze pokojowej. Ważne jest równomierne rozłożenie komórek.
- Dodać 2 ml buforu FACS, aby zatrzymać reakcję lizy.
- Wirować przez 5 minut przy 300 x g w suchej temperaturze w celu osadzenia komórek.
- Odlej supernatant i delikatnie wiruj, aż komórki zostaną ponownie zawieszone.
- Dodać 3 ml buforu FACS i wirować przez 5 minut przy 300 x g w temperaturze pokojowej.
- Odlewać supernatant i ponownie zawiesić komórki.
- Zapisać próbki na odpowiednim cytometrze przepływowym i przeanalizować je za pomocą odpowiedniego oprogramowania (Tabela materiałów). Reprezentatywna analiza i wyniki są przedstawione na Rysunek 2 i Rysunek 3.
7. Dopochwowe narażenie na HIV
UWAGA: Wirus używany do dopochwowego naświetlania myszy może być wytwarzany przy użyciu wcześniej opublikowanych protokołów17. Wirus jest przechowywany w temperaturze -80 °C i transportowany między lokalizacjami podczas przechowywania na suchym lodzie zgodnie z lokalnie zatwierdzonymi protokołami. Wirus jest przechowywany na suchym lodzie do momentu bezpośrednio przed ekspozycją myszy. Wirus może być rozcieńczony do zwykłego RPMI (unikaj RPMI, który zawiera antybiotyki lub dodatki do surowicy) w celu osiągnięcia odpowiedniego stężenia bezpośrednio przed ekspozycją (do tej ekspozycji na IVAG użyto 21 400 IU). Po wytworzeniu rozcieńczony wywar należy przechowywać na mokrym lodzie przez cały czas trwania procedury, aby uniknąć cykli zamrażania i rozmrażania, które miałyby miejsce, gdyby rozcieńczony wirus został ponownie umieszczony na suchym lodzie po rozmrożeniu.
- Przygotuj cały sprzęt i przestrzeń roboczą stanowiska przepływowego, jak pokazano w Rysunek 4 przed wprowadzeniem myszy lub wirusa do stołu przepływowego (podobnie jak w kroku 4.2).
- Umieść lampę grzewczą na środku przestrzeni roboczej, w której będzie znajdować się mysz podczas procedury ekspozycji na HIV. Lampa grzewcza zadba o to, aby nie spadła temperatura ciała myszy. Można również użyć innego sprzętu kontrolującego temperaturę (np. podgrzewanej podkładki żelowej lub koca z ciepłą wodą, zgodnie z lokalnymi przepisami IACUC18).
- Przynieść na stół sterylne końcówki do pipet o pojemności 20 μl i odpowiednią pipetę. Umieść pojemnik z płynnym środkiem dezynfekującym (Tabela materiałów) na stole w celu natychmiastowej dezaktywacji materiałów i płynów, które miały kontakt z wirusem.
- Umieść mysz w komorze z 3% gazem izofluranowym i ręcznikami papierowymi. Ten procent gazu znieczuli zwierzęta w ciągu 2-4 minut. Podobnie jak w przypadku wszystkich innych materiałów stosowanych u myszy z niedoborem odporności, aparat anestezjologiczny musi być odpowiednio zdezynfekowany przed użyciem.
- Po znieczuleniu przenieś mysz na sterylną niebieską podkładkę pod lampą grzewczą. Włóż pysk myszy do maski dostarczającej ciągły 3% gaz izofluranowy w celu utrzymania znieczulenia. Trzymaj mysz u nasady ogona, brzuchem skierowanym do góry, ręką podtrzymując mysz do tyłu, jak pokazano na Rysunek 4.
- Za pomocą sterylnej końcówki pipety stymuluj okolice narządów płciowych, delikatnie głaszcząc w górę w kierunku odbytu, aby wywołać opróżnienie odbytnicy, zmniejszając nacisk na pochwę.
- Ostrożnie odsłoń otwór pochwy, owijając ogon myszy na palcach tak, aby srom naturalnie się otworzył, być może z lekkim szturchnięciem za pomocą sterylnej końcówki pipety.
- Zmień końcówkę pipety i atraumatycznie odpipetuj 20 μl wirusa do pochwy myszy, nie tworząc pęcherzyków. Nie wkładaj końcówki głęboko do pochwy. Zamiast tego, przy otwartym sromie, umieść końcówkę pipety na poziomie otworu pochwy, unikaj wchodzenia głębiej, aby wyeliminować potencjalne otarcia podczas procesu zaszczepiania, uwolnić wirusa i pozwolić, aby grawitacja wciągnęła wirusa do pochwy. Alternatywnie, użyj prostej igły 22 G 1,25 mm z końcem, zgodnie z opisem w Veselinovic et al.6.
- Trzymaj mysz w tej pozycji z pochwą skierowaną do góry przez 5 minut po ekspozycji, aby uniknąć grawitacyjnego wycieku zawiesiny wirusa.
- Ostrożnie umieść mysz w klatce domowej, uważając, aby położyć ją na plecach.
8. Przetwarzanie próbek krwi przed analizą wiremii
- Pobrać krew w sposób opisany w punkcie 5 powyżej.
- Odwirować próbki krwi przez 5 minut przy 500 x g w temperaturze pokojowej w celu oddzielenia osocza i komórek.
- Zebrać 40 μl osocza do pomiaru wiremii do nowej sterylnej probówki mikrowirówkowej zatwierdzonej przez PCR i przechowywać w temperaturze -80 °C przez co najmniej 1 godzinę do czasu dalszego przetwarzania. Ważne jest, aby zamrozić wszystkie próbki przed ekstrakcją RNA, aby uniknąć ryzyka błędu systematycznego wynikającego z porównywania poziomów RNA w próbkach, które nie zostały zamrożone przed izolacją RNA, z próbkami zamrożonymi przed izolacją RNA.
- Dostosuj objętość krwi z powrotem do pierwotnej objętości, dodając 40 μl pożywki zawiesinowej (PBS z 2,5% albuminą surowicy bydlęcej, 50 U/ml penicyliny G i streptomycyny oraz 10 U/ml DNazy, sterylnie przefiltrowanej przy 0,22 μm).
- Przenieść 15 μl skorygowanej objętości krwi do nowej probówki mikrowirówkowej zatwierdzonej przez PCR.
- Dodać 1 ml 1x roztwór do lizy RBC (tabela materiałów), wirować i inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej.
- Wirować przez 1 minutę przy 9 600 x g przy RT do granulowania komórek.
- Odessać supernatant i pozostawić tylko maleńki osad białych krwinek, ponieważ zanieczyszczenie czerwonymi krwinkami może hamować PCR.
- Przechowywać granulat w temperaturze -80 °C przez co najmniej 1 godzinę do czasu dalszej obróbki.
UWAGA: Opcjonalnie pozostałą krew z kroku 8.4 można wykorzystać do analizy cytometrii przepływowej, jak opisano powyżej w kroku 6.
9. Ekstrakcja DNA metodą ekstrakcji proteinazy K
- Ekstrahować DNA z osadów komórek obwodowych (wygenerowanych w kroku 8.8) przy użyciu metody ekstrakcji proteinazy K, jak opisano poniżej. Wykazano, że metoda ta pozwala na ekstrakcję najwyższej wydajności DNA z niewielkiej objętości krwi, takiej jak ta wymagana do seryjnych pobrań krwi wykorzystanych w tym badaniu19.
- Dodaj 25 μl proteinazy K (20 μg/ml) do 1 ml 0,1M buforu Tris.
- Krótko przemieszaj roztwór proteinazy K.
- Dodać 50 μl roztworu proteinazy K do każdej osadki komórkowej, która ma być strawiona.
- Wymieszać pipetując w górę i w dół i potwierdzić ponowne zawieszenie osadu komórkowego.
- Wstrząsać na termowstrząsarce (tabela materiałów) z prędkością 400 obr./min (w zależności od instrumentu) w temperaturze 56 °C przez 1 godzinę. W razie potrzeby przyklej rurki taśmą w dół, aby utrzymać je na miejscu.
- Natychmiast i w tym samym termoshakerze dezaktywować proteinazę K ze zmianą temperatury do 95 °C, podczas gdy wstrząsanie trwa przez dodatkowe 20 minut.
- Odwiruj każdą próbkę.
- Umieścić każdą próbkę w temperaturze -80 °C na co najmniej 30 minut.
- Rozmrozić, a następnie odwirować próbki o masie 17 000 x g przez 1 minutę w temperaturze pokojowej w celu osadzenia niepożądanych fragmentów komórkowych.
- Umieścić supernatant zawierający DNA w nowej probówce do mikrowirówki.
- Matryca DNA jest gotowa do PCR. Matryce DNA mogą być przechowywane w temperaturze -80 °C.
10. Ekstrakcja RNA, synteza cDNA i kwantyfikacja ddPCR wirusowego RNA
- Wyizolować RNA z rozmrożonego osocza myszy za pomocą zestawu do izolacji RNA wirusa zgodnie z protokołem producenta (tabela materiałów).
- Po dodaniu próbki do kolumny należy dodać etap obróbki DNazą na kolumnie, aby zapewnić usunięcie całego DNA z próbki osocza.
- Do każdej próbki dodać 95 μl roztworu DNazy wolnego od RNaz (zmieszać 2 μl DNazy wolnej od RNAzy i 98 μl buforu reakcyjnego) do kolumny i inkubować przez 15 minut w temperaturze pokojowej.
- Próbki RNA należy przechowywać w temperaturze -80 °C przez co najmniej 1 godzinę przed dalszym przetwarzaniem. Ważne jest, aby zamrozić wszystkie próbki po ekstrakcji RNA, aby uniknąć ryzyka błędu systematycznego podczas porównywania próbek, które nie zostały zamrożone, z próbkami, które zostały zamrożone.
- Zsyntetyzuj cDNA za pomocą etapu odwrotnej transkryptazy przy użyciu odczynników, jak opisano wcześniej20. Upewnij się, że dodałeś 0,5 μl inhibitora RNazy do reakcji cDNA, aby uniknąć degradacji RNA.
- Przeprowadzić syntezę cDNA za pomocą programu opisanego w Tabeli 5.
- Próbki cDNA należy przechowywać w temperaturze -80 °C przez co najmniej 1 godzinę. Ważne jest, aby zamrozić wszystkie próbki po syntezie cDNA, aby uniknąć ryzyka błędu systematycznego podczas porównywania próbek, które nie zostały zamrożone, z próbkami, które zostały zamrożone.
- Przygotuj próbki do ddPCR w następujący sposób20:
- Wymieszaj 3 μl próbki cDNA z 11 μl mieszaniny sondy ddPCR (bez dUTP)20, 250 nM sonda wiążąca rowek do przodu i 900 nM każdego ze starterów do przodu i do tyłu, jak wyszczególniono w Tabeli 6.
- Dostosuj całkowitą objętość PCR do 22 μl za pomocą wody wolnej od nukleaz.
- Emulguj mieszaniny PCR z olejem do generowania kropel do sond na generatorze kropel zgodnie z protokołem producenta i wcześniejszymi opisami20.
- Uruchom program PCR zgodnie z opisem w tabeli 7.
UWAGA: Wyświetlane tutaj sekwencje startera/sondy i programy PCR zostały specjalnie zaprojektowane i zoptymalizowane pod kątem czułego wykrywania szczepu HIV RHPA4259. Sekwencje starterów i sond można łatwo dostosować do wykrywania dowolnego innego wybranego szczepu HIV.
- Wykryj fluorescencję kropelek z próbek na czytniku kropelkowym i przeanalizuj wyniki za pomocą odpowiedniego oprogramowania zgodnie z protokołem producenta.
11. Leczenie karmą zawierającą cART
- Karm myszy granulkami zawierającymi standardowy schemat cART zawierający 4,800 mg/kg raltegrawiru (RAL), 720 mg/kg fumaranu dizoproksylu tenofowiru (TDF) i 520 mg/kg emtrycytabiny (FTC)21 (Tabela 8). Dawki te zostały określone przy założeniu, że mysz waży 25 g i zjada 4 g karmy dziennie. Odpowiada to dawce dobowej 768 mg/kg RAL, 2,88 mg/kg TDF i 83 mg/kg FTC21.
- Stosuj dietę cART, która została przygotowana przez zewnętrznego dostawcę (patrz tabela materiałów) leków na receptę. Inne firmy mogą potencjalnie również produkować ten schemat. Użyj diety cART w kolorze czerwonym, aby łatwo odróżnić ją od zwykłej karmy dla myszy.
- Wyprodukuj karmę kontrolną bez cART w standardowym brązowym kolorze dla łatwego odróżnienia.
- Do zainicjowania cART należy przygotować sterylne klatki dla myszy z dodatkiem diety karmy zawierającej cART, a następnie przenieść myszy ze starej klatki do nowej.
- Monitoruj wagę myszy i spożycie karmy zawierającej cART poprzez oględziny, aby upewnić się, że myszy dostosowują się do zmiany.