Śmiertelność leczenia RNAi
Stwierdziliśmy, że śmiertelność leczenia RNAi zależy w dużym stopniu od historii hodowli i kondycji larw Odonata. Larwy wkrótce po zebraniu w terenie są na ogół zdrowe i wykazują niską śmiertelność po leczeniu RNAi za pośrednictwem elektroporacji. W przeciwieństwie do tego, larwy hodowane w laboratorium przez długi okres czasu (np. jeden miesiąc) mają tendencję do niskiego wskaźnika powodzenia pojawienia się dorosłych osobników. U I. senegalensis zamiast larw zebranych w terenie można użyć larw wyhodowanych w laboratorium z jaj14, ale wskaźniki sukcesu RNAi przy użyciu larw hodowanych w laboratorium są zwykle znacznie niższe (wiele osobników zmarło podczas metamorfozy) niż w przypadku larw zebranych w terenie. Ponadto częste żerowanie larw i hodowla w czystej wodzie są ważne dla zwiększenia wskaźników powodzenia pojawienia się dorosłych osobników i zmniejszenia śmiertelności leczenia RNAi.
Skuteczność leczenia RNAi
Jak opisano powyżej, poziomy fenotypu RNAi, a mianowicie wielkość i lokalizacja odbarwienia naskórka, często wykazywały znaczne różnice między osobami poddanymi tej samej obróbce RNAi (np. Ryc. 4), ale poziomy penetracji fenotypowej wydają się być niezwykle różne między gatunkami Odonata. Obserwowane regiony fenotypowe były większe i bardziej widoczne u I. senegalensis (ryc. 4-5) niż u P. zonata (ryc. 6) i N. pygmaea9. Różnica ta może wynikać z grubości naskórka na powierzchni larwy, biorąc pod uwagę, że naskórek I. senegalensis jest cieńszy niż naskórek P. zonata i N. pygmaea). Na tyle, na ile to zbadaliśmy, nie stwierdzono wyraźnej różnicy między efektami siRNA i dsRNA (Figura 4, Tabela 1).
Odpowiedni etap rozwoju RNAi
Należy zauważyć, że prawidłowa ocena stopnia zaawansowania larw jest ważna dla efektywnego wykonywania RNAi. Zahamowanie pigmentacji dorosłych było spowodowane przez MCO2 RNAi przed stadium D (około 3 dni przed pojawieniem się osobnika dorosłego), co jest zgodne z poprzednim raportem dotyczącym N. pygmaea9. Fenotypy RNAi obserwowane po wstrzyknięciu w stadiach C i D były mniej widoczne niż te leczone w stadiach A i B, co wskazuje, że stadia C i D mogą być zbyt późne, aby wystarczająco stłumić ekspresję genu. Odpowiedni czas na leczenie RNAi zależy od czasu ekspresji genu, a gen MCO2 wykazuje przejściowo wysoką ekspresję podczas pojawienia się dorosłych9, podobnie jak u innych owadów17,18. U pluskwiaka cuchnącego Plautia stali zaobserwowano knockdown RNAi genu MCO2 od 4 dnia po wstrzyknięciu27, co jest zgodne z obecnymi wynikami.
Nasze poprzednie badanie nad I. senegalensis wykazało, że po stadium B dni do pojawienia się dorosłego osobnika wykazują stosunkowo niewielką zmienność wśród większości larw w końcowym stadium rozwojowym, co sugeruje, że stadium B może odpowiadać początkowi procesu w kierunku pojawienia się dorosłego osobnika, po którym procesy rozwojowe metamorfozy przebiegają w sposób z góry i skoordynowany14. Nieprawidłowości morfologiczne spowodowane ranami często obserwowano, gdy larwy były leczone RNAi w stadiach C i D (ryc. 7B, 7C). Prawdopodobnie wiąże się to z dramatycznym postępem metamorfozy na tych etapach, co sugeruje, że należy unikać leczenia RNAi od etapu C i dalej. Podsumowując, zalecamy, aby do eksperymentów RNAi wykorzystać końcowe larwy w stadium A lub B (lub na etapie przed znacznym rozszerzeniem się skrzydeł larwy).
Przydatność i wyższość metody RNAi za pośrednictwem elektroporacji
Konwencjonalne RNAi jest prostą i potężną metodą eksperymentalną, ale niektóre linie owadów, takie jak motyle10, mszyce28 i ważki9 , wykazują niską wydajność RNAi, dla których ustalenie analizy funkcji genów jest głównym wyzwaniem. W tym badaniu stwierdziliśmy, że RNAi za pośrednictwem elektroporacji może indukować lokalną supresję genów u ważek z prawie 100% skutecznością, przynajmniej w naskórku, jeśli jest leczone na odpowiednich etapach rozwoju (Tabela 1). Ostatnio nokauty genów oparte na CRISPR/Cas9 zostały z powodzeniem zastosowane do różnych owadów, zapewniając potężne narzędzie genetyki molekularnej dla organizmów niemodelowych29. W tym miejscu jednak zwracamy uwagę, że CRISPR/Cas9 jest z pewnością świetny, ale metoda RNAi za pośrednictwem elektroporacji może być pod pewnymi względami lepsza od CRISPR/Cas9.
Po pierwsze, w metodzie RNAi za pośrednictwem elektroporacji, obszar ciała, w którym pojawiają się fenotypy RNAi, może być łatwo kontrolowany eksperymentalnie przez położenie elektrody dodatniej podczas elektroporacji. Ponadto, ponieważ region, w którym ekspresja genu jest tłumiona, jest ograniczony wokół regionu, w którym umieszczono elektrodę dodatnią, fenotypy RNAi można łatwo porównać z fenotypami kontrolnymi obok siebie u tej samej osoby. Po drugie, w porównaniu z metodą CRISPR/Cas9, w której wstrzyknięte jaja muszą być hodowane do dorosłości, aby obserwować fenotypy nokautu, RNAi za pośrednictwem elektroporacji jest lepszy, ponieważ fenotypy knockdown genu można zwykle zaobserwować w znacznie krótszym czasie. Na przykład w przypadku I. senegalensis potrzeba trzech do czterech miesięcy, a w przypadku P. zonata od jednego do dwóch lat od jaj do osobników dorosłych14,30. Jednak, aby zaobserwować fenotypy RNAi w dorosłym naskórku, potrzeba mniej niż jednego miesiąca od wstrzyknięcia dsRNA do końcowych larw w stadium B do pojawienia się dorosłego osobnika zarówno dla I. senegalensis, jak i P. zonata (ryc. 7). Po trzecie, metoda RNAi za pośrednictwem elektroporacji polega na wstrzyknięciu dsRNA do dużych larw, co jest łatwiejsze niż mikroiniekcja do maleńkich jaj wymagana w metodzie CRISPR/Cas9. Ponadto RNAi, w którym pośredniczy elektroporacja, ma zastosowanie do gatunków owadów, których nowo złożone jaja są trudne do zebrania. Na przykład samice P. zonata podczas lotu składają jaja na roślinach pływających na powierzchni wody, a co za tym idzie, trudno jest zebrać ich jaja zarówno w terenie, jak i w laboratorium. W związku z tym spodziewamy się, że protokół ten może mieć ogólne zastosowanie do organizmów niemodelowych, w których konwencjonalna metoda RNAi nie działa skutecznie.