Haemophilus influenzae (Hi) to powszechna bakteria występująca w różnych chorobach układu oddechowego. Do oceny odpowiedzi immunologicznej/zapalnej układu oddechowego na tę bakterię można zastosować wiele różnych testów/technik. Cytometria przepływowa i mikroskopia konfokalna to technologie oparte na fluorescencji, które umożliwiają szczegółową charakterystykę odpowiedzi biologicznych. Można stosować różne formy antygenu Hi, w tym składniki ściany komórkowej, zabite/inaktywowane preparaty i żywe bakterie. Hi to wybredna bakteria, która wymaga wzbogaconej pożywki, ale na ogół jest łatwa w uprawie w standardowych warunkach laboratoryjnych. Próbki tkanek do stymulacji Hi można pobrać z krwi obwodowej, bronchoskopii lub wyciętego płuca (np. u pacjentów poddawanych zabiegom chirurgicznym w leczeniu raka płuc). Funkcję makrofagów i neutrofili można kompleksowo ocenić za pomocą cytometrii przepływowej z mierzonymi różnymi parametrami, w tym fagocytozą, reaktywnymi formami tlenu i produkcją cytokin wewnątrzkomórkowych. Funkcja limfocytów (np. funkcja limfocytów T i komórek NK) może być specyficznie oceniana za pomocą cytometrii przepływowej, głównie do wewnątrzkomórkowego wytwarzania cytokin. Infekcja Hi jest silnym induktorem produkcji pułapek zewnątrzkomórkowych, zarówno przez neutrofile (NET), jak i makrofagi (MET). Mikroskopia konfokalna jest prawdopodobnie najbardziej optymalnym sposobem oceny ekspresji NET i MET, która może być również wykorzystana do oceny aktywności proteazy. Odporność płuc na Haemophilus influenzae można ocenić za pomocą cytometrii przepływowej i mikroskopii konfokalnej.