Główne etapy metody opisanej w celu uzyskania zawiesiny pojedynczych komórek leukocytów macicy przedstawiono w Rysunku 3. W Rysunku 2B zaprezentowano podstawową strategię bramkowania FACS wykorzystaną do identyfikacji trzech subpopulacji g1 ILC u myszy B6: komórek uILC1 (CD49a+Eomes-), trNK (CD49a+Eomes+) oraz cNK (CD49a-Eomes+). Dalsza analiza tych populacji może być przeprowadzona w celu zbadania różnych markerów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych g1 ILC. Przykładowo, koekspresję IFN-ɣ i receptorów MHC własnego można ocenić w komórkach uILC1, trNK i cNK po stymulacji przeciwciałem anty-NK1.1 (Rysunek 7).
W zależności od pytania badawczego można dostosować zarówno protokół (Rysunek 3), jak i panel przeciwciał. Co istotne, w celu bramkowania ILC g1 zaleca się stosowanie przeciwciał przeciwko NK1.1 i NKp46 w jednym panelu FACS (Rysunek 2B i Tabela 1). Należy zauważyć, że ILC g1 pozyskane z krwi, śledziony lub wątroby wykazują wyższą ekspresję NKp46 na swojej powierzchni niż ich odpowiedniki maciczne (Rysunek 8). Barwienie powierzchniowe NK1.1 zapewnia lepszą separację i umożliwia łatwe bramkowanie macicznych ILC g1 (Rysunek 8). Podczas gdy NKp46 jest wyrażany przez wszystkie szczepy myszy, antygen NKR-P1C rozpoznawany przez przeciwciało anty-NK1.1 PK136 jest wyrażany tylko przez niektóre szczepy myszy, w tym C57BL/6 (tj. B6), FVB/N i NZB, ale nie w AKR, BALB/c, CBA/J, C3H, DBA/1, DBA/2, NOD, SJL lub 129. Ponadto, jeśli badacz zamierza analizować kluczowe receptory komórek NK, takie jak receptory MHC Ly49, ważne jest uwzględnienie wariacji allelicznych w laboratoryjnych szczepach myszy, które odzwierciedlają wysoką zmienność ludzkich receptorów immunoglobulinopodobnych komórek zabójczych (KIR). Co więcej, jeśli komórki mają być stymulowane NK1.1 w celu przeprowadzenia testu funkcjonalnego, jak opisano w Kim, S. et al.20, wskazane może być barwienie komórek przeciwciałem anty-NKp46 zamiast anty-NK1.1, ponieważ antygen NKR-P1C może być zajęty przez sieciujące przeciwciało anty-NK1.1 lub po stymulacji może nastąpić downregulacja receptora. Zarówno zajęcie receptora, jak i jego downregulacja mogą utrudnić barwienie tym samym przeciwciałem, którego użyto do stymulacji.
Powszechnym problemem związanym z enzymatyczną dysocjacją tkanek jest zmiana epitopów powierzchniowych na komórkach przez enzymy stosowane w medium do trawienia. Na przykład barwienie receptora MHC CD94:NKG2A jest słabe w przypadku użycia Liberase TM. Jednak trawienie za pomocą Liberase DH zachowuje rozpoznawanie NKG2A przez klon przeciwciała 16A11 (Rycina 9). Zaleca się sprawdzenie wpływu enzymów na wszystkie epitopy w panelu FACS. W tym celu należy wykorzystać zawiesinę splenocytów mysich otrzymaną poprzez dysocjację mechaniczną (przepuszczając całą śledzionę przez sito 70 µm). Próbkę dzieli się następnie na dwie lub więcej części, a następnie inkubuje w medium z enzymem lub bez enzymu.
Jak wspomniano wcześniej, w próbkach dysocjowanych tkanek obecne są komórki pochodzenia krwi. W razie potrzeby zanieczyszczenia krwią można wykluczyć, stosując metodę barwienia wewnątrz naczyniowego opracowaną w laboratorium Masopusta21. Rysunek 10 pokazuje, że około 6,5% komórek g1 ILC obecnych w próbkach tkanki macicy w 8,5 dniu ciąży pochodzi z krwi. Przeciwciała anty-CD45 stosowane do barwienia wewnątrz naczyniowego mogą być sprzężone z fluorochromem wykorzystywanym w kanale dump; pozwoli to na wykluczenie zanieczyszczeń krwią bez użycia dodatkowego kanału fluorescencji. Najczęstsze problemy oraz sposoby ich rozwiązania przedstawiono w Tabeli 2.

Rycina 1: Przekrój macicy myszy. (A) Przekrój macicy myszy (nieciężarnej) wskazujący różne leukocyty matczyne zasiedlające macicę. (B) Przekrój macicy myszy (8,5 dzień ciąży). (C) Przekrój macicy myszy (13,5 dzień ciąży). (D) Porównanie formowania łożyska u myszy i u człowieka od etapu blastocysty. Obrazy stworzone za pomocą BioRender.com. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Rycina 2: Subpopulacje macicznych ILC1 grupy 1. (A) Procentowy udział macicznych cNK, ILC1 i trNK u myszy we wczesnym okresie życia i podczas ciąży. W - tygodnie, gd - dzień ciąży. Wykres zmodyfikowany na podstawie pracy Filipovic, I. et al.4. (B) Strategia bramkowania do analizy podzbiorów macicznych ILC grupy 1 metodą cytometrii przepływowej. Limfocyty wyizolowano z tkanek macicy w 10,5 dniu ciąży. Trawienie tkanki przeprowadzono przy użyciu medium trawiennego zawierającego Liberase TM. Komórki bramkowano na podstawie ich zdolności do rozpraszania światła. Dublety wykluczono za pomocą wykresu FSC-A względem FSC-H, a do dalszej analizy zakwalifikowano jedynie żywe komórki CD45+CD3-CD19-. W obrębie żywych komórek CD45+CD3-CD19- bramkę dla ILC grupy 1 zidentyfikowano jako komórki NK1.1+ NKp46+. Wśród ILC grupy 1 można zidentyfikować trzy podzbiory: konwencjonalne komórki NK (cNK) CD49a-Eomes+, tkankowe komórki NK (trNK) CD49a+Eomes+ oraz uILC1 CD49a+Eomes-. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 3: Przewodnik wizualny po głównych etapach protokołu. (1) Wypreparować macicę ciążową, usuwając tłuszcz mezometrialny. (2) Usunąć płody; umieścić macicę z powrotem w probówce 5 mL i posiekać tkankę. Przejść do etapu trawienia enzymatycznego: dodać 3 mL ciepłej mieszaniny do trawienia enzymatycznego do każdej próbki. Inkubować probówki 5 mL przez 30 min w 37 °C z mieszaniem. (3) (i) Po trawieniu wypłukać całą zawartość probówek 5 mL do probówek 15 mL, używając 10 mL lodowatego roztworu 5 mM EDTA PBS. (ii) Wirować probówki 15 mL zawierające strawione tkanki przez 10 min przy 400 x g. (iii) Odlać nadsącz; delikatnie uderzyć w ściankę probówki, aby rozbić osad, i resuspender go w 10 mL ciepłego (37 °C) roztworu 5 mM EDTA PBS. (iv) Inkubować próbki w probówkach 15 mL w 37 °C z mieszaniem przez 15 min. (4) Używając tłoka sterylnej strzykawki 1 mL, przepchnąć strawioną tkankę przez sito 70 µm do odpowiednio oznakowanej i sterylnej probówki 50 mL, a następnie wirować przez 10 min przy 400 x g. (5) Po wirowaniu przejść do opcji A (przedstawionej na schematach) lub B. Opcja A: odlać nadsącz z probówki 50 mL i, używając automatycznego pipetatora, resuspender każdy osad w 8 mL 40% (v/v) izotonicznego Percoll w PBS. (6) (i) Kontynuacja opcji A: Używając automatycznego pipetatora z niską prędkością, ostrożnie nałożyć osad resuspenderowany w 40% roztworze Percoll na 5 mL 80% roztworu Percoll. Pipetować powoli i w sposób ciągły; trzymać probówkę 15 mL pod kątem 45°. (ii) Bez zaburzania warstwy, wirować probówki 15 mL przy 850 x g przez 20 min w temperaturze pokojowej, z umiarkowanym przyspieszeniem i wolnym hamowaniem. (7) Po wirowaniu, starając się pobrać minimalną ilość roztworu Percoll (łącznie do 4-5 mL), ostrożnie zebrać pierścień leukocytów. (8) Wykonać etapy lizy erytrocytów. (9) Policzyć komórki, używając błękitu trypanu i komory Neubauera. (10) Przenieść 1-2 miliony komórek na dołek do płytki 96-dołkowej z okrągłym dnem. (11) Przejść do barwienia barwnikiem żywotności i przeciwciałami. (12) Na koniec przenieść próbki do oznakowanych probówek FACS. Przechowywać probówki w lodzie lub w lodówce do czasu przeprowadzenia analizy FACS w ciągu 24 h. Obrazy stworzone za pomocą BioRender.com. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Rycina 4: Czop pochwowy (A) oraz jego brak (B) u samic C57BL/6 w 0,5 dnia po kopulacji. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 5: Sekcja w celu wyjęcia macicy z ciężarnej myszy. (A) Samica jest przymocowana igłami do miękkiej podkładki w celu przetarcia ciała 70% etanolem. Wykonuje się dwa pionowe nacięcia, zaznaczone niebieskimi liniami przerywanymi. (B) Skóra jest uniesiona, aby odsłonić organy wewnętrzne. Pętle jelit są delikatnie przesuwane do góry, aby uwidocznić macicę. (C) Próbkę macicy pobiera się poprzez przecięcie w trzech punktach: obok jajników oraz w obrębie szyjki macicy, co zaznaczono odpowiednio dwiema niebieskimi liniami przerywanymi i niebieską strzałką. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 6: Przygotowanie zawiesiny pojedynczych komórek. (A) Mechaniczne usunięcie embrionów z miejsca implantacji. (B) Nakładanie gradientu Percoll; górna warstwa zawiera zawiesinę pojedynczych komórek w 40% Percoll, a dolna warstwa 80% Percoll. (C) Formowanie pierścienia limfocytów po wirowaniu w gradiencie Percoll. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Rycina 7: Reprezentatywna analiza FACS testu funkcjonalnego z udziałem ILC z grupy 1. Wykrywanie wewnątrzkomórkowego IFN-ɣ oraz powierzchniowego CD107a w komórkach ILC z grupy 1 wykazujących ekspresję receptorów NK dla własnego MHC (Ly49C, Ly49I oraz NKG2A) w porównaniu do komórek bez ich ekspresji, po sieciowaniu NK1.1 przeciwciałami związanymi z płytką. Komórki wyizolowano z tkanek macicy w 9,5 dniu ciąży. Trawienie tkanek przeprowadzono przy użyciu medium trawiennego zawierającego Liberase DH. Przedstawiono wartości surowe dla wszystkich czterech kwadrantów (rogów) oraz względny procent komórek odpowiadających spośród komórek wykazujących ekspresję receptorów dla własnego MHC oraz komórek odpowiadających, które nie posiadają receptorów dla własnego MHC (liczby pogrubione). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 8: Barwienie limfocytów śledziony i macicy przeciwciałami anty-NKp46 i anty-NK1.1. (A) Zawiesiny komórkowe uzyskane ze śledziony myszy i (B) macicy w 10,5 dniu ciąży podzielono na dwie części; jedną część zabarwiono NKp46-APC (czerwony), a drugą NK1.1-APC (niebieski). Należy zauważyć, że barwienie NKp46 limfocytów macicy nie rozdziela komórek NKp46+ i NKp46- tak wyraźnie jak w przypadku limfocytów śledziony. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 9: Spadek MFI dla NKG2A (klon przeciwciała: 16A11) po inkubacji w podłożu do trawienia. Zawiesinę komórek śledziony myszy C56BL/6 podzielono na trzy części. Jedną część inkubowano w podłożu do trawienia Liberase DH (HBSS zawierający 0,13 WU/mL Liberase DH i 30 µg/mL DNAse), a drugą część w podłożu do trawienia Liberase TM (HBSS zawierający 0,52 WU/mL Liberase TM i 30 µg/mL DNAse). Trzecią część traktowano samym HBSS przez 30 min w temperaturze 37 °C. Ekspresję markera NKG2A na komórkach g1 ILC oceniono za pomocą cytometrii przepływowej. Wykres pochodzi z pracy: Shreeve N. The role of uterine NK-cell inhibition in pregnancy (Praca dyplomowa); Promotor: Colucci F, 2020. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 10: Barwienie intravitalne przeciwciałami anty-CD45 w celu wykluczenia g1 ILC pochodzenia krwi. Mysz matka C57BL/6 w 8,5 dniu ciąży została uśmiercona 3 min po dożylnym wstrzyknięciu 3 µg CD45-AF647. Macicę, krew całkowitą i grasicę pobrano i przygotowano do analizy FACS. Oś X przedstawia sygnał z barwienia dożylnego CD45-AF647, a oś Y sygnał z barwienia in vitro CD45-BUV395. Procenty subpopulacji są przedstawione w kwadrantach. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
| Przeciwciało / Barwnik | Klonowanie | Fluorochrom | Laser |
| 1 (Kanał zrzutu) | barwnik do oceny żywotności Zombie Violet Fixable Viability dye | | | Fioletowy |
| CD19 | 1D3 | BV421 |
| CD3 | 145-2C11 | BV421 |
| 2 | CD45 | 30-F11 | FITC | Niebieski |
| 3 | NK1.1 | PK136 | BV605 | Fioletowy |
| 4 | NKp46 | 29A1.4 | APC | Czerwony |
| 5 | CD49a | Ha31/8 | BUV395 | Ultrafiolet |
| 6 | EOMES | Dan11mag | PE | Zielony |
Tabela 1: Przykład panelu FACS dla konwencjonalnego cytometru 5-laserowego.
| Problem | Możliwa przyczyna | Sugestia |
| Pierścień komórkowy nie jest widoczny na styku dwóch roztworów Percoll | Niewłaściwe warstwowanie roztworu Percoll lub zmieszanie dwóch warstw podczas manipulacji próbką | Należy zachować szczególną ostrożność, aby nie przerwać poduszki z 80% Percoll podczas nakładania warstw. Należy uważać podczas manipulacji próbką: nie zakłócać interfejsu Percoll |
| Niska liczba leukocytów (np. w przypadku użycia macicy nieciężarnej) | Interfejs może być widoczny nawet przy bardzo niskiej liczbie komórek na styku warstw. Nawet jeśli pierścień nie jest widoczny, należy zebrać ciecz znajdującą się między roztworami 40% a 80% Percoll, ponieważ wciąż może być w niej wystarczająca liczba komórek do dalszego przetwarzania |
| Niepełna liza RBC | Komórki nie zostały prawidłowo resuspendowane w buforze lizującym | Pipetować komórki w górę i w dół, aby rozbić grudki i całkowicie resuspendować komórki w buforze lizującym |
| Roztwór lizujący jest zimny | Przed użyciem doprowadzić roztwór lizujący do temperatury pokojowej |
| Wydłużyć czas inkubacji z roztworem lizującym do 15min |
| Krok lizy RBC może zostać powtórzony |
| Niska wydajność komórkowa | Słabe trawienie enzymatyczne | Sprawdzić, czy enzymy nie są przeterminowane i czy były przechowywane zgodnie z instrukcjami |
| Strata komórek podczas etapów płukania | Kontrolować osad komórkowy po każdym etapie płukania: mętny osad na dnie dołka po wirowaniu. Zastosowanie płytek z dnem w kształcie litery V zamiast U, wirówki z rotorem kątowym lub dłuższego czasu wirowania może zmniejszyć stratę komórek |
| Próbka tkanki zawiera niską liczbę limfocytów (np. w przypadku użycia macicy nieciężarnej) | Połączyć kilka macic, aby uzyskać wystarczającą liczbę zdarzeń do analizy. Rozważyć zastosowanie Opcji B protokołu izolacji komórek |
| Wysoka zmienność bezwzględnej liczby leukocytów uzyskanych od myszy z tej samej grupy | Niespójne zbieranie komórek na styku 40% i 80% roztworów Percoll | Upewnić się, że zebrano całą frakcję komórkową z interfejsu Percoll. Rozważyć zastosowanie Opcji B protokołu izolacji komórek |
| Brak możliwości wykrycia oczekiwanych subpopulacji/markerów limfocytów lub nietypowo niskie MFI dla niektórych markerów powierzchni komórki | Trawienie enzymatyczne wpływa na ekspresję powierzchniową niektórych epitopów lub powoduje ich degradację | Zoptymalizować trawienie enzymatyczne poprzez zmianę: enzymu (np. na inny typ liberazy lub kolagenazy) i/lub czasu inkubacji i/lub stężenia enzymu |
| Wysoki poziom szumu tła w cytometrze przepływowym | Wysoki udział debris komórkowego lub zanieczyszczenie RBC | Dostosować parametr progu FSC. Rozważyć zastosowanie Opcji A protokołu izolacji komórek |
Tabela 2: Przewodnik po rozwiązywaniu problemów.