Główne etapy metody opisanej w celu uzyskania zawiesiny pojedynczych komórek leukocytów macicy przedstawiono w podsumowaniu na Rysunku 3. Na Rysunku 2B zaprezentowano podstawową strategię bramkowania FACS używaną do identyfikacji trzech podzbiorów g1 ILC u myszy B6: komórek uILC1 (CD49a+Eomes-), trNK (CD49a+Eomes+) oraz cNK (CD49a-Eomes+). Dalsza analiza tych populacji może być przeprowadzona w celu zbadania różnych markerów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych g1 ILC. Przykładowo, koekspresję IFN-ɣ oraz receptorów self-MHC można ocenić w komórkach uILC1, trNK i cNK po stymulacji przeciwciałem anty-NK1.1 (Rysunek 7).
W zależności od pytania badawczego, zarówno protokół (Rysunek 3) i panel przeciwciał można dostosować. Co ważne, w celu bramkowania ILC grupy 1 zaleca się stosowanie zarówno przeciwciał anty-NK1.1, jak i anty-NKp46 w jednym panelu FACS (Rysunek 2B i Tabela 1). Należy zauważyć, że komórki ILC z grupy g1 uzyskane z krwi, śledziony lub wątroby wykazują wyższą ekspresję NKp46 na swojej powierzchni niż ich odpowiedniki maciczne (Rycina 8). Barwienie powierzchniowe dla NK1.1 zapewnia lepszą separację i umożliwia łatwe bramkowanie ILC grupy 1 z macicy (Rysunek 8). Podczas gdy NKp46 jest ekspresjowany przez wszystkie szczepy myszy, antygen NKR-P1C rozpoznawany przez przeciwciało anty-NK1.1 PK136 jest ekspresjowany tylko przez niektóre szczepy myszy, w tym C57BL/6 (tj. B6), FVB/N i NZB, ale nie przez AKR, BALB/c, CBA/J, C3H, DBA/1, DBA/2, NOD, SJL lub 129. Ponadto, jeśli badacz zamierza badać kluczowe receptory komórek NK, takie jak receptory MHC Ly49, ważne jest, aby mieć na uwadze zmienność alleliczną w laboratoryjnych szczepach myszy, która odzwierciedla wysoką zmienność ludzkich receptorów immunoglobulino-podobnych komórek zabójczych (KIR). Co więcej, jeśli komórki mają zostać stymulowane NK1.1 w celu przeprowadzenia testu funkcjonalnego, zgodnie z opisem w Kim, S. i wsp.20warto rozważyć barwienie komórek przeciwciałem anty-NKp46 zamiast anty-NK1.1, ponieważ antygen NKR-P1C może być zajęty przez sieciujące przeciwciało anty-NK1.1 lub stymulacji może towarzyszyć obniżenie poziomu ekspresji receptora (downregulacja). Zarówno zajęcie receptorów, jak i ich downregulacja mogą utrudnić barwienie tym samym przeciwciałem, którego użyto do stymulacji.
Powszechnym problemem przy enzymatycznej dysocjacji tkanek jest zmiana epitopów powierzchniowych na komórkach przez enzymy stosowane w medium do trawienia. Na przykład barwienie receptora MHC CD94:NKG2A jest słabe w przypadku użycia Liberase TM. Jednak trawienie za pomocą Liberase DH zachowuje rozpoznawanie NKG2A przez klon przeciwciała 16A11 (Rysunek 9). Zaleca się sprawdzenie wpływu enzymów na wszystkie epitopy w panelu FACS. W tym celu należy użyć zawiesiny splenocytów mysich uzyskanej poprzez dysocjację mechaniczną (przepuszczenie całej śledziony przez sito 70 µm). Próbkę dzieli się następnie na dwie lub więcej części, po czym inkubuje się je w medium z enzymem lub bez enzymu.
Jak wspomniano wcześniej, komórki pochodzenia krwi są obecne w próbkach dysocjowanych tkanek. W razie potrzeby zanieczyszczenia krwią można wyeliminować, stosując metodę barwienia donaczyniowego opracowaną w laboratorium Masopusta21. Rysunek 10 pokazuje, że około 6,5% ILC g1 obecnych w próbkach tkanki macicy w 8,5 dniu ciąży pochodzi z krwi. Przeciwciała anty-CD45 stosowane do barwienia donaczyniowego mogą być sprzężone z fluorochromem przeznaczonym do kanału dump; pozwoli to na wykluczenie zanieczyszczeń krwią bez konieczności wykorzystania dodatkowego kanału fluorescencji. Najczęstsze problemy i ich rozwiązania przedstawiono w Tabeli 2.

Rycina 1: Przekrój poprzeczny macicy myszy. (A) Przekrój poprzeczny macicy myszy (nieciężarna), wskazujący na różne rodzaje leukocytów macierzyńskich bytujących w macicy. (B) Przekrój poprzeczny macicy myszy (8,5 dzień gestacji). (C) Przekrój poprzeczny macicy myszy (13,5 dzień gestacji). (D) Porównanie formowania łożyska u myszy i u człowieka od stadium blastocysty wzwyż. Obrazy stworzone za pomocą BioRender.com. Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 2: Subpopulacje macicznych ILC1 z grupy 1. (A) Procentowy udział cNK, ILC1 i trNK w macicy myszy we wczesnym etapie życia oraz podczas ciąży. W – tygodnie, gd – dzień gestacji. Wykres zmodyfikowany na podstawie pracy Filipovic, I. et al.4. (B) Strategia bramkowania służąca do analizy podzbiorów macicznych ILC grupy 1 metodą cytometrii przepływowej. Limfocyty wyizolowano z tkanek macicy w 10,5 dniu gestacji. Trawienie tkanek przeprowadzono przy użyciu medium do trawienia zawierającego Liberase TM. Komórki bramkowano na podstawie ich zdolności do rozpraszania światła. Dublety wykluczono za pomocą wykresu FSC-A względem FSC-H, a do dalszej analizy zakwalifikowano jedynie żywe komórki CD45+CD3-CD19-. Wśród żywych komórek CD45+CD3-CD19- bramkę dla ILC grupy 1 zidentyfikowano jako komórki NK1.1+ NKp46+. W obrębie ILC grupy 1 można zidentyfikować trzy podzbiory: konwencjonalne komórki NK (cNK) CD49a-Eomes+, tkankowe komórki NK (trNK) CD49a+Eomes+ oraz uILC1 CD49a+Eomes-. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 3: Przewodnik wizualny po głównych etapach protokołu. (1) Wypreparuj ciążową macicę, usuwając tłuszcz mezometrialny. (2) Usuń płody; przenieś macicę z powrotem do probówki 5 mL i rozdrobnij tkankę. Przejdź do etapu trawienia enzymatycznego: dodaj 3 mL ciepłej mieszaniny do trawienia enzymatycznego do każdej próbki. Inkubuj probówki 5 mL przez 30 min w 37 °C przy wytrząsaniu. (3) (i) Po trawieniu wypłucz całą zawartość probówek 5 mL do probówek 15 mL, używając 10 mL lodowatego roztworu 5 mM EDTA PBS. (ii) Odwiruj probówki 15 mL zawierające strawione tkanki przez 10 min przy 400 x g. (iii) Odlej nadsącz; delikatnie stuknij osad i resuspenduj go w 10 mL ciepłego (37 °C) roztworu 5 mM EDTA PBS. (iv) Inkubuj próbki w probówkach 15 mL w 37 °C przy wytrząsaniu przez 15 min. (4) Używając tłoka sterylnej strzykawki 1 mL, przeciśnij strawioną tkankę przez sito 70 µm do odpowiednio oznakowanej i sterylnej probówki 50 mL, a następnie wiruj przez 10 min przy 400 x g. (5) Po wirowaniu zastosuj opcję A (przedstawioną tutaj na schematach) lub B. Opcja A: odlej nadsącz z probówki 50 mL i, używając automatycznej pipety, resuspenduj każdy osad w 8 mL 40% (v/v) izotonicznego Percollu w PBS. (6) (i) Kontynuacja opcji A: Używając automatycznej pipety z niską prędkością, ostrożnie nanieś osad resuspendowany w 40% roztworze Percollu na 5 mL 80% roztworu Percollu. Pipetuj powoli i w sposób ciągły; trzymaj probówkę 15 mL pod kątem 45°. (ii) Bez naruszania warstwy naddanej, wiruj probówki 15 mL przy 850 x g przez 20 min w temperaturze pokojowej, przy średnim przyspieszeniu i powolnym hamowaniu. (7) Po wirowaniu, starając się pobrać minimalną ilość roztworu Percollu (łącznie do 4-5 mL), ostrożnie zbierz pierścień leukocytów. (8) Przeprowadź etapy lizy erytrocytów. (9) Policz komórki używając błękitu trypanu i komory Neubauera. (10) Przenieś 1-2 miliony komórek na dołek do płytki 96-dołkowej z okrągłym dnem. (11) Przejdź do barwienia barwnikiem żywotności i przeciwciałami. (12) Na koniec przenieś próbki do oznakowanych probówek FACS. Przechowuj probówki na lodzie lub w lodówce do czasu analizy FACS w ciągu 24 h. Grafiki opracowane w BioRender.com. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 4: Czop pochwowy (A) oraz jego brak (B) u samic C57BL/6 w 0,5 doby po kopulacji. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 5: Disekcja w celu wyodrębnienia macicy z ciężarnej myszy. (A) Samica zostaje przytwierdzona igłami do miękkiej podkładki w celu przetarcia ciała 70% etanolem. Wykonuje się dwa nacięcia pionowe, zaznaczone niebieskimi liniami przerywanymi. (B) Skóra zostaje uniesiona, aby odsłonić narządy wewnętrzne. Pętle jelitowe są delikatnie odsuwane w górę, aby uwidocznić macicę. (C) Macicę pobiera się poprzez nacięcia w trzech punktach: obok jajników oraz w obrębie szyjki macicy, co zaznaczono odpowiednio dwiema niebieskimi liniami przerywanymi i niebieską strzałką. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rysunek 6: Przygotowanie zawiesiny pojedynczych komórek. (A) Mechaniczne usuwanie embrionów z miejsca implantacji. (B) Nakładanie gradientu Percoll; górna warstwa zawiera zawiesinę pojedynczych komórek w 40% Percoll, a dolna warstwa 80% Percoll. (C) Formowanie pierścienia limfocytów po wirowaniu gradientu Percoll. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tego rysunku.

Rysunek 7: Reprezentatywna analiza FACS w teście funkcjonalnym z użyciem ILC grupy 1. Wykrywanie wewnątrzkomórkowego IFN-ɣ oraz powierzchniowego CD107a w ILC grupy 1 wykazujących ekspresję receptorów NK dla własnego MHC (Ly49C, Ly49I oraz NKG2A) w porównaniu do komórek ich niewykazujących, po sieciowaniu NK1.1 przeciwciałami związanymi z płytką. Komórki wyizolowano z tkanek macicy w 9,5 dniu ciąży. Trawienie tkanki przeprowadzono przy użyciu medium do trawienia zawierającego Liberase DH. Przedstawiono wartości surowe dla wszystkich czterech kwadrantów (rogów) oraz wzglutny procent komórek odpowiadających spośród komórek wykazujących ekspresję receptorów dla własnego MHC i komórek odpowiadających, które nie posiadają receptorów dla własnego MHC (liczby pogrubione). Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tego rysunku.

Rysunek 8: Barwienie limfocytów śledzionowych i macicznych przeciwciałami anty-NKp46 oraz anty-NK1.1. (A) Zawiesiny komórkowe otrzymane ze śledziony myszy i (B) macicy w 10,5 dniu ciąży zostały podzielone na dwie części; jedną część barwiono NKp46-APC (czerwony), a drugą NK1.1-APC (niebieski). Należy zauważyć, że barwienie NKp46 limfocytów macicznych nie oddziela komórek NKp46+ i NKp46- tak wyraźnie, jak w przypadku limfocytów śledzionowych. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.

Rycina 9: Spadek MFI dla NKG2A (klon przeciwciała: 16A11) po inkubacji w medium do trawienia. Zawiesinę komórkową z plamin myszy C56BL/6 podzielono na trzy części. Jedną część inkubowano w medium do trawienia Liberase DH (HBSS zawierający 0,13 WU/mL Liberase DH i 30 µg/mL DNAzy), a drugą część inkubowano w medium do trawienia Liberase TM (HBSS zawierający 0,52 WU/mL Liberase TM i 30 µg/mL DNAzy). Trzecią część traktowano samym HBSS przez 30 min w 37 °C. Ekspresję markera NKG2A na g1 ILCs oceniono metodą cytometrii przepływowej. Wykres pochodzi z pracy Shreeve N. The role of uterine NK-cell inhibition in pregnancy (Thesis); Promotor: Colucci F, 2020. Aby wyświetlić większą wersję tej ryciny, kliknij tutaj.

Rycina 10: Barwienie intravitalne przeciwciałami anty-CD45 w celu wykluczenia g1 ILC pochodzenia krwi. Mysz matka szczepu C57BL/6 w 8,5 dniu ciąży została uśpiła 3 min po dożylnym wstrzyknięciu 3 µg CD45-AF647. Pobrano macicę, krew całkowitą i grasicę, a następnie poddano je analizie FACS. Oś X przedstawia sygnał z barwienia dożylnego CD45-AF647, a oś Y sygnał z barwienia in vitro CD45-BUV395. Procenty subpopulacji przedstawiono w kwadrantach. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.
| Przeciwciało / Barwnik | Klon | Fluorochrom | Laser |
| 1 (Kanał zrzutu) | barwnik do oceny żywotności Zombie Violet Fixable Viability dye | | | Fioletowy |
| CD19 | 1D3 | BV421 |
| CD3 | 145-2C11 | BV421 |
| 2 | CD45 | 30-F11 | FITC | Niebieski |
| 3 | NK1.1 | PK136 | BV605 | Fioletowy |
| 4 | NKp46 | 29A1.4 | APC | Czerwony |
| 5 | CD49a | Ha31/8 | BUV395 | Ultrafiolet |
| 6 | EOMES | Dan11mag | PE | Zielony |
Tabela 1: Przykład panelu FACS dla konwencjonalnego cytometru 5-laserowego.
| Problem | Możliwa przyczyna | Sugestia |
| Pierścień komórkowy nie jest widoczny na styku dwóch roztworów Percoll | Nieprawidłowe nakładanie warstw roztworu Percoll lub zmieszanie dwóch warstw podczas manipulowania próbką | Należy zachować szczególną ostrożność, aby nie naruszyć poduszki z 80% Percoll podczas nakładania warstw. Należy uważać podczas manipulowania próbkami: nie wolno naruszać interfazy Percoll. |
| Niska liczba leukocytów (na przykład w przypadku użycia macicy nieciężarnej) | Interfejs jest widoczny nawet wtedy, gdy liczba komórek w tej warstwie jest bardzo niska. Nawet jeśli pierścień nie jest widoczny, należy zebrać ciecz z obszaru między 40% a 80% roztworami percoll, ponieważ może w niej nadal znajdować się wystarczająca liczba komórek do dalszej obróbki. |
| Niepełna hemoliza erytrocytów | Komórki nie zostały prawidłowo resuspendowane w buforze lizującym | Pipetować komórki w górę i w dół, aby rozbić skupiska i całkowicie resuspendować komórki w buforze lizującym. |
| Roztwór lizujący jest schłodzony | Przed użyciem doprowadzić roztwór lityczny do temperatury pokojowej. |
| Wydłużyć czas inkubacji z roztworem lizującym do 15 min. |
| Krok lizy erytrocytów można powtórzyć |
| Niska wydajność komórkowa | Niewystarczający trawienie enzymatyczne | Należy sprawdzić, czy enzymy nie są przeterminowane i czy były przechowywane zgodnie z instrukcjami obsługi. |
| Utrata komórek podczas etapów płukania | Należy sprawdzić osad komórkowy po każdym etapie przemywania: mętny osad na dnie dołka po wirowaniu. Zastosowanie płytek z dnem w kształcie litery V zamiast płytek z dnem w kształcie litery U, wirówki z rotorem kątowym oraz wydłużenie czasu wirowania może ograniczyć utratę komórek. |
| Próbka tkanki zawiera niewielką liczbę limfocytów (na przykład w przypadku użycia macicy nieciężarnej) | Połączyć kilka macic, aby uzyskać wystarczającą liczbę zdarzeń do analizy. W celu izolacji komórek rozważyć zastosowanie opcji B protokołu. |
| Wysoka zmienność bezwzględnej liczby leukocytów uzyskanej od myszy z tej samej grupy | Niejednorodna zbiórka komórek na styku roztworów Percoll o stężeniach 40% i 80% | Należy upewnić się, że zebrano frakcję całych komórek z granicy faz Percoll. W celu izolacji komórek warto rozważyć zastosowanie opcji B protokołu. |
| Brak możliwości wykrycia oczekiwanych subpopulacji/markerów limfocytów lub nietypowo niska wartość MFI dla niektórych markerów powierzchniowych komórek | Trawienie enzymatyczne wpływa na ekspresję powierzchniową niektórych epitopów lub ich degradację | Zoptymalizuj trawienie enzymatyczne poprzez zmianę: enzymu (np. na inny rodzaj liberazy lub kolagenazy) i/lub czasu inkubacji i/lub stężenia enzymu |
| Wysoki poziom szumu tła w cytometrze przepływowym | Wysoki udział szczątków komórkowych lub zanieczyszczenia erytrocytami | Dostosuj parametr progowania FSC. Rozważ zastosowanie opcji A protokołu w celu izolacji komórek. |
Tabela 2: Przewodnik rozwiązywania problemów.