Zdolność do obrazowania naczyń krwionośnych mózgu (od dużych naczyń po kapilary) oraz rejestrowania dynamiki przepływu krwi w nienaruszonym mózgu żywych gryzoni jest potężną techniką. Dzięki zastosowaniu mikroskopii dwufotonowej in vivo przez okno czaszkowe możliwe jest obrazowanie barwników fluorescencyjnych wstrzykiwanych dożylnie. Pozwala to na obrazowanie naczyń korowych, a także na pomiar przepływu krwi. Technika ta została pierwotnie opracowana przez Davida Kleinfelda i Winfrieda Denka. Metoda ta może być wykorzystywana do badania dynamiki przepływu krwi podczas lub po niedokrwieniu mózgu, w chorobach neurodegeneracyjnych, w nowotworach mózgu lub w fizjologii zdrowego mózgu. Przykładowo, wykorzystano ją do zbadania, w jaki sposób udar powoduje zmiany kierunku przepływu krwi oraz zmiany prędkości lub strumienia erytrocytów w obrębie i wokół obszaru zawału. W niniejszym materiale demonstrujemy, jak wykorzystać mikroskopię dwufotonową do obrazowania dynamiki przepływu krwi w neokorze żywych myszy przy użyciu barwników fluorescencyjnych wstrzykiwanych do żyły ogonowej.