$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Zdolność do obrazowania naczyń mózgowych (od dużych naczyń krwionośnych do naczyń włosowatych) i rejestrowania dynamiki przepływu krwi w nienaruszonym mózgu żywych gryzoni jest potężną techniką. Za pomocą mikroskopii 2-fotonowej in vivo przez okienko czaszki możliwe jest zobrazowanie barwników fluorescencyjnych wstrzykiwanych dożylnie. Pozwala to na obrazowanie naczyń korowych, a także na uzyskanie pomiarów przepływu krwi. Technika ta została pierwotnie opracowana przez Davida Kleinfelda i Winfrieda Denka. Metoda może być stosowana do badania dynamiki przepływu krwi w trakcie lub po niedokrwieniu mózgu, w zaburzeniach neurodegeneracyjnych, w guzach mózgu lub w prawidłowej fizjologii mózgu. Na przykład, został wykorzystany do zbadania, w jaki sposób udar powoduje zmiany w kierunku przepływu krwi i zmiany prędkości lub strumienia czerwonych krwinek w zawale i wokół niego. Tutaj pokazujemy, jak używać mikroskopii 2-fotonowej do obrazowania dynamiki przepływu krwi w korze nowej żywych myszy za pomocą barwników fluorescencyjnych wstrzykiwanych do żyły ogonowej.