$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Porównawcza hybrydyzacja genomowa (tablica CGH) to metoda wykrywania zysków i strat segmentów DNA lub dawek genów w genomie 1. Ostatnie postępy w tej technologii umożliwiły porównanie całych genomów w wysokiej rozdzielczości w celu identyfikacji zmian genetycznych w nowotworach i innych chorobach genetycznych 2. Macierz SMRT (Sub-Megabase Resolution Tiling-set Array) składa się z zestawu około trzydziestu tysięcy nakładających się na siebie klonów sztucznych chromosomów bakteryjnych (BAC), które obejmują ludzki genom w segmentach ~100 kilozasad (kb) 2. Te cele BAC są indywidualnie syntetyzowane i wykrywane w dwóch egzemplarzach na pojedynczym szklanym szkiełku 2-4. Array CGH opiera się na zasadzie hybrydyzacji konkurencyjnej. Próbka i referencyjne DNA są różnicowo znakowane barwnikami fluorescencyjnymi cyjaniny-3 i cyjaniny-5 i hybrydyzowane z matrycą. Po okresie inkubacji niezwiązane próbki są wypłukiwane ze szkiełka, a matryca jest obrazowana. Do przetwarzania dużej ilości zebranych danych wykorzystywany jest ogólnodostępny pakiet oprogramowania o nazwie SeeGH (www.flintbox.ca) - pojedynczy eksperyment generuje 53 892 punkty danych. SeeGH wizualizuje stosunek intensywności sygnału log2 między 2 próbkami w każdym celu BAC, który jest wyrównany pionowo z pozycją chromosomów 5,6. Macierz SMRT może wykrywać zmiany tak małe, jak 50 kb w rozmiarze 7. Macierz SMRT może wykrywać różne zdarzenia rearanżacji DNA, w tym przyrosty, ubytki DNA, amplifikacje i homozygotyczne delecje. Unikalną zaletą matrycy SMRT jest to, że można wykorzystać DNA wyizolowane z próbek zatopionych w parafinie utrwalonej w formalinie. W połączeniu z niskimi wymaganiami wejściowymi nieamplifikowanego DNA (25-100 ng), pozwala to na profilowanie cennych próbek, takich jak te powstałe w wyniku mikrodysekcji 7,8. Przypisuje się to dużemu rozmiarowi każdego celu hybrydyzacji BAC, który umożliwia wiązanie wystarczającej ilości znakowanych próbek do wytworzenia sygnałów do wykrycia. Kolejną zaletą tej platformy jest tolerancja niejednorodności tkanek, co zmniejsza konieczność żmudnego mikrodysekcji tkanek 8. Ten protokół wideo jest samouczkiem krok po kroku, od znakowania wejściowego DNA do pozyskiwania sygnału dla całej ścieżki kafelkowania genomu w macierzy SMRT.