Name: Filtracja o dużej objętości (20L+) przybrzeżnych próbek wody morskiej (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: Naucz się metody filtracji dużych objętości wody morskiej do izolacji biomasy mikroorganizmów w zakresie 0,22–2,7 μm. Technika ta umożliwia badanie różnorodności mikrobiologicznej w ekosystemach morskich.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Pragniemy podziękować Kanadyjskiej Fundacji Innowacji (Canadian Foundation for Innovation), Funduszowi Rozwoju Wiedzy Kolumbii Brytyjskiej (British Columbia Knowledge Development Fund) oraz Narodowej Radzie Badań nad Naukami Przyrodniczymi i Inżynierią (NSERC) w Kanadzie za wsparcie prowadzonych badań nad obszarami o niskiej zawartości tlenu w wodach przybrzeżnych i otwartych oceanach. D.A.W. otrzymał wsparcie w ramach stypendiów z NSERC, Killam oraz fundacji TULA w Centrum Różnorodności i Ewolucji Mikroorganizmów.

<ol>
<li>Konfiguracja aparatury do filtracji<ol>
<li>Aby skonfigurować aparaturę do filtracji, należy za pomocą pęsety umieścić filtr klasy GF/D w obudowie przedfiltra. Dokręcić lekko obudowę ręką. Jako ogólną zasadę należy przyjąć, aby nie dokręcać zbyt mocno, ponieważ może to spowodować nieszczelność jednostki po uruchomieniu pompowania.</li>
<li>Zastąpić korek bani autoklawowanym korkiem z dołączonym przewodem, ostrożnie wkładając wewnętrzny przewód do bani, tak aby go nie dotknąć. W razie potrzeby użyć pęsety do wprowadzenia przewodu do wnętrza bani.</li>
<li>Przeciągnąć zewnętrzny przewód przez pompę perystaltyczną.</li>
<li>Do końców obu zewnętrznych przewodów przymocować obudowy przedfiltrów (tj. 2 jednostki na każdą banię). Połączenie należy dokręcić szczypcami.</li>
</ol></li>
<li>Filtracja wody morskiej<ol>
<li>Aby rozpocząć filtrację wody morskiej, należy włączyć pompę i ustawić prędkość przepływu na 1. Sprawdzić, czy woda jest pompowana w odpowiednim kierunku.</li>
<li>Pozwolić 500 ml wody swobodnie przepłynąć przez jednostkę przedfiltra do zlewki o pojemności 1 L.</li>
<li>Wyłączyć pompę i przymocować filtr Sterivex do męskiego złącza Luer na wolnym końcu zestawu przedfiltru. Dokręcić obudowę przedfiltra mocno ręką.</li>
<li>Obserwować obudowę przedfiltra oraz połączenie między obudową przedfiltra a przewodem prowadzącym do bani. W przypadku wystąpienia wycieków należy wyłączyć pompę, a następnie poluzować i ponownie dokręcić obudowę przedfiltra w odpowiedni sposób. Ponownie włączyć pompę.</li>
<li>Filtrat zbierać do kolb o pojemności 4 L. Po ich napełnieniu opróżnić kolby do czystej bani. Należy koniecznie odnotować objętość wody przeprowadzoną przez każdy filtr. Zebrany filtrat można poddać dalszej obróbce, np. filtracji w celu wydzielenia wirusów.</li>
<li>Kontynuować filtrację do momentu, aż w baniach nie zostanie woda. Typowy czas filtracji wynosi od 4-5 h na banię 20 L; zależy to jednak w znacznym stopniu od ilości biomasy w wodzie.</li>
<li>Po zakończeniu filtracji wyłączyć pompę i odłączyć filtry Sterivex.</li>
</ol></li>
<li>Przechowywanie filtrów<ol>
<li>Aby przechować filtry, należy najpierw usunąć pozostałą wodę za pomocą strzykawki o pojemności 30-60 ml.</li>
<li>Za pomocą pipety dodać do filtra 1,8 ml buforu lizującego, pozostawiając ok. 200 µl wolnej przestrzeni w filtrze na późniejsze dodanie odczynników.</li>
<li>Zapieczętować dół i górę filtra Sterivex małym kawałkiem Parafilmu, a następnie opisać filtry datą i identyfikacją próbki.</li>
<li>Przechowywać filtry w wcześniej opisanej probówce typu Falcon 50 ml w temperaturze -80°C.</li>
<li>Wyjąć filtry z jednostki obudowy i umieścić je w opisanych probówkach Falcon 50 ml zawierających 2 ml buforu lizującego. Przechowywać w temperaturze -80°C.</li>
</ol></li>
<li>Czyszczenie<ol>
<li>W celu końcowego czyszczenia umieścić przewód, który znajdował się w bani, w kolbie zawierającej 0,1 M HCl.</li>
<li>Skierować przewód prowadzący do kolby 4 L z powrotem do oryginalnej bani.</li>
<li>Włączyć pompę i uruchomić ją na poziomie 3, zbierając przepływ w oryginalnej bani.</li>
<li>Na koniec przepłukać przewody autoklawowaną wodą.</li>
</ol></li>
</ol>
Reprezentatywne wyniki:Końcowy wynik składa się z dwóch filtrów Sterivix, z których każdy zawiera biomasę mikrobową z około 10 L wody morskiej w zakresie wielkości od&nbsp; 0.22µm do 2.7µm. Jest ona przechowywana w buforze lizującym i gotowa do ekstrakcji DNA. Dodatkowo procedura ta pozwala na zebranie i skoncentrowanie biomasy o rozmiarze większym niż 2.7 µm na prefiltrach GF/D. Jest ona również przechowywana w buforze lizującym i gotowa do ekstrakcji DNA. W przypadku zastosowania dodatkowych etapów przetwarzania, przesącz o wielkości 0.22 µM może zostać poddany dalszej koncentracji w celu zebrania frakcji wirusowej.

Autorzy nie zgłaszają żadnych konfliktów interesów.

Niezbędne jest przetarcie blatów i pomp wilgotną ściereczką po zakończeniu pracy, aby usunąć wszelkie pozostałości wody słonej, które w przeciwnym razie mogłyby spowodować korozję sprzętu. Choć procedura jest prosta, wymagany czas jej wykonania może być znaczny, w zależności od stężenia biomasy lub zanieczyszczeń w filtrowanej próbce.

<table><tbody><tr><td>Pompa perystaltyczna</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Przewody Tygon LFL</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Zaciski do węży</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Adaptery rur 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Polipropylenowa obudowa przedfiltra</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Metalowe złącze luer (koniec węża do męskiego luer lock)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Magnesy 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Do aparatury filtracyjnej</td><td></td></tr><tr><td>3-portowe zakrętki do butli carboy</td><td></td><td></td><td></td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Filtry GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtry GF/D o średnicy 47 mm i wielkości oczek 2.7 &amp;mu;m</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Bufor lizujący</td><td>Odczynnik</td><td></td><td></td><td>0.75 M sacharozy, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td>Odczynnik</td><td></td><td></td><td>Do płukania po filtracji</td></tr><tr><td>Woda autoklawowana</td><td>Odczynnik</td><td></td><td></td><td>Do płukania po filtracji</td></tr></tbody></table>

filtracja próbek wody morskiej z wybrzeża o dużej objętości (20l+)

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

Procedura rozpoczyna się od poboru wód morskich z obszarów przybrzeżnych w celu przeprowadzenia dalszych analiz składu społeczności mikroorganizmów, zawartości składników odżywczych oraz gazów śladowych. W ramach tej metody próbki pobrano z pokładu jednostki HMS John Strickland operującej w zatoce Saanich Inlet. Niniejszy film dokumentuje filtrację dużych objętości (≥20 l) biomasy mikrobownej o średnicy od 0,22 μm do 2,7 μm z kolumny wody. Dwie próbki o objętości 20 l można filtrować jednocześnie, korzystając z jednej pompy wyposażonej w cztery obrotowe głowice. Filtrację przeprowadza się w terenie podczas długich wypraw lub niezwłocznie po powrocie w przypadku wycieczek jednodniowych. Istotne jest odnotowanie objętości wody przepływającej przez każdą jednostkę filtra Sterivex. Aby zapobiec tworzeniu się biofilmu pomiędzy wyprawami pobieralniczymi, cały sprzęt do filtracji musi zostać przepłukany rozcieńczonym HCl i wodą dejonizowaną, a następnie poddany autoklawowaniu niezwłocznie po użyciu. Procedura ta trwa około 5 godzin, plus dodatkowa godzina na oczyszczenie sprzętu.

W niniejszym filmie przedstawiono proces filtracji dużych objętości (≥20 L) biomasy drobnoustrojowej o średnicy od 0.22μm do 2.7μm z kolumny wody.

Filtracja próbek wody morskiej z wybrzeża o dużej objętości (20L+)

Procedura rozpoczyna się od pobrania przybrzeżnych wód morskich w celu przeprowadzenia dalszych analiz składu społeczności mikroorganizmów, poziomu składników odżywczych oraz gazów śladowych. W tej metodzie...

Cześć, nazywam się David Walsh i pracuję w laboratorium Stevena Hallama na Katedrze Mikrobiologii i Immunologii na University of Bridge Columbia. Dzisiaj zaprezentujemy procedurę filtrowania dużych objętości wody morskiej w celu pozyskania biomasy mikrobiologicznej. Stosujemy tę procedurę w naszym laboratorium do badania różnorodności mikrobiologicznej w środowisku morskim.Zacznijmy zatem. Aby przygotować aparat do filtracji, należy za pomocą pęsety umieścić filtr klasy GFD w obudowie przedfiltru. Obudowę należy lekko dokręcić ręcznie.Przyjmuje się, że nie należy zbyt mocno dokręcać elementów, aby uniknąć wycieków z urządzenia. Po rozpoczęciu pompowania należy zastąpić zakrętkę butla autoklawową i podłączyć przewody, ostrożnie wsuwając wewnętrzny przewód do wnętrza butla, tak aby go nie dotykać. W razie potrzeby należy użyć pęsety, aby naprowadzić przewód do wnętrza butla.Następnie należy dokręcić zakrętkę i przeprowadzić zewnętrzny przewód przez pompę perystaltyczną. Do końców obu zewnętrznych rurek należy przymocować obudowy filtrów wstępnych. Połączenie należy mocno dokręcić szczypcami, aby rozpocząć filtrowanie wody morskiej.Włącz pompę i ustaw prędkość przepływu na jeden, obse

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Duża objętość (20L+) Filtracja próbek wody morskiej z wybrzeża

Niniejszy film dokumentuje metody pobierania próbek przybrzeżnych wód morskich oraz ich przetwarzania na potrzeby różnych zastosowań analitycznych, w tym zagęszczania biomasy, oczyszczania kwasów nukleinowych, oznaczania liczby komórek oraz analizy składników odżywczych i gazów śladowych.

Pobieranie i gromadzenie próbek wody morskiej

Niniejszy film dokumentuje filtrację małych objętości (~1 L) biomasy mikrobowej z kolumny wody.

Filtracja małych objętości (1–3 l) próbek przybrzeżnej wody morskiej

Tutaj prezentujemy kompleksowy protokół do oceny dostępności organicznych i nieorganicznych składników odżywczych oraz obfitości i struktury społeczności mikroorganizmów i wirusów w odległych środowiskach morskich.

Odkrywanie niewidzialnych graczy w oceanie - przewodnik terenowy po chemii wody i mikrobiologii morskiej

Ten manuskrypt opisuje zautomatyzowane podejście do wyboru rozmiaru żelu do oczyszczania fragmentów DNA do sekwencjonowania nowej generacji. Technologia Ranger zapewnia pełną automatyzację całego procesu ładowania żelem agarozowym, analizy elektroforetycznej i odzyskiwania docelowych fragmentów DNA, co pozwala na uzyskanie wysokiej przepustowości i wysokiej jakości bibliotek sekwencjonowania nowej generacji.

Zautomatyzowany wybór wielkości żelu w celu poprawy jakości bibliotek sekwencjonowania nowej generacji przygotowanych na podstawie próbek wody środowiskowej

Wprowadzamy VacuSIP, prostą, nieinwazyjną i niezawodną metodę czystego i dokładnego punktowego pobierania próbek wody. System został opracowany i oceniony pod kątem jednoczesnego zbierania wody wdychanej i wydychanej przez dozowniki zawiesiny bentosowej in situ, w celu czystego pomiaru usuwania i wydalania cząstek stałych i rozpuszczonych związków.

VacuSIP, ulepszona metoda InEx do pomiaru in situ cząstek stałych i rozpuszczonych związków przetwarzanych przez aktywne podajniki zawiesiny

Opisujemy protokół filtracji próbek wody za pomocą wkładu filtrującego i ekstrakcji środowiskowego DNA (eDNA) bez konieczności rozcinania obudowy w celu wyjęcia filtra. Protokół ten został opracowany do metabarkodowania eDNA ryb, ale ma również zastosowanie do eDNA z innych organizmów.

Zastosowanie wkładu filtracyjnego do filtracji próbek wody i ekstrakcji środowiskowego DNA

Plankton i zawieszone cząstki odgrywają główną rolę w cyklach biogeochemicznych w oceanie. W tym przypadku zapewniamy ultraczystą, bezstresową metodę zbierania różnych rozmiarów cząstek i planktonu na morzu, która jest w stanie poradzić sobie z dużymi ilościami wody morskiej.

Ultra-czyste, wielowarstwowe urządzenie do zbierania frakcjonowanego planktonu morskiego i zawieszonych cząstek

Ten protokół służy do oznaczania lipidów w wodzie morskiej i próbkach biologicznych. Lipidy w filtratach ekstrahuje się chloroformem lub mieszaninami chloroformu i metanolu w przypadku ciał stałych. Klasy lipidów mierzy się za pomocą pręcikowej chromatografii cienkowarstwowej z detekcją płomieniowo-jonizacyjną, a ich suma daje całkowitą zawartość lipidów.

Oznaczanie całkowitej zawartości lipidów i klas lipidów w próbkach morskich

Tutaj prezentujemy nowatorski protokół odzyskiwania morskiego eDNA poprzez zbieranie i filtrację próbek wody morskiej z działających promów i innych statków handlowych.

Pływające laboratorium: Standardowa procedura operacyjna pobierania i filtrowania próbek wody morskiej z działających promów do analizy środowiskowej DNA

W tym miejscu opisano metody pobierania próbek ze stref eufotowych ekosystemów morskich i słodkowodnych w celu wyizolowania cyjanofagów (i ich gospodarzy) oraz procesy po pobraniu próbek, które wzbogacają pojedyncze genotypy i charakteryzują dynamikę interakcji wirus-gospodarz.

Pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych i ich wirusów: od terenu do laboratorium

Protokół ten opisuje ustandaryzowany sposób zbierania próbek DNA środowiskowego waleni (eDNA) z jednostek obserwatorów wielorybów. Priorytetem jest wykonalność dla badaczy i wykwalifikowanych naukowców-obywateli, natomiast warunki środowiskowe, czas filtracji, mętność oraz logistyka pokładowa wyznaczają praktyczne ograniczenia zastosowania.

Pobieranie próbek DNA środowiskowych z jednostek obserwatorskich wielorybów w celu monitorowania waleni

Naucz się metody filtracji dużych objętości wody morskiej do izolacji biomasy mikroorganizmów w zakresie 0,22–2,7 μm. Technika ta umożliwia badanie różnorodności mikrobiologicznej w ekosystemach morskich.

Filtracja próbek wody morskiej z wybrzeża o dużej objętości (20L+)

Przeglądaj więcej filmów