Name: Filtracja o małej objętości (1-3 l) próbek przybrzeżnej wody morskiej (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Poznaj metodę filtracji małych objętości wody morskiej do izolacji biomasy mikroorganizmów. Technika ta umożliwia badanie różnorodności mikrobiomu w środowisku morskim i ocenę zdrowia ekosystemu.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Pragniemy podziękować Canadian Foundation for Innovation, British Columbia Knowledge Development Fund oraz National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) w Kanadzie za wsparcie prowadzonych badań nad obszarami o niskiej zawartości tlenu w wodach przybrzeżnych i otwartych oceanach. D.A.W. otrzymał wsparcie w ramach stypendiów z NSERC, Killam oraz fundowanego przez fundację TULA Centre for Microbial Diversity and Evolution.

<ol>
<li>Przygotowanie aparatu do filtracji<ol>
<li>Przed rozpoczęciem filtracji należy wytrzeć kondensację z pełnych butelek, a następnie je zważyć</li>
<li>Umieścić pojemnik do autoklawowania po jednej stronie pompy, a kolbę odpadową po drugiej.</li>
<li>Następnie umieścić pełną butelkę z próbką w pojemniku do autoklawowania; nie należy jednak jeszcze zdejmować zakrętki z butelki.</li>
<li>Przeciągnąć rurkę przez pompę perystaltyczną tak, aby koniec rurki z złączem Luer znajdował się w kolbie.</li>
<li>Za pomocą pęsety usunąć watę ze sterylnej pipety 25 ml i przyłączyć pipetę do drugiego końca rurki.</li>
</ol></li>
<li>Filtracja wody morskiej<ol>
<li>Aby rozpocząć filtrację wody morskiej, należy otworzyć butelkę i włożyć do niej pipetę. Włączyć pompę i ustawić prędkość przepływu na 1. Upewnić się, że woda jest pompowana w odpowiednim kierunku.</li>
<li>Pozwolić, aby ok. 100 ml wody przepłynęło przez całą rurkę.</li>
<li>Wyłączyć pompę i przymocować filtr Sterivex do męskiego złącza Luer na wolnym końcu rurki.</li>
<li>Kontynuować filtrację, aż w butelkach nie zostanie woda.</li>
</ol></li>
<li>Przechowywanie filtrów<ol>
<li>W celu przechowywania filtrów, najpierw usunąć pozostałą wodę za pomocą strzykawki 30-60 ml.</li>
<li>Uszczelnić dół filtra Sterivex folią Parafilm. Za pomocą pipety dodać do filtra 1,8 ml buforu lizującego, pozostawiając ok. 200 ul wolnej przestrzeni w filtrze na późniejsze dodanie odczynników.</li>
<li>Następnie uszczelnić górną część filtra Sterivex małym kawałkiem folii Parafilm i oznaczyć filtry datą oraz identyfikatorem próbki.</li>
<li>Przechowywać filtry w uprzednio oznaczonych probówkach Falcon 50 ml w temperaturze -80°C</li>
</ol></li>
<li>Prace porządkowe<ol>
<li>Włożyć pipetę 25 ml do kolby zawierającej 0,1% HCl i włączyć pompę.</li>
<li>Po przemyciu HCl opłukać rurkę wodą autoklawowaną. Na koniec zmierzyć i zapisać masę teraz pustych butelek 1L w celu obliczenia objętości wody, która przepłynęła przez filtr.</li>
</ol></li>
</ol>
Reprezentatywne wyniki: Każda 1 L próbka wody dostarcza jeden filtr Sterivix, zawierający biomasę o rozmiarze większym niż 0.22 µm. Jest on przechowywany w buforze lizującym w celu późniejszej ekstrakcji i analizy DNA. Wynik końcowy to jeden filtr Sterivix na każdą 1-litrową butelkę, przechowywany w buforze lizującym i przygotowany do ekstrakcji DNA. Filtr zawiera biomasę o rozmiarze większym niż 0.22 µm. Filtry mogą być przechowywane w temperaturze -80°C przed ekstrakcją eDNA.

Autorzy nie zgłaszają żadnych konfliktów interesów.

Po zakończeniu pracy niezbędne jest przetarcie blatów i pomp wilgotną ściereczką w celu usunięcia wszelkich pozostałości słonej wody, która w przeciwnym razie spowodowałaby korozję sprzętu. Chociaż procedura jest prosta, czas jej realizacji może być znaczny, w zależności od stężenia biomasy lub zanieczyszczeń w filtrowanej próbce.

<table><tbody><tr><td>Pompa perystaltyczna</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Przewód Tygon LFL</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Opaski zaciskowe do węży</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Adaptery rur 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Polipropylenowa obudowa przedfiltra</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Metalowe złącze Luer (końcówka węża do męskiego zamka Luer)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Magnesy 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>3-portowe zakrętki do gąsiorów</td><td></td><td></td><td>Do aparatury filtracyjnej</td></tr><tr><td>Filtry GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtry GF/D o średnicy 47 mm i wielkości porów 2.7 &amp;mu;m</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Bufor do lizy</td><td></td><td></td><td>0.75 M sacharozy, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td></td><td></td><td>Do płukania po filtracji</td></tr><tr><td>Woda autoklawowana</td><td></td><td></td><td>Do płukania po filtracji</td></tr></tbody></table>

filtracja małych objętości (1–3 l) próbek przybrzeżnej wody morskiej

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

Procedura rozpoczyna się od poboru przybrzeżnych wód morskich do późniejszych analiz składu społeczności mikrobiologicznej, zawartości składników odżywczych i gazów śladowych. Na potrzeby dzisiejszej demonstracji próbki pobrano z pokładu jednostki HMS John Strickland operującej w Saanich Inlet. Niniejszy film dokumentuje filtrację małych objętości (~1 L) biomasy mikrobiologicznej z kolumny wody. Protokół ten stanowi rozszerzenie opisanego wcześniej protokołu poboru dużych objętości, z jedną istotną różnicą: w tym przypadku pominięto etap wstępnej filtracji, dzięki czemu zbierane są wszystkie klasy wielkości biomasy, aż do granicy odcięcia filtra 0,22 $\mu$m. Próbki pobrane w ten sposób są idealne do analiz kwasów nukleinowych. Przygotowanie układu, filtracja oraz czyszczenie trwają odpowiednio około 20–30 minut. Przy jednoczesnym użyciu dwóch pomp perystaltycznych można filtrować do 8 próbek jednocześnie. Aby zapobiec tworzeniu się biofilmu pomiędzy wyprawami pobierającymi próbki, cały sprzęt do filtracji musi zostać przepłukany rozcieńczonym HCl oraz wodą dejonizowaną, a następnie poddany autoklawowaniu niezwłocznie po użyciu.

Niniejszy film dokumentuje filtrację małych objętości (~1 L) biomasy mikrobowej z kolumny wody.

Filtracja małych objętości (1–3 l) próbek przybrzeżnej wody morskiej

Procedura rozpoczyna się od poboru wód morskich z obszarów przybrzeżnych w celu przeprowadzenia dalszych analiz społeczności mikrobiologicznych, zawartości biogenów oraz gazów śladowych. W dzisiejszym...

Witajcie, jestem David Walsh z laboratorium Stevena Hallama w Departamencie Mikrobiologii i Immunologii na Uniwersytecie Kolumbii Brytyjskiej. Dzisiaj przedstawimy procedurę filtrowania niewielkich objętości wody morskiej w celu pozyskania biomasy mikrobiologicznej. Stosujemy tę procedurę w naszym laboratorium do badania różnorodności mikrobiologicznej w środowisku morskim.Zacznijmy zatem. Przed rozpoczęciem filtrowania należy wytrzeć kondensację z pełnych butelek, a następnie je zważyć. Umieść pojemnik autoklawizacyjny po jednej stronie pompy, a kolbę z odpadami w pojemniku autoklawizacyjnym po drugiej stronie.Następnie umieść pełną butelkę z próbką w koszyku autoklawu. Nie zdejmuj jednak jeszcze nakrętki z butelki. Przeciągnij dren przez pompę perystaltyczną w taki sposób, aby koniec z przytwierdzonym złączem znajdował się w zlewce.Za pomocą pęsety usuń watę ze sterylnej pipety o pojemności 25 ml i przymocuj pipetę do drugiego końca rurki. Aby rozpocząć filtrowanie wody morskiej, otwórz butelkę i włóż do niej pipetę. Włącz pompę i ustaw prędkość przepływu, obserwując, czy woda jest pompowana w odpowiednim kierunku.Przepuść około 100 mililitrów wody przez cały przewód. Wyłącz pomp

small-volume-1-3l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Małe objętości (1-3L) Filtracja próbek wody morskiej przybrzeżnej

Niniejszy film dokumentuje metody pobierania próbek przybrzeżnych wód morskich oraz ich przetwarzania na potrzeby różnych zastosowań analitycznych, w tym zagęszczania biomasy, oczyszczania kwasów nukleinowych, oznaczania liczby komórek oraz analizy składników odżywczych i gazów śladowych.

Pobieranie i gromadzenie próbek wody morskiej

W niniejszym filmie przedstawiono proces filtracji dużych objętości (≥20 L) biomasy drobnoustrojowej o średnicy od 0.22μm do 2.7μm z kolumny wody.

Filtracja próbek wody morskiej z wybrzeża o dużej objętości (20L+)

Opracowano podejście do identyfikacji optymalnych warunków koncentracji wirusa dla małych objętości próbek wody przy użyciu kolców ludzkiego adenowirusa. Opisane tutaj techniki są wykorzystywane do identyfikacji parametrów stężenia dla innych celów wirusowych i stosowane do eksperymentów z stężeniem wirusa na dużą skalę.

Procedura małej objętości do pomiaru stężenia wirusa z wody

Tutaj prezentujemy kompleksowy protokół do oceny dostępności organicznych i nieorganicznych składników odżywczych oraz obfitości i struktury społeczności mikroorganizmów i wirusów w odległych środowiskach morskich.

Odkrywanie niewidzialnych graczy w oceanie - przewodnik terenowy po chemii wody i mikrobiologii morskiej

Ten manuskrypt opisuje zautomatyzowane podejście do wyboru rozmiaru żelu do oczyszczania fragmentów DNA do sekwencjonowania nowej generacji. Technologia Ranger zapewnia pełną automatyzację całego procesu ładowania żelem agarozowym, analizy elektroforetycznej i odzyskiwania docelowych fragmentów DNA, co pozwala na uzyskanie wysokiej przepustowości i wysokiej jakości bibliotek sekwencjonowania nowej generacji.

Zautomatyzowany wybór wielkości żelu w celu poprawy jakości bibliotek sekwencjonowania nowej generacji przygotowanych na podstawie próbek wody środowiskowej

Wprowadzamy VacuSIP, prostą, nieinwazyjną i niezawodną metodę czystego i dokładnego punktowego pobierania próbek wody. System został opracowany i oceniony pod kątem jednoczesnego zbierania wody wdychanej i wydychanej przez dozowniki zawiesiny bentosowej in situ, w celu czystego pomiaru usuwania i wydalania cząstek stałych i rozpuszczonych związków.

VacuSIP, ulepszona metoda InEx do pomiaru in situ cząstek stałych i rozpuszczonych związków przetwarzanych przez aktywne podajniki zawiesiny

Opisujemy protokół filtracji próbek wody za pomocą wkładu filtrującego i ekstrakcji środowiskowego DNA (eDNA) bez konieczności rozcinania obudowy w celu wyjęcia filtra. Protokół ten został opracowany do metabarkodowania eDNA ryb, ale ma również zastosowanie do eDNA z innych organizmów.

Zastosowanie wkładu filtracyjnego do filtracji próbek wody i ekstrakcji środowiskowego DNA

Plankton i zawieszone cząstki odgrywają główną rolę w cyklach biogeochemicznych w oceanie. W tym przypadku zapewniamy ultraczystą, bezstresową metodę zbierania różnych rozmiarów cząstek i planktonu na morzu, która jest w stanie poradzić sobie z dużymi ilościami wody morskiej.

Ultra-czyste, wielowarstwowe urządzenie do zbierania frakcjonowanego planktonu morskiego i zawieszonych cząstek

Ten protokół służy do oznaczania lipidów w wodzie morskiej i próbkach biologicznych. Lipidy w filtratach ekstrahuje się chloroformem lub mieszaninami chloroformu i metanolu w przypadku ciał stałych. Klasy lipidów mierzy się za pomocą pręcikowej chromatografii cienkowarstwowej z detekcją płomieniowo-jonizacyjną, a ich suma daje całkowitą zawartość lipidów.

Oznaczanie całkowitej zawartości lipidów i klas lipidów w próbkach morskich

Tutaj prezentujemy nowatorski protokół odzyskiwania morskiego eDNA poprzez zbieranie i filtrację próbek wody morskiej z działających promów i innych statków handlowych.

Pływające laboratorium: Standardowa procedura operacyjna pobierania i filtrowania próbek wody morskiej z działających promów do analizy środowiskowej DNA

W tym miejscu opisano metody pobierania próbek ze stref eufotowych ekosystemów morskich i słodkowodnych w celu wyizolowania cyjanofagów (i ich gospodarzy) oraz procesy po pobraniu próbek, które wzbogacają pojedyncze genotypy i charakteryzują dynamikę interakcji wirus-gospodarz.

Pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych i ich wirusów: od terenu do laboratorium

Poznaj metodę filtracji małych objętości wody morskiej do izolacji biomasy mikroorganizmów. Technika ta umożliwia badanie różnorodności mikrobiomu w środowisku morskim i ocenę zdrowia ekosystemu.

Filtracja małych objętości (1–3 l) próbek przybrzeżnej wody morskiej

Przeglądaj więcej filmów