Oddzielanie bakterii według ilości kapsułek za pomocą nieciągłego gradientu gęstości

Rozpocząć od probówki zawierającej wstępnie ustawiony nieciągły gradient gęstości, przygotowany przy użyciu nietoksycznych cząstek krzemionki koloidalnej pokrytych poliwinylopirolidonem.

Gradient składa się z trzech nienakładających się na siebie warstw ułożonych w kolejności rosnącej gęstości od góry do dołu.

Weźmy na przykład bibliotekę mutantów transpozonów bakteryjnych, czyli zbiorczą zawiesinę szczepów bakteryjnych z losowymi mutacjami wywołanymi przez transpozon.

Podzbiór tych mutacji zaburza geny regulujące torebkę, warstwę polisacharydową otaczającą ścianę komórkową bakterii, w wyniku czego powstają szczepy o różnej ilości kapsułek.

Dodaj bibliotekę bakteryjną na górę gradientu bardzo powoli, bez mieszania interfejsu.

Odwirować probówkę z umiarkowaną prędkością.

Gradient ułatwia różnicową migrację bakterii w oparciu o ilość ich kapsułek.

Szczepy hiperkapsułkowane, które są mniej gęste ze względu na uwodnioną warstwę polisacharydową, lokalizują się w pobliżu góry.

Słabo otoczkowane szczepy osiadają pośrodku, a niekapsułkowane, gęstsze szczepy migrują na dno.

Oddzielone szczepy bakteryjne są gotowe do dalszej analizy.

Ostrożnie dodaj 600 mikrolitrów przygotowanych komórek do górnej części gradientu w probówce. Następnie umieść rurkę w adapterze do probówki i zważ rurkę z adapterem, aby zapewnić równowagę. Następnie umieść adapter probówki w wirniku o stałym kącie w wirówce stołowej i odwiruj probówkę przez 30 minut przy 3 000 g.

Na koniec, po odwirowaniu, ostrożnie wyjmij probówkę, umieść ją na stojaku i sfotografuj wyniki.