$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Zacznij od Legionella pneumophila, patogenu układu oddechowego wykazującego ekspresję fluorescencyjnie znakowanego składnika systemu wydzielania wymaganego do zakażenia gospodarza.
Aby określić ilościowo polaryzację tych składników, uzyskaj obrazy fluorescencyjne i dostosuj kontrast, aby odróżnić poszczególne komórki.
Umieść prostokątne obszary od bieguna komórki w kierunku cytoplazmy, aby zmierzyć gradienty fluorescencji.
Zamaskuj te obszary, aby wyodrębnić średnią intensywność i wariancję, a następnie oblicz wyniki polaryzacji jako stosunek wariancji do średniej intensywności.
Wysokie wyniki polaryzacji wskazują na ukierunkowaną rekrutację składników na biegunach bakteryjnych.
Aby uzyskać dynamiczne pomiary, zrób dwa zdjęcia poklatkowe i dostosuj kontrast, aby wyraźnie zwizualizować komórki.
Umieść kwadratowe obszary w środku komórki, aby zmierzyć fluorescencję cytozolową.
Maskuj całe komórki, aby skorygować fotowybielanie i zdefiniuj obszary tła między komórkami w celu odjęcia szumu.
Eksportuj wszystkie intensywności i oblicz zmianę fluorescencji w czasie.
Zwiększona intensywność wskazuje na grupowanie, podczas gdy zmniejszona intensywność odzwierciedla dynamiczną redystrybucję składników wydzielania w obrębie bakterii.
Aby określić ilościowo polaryzację, dostosuj kontrast obrazu, aby bakterie były wyraźnie widoczne.
Następnie powiększ obszar zainteresowania i użyj narzędzia Region, aby umieścić prostokąt o wymiarach 0,25 na 1,3 mikrometra, zaczynając od bieguna i rozciągając się do cytoplazmy, upewniając się, że prostokąt pozostaje w granicach bakterii.
Zaznacz co najmniej 200 bakterii i utwórz maski, używając przycisku regionu do maskowania w menu analizy. Kliknij na statystyki maski i wybierz obiekt w zakresie maski. Następnie zaznacz średnią intensywność i wariancję w obszarze cechy i intensywność.
Wyeksportuj dane jako plik tekstowy i użyj aplikacji arkusza kalkulacyjnego, aby obliczyć wyniki polaryzacji każdej bakterii jako stosunek wariancji do średniej intensywności.
Aby określić ilościowo dynamikę białek fuzyjnych, otwórz okno przechwytywania obrazu i zaznacz upływ czasu.
Wprowadź dwa w polu Liczba punktów czasowych. Uzyskaj dwa kolejne obrazy Legionella Pneumophila wyrażające interesujące nas białko fluorescencyjne.
Dostosuj kontrast obrazu, aż komórki będą wyraźnie widoczne. Następnie użyj narzędzia regionu, aby umieścić kwadrat o wymiarach 0,25 na 0,25 mikrometra pośrodku co najmniej 400 komórek.
Następnie użyj przycisku regionu do maski w menu analizy, aby utworzyć maskę interesujących kwadratów. Utwórz nową pustą maskę i użyj narzędzia Piksel, aby zaznaczyć cały obszar komórki z co najmniej 25 losowych komórek. Utwórz kolejną maskę i użyj dużego pędzla, aby zaznaczyć obszary między komórkami.
Na koniec wybierz statystyki maski i upewnij się, że obiekt jest wybrany w obszarze maski dla maski pierwszej. W obszarze Cechy i intensywność wybierz średnią intensywność. Wyeksportuj dane i powtórz proces dla maski 2. Dla maski 3 wybierz całą maskę i wyeksportuj średnią intensywność.