Podejście do ekstrakcji metadanych w opisach przypadków klinicznych w celu umożliwienia zaawansowanego zrozumienia pojęć biomedycznych

Metoda ta może pomóc odpowiedzieć na pytania dotyczące chorób i patologii, zapewniając ustrukturyzowany obraz objawów choroby, procedur diagnostycznych i terapeutycznych oraz wyników pacjentów na podstawie opisów przypadków klinicznych. Główną zaletą tej techniki jest to, że można ją zastosować do dowolnej kohorty pacjentów w literaturze biomedycznej. Ułatwienie realizacji badań epidemiologicznych nad rzadkimi lub pojawiającymi się schorzeniami.

Ta metoda sprawia, że kolejne przepływy pracy związane z analizą tekstu są bardziej intuicyjne i łatwiejsze do wdrożenia. Dzięki temu, że dane tekstowe są czytelne maszynowo z bogatymi metadanymi, możemy stworzyć opisy przypadków klinicznych jako możliwe do znalezienia, dostępne, interoperacyjne i nadające się do wielokrotnego użytku lub uczciwe źródło danych. Centralnym elementem tej metody jest szablon metadanych używany do wyodrębnienia wszystkich informacji klinicznych zawartych w wybranych opisach przypadków klinicznych.

Postępowanie zgodnie z ilustracją przebiegu pracy pozwoli na skompletowanie korpusu opisu przypadku klinicznego. Zwiększenie możliwości wyszukiwania, dostępności, interoperacyjności i możliwości ponownego wykorzystania treści medycznych z opisu przypadku klinicznego. Uwzględnij szczegóły kontekstowe w każdym polu, zamiast podawać terminy tylko z kontrolowanego słownictwa.

Pomiń często powtarzające się słowa i frazy. W szablonie adnotacji podaj konkretne terminy identyfikowane w dokumencie, zwykle w jego nagłówku, jako kluczowe terminy oddzielone średnikiem. Podaj wartości demograficzne.

W szczególności wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące pochodzenie pacjenta, w tym płeć i/lub płeć, wiek, pochodzenie etniczne lub narodowość. Należy podać lokalizacje geograficzne wymienione w narracji klinicznej, inne niż adresy konkretnych instytucji. Podaj wartości związane ze stylem życia, w tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące częste czynności lub zachowania pacjentów związane z ich ogólnym stanem zdrowia.

W praktyce często wiąże się to z nawykami związanymi z paleniem tytoniu lub spożywaniem alkoholu, ale może również obejmować ekspozycję na słońce, dietę lub częstotliwość określonych rodzajów aktywności fizycznej. Podaj wartości historii medycznej odnoszące się do historii rodziny, w tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące obserwacje kliniczne i zdarzenia doświadczone przez rodzeństwo, rodziców i innych członków rodziny. A także uwarunkowania genetyczne i negatywne obserwacje.

Podaj wartości odnoszące się do historii społecznej, w tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące pochodzenie pacjenta, które nie zostały uwzględnione w sekcjach dotyczących demografii lub stylu życia. Oświadczenia mogą obejmować historię zawodową i nawyki społeczne. Podaj wartości odnoszące się do historii medycznej i chirurgicznej pacjenta, w tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące obserwacje medyczne, zabiegi lub inne zdarzenia, które miały miejsce przed rozpoczęciem prezentacji klinicznej.

Należy określić jedną lub więcej z następujących 16 kategorii systemów chorobowych w oparciu o kategorie stosowane w Międzynarodowej Statystycznej Klasyfikacji Chorób i Powiązanych Problemów Zdrowotnych, wersja 10, jak wskazano w tabeli. Należy podać szczegółowe informacje na temat wszystkich oznak i objawów, w tym wszelkie oświadczenia tekstowe opisujące wszelkie obserwacje medyczne dotyczące oznak lub objawów, począwszy od początkowej prezentacji, dotyczące wystąpienia, czasu trwania, nasilenia lub ustąpienia objawów, jak podano. Należy podać szczegółowe informacje na temat wszelkich chorób współistniejących, w tym wszelkich terminów lub wyrażeń opisujących różne choroby obecne w momencie początkowej prezentacji klinicznej.

Należy podać szczegółowe informacje na temat wszystkich technik i procedur diagnostycznych, w tym nazwy procedur medycznych wykonywanych w celach diagnostycznych. Takich jak egzaminy, testy i wyobrażanie sobie. A także warunki, w jakich przeprowadzono badania i odpowiednie, anatomiczne lokalizacje.

Ale z wyłączeniem jakichkolwiek wyników testów. Podaj szczegółowe informacje na temat diagnozy. W tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące diagnozy choroby.

Nawet jeśli ostateczna diagnoza jest niejednoznaczna. Podaj wszystkie wartości laboratoryjne i wyniki badań. W tym nazwy testów diagnostycznych, ich wartości oraz warunki, w jakich testy zostały przeprowadzone.

Dopuszczalne jest stosowanie zarówno wartości liczbowych, jak i jakościowych. Podaj szczegółowe informacje na temat patologii. W tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące wszystkie wyniki badań patologicznych i histologicznych.

Takich jak patologia ogólna, immunologia lub badania mikroskopowe. Niektóre terminy mogą pokrywać się z terminami używanymi w sekcji dotyczącej technik i procedur diagnostycznych. Zapewnij wszystkie terapie farmakologiczne.

W tym wszelkie stwierdzenia tekstowe opisujące terapie lekowe stosowane w trakcie leczenia oraz czas i sposób przerwania terapii. Używanie ogólnych terminów, takich jak antybiotyki lub konkretne nazwy leków. Zapewnij wszystkie procedury interwencyjne.

W tym wszelkie wypowiedzi tekstowe opisujące procedury terapeutyczne stosowane w trakcie leczenia oraz czas i sposób ich przerwania, a także wszelkie procedury inwazyjne. Wszczepienie urządzeń medycznych lub zabiegów wykonanych w celu ułatwienia innych terapii. Przedstaw wynik pacjenta.

W tym wszelkie oświadczenia tekstowe opisujące stan zdrowia pacjenta na koniec prezentacji klinicznej opisanej w raporcie. W tym wszelkie badania kontrolne. Następnie podaj liczbę wszystkich obrazów diagnostycznych, rysunków, filmów lub animacji i tabel

Łącznie ze wszystkimi zliczeniami nośników wizualnych uwzględnionych w raporcie we wskazanym formacie. Aby odróżnić ryciny od obrazów, policz obrazy jako dowolne produkty diagnostyki klinicznej. W tym fotografie, mikrowykresy, obrazy rytmu elektrokardiogramu lub inne produkty diagnostyki obrazowej.

Podczas gdy liczby powinny być brane pod uwagę wszystkie inne obrazy. Ogólnie rzecz biorąc, w tym wykresy danych i ilustracje. W tej tabeli przedstawiono przykłady dwóch zestawów adnotacji metadanych wypełnionego opisu przypadku klinicznego.

Pierwszy przykład zawiera makiety danych w celu zilustrowania idealnego formatu każdej wartości. Podczas gdy drugi przykład zawiera wartości wyodrębnione z rzeczywistego opublikowanego opisu przypadku klinicznego dotyczącego rzadkiego schorzenia; Acrodermatitis Enteropathica. Metoda ta ułatwia zarówno ludzkie, jak i zautomatyzowane podejście do adnotacji w dokumentach klinicznych w postaci dowolnego tekstu.

Ustanawiając ustrukturyzowany szablon standardowych metadanych, który zapewnia, że zawarte w nim informacje są zarówno dostępne, jak i użyteczne. Metadane wygenerowane przez tę metodę obsługują podrzędną analizę tekstu, taką jak rozpoznawanie nazwanych jednostek. Umożliwienie naukowcom wydobycia informacji na temat oznak i objawów, technik i procedur diagnostycznych oraz wartości laboratoryjnych w całej kohorcie pacjentów reprezentowanej w literaturze biomedycznej.