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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este vídeo documenta métodos de coleta de amostras de água costeiros marinhos e processá-los para várias aplicações a jusante, incluindo concentração de biomassa, a purificação de ácido nucléico, a abundância de células, nutrientes e gases traço.
Este vídeo documenta métodos de coleta de amostras de água costeiros marinhos e processá-los para várias aplicações a jusante, incluindo concentração de biomassa, a purificação de ácido nucléico, a abundância de células, nutrientes e gases traço. Para amostras de demonstração de hoje foram coletados a partir do convés do HMS operacional John Strickland em Inlet Saanich. Um quadro A-guindaste, com um guincho multi-propósito e sistema de cabo, é usado em combinação com Niskin ou Go-Flo garrafas de amostragem de água. Condutividade, temperatura e profundidade (CTD) sensores também são utilizados para provar a massa de água subjacente. Para minimizar a saída de gás, amostras de gases-traço são coletados em primeiro lugar. Então, os nutrientes, química da água, e contagem de células são determinados. Finalmente, as águas coletadas para filtração de biomassa. O tempo de set-up e coleta de um elenco único é de aproximadamente 1,5 hora a uma profundidade máxima de 215 metros. Portanto, um total de seis horas é geralmente necessária para completar a série de coleta descrito aqui.
Parte 1: Coleta de Água
Parte 2: coleta de amostra de gás
Parte 3: coleta de amostra de nutrientes
Parte 4: coleta de amostras de amônia
Parte 5: Coleta de amostras para contagem de células
Parte 6: Coleta de amostras para medições de sulfureto de hidrogénio
Parte 7: coleta de pequeno volume para a concentração de biomassa
Parte 8: coleta de grande volume para a concentração de biomassa
Parte 9: Resultados Representante
O resultado final da água do mar de amostragem resulta em cerca de 12 amostras de oxigênio dissolvido, 32-48 amostras de gás, 16 amostras de nutrientes, 32 amostras de amônio, 16 amostras de sulfeto de hidrogênio, 16 amostras para contagem de células, seis garrafões de 20 litros, 16 garrafas de 1 litro e 4 Sterivex 0.22μm filtros contendo biomassa microbiana preservada com RNA mais tarde.
Os autores não têm nada a divulgar.
Este vídeo documenta métodos de coleta de amostras de água costeiros marinhos e processá-los para várias aplicações a jusante, incluindo concentração de biomassa, a purificação de ácido nucléico, a abundância de células, nutrientes e gases traço.
Gostaríamos de agradecer à Fundação Canadense para Inovação, a British Columbia Fundo de Desenvolvimento do Conhecimento e das Ciências e Pesquisa de Engenharia National Council (NSERC) do Canadá para apoiar estudos em andamento em regiões de baixo oxigênio das águas oceânicas costeiras e aberto. Além disso, DAW foi apoiado por bolsas de NSERC, Killam ea fundação TULA Centro financiado pela Diversidade Microbiana e Evolution.
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Filtros | Sterivex | Unidade de Alojamentode Pré-filtro SVG010RS | Fisher Scientific | |
| AMD | 501200 | Luer Fitting Cole-Parmer 31507-27 | ||
| Tubulação Tygon de | 1/4" | Cole-Parmer | 06429-24 | |
| Tygon de 1/4" | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| Tygon de 1/4" | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| Tubos de plástico de 50ml Frascos de soro | ||||
| de vidro | Coleta | |||
| de amostras de vidroSeptos e tampas de alumínio para frascos | de soro de vidro | |||
| Crimpador | de Mão | |||
| 20-200ul Pipeta e Pontas | ||||
| Tubos de Vidro | Coleta de Amostras de Amônio | |||
| Garrafas | de Plástico de 30ml | Coleta | ||
| Nutrientes Filtros | Acrodisc EMD Reagente | do formaldeído da coleção 37% da coleção 37% da amostra do nitrito dos tubos de Millipore|||
| 5 ml | para amostras da contagem de pilhas Reagente do acetato de zinco de 20% para amostras do sulfeto Reagente do cloreto de Mercuric para amostras do gás reagente da água do milliQ||||
| Reagente de trabalho de amônio | Tampão | de borato, sulfito de sódio, ortofaladialdeído | ||
| Reagente | sulfanilamida | 5g em 450ml de água e 50ml de solução | ||
| dicloridrato de HCl N-(1-nafthy)-etilenodiamina | Reagente | 0,5g em 500ml de água |