Desnaturação Uréia Eletroforese em Gel de Poliacrilamida (PAGE Urea)

Resumo

Desnaturação uréia eletroforese em gel de poliacrilamida é usado para separar single-stranded DNA ou RNA até um limite de 500 nucleotídeos. Uréia em combinação com amostras de calor desnatura e não estruturadas cadeias simples migrar dentro da matriz de gel de acordo com seu peso molecular.

Resumo

PAGE desnaturante uréia ou uréia eletroforese em gel de poliacrilamida emprega 6-8 M de uréia, que desnatura DNA secundário ou estruturas de RNA e é usado para a sua separação em uma matriz de gel de poliacrilamida com base no peso molecular. Fragmentos de 2 a 500 bases, com diferenças de comprimento tão pequeno quanto um único nucleotídeo, podem ser separados utilizando este método ^1. A migração da amostra é dependente da concentração de acrilamida escolhido. A maior porcentagem de poliacrilamida resolve fragmentos menor peso molecular. A combinação de uréia e temperaturas de 45-55 ° C durante a execução gel permite a separação de DNA não estruturados ou moléculas de RNA.

Em geral, este método é necessário para analisar ou purificar DNA de fita simples ou fragmentos de RNA, tais como oligonucleotídeos sintetizados ou rotulados ou produtos a partir de reações de clivagem enzimática.

Neste artigo de vídeo vamos mostrar como preparar e executar o gel de poliacrilamida desnaturante uréia. Dicas técnicas estão incluídos, além dos ^1,2 protocolo original.

Protocolo

O protocolo de texto completo e detalhado para este procedimento experimental está disponível em protocolos atuais em Biologia Molecular. Detalhadas passo-a-passo as instruções para a montagem do sanduíche de gel e gel para os aparelhos podem ser encontrados no site da BioRad ^3.

Equipamentos necessários:
Placas de vidro (interno e externo)
10 células cm: 10,1 x 7.3 cm (placa interna), 10,1 x 8,2 cm (placa externa), BioRad
20 celulares cm: 20 x 20 cm (placa interna), 20 x 22,3 cm (placa externa), BioRad
0,5-1,5 mm comb gel e espaçadores
Gel ficar fundição
Aparelho de gel com tampa e cabos
Fonte de alimentação de alta tensão
Bloco de aquecimento ou água do banho
Pipetas sorológicas e auxílio de pipeta
Pipeta e Pontas de pipeta
Secador de gel ou scanner

Reagentes e Soluções:
Uréia (ultrapura)
Solução de poliacrilamida 40% (29:1)
10 x TBE solução (Tris-Borato, EDTA buffer)
Água, deionizada
Temed
30% (w / v) de persulfato de amônio
0,5 x solução TBE
Formamida
EDTA
Cyanol xileno
Azul de bromofenol
Metanol
Etanol

Volume	50 ml			60 ml			10 ml
Concentração de acrilamida	10%	12,5%	15%	10%	12,5%	15%	10%	12,5%	15%
g UREA	24	24	24	28,8	28,8	28,8	4,8	4,8	4,8
ml Acryl 40% (29:1)	12,5	15,625	18,75	15	18,75	22,5	2,5	3,125	3,75
ul APS 30%	166	166	166	199,2	199,2	199,2	33	33	33
ul Temed	20	20	20	24	24	24	4	4	4
10 x TBE	5	5	5	6	6	6	1	1	1
Encher o volume com água, deionizada

Tabela 1: Reagentes e soluções necessárias para as concentrações de acrilamida vários volumes e para resolver único oligonucleotides encalhado

Gel de montagem sanduíche e gel preparação

1. Montar o gel de acordo com a descrição dos fabricantes e corrigir o gel na câmara de gel-casting ^3. Use 0,5-1,5 mm espaçadores de espessura.
2. Prepare a solução de poliacrilamida apropriado de acordo com protocolos atuais em biologia molecular ou como listadas na Tabela 1. Por um gel de acrilamida desnaturante de 20 cm x 22 cm x 1,5 mm, 60 ml de solução de gel e por um 10,1 x 8,2 cm x 1 mm gel 5 ml solução de gel é suficiente. Géis maiores são usados ​​quando os produtos esperados / bandas estão dentro da faixa de algumas bases, em seguida, um gel mais irá resolver bandas com uma diferença de um único nucleotídeo. Se as bandas esperados diferem em mais de 10 nucleotídeos, géis menores serão adequados para resolver os fragmentos. Escolha o percentual de poliacrilamida que se adapte às suas necessidades de separação, uma maior concentração de poliacrilamida resolverá menor fragmentos de peso molecular. Use uréia ultrapura e misture com a quantidade desejada de acrilamida. Adicionar tampão TBE à mistura gel para obter uma concentração final de 0,5-1 x TBE e encher o volume com água, deionizada. Aquecer a solução por 20 segundos no microondas e misture delicadamente. Para volumes maiores gel repita este passo até que a solução é a mão quente.
3. Despeje o gel imediatamente, usando uma pipeta sorológica e um auxílio de pipeta automática entre as duas placas de vidro. Evitar a introdução de bolhas de ar. Inserir o Pente e deixar que o gel polimerizar por 30-60 minutos.

Configurar o aparelho de eletroforese e prerun o gel

1. Desmontar o gel da câmara de fundição e montagem para o aparelho de gel de acordo com instruções fabrica ^3.
2. Encha o menor tampão tampão sagacidade câmara de execução (0,5-1 x TBE), que as placas de vidro será subfundiram 2-3 cm com tampão. Encha a câmara superior tampão até o topo do gel com o funcionamento de buffer.
3. Remova cuidadosamente o pente e lavar os poços com tampão de corrida usando uma pipeta e gel loading dicas.
4. Anexar a tampa do sistema de gel e conecte os cabos a uma fonte de alta tensão. Antes que você pode carregar suas amostras que você tem que prerun o gel por pelo menos 30 minutos para aquecer o gel para cima e para remover a uréia remanescente do gel. A temperatura ideal deve estar entre 45-55 ° C. Evite temperaturas superiores a 60 ° C como bandas poderia manchar ou as placas de vidro pode rachar. Escolha watts constante para o prerun (15-25 W por gel).

Preparação de amostras

1. Nesse meio tempo preparar suas amostras. Portanto, adicione a quantidade adequada de mistura de 2 x carregamento gel para sua amostra. A mistura de carregamento geralmente contém formamida 90%, 0,5% EDTA, cyanol 0,1% xileno e 0,1% azul de bromofenol.
2. Antes de as amostras podem ser carregadas no gel, as amostras devem ser de calor desnaturado por aquecimento as amostras entre 70-90 ° C por alguns minutos.

Carregar e executar o gel

1. Quando o prerun terminar, retire a tampa e lave bem os bolsos, como descrito antes, como uréia tem lixiviado para os poços.
2. Aplicar as amostras cuidadosamente do fundo do bolso. Evitar a introdução de bolhas de ar. Tampão de carregamento tem de ser aplicado para os bolsos vazios para manter a igualdade de condições durante a corrida.
3. Montar a tampa e executar o gel em watts constante para manter a temperatura do gel de 55 ° C semelhante ao prerun. Observar a migração dos corantes do marcador até que a frente de corante atingiu a extremidade inferior do gel. A duração da execução depende da porcentagem de acrilamida usado, força iônica do tampão e espessura gel. A execução pode durar entre 2-4 horas.
   Verificar a temperatura do gel. Um termômetro gel podem ajudar a monitorar a temperatura adequada durante a corrida.

Processar o gel

1. Quando a frente do corante atingiu o final do gel colocar o gel para fora da câmara inferior buffer. Remova o gel da câmara e soltar os grampos. Afaste os espaçadores e cuidadosamente dissimular as placas de vidro. Se for necessário cortar a parte superior bem contendo parte gel.
2. Transferir cuidadosamente o gel em um prato com uma solução de gel de fixação (mesma concentração de TBE além de metanol e etanol 5-10%). Deixe o gel na solução por 5-10 minutos e mudar o buffer duas vezes.
3. O gel está pronto para posterior processamento usando um secador de gel vácuo ou digitalização direta do gel.

Discussão

1. A nitidez da banda depende de vários fatores. O volume da amostra carregada para as bandas nítidas deve ser o menor possível, isto é, idealmente entre 1-5 mL. No entanto, até 15 mL podem ser carregados que ainda garante uma resolução aceitável. Resultados menos amostra de volume em faixas mais nítidas.
2. A qualidade da banda é também dependente da espessura do gel. Géis mais finas, como 0,75 milímetro mostram melhores resultados do que 1,5 milímetros de espessura géis.
3. A forma de bandas também pode ser influenciado du...