| Crescimento, cultivo e montagem de C. elegans | | | |
| Cepa bacteriana de Escherichia coli, OP50 | Centro Genético Caenorhabditis | OP50 | Alimento para C. elegans. Uracila auxotrófica. E. coli B. Nível de biossegurança 1 |
| Estirpe de minhoca HSN GCaMP5+mCherry | Centro Genético Caenorhabditis | LX2004 | Transgene integrado usando o promotor nlp-3 para conduzir a expressão de GCaMP5 e mCherry em HSN. Genótipo completo:
vsIs183 [nlp-3p::GCaMP5::nlp-3 3'UTR + nlp-3p::mCherry::nlp-3 3'UTR + lin-15(+)], lite-1(ce314), lin-15(n765ts) X |
| Cepa mutante LITE-1 (CE314), LIN-15 (N765TS) para preparação de transgenes | autor | LX1832 | Cepa para recuperação de transgenes de alta cópia após microinjeção com plasmídeo de resgate pL15EK lin-15 (n765ts). Também possui a mutação lite-1 (ce314) ligada que reduz a sensibilidade à luz azul. Disponível a partir do autor mediante solicitação |
| plasmídeo de resgate genômico pL15EK lin-15a/b | autor | pL15EK | Plasmídeo de resgate para recuperação de animais transgênicos após injeção em LX1832
lite-1 (ce314), lin-15 (n765ts) X tensão. Disponível a partir do autor mediante solicitação |
| plasmídeo pKMC299 | autor | pKMC299 | Plasmídeo para expressão de mCherry nas HSNs do promotor nlp-3. Tem nlp-3 3' região não traduzida |
| plasmídeo pKMC300 | autor | pKMC300 | Plasmídeo para expressão de GCaMP5 nas HSNs do promotor nlp-3. Tem nlp-3 3' região não traduzida |
| Fosfato de potássio monobásico | sigma | Pág. 8281 | Para preparação de placas NGM |
| Fosfato de potássio dibásico | sigma | Pág. 5655 | Para preparação de placas NGM |
| Sulfato de magnésio heptahidratado | Amresco | 662 | Para preparação de placas NGM |
| Cloreto de cálcio di-hidratado | Alfa Aesar | Rolamento 12312 | Para preparação de placas NGM |
| Peptona | Becton Dickinson | Rolamento 211820 | Para preparação de placas NGM |
| cloreto de sódio | Amresco | 241 | Para preparação de placas NGM |
| colesterol | Alfa Aesar | A11470 | Para preparação de placas NGM |
| Ágar Bacteriológico Tipo A, Ultrapuro | Affymetrix | Rolamento 10906 | Para preparação de placas NGM |
| Placas de Petri de 60 mm | VWR | Rolamento 25384-164 | Para preparação de placas NGM |
| 24 x 60 mm micro óculos de cobertura, #1.5 | VWR | Rolamento 48393-251 | Vidro de cobertura através do qual os vermes são fotografados |
| Óculos de cobertura micro de 22 x 22 mm, #1 | VWR | Nº 48366-067 | Vidro de cobertura que cobre a parte superior do pedaço de ágar |
| Estereomicroscópio com base de luz transmitida | Leica | M50 | Microscópio de dissecação para manutenção, preparação e montagem de cepas de vermes |
| Fio de irídio de platina, (80:20), 0,2 mm | ALFA AESAR | AA39526-BW | Para transferência de sem-fim |
| Microscópio de imagem de cálcio | | | |
| Mesa de ar antivibração | TMC | Telefone: 63-544 | Mesa de laboratório Micro-g' Mesa antivibração de 30" x 48" com CleanTop M6 de 4" no tampo de 25 mm |
| Microscópio composto invertido | Zeiss | Rolamento 431007-9902-000 | Microscópio invertido Axio Observer.Z1 |
| Sideport L80/R100 (3 posições) | Zeiss | Rolamento 425165-0000-000 | Para desviar 20% da saída para a câmera de campo claro (CMOS), 80% para a câmera de fluorescência (sCMOS) |
| Suporte de iluminação inclinado para trás | Zeiss | Rolamento 423920-0000-000 | Para imagens infravermelhas/comportamentais |
| Carcaça 12V/100W c/ Coletor | Zeiss | Rolamento 423000-9901-000 | Para imagens infravermelhas/comportamentais |
| Lâmpada halógena 12V/100W | Zeiss | Rolamento 380059-1660-000 | Para imagens infravermelhas/comportamentais. Os LEDs de luz branca não emitem luz infravermelha significativa, portanto, não permitirão imagens de campo claro após o filtro passa-banda infravermelho |
| Filtro passa-banda infravermelho de 32 mm (750-790 nm) para lâmpada halógena | Zeiss | Rolamento 447958-9000-000 | BP 750-790; DMR 32mm, para iluminação infravermelha para campo claro e comportamento |
| Torre do condensador de 6 filtros (LD 0,55 H/DIC/Ph), motorizada | Zeiss | Rolamento 424244-0000-000 | Para imagens infravermelhas/comportamentais |
| Condensador & Obturador | Zeiss | Rolamento 423921-0000-000 | Para imagens infravermelhas/comportamentais |
| Ocular binocular com fototubo para câmera CMOS infravermelha | Zeiss | Rolamento 425536-0000-000 | Para imagens infravermelhas/comportamentais |
| Ocular 10x, 23mm | Zeiss | Rolamento 444036-9000-000 | Para localização de worms no pedaço de ágar |
| Adaptador C-Mount 2/3" 0.63x demagnifier | Zeiss | Rolamento 426113-0000-000 | Montagem para câmera CMOS infravermelha |
| Câmera CMOS para campo claro infravermelho e comportamento (sensor de 1") | FLIR (anteriormente Point Grey Research) | GS3-U3-41C6NIR-C | Câmera para imagens de campo claro |
| Placa controladora de host USB 3.0 | FLIR (anteriormente Point Grey Research) | ACC-01-1202 | Fresco FL1100, 4 portas |
| 8 pinos, cabo GPIO de 1m, conector circular Hirose HR25 | FLIR (anteriormente Point Grey Research) | ACC-01-3000 | Cabo para acionamento TTL. O fio verde se conecta ao GPIO3 / Pino 4 e o fio marrom se conecta ao Terra / Pino 5 |
| Plano Apocromático 20x/0,8 WD=0,55 M27 | Zeiss | Nº 420650-9901-000 | Melhor combinação de ampliação, abertura numérica e distância de trabalho |
| Torre Refletora de 6 cubos, Motorizada | Zeiss | Rolamento 424947-0000-000 | Para imagens de fluorescência |
| Trem de luz de fluorescência, motorizado | Zeiss | Rolamento 423607-0000-000 | Para imagens de fluorescência |
| Obturador de fluorescência | Zeiss | Rolamento 423625-0000-000 | Para imagens de fluorescência |
| Cubo de filtro de emissão e excitação dupla GFP e mCherry (para microscópio) | Zeiss | Nº 489062-9901-000 | Conjunto de filtros FL 62 HE BFP+GFP+HcRed para imagens de fluorescência |
| Sistema de iluminação LED | Zeiss | Rolamento 423052-9501-000 | Sistema LED Colibri.2 acionável para iluminação fluorescente |
| Módulo LED GFP (470 nm) | Zeiss | Nº 423052-9052-000 | LED Colibri.2 para excitação de fluorescência GFP |
| Módulo LED mCherry (590 nm) | Zeiss | Nº 423052-9082-000 | LED Colibri.2 para excitação de fluorescência mCherry |
| Controle deslizante de parada de íris para equipamentos de luz incidente | Zeiss | Nº 000000-1062-360 | Abertura de campo íris para limitar a iluminação LED ao campo de visão da câmera |
| Adaptador de montagem em C 1" 1.0x | Zeiss | Rolamento 426114-0000-000 | Adaptador para divisor de imagem e câmera de fluorescência sCMOS |
| Divisor de imagem | Hamamatsu | A12801-01 | Gemini W-View, outros divisores de imagem podem ser usados, mas podem não ser otimizados para o grande tamanho do sensor das câmeras sCMOS |
| Espelho dicróico GFP / mCherry (divisor de imagem) | Semrock | Di02-R594-25x36 | Dividindo GCaMP5 de mCherry e sinais infravermelhos |
| Filtro de emissão GFP (divisor de imagem) | Semrock | FF01-525/30-25 | Capturando a fluorescência GCaMP5 |
| mCherry/filtro de emissão (divisor de imagem) | Semrock | FF01-647/57-25 | Este filtro é necessário para excluir a luz infravermelha usada para imagens de campo claro |
| câmera sCMOS para fluorescência (sensor de 1") | Hamamatsu | A12802-01 / C11440-22CU | Orca FLASH 4.0 V2. Os modelos mais recentes permitem configurações separadas de aquisição de imagem em metades separadas do sensor, permitindo a aquisição de imagens de dois canais em combinação com um divisor de imagem |
| Estágio XY motorizado | Märzhäuser | DIGITALIZAR IM 130 x 100 | Movimento do estágio; a resolução XY deste estágio é de 0,2 μm por passo |
| Controlador de palco XY com joystick | RISOS | MAC6000, joystick XY | Rastreamento manual de vermes. MAC6000 controlador deve ser conectado ao PC através da porta serial (RS-232) configurada para 115200 baud |
| Placa de aquisição digital (DAQ) | Arduino | ONU | Recebendo gatilhos TTL da câmera sCMOS. O Uno deve ser carregado com o pacote Firmata padrão e a porta USB do computador configurada para 57600 baud |
| Cabo BNC Macho para BNC Macho - 6 pés | Tecnologia Hosa | HOBB6 | Conectores BNC para acionamento TTL |
| Cabo coaxial BNC macho para SMA macho banhado a ouro (8,8") | uxcell | 6.08642E+11 | Para conectar as saídas de disparo da câmera de fluorescência |
| Adaptador de cabeça giratória BNC | Hantek | RRBNCTH21 | Adaptador BNC para plugue banana (4 mm) |
| Conector BNC fêmea para fêmea | Diageng | 20130530009 | Adaptador BNC fêmea para fêmea para conectar a saída BNC da câmera ao plugue Banana |
| Fios jumper de placa de ensaio flexíveis sem solda | Z&T | GK1212827 | Para conectar as saídas de disparo BNC ao Arduiono DAQ. |
| Estação de trabalho de alto desempenho | Hp | Z820 | Windows 7, 64 GB de RAM, processador Dual Xeon, unidade C: de estado sólido, porta serial (RS-232), vários slots PCIe3 para conectividade Ethernet, placas USB 3.0 e unidades de estado sólido adicionais |
| Unidade de estado sólido M.2 | Samsung | MZ-V5P512BW | Streaming de alta velocidade e análise de dados de imagem |
| Adaptador de unidade de estado sólido M.2 para estações de trabalho | Lycom | DT-120 | Adaptador de 4 pistas M.2 para PCIe 3.0 |
| Armazenamento conectado à rede | Synology | DS-2415+ | Armazenamento e análise de dados de imagem |
| Unidades de disco rígido | Western Digital | WD80EFZX | RED 8 TB, 5400 RPM Classe SATA 6 Gb/s 128MB Cache 3.5 Polegadas. Armazenamento de dados de imagem (10 unidades + 2 redundância de unidades) |
| software | | | |
| Aquisição de fluorescência | Hamamatsu | HCImage DIA | Gravação de sequências de imagens de fluorescência de dois canais (GCaMP5 e mCherry) a 20 fps |
| Aquisição da Brightfield | FLIR (anteriormente Point Grey Research) | Captura de mosca | Gravação de sequências de imagens JPEG de campo claro |
| Leitor de porta serial de palco | bonsai | https://bitbucket.org/horizongir/bonsai | Facilita o rastreamento de worms durante o comportamento |
| Software do controlador de LED | Zeiss | Teste de Micro Caixa de Ferramentas 2011 | Para configurar a intensidade e as entradas de disparo para os diferentes LEDs na unidade Colibri.2 |
| ImagemJ | Nih | https://imagej.net/Fiji/Downloads | Revisão simples de sequências de imagens e alterações de formatação para importação para o software Ratiometric Quantitation |
| distinguir-se | Microsoft | 2002984-001-000001 | Para gerar subconjuntos de dados de valores separados por vírgula da Volocity para análise MATLAB |
| Descoberta de pico | LABORATÓRIO MATLAB | R2017a | Script usado para cálculos de recursos de pico de proporção |
| Quantificação Raciométrica | Perkin Elmer | Volocidade 6.3 | Facilita o cálculo de canais de imagem raciométricos, segmentação de imagem para localização de objetos e medição de proporção de objetos encontrados |
| Scripts | | | |
| AnalyzeGCaMP_2017 da manhã | LABORATÓRIO MATLAB | Razão média e script centróide XY | Analisa uma saída raciométrica em formato .csv, consolidando objetos e posições centróides, calculando mudanças de razão (ΔR/R), identificando picos e feições de pico e escrevendo gráficos (com e sem picos anotados) em formato postscript. Para importação de arquivo de matriz, o script enviará dados em três pastas: analisado, picos e rastreamentos. A saída 'Analisada' é um arquivo matricial dos objetos consolidados com seis colunas (unidades): tempo (s), área (mícrons quadrados), razão, centróide X (mícrons), centróide Y (mícrons) e ΔR/R. A saída 'Picos' é um arquivo matricial dos pontos de tempo dos picos encontrados, a amplitude (em ΔR/R), a largura (s) do pico (s), e a proeminência do pico. A saída de 'traços' são arquivos postscript de traços de cálcio. |
| XY-estágio-final.bonsai | bonsai | DAQ acionado por TTL e leitor de porta serial de posição de platina | Registra a posição do estágio X e Y (em mícrons) quando o Arduino conectado recebe um sinal TTL positivo da câmera sCMOS durante a exposição do quadro. O script grava um arquivo .csv com quatro colunas: número do quadro, posição X (mícrons), posição Y (mícrons) e o tempo decorrido entre os quadros (normalmente ~50 ms ao gravar a 20 fps). A posição do estágio X e Y dessa saída (colunas 2 e 3, respectivamente) é adicionada às posições do centróide X e Y do AnalyzeGCaM |