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Para compreender o papel de um gene no desenvolvimento de colite, foram comparadas as respostas dos ratinhos de tipo selvagem e gene-de-interesse camundongos knockout para deficientes colite. Se o gene de interesse é expresso em ambas as células de medula óssea e células derivadas de medula óssea não derivadas do hospedeiro, no entanto, é possível distinguir a função de um gene de interesse em células de medula óssea e não derivadas de medula óssea células derivadas pela técnica de transplante de medula óssea. Para alterar o genótipo de medula óssea derivada de células de ratos, a medula óssea original de ratinhos receptores foram destruídas por irradiação e, em seguida, substituído por medula óssea de dador novo genótipo diferente. Quando ratinhos do tipo selvagem da medula óssea do dador foi transplantado para ratos knockout, podemos gerar ratinhos knockout de tipo selvagem, com a expressão de genes em células da medula óssea derivadas. Alternativamente, quando ratinhos knockout de medula óssea do dador foi transplantado para ratos do tipo selvagem destinatário, ratinhos de tipo selvagem, sem gene de interesse que expressama partir de células de medula óssea derivadas foram produzidos. No entanto, o transplante de medula óssea pode não ser 100% completa. Portanto, utilizou-se aglomerado de diferenciação (CD) moléculas (CD45.1 e CD45.2) como marcadores de células do doador e do receptor para controlar a proporção de medula óssea do dador de células derivadas de ratinhos receptores e do sucesso do transplante de medula óssea. Ratinhos de tipo selvagem com CD45.1 ratos knockout com genótipo e CD45.2 genótipo foram utilizados. Após a irradiação dos ratos receptores, as células de medula óssea de dadores de diferentes genótipos foram infundidos nos ratinhos receptores. Quando a medula óssea novo regenerado para assumir a sua imunidade, os animais foram desafiados por agente químico (dextran sulfato de sódio, 5% de DSS) para induzir a colite. Aqui também mostraram que o método para induzir a colite em ratos e avaliar o papel do gene de interesse expresso a partir de células da medula óssea derivadas. Se o gene de interesse, a partir de células de osso derivadas desempenha um papel importante no desenvolvimento da doença (tal como E. colitis), o fenótipo dos ratinhos receptores de transplante de medula óssea pode ser significativamente alterada. No final das experiências de colite, a medula óssea derivadas de células no sangue e na medula óssea foram marcadas com anticorpos contra CD45.1 e CD45.2 e a sua razão quantitativa de existência pode ser utilizada para avaliar o sucesso do transplante de medula óssea por citometria de fluxo. O transplante de medula óssea de sucesso deve mostrar uma grande maioria dos genótipo doador (no termo do marcador CD molécula) ao longo de genótipo receptor, tanto na medula óssea e no sangue de ratos receptores.